Finding noncoding cancer drivers

Veröffentlichungen

A compendium of mutational cancer driver genes

Autoren: Francisco Martínez-Jiménez, Ferran Muiños, Inés Sentís, Jordi Deu-Pons, Iker Reyes-Salazar, Claudia Arnedo-Pac, Loris Mularoni, Oriol Pich, Jose Bonet, Hanna Kranas, Abel Gonzalez-Perez, Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Nature Reviews Cancer, Ausgabe 20/10, 2020, Seite(n) 555-572, ISSN 1474-175X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41568-020-0290-x

Pervasive lesion segregation shapes cancer genome evolution

Autoren: Aitken, Sarah J.; Anderson, Craig J.; Connor, Frances; Pich, Oriol; Sundaram, Vasavi; Feig, Christine; Rayner, Tim F.; Lukk, Margus; Aitken, Stuart; Luft, Juliet; Kentepozidou, Elissavet; Arnedo-Pac, Claudia; Beentjes, Sjoerd V.; Davies, Susan E.; Drews, Ruben M.; Ewing, Ailith; Kaiser, Vera B.; Khamseh, Ava; López-Arribillaga, Erika; Redmond, Aisling M.; Santoyo-Lopez, Javier; Sentís, Inés; Ta
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 583, 2020, Seite(n) 10.1038/s41586-020-2435-1, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2435-1

The evolution of hematopoietic cells under cancer therapy

Autoren: Oriol Pich; Albert Cortes-Bullich; Ferran Muiños; Marta Pratcorona; Abel Gonzalez-Perez; Nuria Lopez-Bigas; Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, Seite(n) 4803, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24858-3

Variable interplay of UV-induced DNA damage and repair at transcription factor binding sites

Autoren: Joan Frigola, Radhakrishnan Sabarinathan, Abel Gonzalez-Perez, Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 49/2, 2020, Seite(n) 891-901, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa1219

The mutational footprints of cancer therapies

Autoren: Oriol Pich, Ferran Muiños, Martijn Paul Lolkema, Neeltje Steeghs, Abel Gonzalez-Perez, Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 51/12, 2019, Seite(n) 1732-1740, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0525-5

Reduced mutation rate in exons due to differential mismatch repair

Autoren: Joan Frigola, Radhakrishnan Sabarinathan, Loris Mularoni, Ferran Muiños, Abel Gonzalez-Perez, Núria López-Bigas
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 49/12, 2017, Seite(n) 1684-1692, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ng.3991

Integrating genomic alterations in diffuse large B-cell lymphoma identifies new relevant pathways and potential therapeutic targets

Autoren: K Karube, A Enjuanes, I Dlouhy, P Jares, D Martin-Garcia, F Nadeu, G R Ordóñez, J Rovira, G Clot, C Royo, A Navarro, B Gonzalez-Farre, A Vaghefi, G Castellano, C Rubio-Perez, D Tamborero, J Briones, A Salar, J M Sancho, S Mercadal, E Gonzalez-Barca, L Escoda, H Miyoshi, K Ohshima, K Miyawaki, K Kato, K Akashi, A Mozos, L Colomo, M Alcoceba, A Valera, A Carrió, D Costa, N Lopez-Bigas, R Schmitz,
Veröffentlicht in: Leukemia, Ausgabe 32/3, 2017, Seite(n) 675-684, ISSN 0887-6924
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/leu.2017.251

Cancer Genome Interpreter annotates the biological and clinical relevance of tumor alterations

Autoren: David Tamborero, Carlota Rubio-Perez, Jordi Deu-Pons, Michael P. Schroeder, Ana Vivancos, Ana Rovira, Ignasi Tusquets, Joan Albanell, Jordi Rodon, Josep Tabernero, Carmen de Torres, Rodrigo Dienstmann, Abel Gonzalez-Perez, Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Genome Medicine, Ausgabe 10/1, 2018, ISSN 1756-994X
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13073-018-0531-8

A Pan-cancer Landscape of Interactions between Solid Tumors and Infiltrating Immune Cell Populations

Autoren: David Tamborero, Carlota Rubio-Perez, Ferran Muiños, Radhakrishnan Sabarinathan, Josep M. Piulats, Aura Muntasell, Rodrigo Dienstmann, Nuria Lopez-Bigas, Abel Gonzalez-Perez
Veröffentlicht in: Clinical Cancer Research, Ausgabe 24/15, 2018, Seite(n) 3717-3728, ISSN 1078-0432
Herausgeber: American Association for Cancer Research
DOI: 10.1158/1078-0432.ccr-17-3509

OncodriveCLUSTL: a sequence-based clustering method to identify cancer drivers

Autoren: Claudia Arnedo-Pac, Loris Mularoni, Ferran Muiños, Abel Gonzalez-Perez, Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2019, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz501

Somatic and Germline Mutation Periodicity Follow the Orientation of the DNA Minor Groove around Nucleosomes

Autoren: Oriol Pich, Ferran Muiños, Radhakrishnan Sabarinathan, Iker Reyes-Salazar, Abel Gonzalez-Perez, Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 175/4, 2018, Seite(n) 1074-1087.e18, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.10.004

Whole-genome landscapes of major melanoma subtypes

Autoren: Nicholas K. Hayward, James S. Wilmott, Nicola Waddell, Peter A. Johansson, Matthew A. Field, Katia Nones, Ann-Marie Patch, Hojabr Kakavand, Ludmil B. Alexandrov, Hazel Burke, Valerie Jakrot, Stephen Kazakoff, Oliver Holmes, Conrad Leonard, Radhakrishnan Sabarinathan, Loris Mularoni, Scott Wood, Qinying Xu, Nick Waddell, Varsha Tembe, Gulietta M. Pupo, Ricardo De Paoli-Iseppi, Ricardo E. Vilain, Pi
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 545/7653, 2017, Seite(n) 175-180, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature22071

