Bioinformatics and Information Retrieval Data Structures Analysis and Design

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Integration report

Integration report.

Final report of WP4

Final report of WP4, including a survey on the literature previous to this project, advances done and source code of new algorithms and data structures designed during the lifetime of the project for network analysis.

Quality management plan
Benchmark and test report

Benchmark and test report.

Kick-Off Meeting documentation
Final report of WP6

Final dissemination report including all demonstration activities, publications, reports on workshops and summer schools, teaching material, brochures, etc., involved in this working package

Final report of WP2

Final report of WP2, including a survey on the literature previous to this project, advances done and source code of new algorithms and data structures designed during the lifetime of the project for sequence analysis.

Final report of WP3

Final report of WP3, including a survey on the literature previous to this project, advances done and source code of new algorithms and data structures designed during the lifetime of the project for compression and indexing repetitive data.

Prototypes WP5

Prototypes of integrated research.

Publications

Run Compressed Rank/Select for Large Alphabets

Auteurs: Jose Fuentes-Sepulveda, Juha Karkkainen, Dmitry Kosolobov, Simon Puglisi
Publié dans: 2018 Data Compression Conference, 2018, Page(s) 315-324, ISBN 978-1-5386-4883-4
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2018.00040

Exploiting Computation-Friendly Graph Compression Methods for Adjacency-Matrix Multiplication

Auteurs: Alexandre Francisco, Travis Gagie, Susana Ladra, Gonzalo Navarro
Publié dans: 2018 Data Compression Conference, 2018, Page(s) 307-314, ISBN 978-1-5386-4883-4
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2018.00039

Navigational Rule Derivation: an Algorithm to Determine the Effect of Traffic Signs on Road Networks

Auteurs: Daniil Galaktionov, Miguel R. Luaces, Ángeles S. Places
Publié dans: Proceeding of the 20th Pacific Asia Conference on Information Systems, Numéro PACIS 2016, 2016, Page(s) Paper 94, ISBN 9789-860491029
Éditeur: Association for Information Systems. AIS Electronic Library (AISeL)

A New Method to Index and Store Spatio-Temporal Data

Auteurs: Guillermo de Bernardo, Ramón Casares, Adrián Gómez-Brandón, José R. Paramá
Publié dans: Proceeding of the 20th Pacific Asia Conference on Information Systems, Numéro PACIS 2016, 2016, Page(s) Paper 93, ISBN 9789-860491029
Éditeur: Association for Information Systems. AIS Electronic Library (AISeL)

Two-Dimensional Block Trees

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Travis Gagie, Adrian Gomez-Brandon, Gonzalo Navarro
Publié dans: 2018 Data Compression Conference, 2018, Page(s) 227-236, ISBN 978-1-5386-4883-4
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2018.00031

Compact Representations of Event Sequences

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Guillermo de Bernardo, Gonzalo Navarro, Tirso V. Rodeiro, Diego Seco
Publié dans: 2018 Data Compression Conference, 2018, Page(s) 237-246, ISBN 978-1-5386-4883-4
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2018.00032

About BIRDS project (Bioinformatics and Information Retrieval Data Structures Analysis and Design)

Auteurs: Guillermo de Bernardo, Susana Ladra
Publié dans: Proceedings of the 5th Spanish Conference on Information Retrieval - CERI '18, 2018, Page(s) 1-4, ISBN 9781-450365437
Éditeur: ACM Press
DOI: 10.1145/3230599.3230602

Non-Overlapping Indexing - Cache Obliviously

Auteurs: Sahar Hooshmand, Paniz Abedin, M. Oguzhan Külekci, Sharma V. Thankachan
Publié dans: Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2018), 2018, Page(s) 8:1--8:9, ISBN 978-3-95977-074-3
Éditeur: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2018.8

Integrating the common variability language with multilanguage annotations for web engineering

Auteurs: Jose-Miguel Horcas, Alejandro Cortiñas, Lidia Fuentes, Miguel R. Luaces
Publié dans: Proceeedings of the 22nd International Conference on Systems and Software Product Line - SPLC '18, 2018, Page(s) 196-207, ISBN 9781-450364645
Éditeur: ACM Press
DOI: 10.1145/3233027.3233049

On the Hardness and Inapproximability of Recognizing Wheeler Graphs

Auteurs: Daniel Gibney, Sharma V. Thankachan
Publié dans: 27th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2019), 2019, Page(s) 51:1--51:16
Éditeur: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2019.51

