Virus-X: Viral Metagenomics for Innovation Value

Projektinformationen

Virus-X

ID Finanzhilfevereinbarung: 685778

DOI

10.3030/685778

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 4 März 2016

Startdatum 1 April 2016

Enddatum 31 März 2020

Finanziert unter

• INDUSTRIAL LEADERSHIP - Leadership in enabling and industrial technologies – Biotechnology

Gesamtkosten

€ 7 964 214,50

EU-Beitrag

€ 7 964 092,50

Koordiniert durch

MATIS OHF
Iceland

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Leistungen

Documents, reports (5)

WP1 - Scientific publications, patents or congress contribution and outreach

Scientific publications, patents or congress contribution and outreach

WP6 - Scientific publications, patents or congress contribution and outreach

Scientific publications, patents or congress contribution and outreach involving work performed in WP6 Cloning & Expression Optimization

WP4 - Scientific publications, patents or congress contribution and outreach

Scientific publications, patents or congress contribution and outreach involving work in WP4

Scientific publications, patents or congress contribution and outreach

Scientific publications, patents or congress contribution and outreach involving work carried out in WP8 Activity Screening & Characterization

WP3 - Scientific publications, patents or congress contribution and outreach

Scientific publications, patents or congress contribution and outreach

Websites, patent fillings, videos etc. (1)

Project website built and online

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (34)

MMseqs2 enables sensitive protein sequence searching for the analysis of massive data sets

Autoren: Martin Steinegger, Johannes Söding
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 35, 2017, Seite(n) 1026–1028, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.3988

Structure and function of the Ts2631 endolysin of Thermus scotoductus phage vB_Tsc2631 with unique N-terminal extension used for peptidoglycan binding

Autoren: Magdalena Plotka, Enea Sancho-Vaello, Sebastian Dorawa, Anna-Karina Kaczorowska, Lukasz P. Kozlowski, Tadeusz Kaczorowski, Kornelius Zeth
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-37417-6

WIsH: who is the host? Predicting prokaryotic hosts from metagenomic phage contigs

Autoren: Clovis Galiez, Matthias Siebert, François Enault, Jonathan Vincent, Johannes Söding
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 33/19, 2017, Seite(n) 3113-3114, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btx383

Rolling-circle replication initiation protein of haloarchaeal sphaerolipovirus SNJ1 is homologous to bacterial transposases of the IS91 family insertion sequences

Autoren: Yuchen Wang, Beibei Chen, Mengzhuo Cao, Linshan Sima, David Prangishvili, Xiangdong Chen, Mart Krupovic
Veröffentlicht in: Journal of General Virology, Ausgabe 99/3, 2018, Seite(n) 416-421, ISSN 0022-1317
Herausgeber: Society for General Microbiology
DOI: 10.1099/jgv.0.001009

Unique architecture of thermophilic archaeal virus APBV1 and its genome packaging

Autoren: Denis Ptchelkine, Ashley Gillum, Tomohiro Mochizuki, Soizick Lucas-Staat, Ying Liu, Mart Krupovic, Simon E. V. Phillips, David Prangishvili, Juha T. Huiskonen
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-01668-0

Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

Autoren: Roux , Simon; Adriaenssens , Evelien; Dutilh , Bas ,; Koonin , Eugene; Kropinski , Andrew; Krupovic , Mart; Kuhn , Jens; Lavigne , Rob; Brister , J Rodney; Varsani , Arvind; Amid , Clara; Aziz , Ramy; Bordenstein , Seth; Bork , Peer; Breitbart , Mya; Cochrane , Guy; Daly , Rebecca; Desnues , Christelle; Duhaime , Melissa; Emerson , Joanne; Enault , François; Fuhrman , Jed; Hingamp , Pascal; Hugen
Veröffentlicht in: https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01982207, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.3929/ethz-b-000315358

Viruses of archaea: Structural, functional, environmental and evolutionary genomics

