Virus-X: Viral Metagenomics for Innovation Value

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Publications

MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive data sets

Auteurs: Martin Steinegger, Johannes Söding
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 35, 2017, Page(s) 1026–1028, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.3988

Structure and function of the Ts2631 endolysin of Thermus scotoductus phage vB_Tsc2631 with unique N-terminal extension used for peptidoglycan binding

Auteurs: Magdalena Plotka, Enea Sancho-Vaello, Sebastian Dorawa, Anna-Karina Kaczorowska, Lukasz P. Kozlowski, Tadeusz Kaczorowski, Kornelius Zeth
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-37417-6

WIsH: who is the host? Predicting prokaryotic hosts from metagenomic phage contigs

Auteurs: Clovis Galiez, Matthias Siebert, François Enault, Jonathan Vincent, Johannes Söding
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 33/19, 2017, Page(s) 3113-3114, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btx383

Rolling-circle replication initiation protein of haloarchaeal sphaerolipovirus SNJ1 is homologous to bacterial transposases of the IS91 family insertion sequences

Auteurs: Yuchen Wang, Beibei Chen, Mengzhuo Cao, Linshan Sima, David Prangishvili, Xiangdong Chen, Mart Krupovic
Publié dans: Journal of General Virology, Numéro 99/3, 2018, Page(s) 416-421, ISSN 0022-1317
Éditeur: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001009

Unique architecture of thermophilic archaeal virus APBV1 and its genome packaging

Auteurs: Denis Ptchelkine, Ashley Gillum, Tomohiro Mochizuki, Soizick Lucas-Staat, Ying Liu, Mart Krupovic, Simon E. V. Phillips, David Prangishvili, Juha T. Huiskonen
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01668-0

Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

Auteurs: Roux , Simon; Adriaenssens , Evelien; Dutilh , Bas ,; Koonin , Eugene; Kropinski , Andrew; Krupovic , Mart; Kuhn , Jens; Lavigne , Rob; Brister , J Rodney; Varsani , Arvind; Amid , Clara; Aziz , Ramy; Bordenstein , Seth; Bork , Peer; Breitbart , Mya; Cochrane , Guy; Daly , Rebecca; Desnues , Christelle; Duhaime , Melissa; Emerson , Joanne; Enault , François; Fuhrman , Jed; Hingamp , Pascal; Hugen
Publié dans: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01982207, Numéro 10, 2019, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000315358

Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics

Auteurs: Mart Krupovic, Virginija Cvirkaite-Krupovic, Jaime Iranzo, David Prangishvili, Eugene V. Koonin
Publié dans: Virus Research, Numéro 244, 2018, Page(s) 181-193, ISSN 0168-1702
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.virusres.2017.11.025

Is the Virus Important? And Some Other Questions

Auteurs: Ruth-Anne Sandaa, Gunnar Bratbak
Publié dans: Viruses, Numéro 10/8, 2018, Page(s) 442, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v10080442

Uniclust databases of clustered and deeply annotated protein sequences and alignments

Auteurs: Milot Mirdita, Lars von den Driesch, Clovis Galiez, Maria J. Martin, Johannes Söding, Martin Steinegger
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 45/D1, 2017, Page(s) D170-D176, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw1081

Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere

Auteurs: Fengbin Wang, Diana P Baquero, Zhangli Su, Tomasz Osinski, David Prangishvili, Edward H Egelman, Mart Krupovic
Publié dans: Virus Evolution, Numéro 6/1, 2020, ISSN 2057-1577
Éditeur: oxford university press
DOI: 10.1093/ve/veaa023

Structural conservation in a membrane-enveloped filamentous virus infecting a hyperthermophilic acidophile

Auteurs: Ying Liu, Tomasz Osinski, Fengbin Wang, Mart Krupovic, Stefan Schouten, Peter Kasson, David Prangishvili, Edward H. Egelman
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-05684-6

The enigmatic archaeal virosphere

Auteurs: David Prangishvili, Dennis H. Bamford, Patrick Forterre, Jaime Iranzo, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic
Publié dans: Nature Reviews Microbiology, Numéro 15/12, 2017, Page(s) 724-739, ISSN 1740-1526
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrmicro.2017.125

Integrated mobile genetic elements in Thaumarchaeota

Auteurs: Mart Krupovic, Kira S. Makarova, Yuri I. Wolf, Sofia Medvedeva, David Prangishvili, Patrick Forterre, Eugene V. Koonin
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 21/6, 2019, Page(s) 2056-2078, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14564