Parallel Optimization of Fiber Bundle Segmentation for Massive Tractography Datasets

Auteurs: Andrea Vazquez, Narciso Lopez-Lopez, Nicole Labra, Miguel Figueroa, Cyril Poupon, Jean-Francois Mangin, Cecilia Hernandez, Pamela Guevara
Publié dans: 2019 IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI 2019), 2019, Page(s) 178-181, ISBN 978-1-5386-3641-1
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/isbi.2019.8759208

Simulating the DNA Overlap Graph in Succinct Space

Auteurs: Diego Díaz-Domínguez, Travis Gagie, Gonzalo Navarro
Publié dans: 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019), 2019, Page(s) 26:1--26:20
Éditeur: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2019.26

A Compact Representation of Raster Time Series

Auteurs: Nataly Cruces, Diego Seco, Gilberto Guiterrez
Publié dans: 2019 Data Compression Conference (DCC), 2019, Page(s) 103-111, ISBN 978-1-7281-0657-1
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2019.00018

Dv2v: A Dynamic Variable-to-Variable Compressor

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Antonio Farina, Adrian Gomez-Brandon, Gonzalo Navarro, Tirso V. Rodeiro
Publié dans: 2019 Data Compression Conference (DCC), 2019, Page(s) 83-92, ISBN 978-1-7281-0657-1
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2019.00016

Tunneling on Wheeler Graphs

Auteurs: Jarno Alanko, Travis Gagie, Gonzalo Navarro, Louisa Seelbach Benkner
Publié dans: 2019 Data Compression Conference (DCC), 2019, Page(s) 122-131, ISBN 978-1-7281-0657-1
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2019.00020

Improved Compressed String Dictionaries

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Ana Cerdeira-Pena, Guillermo de Bernardo, Gonzalo Navarro
Publié dans: Proceedings of the 28th ACM International Conference on Information and Knowledge Management - CIKM '19, 2019, Page(s) 29-38, ISBN 9781-450369763
Éditeur: ACM Press
DOI: 10.1145/3357384.3357972

Order-Preserving Pattern Matching Indeterminate Strings

Auteurs: Rui Henriques, Alexandre P. Francisco, Luís M. S. Russo, Hideo Bannai
Publié dans: Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2018), Numéro 2:1--2:15, 2018
Éditeur: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2018.2

Cortical surface parcellation based on intra-subject white matter fiber clustering

Auteurs: Narciso Lopez-Lopez, Andrea Vazquez, Cyril Poupon, Jean-Francois Mangin, Pamela Guevara
Publié dans: 2019 IEEE CHILEAN Conference on Electrical, Electronics Engineering, Information and Communication Technologies (CHILECON), 2019, Page(s) 1-6, ISBN 978-1-7281-3185-6
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/chilecon47746.2019.8988066

Bitvectors with runs and the successor/predecessor problem

Auteurs: Adrián Gómez-Brandón
Publié dans: 2020 Data Compression Conference, 2020
Éditeur: IEEE

Revisiting compact RDF stores based on k2-trees

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Ana Cerdeira-Pena, Guillermo de Bernardo, Antonio Fariña
Publié dans: 2020 Data Compression Conference, 2020
Éditeur: IEEE

On dynamic succinct graph representations

Auteurs: Miguel E. Coimbra, Alexandre P. Francisco, Luís M. S. Russo, Guillermo de Bernardo, Susana Ladra, Gonzalo Navarro
Publié dans: 2020 Data Compression Conference, 2020
Éditeur: IEEE

Semantrix: A Compressed Semantic Matrix

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Antonio Fariña, Gonzalo Navarro, Tirso V. Rodeiro
Publié dans: 2020 Data Compression Conference, 2020
Éditeur: IEEE

Approximating Optimal Bidirectional Macro Schemes

Auteurs: Luís M. S. Russo, Ana D. Correia, Gonzalo Navarro, Alexandre P. Francisco
Publié dans: 2020 Data Compression Conference, 2020
Éditeur: IEEE

Pivot Selection for Median String Problem

Auteurs: Pedro Mirabal, Jose Abreu, Oscar Pedreira
Publié dans: 2019 38th International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC), 2019, Page(s) 1-5, ISBN 978-1-7281-5613-2
Éditeur: IEEE
DOI: 10.1109/sccc49216.2019.8966441