Autoren: Mart Krupovic, Virginija Cvirkaite-Krupovic, Jaime Iranzo, David Prangishvili, Eugene V. Koonin
Veröffentlicht in: Virus Research, Ausgabe 244, 2018, Seite(n) 181-193, ISSN 0168-1702
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.virusres.2017.11.025

Is the Virus Important? And Some Other Questions

Autoren: Ruth-Anne Sandaa, Gunnar Bratbak
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 10/8, 2018, Seite(n) 442, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v10080442

Uniclust databases of clustered and deeply annotated protein sequences and alignments

Autoren: Milot Mirdita, Lars von den Driesch, Clovis Galiez, Maria J. Martin, Johannes Söding, Martin Steinegger
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 45/D1, 2017, Seite(n) D170-D176, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkw1081

Structure of a filamentous virus uncovers familial ties within the archaeal virosphere

Autoren: Fengbin Wang, Diana P Baquero, Zhangli Su, Tomasz Osinski, David Prangishvili, Edward H Egelman, Mart Krupovic
Veröffentlicht in: Virus Evolution, Ausgabe 6/1, 2020, ISSN 2057-1577
Herausgeber: oxford university press
DOI: 10.1093/ve/veaa023

Structural conservation in a membrane-enveloped filamentous virus infecting a hyperthermophilic acidophile

Autoren: Ying Liu, Tomasz Osinski, Fengbin Wang, Mart Krupovic, Stefan Schouten, Peter Kasson, David Prangishvili, Edward H. Egelman
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-05684-6

The enigmatic archaeal virosphere

Autoren: David Prangishvili, Dennis H. Bamford, Patrick Forterre, Jaime Iranzo, Eugene V. Koonin, Mart Krupovic
Veröffentlicht in: Nature Reviews Microbiology, Ausgabe 15/12, 2017, Seite(n) 724-739, ISSN 1740-1526
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nrmicro.2017.125

Integrated mobile genetic elements in Thaumarchaeota

Autoren: Mart Krupovic, Kira S. Makarova, Yuri I. Wolf, Sofia Medvedeva, David Prangishvili, Patrick Forterre, Eugene V. Koonin
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 21/6, 2019, Seite(n) 2056-2078, ISSN 1462-2912
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14564

Numerous cultivated and uncultivated viruses encode ribosomal proteins

Autoren: Carolina M. Mizuno, Charlotte Guyomar, Simon Roux, Régis Lavigne, Francisco Rodriguez-Valera, Matthew B. Sullivan, Reynald Gillet, Patrick Forterre, Mart Krupovic
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-08672-6

A Novel Type of Polyhedral Viruses Infecting Hyperthermophilic Archaea

Autoren: Ying Liu, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Gérard Pehau-Arnaudet, Mart Krupovic, David Prangishvili
Veröffentlicht in: Journal of Virology, Ausgabe 91/13, 2017, ISSN 0022-538X
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/JVI.00589-17

HH-suite3 for fast remote homology detection and deep protein annotation

Autoren: Martin Steinegger, Markus Meier, Milot Mirdita, Harald Vöhringer, Stephan J. Haunsberger, Johannes Söding
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 20/1, 2019, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-019-3019-7

Bioinformatics Meets Virology: The European Virus Bioinformatics Center’s Second Annual Meeting

Autoren: Bashar Ibrahim, Ksenia Arkhipova, Arno Andeweg, Susana Posada-Céspedes, François Enault, Arthur Gruber, Eugene Koonin, Anne Kupczok, Philippe Lemey, Alice McHardy, Dino McMahon, Brett Pickett, David Robertson, Richard Scheuermann, Alexandra Zhernakova, Mark Zwart, Alexander Schönhuth, Bas Dutilh, Manja Marz
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 10/5, 2018, Seite(n) 256, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v10050256

Virus-borne mini-CRISPR arrays are involved in interviral conflicts

Autoren: Sofia Medvedeva, Ying Liu, Eugene V. Koonin, Konstantin Severinov, David Prangishvili, Mart Krupovic
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-13205-2