Numerous cultivated and uncultivated viruses encode ribosomal proteins

Auteurs: Carolina M. Mizuno, Charlotte Guyomar, Simon Roux, Régis Lavigne, Francisco Rodriguez-Valera, Matthew B. Sullivan, Reynald Gillet, Patrick Forterre, Mart Krupovic
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-08672-6

A Novel Type of Polyhedral Viruses Infecting Hyperthermophilic Archaea

Auteurs: Ying Liu, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Gérard Pehau-Arnaudet, Mart Krupovic, David Prangishvili
Publié dans: Journal of Virology, Numéro 91/13, 2017, ISSN 0022-538X
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00589-17

HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation

Auteurs: Martin Steinegger, Markus Meier, Milot Mirdita, Harald Vöhringer, Stephan J. Haunsberger, Johannes Söding
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 20/1, 2019, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-019-3019-7

Bioinformatics Meets Virology: The European Virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting

Auteurs: Bashar Ibrahim, Ksenia Arkhipova, Arno Andeweg, Susana Posada-Céspedes, François Enault, Arthur Gruber, Eugene Koonin, Anne Kupczok, Philippe Lemey, Alice McHardy, Dino McMahon, Brett Pickett, David Robertson, Richard Scheuermann, Alexandra Zhernakova, Mark Zwart, Alexander Schönhuth, Bas Dutilh, Manja Marz
Publié dans: Viruses, Numéro 10/5, 2018, Page(s) 256, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v10050256

Virus-borne mini-CRISPR arrays are involved in interviral conflicts

Auteurs: Sofia Medvedeva, Ying Liu, Eugene V. Koonin, Konstantin Severinov, David Prangishvili, Mart Krupovic
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-13205-2

New archaeal viruses discovered by metagenomic analysis of viral communities in enrichment cultures

Auteurs: Ying Liu, David Brandt, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Eugene V. Koonin, Jörn Kalinowski, Mart Krupovic, David Prangishvili
Publié dans: Environmental Microbiology, Numéro 21/6, 2019, Page(s) 2002-2014, ISSN 1462-2912
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14479

Analysis of Spounaviruses as a Case Study for the Overdue Reclassification of Tailed Phages

Auteurs: Jakub Barylski, François Enault, Bas E Dutilh, Margo BP Schuller, Robert A Edwards, Annika Gillis, Jochen Klumpp, Petar Knezevic, Mart Krupovic, Jens H Kuhn, Rob Lavigne, Hanna M Oksanen, Matthew B Sullivan, Ho Bin Jang, Peter Simmonds, Pakorn Aiewsakun, Johannes Wittmann, Igor Tolstoy, J Rodney Brister, Andrew M Kropinski, Evelien M Adriaenssens
Publié dans: Systematic Biology, Numéro 69/1, 2019, Page(s) 110-123, ISSN 1063-5157
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syz036

A Mitochondrial Autonomously Replicating Sequence from Pichia pastoris for Uniform High Level Recombinant Protein Production

Auteurs: Jan-Philipp Schwarzhans, Tobias Luttermann, Daniel Wibberg, Anika Winkler, Wolfgang Hübner, Thomas Huser, Jörn Kalinowski, Karl Friehs
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 8, 2017, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2017.00780

Discovery of High Abundances of Aster-Like Nanoparticles in Pelagic Environments: Characterization and Dynamics

Auteurs: Jonathan Colombet, Hermine Billard, Bernard Viguès, Stéphanie Balor, Christelle Boulé, Lucie Geay, Karim Benzerara, Nicolas Menguy, Guy Ilango, Maxime Fuster, François Enault, Corinne Bardot, Véronique Gautier, Angia Sriram Pradeep Ram, Télesphore Sime-Ngando
Publié dans: Frontiers in Microbiology, Numéro 10, 2019, ISSN 1664-302X
Éditeur: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.02376

Clustering huge protein sequence sets in linear time

Auteurs: Martin Steinegger, Johannes Söding
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-04964-5

MMseqs2 desktop and local web server app for fast, interactive sequence searches

Auteurs: Milot Mirdita, Martin Steinegger, Johannes Söding
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 35/16, 2019, Page(s) 2856-2858, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty1057

MetaEuk—sensitive, high-throughput gene discovery, and annotation for large-scale eukaryotic metagenomics

Auteurs: Eli Levy Karin, Milot Mirdita, Johannes Söding
Publié dans: Microbiome, Numéro 8/1, 2020, ISSN 2049-2618
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s40168-020-00808-x

Crystal structures of the Bacillus subtilis prophage lytic cassette proteins XepA and YomS