Efficient Compression and Indexing of Trajectories

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Travis Gagie, Adrián Gómez-Brandón, Gonzalo Navarro, José R. Paramá
Publié dans: Procs. of 24th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Numéro SPIRE 2017, 2017, Page(s) 103-115, ISBN 978-3-319-67427-8
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-67428-5_10

Fast and Compact Planar Embeddings

Auteurs: Leo Ferres, José Fuentes, Travis Gagie, Meng He, Gonzalo Navarro
Publié dans: Algorithms and Data Structures Symposium, Numéro WADS 2017, 2017, Page(s) 385-396, ISBN 978-3-319-62126-5
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-62127-2_33

Optimal Omnitig Listing for Safe and Complete Contig Assembly

Auteurs: Massimo Cairo, Paul Medvedev, Nidia Obscura Acosta, Romeo Rizzi, Alexandru Tomescu
Publié dans: Procs. 28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Numéro CPM 2017, 2017, Page(s) 29:1--29:12, ISBN 978-3-95977-039-2
Éditeur: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/LIPIcs.CPM.2017.29

Parallel construction of wavelet trees on multicore architectures

Auteurs: José Fuentes-Sepúlveda, Erick Elejalde, Leo Ferres, Diego Seco
Publié dans: Knowledge and Information Systems, 2016, ISSN 0219-1377
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10115-016-1000-6

Aggregated 2D range queries on clustered points

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Guillermo De Bernardo, Roberto Konow, Gonzalo Navarro, Diego Seco
Publié dans: Information Systems, Numéro 60, 2016, Page(s) 34-49, ISSN 0306-4379
Éditeur: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2016.03.004

Universal indexes for highly repetitive document collections

Auteurs: Francisco Claude, Antonio Fariña, Miguel A. Martínez-Prieto, Gonzalo Navarro
Publié dans: Information Systems, Numéro 61, 2016, Page(s) 1-23, ISSN 0306-4379
Éditeur: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2016.04.002

Linking and Cutting Spanning Trees

Auteurs: Luís M. S. Russo, Andreia Teixeira, Alexandre Francisco
Publié dans: Algorithms, Numéro 11/4, 2018, Page(s) 53, ISSN 1999-4893
Éditeur: MDPI Open Access Publishing
DOI: 10.3390/a11040053

A compact representation for trips over networks built on self-indexes

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Antonio Fariña, Daniil Galaktionov, M. Andrea Rodriguez
Publié dans: Information Systems, Numéro 78, 2018, Page(s) 1-22, ISSN 0306-4379
Éditeur: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2018.06.010

Using Compressed Suffix-Arrays for a compact representation of temporal-graphs

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Diego Caro, Antonio Fariña, M. Andrea Rodriguez
Publié dans: Information Sciences, Numéro 465, 2018, Page(s) 459-483, ISSN 0020-0255
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ins.2018.07.023

Design of Mutation Operators for Testing Geographic Information Systems

Auteurs: Suilen H. Alvarado
Publié dans: Proceedings, Numéro 21/1, 2019, Page(s) 43, ISSN 2504-3900
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/proceedings2019021043

Cell cycle and protein complex dynamics in discovering signaling pathways

Auteurs: Daniel Inostroza, Cecilia Hernández, Diego Seco, Gonzalo Navarro, Alvaro Olivera-Nappa
Publié dans: Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Numéro 17/03, 2019, Page(s) 1950011, ISSN 0219-7200
Éditeur: Imperial College Press
DOI: 10.1142/s0219720019500112

A study on splay trees

Auteurs: Luís M.S. Russo
Publié dans: Theoretical Computer Science, Numéro 776, 2019, Page(s) 1-18, ISSN 0304-3975
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2018.12.020

On the reproducibility of experiments of indexing repetitive document collections

Auteurs: Antonio Fariña, Miguel A. Martínez-Prieto, Francisco Claude, Gonzalo Navarro, Juan J. Lastra-Díaz, Nicola Prezza, Diego Seco
Publié dans: Information Systems, Numéro 83, 2019, Page(s) 181-194, ISSN 0306-4379
Éditeur: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2019.03.007

GraCT: A Grammar-based Compressed Index for Trajectory Data

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Adrián Gómez-Brandón, Gonzalo Navarro, José R. Paramá
Publié dans: Information Sciences, Numéro 483, 2019, Page(s) 106-135, ISSN 0020-0255
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ins.2019.01.035

