Investigating the role of in vivo RNA structure in RNA degradation

Informations projet

RivRNAStructureDecay

N° de convention de subvention: 680324

DOI 10.3030/680324

Projet clôturé

Date de signature de la CE 18 Decembre 2015

Date de début 1 Janvier 2016

Date de fin 31 Decembre 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 499 986,00

Contribution de l’UE € 1 499 986,00

Coordonné par

JOHN INNES CENTRE
United Kingdom

Publications

Peer reviewed articles (8)

Novel insights into the pervasive role of RNA structure in post-transcriptional regulation of gene expression in plants

Auteurs: Huakun Zhang, Yiliang Ding
Publié dans: Biochem Soc Trans., Numéro 49(4), 2021, Page(s) 1829–1839, ISSN 0300-5127
Éditeur: Portland Press, Ltd.
DOI: 10.1042/bst20210318

Recent advances in RNA structurome

Auteurs: Xu, B., Zhu, Y., Cao, C., Chen, H., Jin, Q., Li, G., Ma, J., Zhao, J., Zhu, J. & Ding, Y
Publié dans: Science China Life Sciences, 2022, ISSN 1674-7305
Éditeur: Zhongguo Kexue Zazhishe/Science in China Press
DOI: 10.1007/s11427-021-2116-2

G-quadruplex structures trigger RNA phase separation

Auteurs: Yueying Zhang, Minglei Yang, Susan Duncan, Xiaofei Yang, Mahmoud A S Abdelhamid, Lin Huang, Huakun Zhang, Philip N Benfey, Zoë A E Waller, Yiliang Ding
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 2019, 2019, Page(s) 11746-11754, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz978

The Simultaneous Coupling of Transcription and Splicing in Plants

Auteurs: Yueying Zhang, Yiliang Ding
Publié dans: Molecular Plant, Numéro 13/2, 2020, Page(s) 184-186, ISSN 1674-2052
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1016/j.molp.2020.01.011

Deep Learning in RNA Structure Studies

Auteurs: Yu, H., Qi, Y. & Ding, Y
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, Numéro 9, 2022, ISSN 2296-889X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmolb.2022.869601

In vivo nuclear RNA structurome reveals RNA-structure regulation of mRNA processing in plants

Auteurs: Zhenshan Liu, Qi Liu, Xiaofei Yang, Yueying Zhang, Matthew Norris, Xiaoxi Chen, Jitender Cheema, Huakun Zhang, Yiliang Ding
Publié dans: Genome Biology, Numéro 22, 2021, ISSN 1474-760X
Éditeur: BMC
DOI: 10.1186/s13059-020-02236-4

RNA G-quadruplex structures exist and function in vivo in plants

Auteurs: Xiaofei Yang; Jitender Cheema; Yueying Zhang; Hongjing Deng; Hongjing Deng; Susan Duncan; Mubarak I. Umar; Jieyu Zhao; Qi Liu; Qi Liu; Xiaofeng Cao; Chun Kit Kwok; Yiliang Ding
Publié dans: Genome Biology, Numéro 21, 2020, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13059-020-02142-9

Intact RNA structurome reveals mRNA structure-mediated regulation of miRNA cleavage in vivo

Auteurs: Minglei Yang, Hugh C Woolfenden, Yueying Zhang, Xiaofeng Fang, Qi Liu, Maria L Vigh, Jitender Cheema, Xiaofei Yang, Matthew Norris, Sha Yu, Alberto Carbonell, Peter Brodersen, Jiawei Wang, Yiliang Ding
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48(15), 2020, Page(s) 8767–8781, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa577

Non-peer reviewed articles (1)

RNA G-quadruplex structure contributes to cold adaptation in plants

Auteurs: Xiaofei Yang, Haopeng Yu, Susan Duncan, Yueying Zhang, Jitender Cheema, J. Benjamin Miller, Jie Zhang, Chun Kit Kwok, Huakun Zhang, Yiliang Ding
Publié dans: bioRxiv, 2022, ISSN 2692-8205
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
DOI: 10.1101/2022.03.04.482910