Auteurs: Stefanie Freitag-Pohl, Andrius Jasilionis, Maria Håkansson, L. Anders Svensson, Rebeka Kovačič, Martin Welin, Hildegard Watzlawick, Lei Wang, Josef Altenbuchner, Magdalena Płotka, Anna Karina Kaczorowska, Tadeusz Kaczorowski, Eva Nordberg Karlsson, Salam Al-Karadaghi, Björn Walse, Arnthór Aevarsson, Ehmke Pohl
Publié dans: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Numéro 75/11, 2019, Page(s) 1028-1039, ISSN 2059-7983
Éditeur: International Union of Crystallography
DOI: 10.1107/s2059798319013330

How to Stabilize Protein: Stability Screens for Thermal Shift Assays and Nano Differential Scanning Fluorimetry in the Virus-X Project

Auteurs: Daniel Bruce, Emily Cardew, Stefanie Freitag-Pohl, Ehmke Pohl
Publié dans: Journal of Visualized Experiments, Numéro 144, 2019, ISSN 1940-087X
Éditeur: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/58666

Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

Auteurs: Simon Roux, Evelien M Adriaenssens, Bas E Dutilh, Eugene V Koonin, Andrew M Kropinski, Mart Krupovic, Jens H Kuhn, Rob Lavigne, J Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K Aziz, Seth R Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R Cochrane, Rebecca A Daly, Christelle Desnues, Melissa B Duhaime, Joanne B Emerson, François Enault, Jed A Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L H
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 37/1, 2019, Page(s) 29-37, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.4306

Ts2631 Endolysin from the Extremophilic Thermus scotoductus Bacteriophage vB_Tsc2631 as an Antimicrobial Agent against Gram-Negative Multidrug-Resistant Bacteria

Auteurs: Magdalena Plotka, Malgorzata Kapusta, Sebastian Dorawa, Anna-Karina Kaczorowska, Tadeusz Kaczorowski
Publié dans: Viruses, Numéro 11/7, 2019, Page(s) 657, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11070657

Seasonality Drives Microbial Community Structure, Shaping both Eukaryotic and Prokaryotic Host–Viral Relationships in an Arctic Marine Ecosystem

Auteurs: Ruth-Anne Sandaa, Julia E. Storesund, Emily Olesin, Maria Lund Paulsen, Aud Larsen, Gunnar Bratbak, Jessica Ray
Publié dans: Viruses, Numéro 10/12, 2018, Page(s) 715, ISSN 1999-4915
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v10120715

Protein-level assembly increases protein sequence recovery from metagenomic samples manyfold

Auteurs: Martin Steinegger, Milot Mirdita, Johannes Söding
Publié dans: Nature Methods, Numéro 16/7, 2019, Page(s) 603-606, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-019-0437-4

New CRISPR-Cas9 vectors for genetic modifications of Bacillus species

Auteurs: Anna A Toymentseva, Josef Altenbuchner
Publié dans: FEMS Microbiology Letters, Numéro 366/1, 2018, ISSN 1574-6968
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsle/fny284

New virus isolates from Italian hydrothermal environments underscore the biogeographic pattern in archaeal virus communities

Auteurs: Diana P. Baquero, Patrizia Contursi, Monica Piochi, Simonetta Bartolucci, Ying Liu, Virginija Cvirkaite-Krupovic, David Prangishvili, Mart Krupovic
Publié dans: The ISME Journal, 2020, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-020-0653-z

A packing for A-form DNA in an icosahedral virus

Auteurs: Fengbin Wang, Ying Liu, Zhangli Su, Tomasz Osinski, Guilherme A. P. de Oliveira, James F. Conway, Stefan Schouten, Mart Krupovic, David Prangishvili, Edward H. Egelman
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 116/45, 2019, Page(s) 22591-22597, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1908242116

Clustering huge protein sequence sets in linear time.

Auteurs: Martin Steinegger and Johannes Soeding
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9(1), 2018, Page(s) 2542
Éditeur: Nature press
DOI: 10.1101/104034

Les virus à la source

Auteurs: Arnthor Ævarsson
Publié dans: La Recherche, 2018, ISSN 0029-5671
Éditeur: Societe d'Editions Scientifiques

Posters

Auteurs: Jasilionis A, Akutsu M, Håkansson M, Wang L, Welin M, Kovačič R, Liu Y, Watzlawick H, Ævarsson A, Prangishvili D, Altenbuchner J, Al-Karadaghi S, Nordberg Karlsson E.
Publié dans: FEBS Open Bio, Numéro 9/S1, 2019, Page(s) 65-431, ISSN 2211-5463
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1002/2211-5463.12675

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