New archaeal viruses discovered by metagenomic analysis of viral communities in enrichment cultures

Autoren: Ying Liu, David Brandt, Sonoko Ishino, Yoshizumi Ishino, Eugene V. Koonin, Jörn Kalinowski, Mart Krupovic, David Prangishvili
Veröffentlicht in: Environmental Microbiology, Ausgabe 21/6, 2019, Seite(n) 2002-2014, ISSN 1462-2912
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/1462-2920.14479

Analysis of Spounaviruses as a Case Study for the Overdue Reclassification of Tailed Phages

Autoren: Jakub Barylski, François Enault, Bas E Dutilh, Margo BP Schuller, Robert A Edwards, Annika Gillis, Jochen Klumpp, Petar Knezevic, Mart Krupovic, Jens H Kuhn, Rob Lavigne, Hanna M Oksanen, Matthew B Sullivan, Ho Bin Jang, Peter Simmonds, Pakorn Aiewsakun, Johannes Wittmann, Igor Tolstoy, J Rodney Brister, Andrew M Kropinski, Evelien M Adriaenssens
Veröffentlicht in: Systematic Biology, Ausgabe 69/1, 2019, Seite(n) 110-123, ISSN 1063-5157
Herausgeber: Taylor & Francis
DOI: 10.1093/sysbio/syz036

A Mitochondrial Autonomously Replicating Sequence from Pichia pastoris for Uniform High Level Recombinant Protein Production

Autoren: Jan-Philipp Schwarzhans, Tobias Luttermann, Daniel Wibberg, Anika Winkler, Wolfgang Hübner, Thomas Huser, Jörn Kalinowski, Karl Friehs
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 8, 2017, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2017.00780

Discovery of High Abundances of Aster-Like Nanoparticles in Pelagic Environments: Characterization and Dynamics

Autoren: Jonathan Colombet, Hermine Billard, Bernard Viguès, Stéphanie Balor, Christelle Boulé, Lucie Geay, Karim Benzerara, Nicolas Menguy, Guy Ilango, Maxime Fuster, François Enault, Corinne Bardot, Véronique Gautier, Angia Sriram Pradeep Ram, Télesphore Sime-Ngando
Veröffentlicht in: Frontiers in Microbiology, Ausgabe 10, 2019, ISSN 1664-302X
Herausgeber: Frontiers Media
DOI: 10.3389/fmicb.2019.02376

Clustering huge protein sequence sets in linear time

Autoren: Martin Steinegger, Johannes Söding
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-04964-5

MMseqs2 desktop and local web server app for fast, interactive sequence searches

Autoren: Milot Mirdita, Martin Steinegger, Johannes Söding
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 35/16, 2019, Seite(n) 2856-2858, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty1057

MetaEuk—sensitive, high-throughput gene discovery, and annotation for large-scale eukaryotic metagenomics

Autoren: Eli Levy Karin, Milot Mirdita, Johannes Söding
Veröffentlicht in: Microbiome, Ausgabe 8/1, 2020, ISSN 2049-2618
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1186/s40168-020-00808-x

Crystal structures of the Bacillus subtilis prophage lytic cassette proteins XepA and YomS

Autoren: Stefanie Freitag-Pohl, Andrius Jasilionis, Maria Håkansson, L. Anders Svensson, Rebeka Kovačič, Martin Welin, Hildegard Watzlawick, Lei Wang, Josef Altenbuchner, Magdalena Płotka, Anna Karina Kaczorowska, Tadeusz Kaczorowski, Eva Nordberg Karlsson, Salam Al-Karadaghi, Björn Walse, Arnthór Aevarsson, Ehmke Pohl
Veröffentlicht in: Acta Crystallographica Section D Structural Biology, Ausgabe 75/11, 2019, Seite(n) 1028-1039, ISSN 2059-7983
Herausgeber: International Union of Crystallography
DOI: 10.1107/s2059798319013330