Compact and efficient representation of general graph databases

Auteurs: Sandra Álvarez-García, Borja Freire, Susana Ladra, Óscar Pedreira
Publié dans: Knowledge and Information Systems, Numéro 60/3, 2019, Page(s) 1479-1510, ISSN 0219-1377
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10115-018-1275-x

Energy Consumption in Compact Integer Vectors: A Study Case

Auteurs: Jose Fuentes-Sepulveda, Susana Ladra
Publié dans: IEEE Access, Numéro 7, 2019, Page(s) 155625-155636, ISSN 2169-3536
Éditeur: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/ACCESS.2019.2949655

Assessing the best edit in perturbation-based iterative refinement algorithms to compute the median string

Auteurs: P. Mirabal, J. Abreu, D. Seco
Publié dans: Pattern Recognition Letters, Numéro 120, 2019, Page(s) 104-111, ISSN 0167-8655
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.patrec.2019.02.004

Efficient processing of raster and vector data

Auteurs: Fernando Silva-Coira, José R. Paramá, Susana Ladra, Juan R. López, Gilberto Gutiérrez
Publié dans: PLOS ONE, Numéro 15/1, 2020, Page(s) e0226943, ISSN 1932-6203
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0226943

Document retrieval on repetitive string collections

Auteurs: Travis Gagie, Aleksi Hartikainen, Kalle Karhu, Juha Kärkkäinen, Gonzalo Navarro, Simon J. Puglisi, Jouni Sirén
Publié dans: Information Retrieval Journal, Numéro 20/3, 2017, Page(s) 253-291, ISSN 1386-4564
Éditeur: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10791-017-9297-7

A succinct data structure for self-indexing ternary relations

Auteurs: Sandra Alvarez-Garcia, Guillermo de Bernardo, Nieves R. Brisaboa, Gonzalo Navarro
Publié dans: Journal of Discrete Algorithms, Numéro 43, 2017, Page(s) 38-53, ISSN 1570-8667
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jda.2016.10.002

Grammar compressed sequences with rank/select support

Auteurs: Alberto Ordóñez, Gonzalo Navarro, Nieves R. Brisaboa
Publié dans: Journal of Discrete Algorithms, Numéro 43, 2017, Page(s) 54-71, ISSN 1570-8667
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jda.2016.10.001

Compressed representation of dynamic binary relations with applications

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Ana Cerdeira-Pena, Guillermo de Bernardo, Gonzalo Navarro
Publié dans: Information Systems, Numéro 69, 2017, Page(s) 106-123, ISSN 0306-4379
Éditeur: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2017.05.003

Compact Trip Representation over Networks

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Antonio Fariña, Daniil Galaktionov, M. Andrea Rodríguez
Publié dans: String Processing and Information Retrieval, 2016, Page(s) 240-253, ISBN 978-3-319-46049-9
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-46049-9_23

Efficient Representation of Multidimensional Data over Hierarchical Domains

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Ana Cerdeira-Pena, Narciso López-López, Gonzalo Navarro, Miguel R. Penabad, Fernando Silva-Coira
Publié dans: String Processing and Information Retrieval, 2016, Page(s) 191-203, ISBN 978-3-319-46049-9
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-46049-9_19

GraCT: A Grammar Based Compressed Representation of Trajectories

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Adrián Gómez-Brandón, Gonzalo Navarro, José R. Paramá
Publié dans: String Processing and Information Retrieval, 2016, Page(s) 218-230, ISBN 978-3-319-46049-9
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-46049-9_21

Efficient and Compact Representations of Some Non-canonical Prefix-Free Codes

Auteurs: Antonio Fariña, Travis Gagie, Giovanni Manzini, Gonzalo Navarro, Alberto Ordóñez
Publié dans: String Processing and Information Retrieval, 2016, Page(s) 50-60, ISBN 978-3-319-46049-9
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-46049-9_5

A Case Study on Visualizing Large Spatial Datasets in a Web-Based Map Viewer

Auteurs: Alejandro Cortiñas, Miguel R. Luaces, Tirso V. Rodeiro
Publié dans: Web Engineering, Numéro 10845, 2018, Page(s) 296-303, ISBN 978-3-319-91661-3
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-91662-0_23