Systematic analysis of alterations in the ubiquitin proteolysis system reveals its contribution to driver mutations in cancer

Autoren: Francisco Martínez-Jiménez, Ferran Muiños, Erika López-Arribillaga, Nuria Lopez-Bigas, Abel Gonzalez-Perez
Veröffentlicht in: Nature Cancer, Ausgabe 1/1, 2020, Seite(n) 122-135, ISSN 2662-1347
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1038/s43018-019-0001-2

Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes

Autoren: Esther Rheinbay, Morten Muhlig Nielsen, Federico Abascal, Jeremiah A. Wala, Ofer Shapira, Grace Tiao, Henrik Hornshøj, Julian M. Hess, Randi Istrup Juul, Ziao Lin, Lars Feuerbach, Radhakrishnan Sabarinathan, Tobias Madsen, Jaegil Kim, Loris Mularoni, Shimin Shuai, Andrés Lanzós, Carl Herrmann, Yosef E. Maruvka, Ciyue Shen, Samirkumar B. Amin, Pratiti Bandopadhayay, Johanna Bertl, Keith A. Boroe
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 578/7793, 2020, Seite(n) 102-111, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-1965-x

The repertoire of mutational signatures in human cancer

Autoren: Ludmil B. Alexandrov, Jaegil Kim, Nicholas J. Haradhvala, Mi Ni Huang, Alvin Wei Tian Ng, Yang Wu, Arnoud Boot, Kyle R. Covington, Dmitry A. Gordenin, Erik N. Bergstrom, S. M. Ashiqul Islam, Nuria Lopez-Bigas, Leszek J. Klimczak, John R. McPherson, Sandro Morganella, Radhakrishnan Sabarinathan, David A. Wheeler, Ville Mustonen, Gad Getz, Steven G. Rozen, Michael R. Stratton
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 578/7793, 2020, Seite(n) 94-101, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-1943-3

A harmonized meta-knowledgebase of clinical interpretations of somatic genomic variants in cancer

Autoren: Alex H. Wagner, Brian Walsh, Georgia Mayfield, David Tamborero, Dmitriy Sonkin, Kilannin Krysiak, Jordi Deu-Pons, Ryan P. Duren, Jianjiong Gao, Julie McMurry, Sara Patterson, Catherine del Vecchio Fitz, Beth A. Pitel, Ozman U. Sezerman, Kyle Ellrott, Jeremy L. Warner, Damian T. Rieke, Tero Aittokallio, Ethan Cerami, Deborah I. Ritter, Lynn M. Schriml, Robert R. Freimuth, Melissa Haendel, Gordana R
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 52/4, 2020, Seite(n) 448-457, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-020-0603-8

In silico saturation mutagenesis of cancer genes

Autoren: Ferran Muiños; Francisco Martínez-Jiménez; Oriol Pich; Abel Gonzalez-Perez; Nuria Lopez-Bigas; Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 596/7872, 2021, Seite(n) 428, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-021-03771-1

The evolution of relapse of adult T cell acute lymphoblastic leukemia

Autoren: Inés Sentís, Santiago Gonzalez, Eulalia Genescà, Violeta García-Hernández, Ferran Muiños, Celia Gonzalez, Erika López-Arribillaga, Jessica Gonzalez, Lierni Fernandez-Ibarrondo, Loris Mularoni, Lluís Espinosa, Beatriz Bellosillo, Josep-Maria Ribera, Anna Bigas, Abel Gonzalez-Perez, Nuria Lopez-Bigas
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-020-02192-z

The whole-genome panorama of cancer drivers

Autoren: Sabarinathan R, Pich O, Martincorena I, Rubio-Perez C, Juul M, Wala J, Schumacher S, Shapira O, Sidiropoulos N, Waszak S, Tamborero D, Mularoni L, Rheinbay E, Hornshoj H, Deu-Pons J, Muinos F, Bertl J, Guo Q, Weischenfeldt J, Korbel JO, Getz G, Campbell PJ, Pedersen JS, Beroukhim R, Perez-Gonzalez A, Lopez-Bigas N, PCAWG Drivers and Functional Interpretation Group, ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of
Veröffentlicht in: Pre print, 2017
Herausgeber: Biorxive
DOI: 10.1101/190330

Discovery and characterization of coding and non-coding driver mutations in more than 2,500 whole cancer genomes

Autoren: Esther Rheinbay, Morten Muhlig Nielsen, Federico Abascal, Grace Tiao, Henrik Hornshøj, Julian M. Hess, Randi Istrup Pedersen, Lars Feuerbach, Radhakrishnan Sabarinathan, Tobias Madsen, Jaegil Kim, Loris Mularoni, Shimin Shuai, Andrés Lanzós, Carl Herrmann, Yosef E. Maruvka, Ciyue Shen, Samirkumar B. Amin, Johanna Bertl, Priyanka Dhingra, Klev Diamanti, Abel Gonzalez-Perez, Qia
Veröffentlicht in: pre print, 2017
Herausgeber: Biorxiv
DOI: 10.1101/237313

Disruption of ubiquitin mediated proteolysis is a widespread mechanism of tumorigenesis

Autoren: Francisco Martínez-Jiménez, Ferran Muiños, Erika Lopez-Arribillaga, Nuria Lopez-Bigas, Abel Gonzalez-Perez
Veröffentlicht in: Pre print, 2018
Herausgeber: Biorxiv
DOI: 10.1101/507764

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