How to Stabilize Protein: Stability Screens for Thermal Shift Assays and Nano Differential Scanning Fluorimetry in the Virus-X Project

Autoren: Daniel Bruce, Emily Cardew, Stefanie Freitag-Pohl, Ehmke Pohl
Veröffentlicht in: Journal of Visualized Experiments, Ausgabe 144, 2019, ISSN 1940-087X
Herausgeber: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/58666

Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

Autoren: Simon Roux, Evelien M Adriaenssens, Bas E Dutilh, Eugene V Koonin, Andrew M Kropinski, Mart Krupovic, Jens H Kuhn, Rob Lavigne, J Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K Aziz, Seth R Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R Cochrane, Rebecca A Daly, Christelle Desnues, Melissa B Duhaime, Joanne B Emerson, François Enault, Jed A Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L H
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 37/1, 2019, Seite(n) 29-37, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.4306

Ts2631 Endolysin from the Extremophilic Thermus scotoductus Bacteriophage vB_Tsc2631 as an Antimicrobial Agent against Gram-Negative Multidrug-Resistant Bacteria

Autoren: Magdalena Plotka, Malgorzata Kapusta, Sebastian Dorawa, Anna-Karina Kaczorowska, Tadeusz Kaczorowski
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 11/7, 2019, Seite(n) 657, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v11070657

Seasonality Drives Microbial Community Structure, Shaping both Eukaryotic and Prokaryotic Host–Viral Relationships in an Arctic Marine Ecosystem

Autoren: Ruth-Anne Sandaa, Julia E. Storesund, Emily Olesin, Maria Lund Paulsen, Aud Larsen, Gunnar Bratbak, Jessica Ray
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 10/12, 2018, Seite(n) 715, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v10120715

Protein-level assembly increases protein sequence recovery from metagenomic samples manyfold

Autoren: Martin Steinegger, Milot Mirdita, Johannes Söding
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 16/7, 2019, Seite(n) 603-606, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-019-0437-4

New CRISPR-Cas9 vectors for genetic modifications of Bacillus species

Autoren: Anna A Toymentseva, Josef Altenbuchner
Veröffentlicht in: FEMS Microbiology Letters, Ausgabe 366/1, 2018, ISSN 1574-6968
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsle/fny284

New virus isolates from Italian hydrothermal environments underscore the biogeographic pattern in archaeal virus communities

Autoren: Diana P. Baquero, Patrizia Contursi, Monica Piochi, Simonetta Bartolucci, Ying Liu, Virginija Cvirkaite-Krupovic, David Prangishvili, Mart Krupovic
Veröffentlicht in: The ISME Journal, 2020, ISSN 1751-7362
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-020-0653-z

A packing for A-form DNA in an icosahedral virus

Autoren: Fengbin Wang, Ying Liu, Zhangli Su, Tomasz Osinski, Guilherme A. P. de Oliveira, James F. Conway, Stefan Schouten, Mart Krupovic, David Prangishvili, Edward H. Egelman
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 116/45, 2019, Seite(n) 22591-22597, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1908242116

Other (1)

Clustering huge protein sequence sets in linear time.

Autoren: Martin Steinegger and Johannes Soeding
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9(1), 2018, Seite(n) 2542
Herausgeber: Nature press
DOI: 10.1101/104034

Non-peer reviewed articles (2)

Les virus à la source

Autoren: Arnthor Ævarsson
Veröffentlicht in: La Recherche, 2018, ISSN 0029-5671
Herausgeber: Societe d'Editions Scientifiques

Posters

Autoren: Jasilionis A, Akutsu M, Håkansson M, Wang L, Welin M, Kovačič R, Liu Y, Watzlawick H, Ævarsson A, Prangishvili D, Altenbuchner J, Al-Karadaghi S, Nordberg Karlsson E.
Veröffentlicht in: FEBS Open Bio, Ausgabe 9/S1, 2019, Seite(n) 65-431, ISSN 2211-5463
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/2211-5463.12675