Faster and Smaller Two-Level Index for Network-Based Trajectories

Auteurs: Rodrigo Rivera, M. Andrea Rodríguez, Diego Seco
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 25th International Symposium, SPIRE 2018, Lima, Peru, October 9-11, 2018, Proceedings, Numéro 11147, 2018, Page(s) 348-362, ISBN 978-3-030-00478-1
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00479-8_28

Towards a Compact Representation of Temporal Rasters

Auteurs: Ana Cerdeira-Pena, Guillermo de Bernardo, Antonio Fariña, José Ramón Paramá, Fernando Silva-Coira
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 25th International Symposium, SPIRE 2018, Lima, Peru, October 9-11, 2018, Proceedings, Numéro 11147, 2018, Page(s) 117-130, ISBN 978-3-030-00478-1
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00479-8_10

3DGraCT: A Grammar-Based Compressed Representation of 3D Trajectories

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Adrián Gómez-Brandón, Miguel A. Martínez-Prieto, José Ramón Paramá
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 25th International Symposium, SPIRE 2018, Lima, Peru, October 9-11, 2018, Proceedings, Numéro 11147, 2018, Page(s) 102-116, ISBN 978-3-030-00478-1
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00479-8_9

New Structures to Solve Aggregated Queries for Trips over Public Transportation Networks

Auteurs: Nieves R. Brisaboa, Antonio Fariña, Daniil Galaktionov, Tirso V. Rodeiro, M. Andrea Rodríguez
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 25th International Symposium, SPIRE 2018, Lima, Peru, October 9-11, 2018, Proceedings, Numéro 11147, 2018, Page(s) 88-101, ISBN 978-3-030-00478-1
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00479-8_8

Faster Dynamic Compressed d-ary Relations

Auteurs: Diego Arroyuelo, Guillermo de Bernardo, Travis Gagie, Gonzalo Navarro
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Numéro 11811, 2019, Page(s) 419-433, ISBN 978-3-030-32685-2
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_30

Space- and Time-Efficient Storage of LiDAR Point Clouds

Auteurs: Susana Ladra, Miguel R. Luaces, José R. Paramá, Fernando Silva-Coira
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Numéro 11811, 2019, Page(s) 513-527, ISBN 978-3-030-32685-2
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_36

Implementing the Topological Model Succinctly

Auteurs: José Fuentes-Sepúlveda, Gonzalo Navarro, Diego Seco
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Numéro 11811, 2019, Page(s) 499-512, ISBN 978-3-030-32685-2
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_35

An Index for Sequencing Reads Based on the Colored de Bruijn Graph

Auteurs: Diego Díaz-Domínguez
Publié dans: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Numéro 11811, 2019, Page(s) 304-321, ISBN 978-3-030-32685-2
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_22

Fast Indexes for Gapped Pattern Matching

Auteurs: Manuel Cáceres, Simon J. Puglisi, Bella Zhukova
Publié dans: SOFSEM 2020: Theory and Practice of Computer Science - 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics, SOFSEM 2020, Limassol, Cyprus, January 20–24, 2020, Proceedings, Numéro 12011, 2020, Page(s) 493-504, ISBN 978-3-030-38918-5
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-38919-2_40

An Experiment in Learning the Language of Sequence Motifs: Sequence Logos vs. Finite-State Machines

Auteurs: Gagie, Travis; Kempa, Dominik; Salmela, Leena; Sverdlov, Sophie; Toivonen, Jarkko; Ukkonen, Esko; Francisco, Alexandre
Publié dans: Numéro 14, 2017
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/143024

Lempel-Ziv-like Parsing in Small Space

Auteurs: Valenzuela, Daniel; Kosolobov, Dmitry; Navarro, Gonzalo; Puglisi, Simon J.
Publié dans: 2019
Éditeur: arxiv

Assembling Omnitigs using Hidden-Order de Bruijn Graphs

Auteurs: Díaz-Domínguez, Diego; Belazzougui, Djamal; Gagie, Travis; Mäkinen, Veli; Navarro, Gonzalo; Puglisi, Simon J.
Publié dans: 2019
Éditeur: arxiv

Compressed data structures for trajectory representation

Auteurs: Daniil Galaktionov
Publié dans: 2020
Éditeur: Universidade da Coruña

Compact data structures for large and complex datasets

Auteurs: Fernando Silva-Coira
Publié dans: 2017
Éditeur: University of A Coruña

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