Bioinformatics and Information Retrieval Data Structures Analysis and Design

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

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Leistungen

Integration report

Integration report.

Final report of WP4

Final report of WP4, including a survey on the literature previous to this project, advances done and source code of new algorithms and data structures designed during the lifetime of the project for network analysis.

Quality management plan
Benchmark and test report

Benchmark and test report.

Kick-Off Meeting documentation
Final report of WP6

Final dissemination report including all demonstration activities, publications, reports on workshops and summer schools, teaching material, brochures, etc., involved in this working package

Final report of WP2

Final report of WP2, including a survey on the literature previous to this project, advances done and source code of new algorithms and data structures designed during the lifetime of the project for sequence analysis.

Final report of WP3

Final report of WP3, including a survey on the literature previous to this project, advances done and source code of new algorithms and data structures designed during the lifetime of the project for compression and indexing repetitive data.

Prototypes WP5

Prototypes of integrated research.

Veröffentlichungen

Run Compressed Rank/Select for Large Alphabets

Autoren: Jose Fuentes-Sepulveda, Juha Karkkainen, Dmitry Kosolobov, Simon Puglisi
Veröffentlicht in: 2018 Data Compression Conference, 2018, Seite(n) 315-324, ISBN 978-1-5386-4883-4
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2018.00040

Exploiting Computation-Friendly Graph Compression Methods for Adjacency-Matrix Multiplication

Autoren: Alexandre Francisco, Travis Gagie, Susana Ladra, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: 2018 Data Compression Conference, 2018, Seite(n) 307-314, ISBN 978-1-5386-4883-4
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2018.00039

Navigational Rule Derivation: an Algorithm to Determine the Effect of Traffic Signs on Road Networks

Autoren: Daniil Galaktionov, Miguel R. Luaces, Ángeles S. Places
Veröffentlicht in: Proceeding of the 20th Pacific Asia Conference on Information Systems, Ausgabe PACIS 2016, 2016, Seite(n) Paper 94, ISBN 9789-860491029
Herausgeber: Association for Information Systems. AIS Electronic Library (AISeL)

A New Method to Index and Store Spatio-Temporal Data

Autoren: Guillermo de Bernardo, Ramón Casares, Adrián Gómez-Brandón, José R. Paramá
Veröffentlicht in: Proceeding of the 20th Pacific Asia Conference on Information Systems, Ausgabe PACIS 2016, 2016, Seite(n) Paper 93, ISBN 9789-860491029
Herausgeber: Association for Information Systems. AIS Electronic Library (AISeL)

Two-Dimensional Block Trees

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Travis Gagie, Adrian Gomez-Brandon, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: 2018 Data Compression Conference, 2018, Seite(n) 227-236, ISBN 978-1-5386-4883-4
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2018.00031

Compact Representations of Event Sequences

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Guillermo de Bernardo, Gonzalo Navarro, Tirso V. Rodeiro, Diego Seco
Veröffentlicht in: 2018 Data Compression Conference, 2018, Seite(n) 237-246, ISBN 978-1-5386-4883-4
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2018.00032

About BIRDS project (Bioinformatics and Information Retrieval Data Structures Analysis and Design)

Autoren: Guillermo de Bernardo, Susana Ladra
Veröffentlicht in: Proceedings of the 5th Spanish Conference on Information Retrieval - CERI '18, 2018, Seite(n) 1-4, ISBN 9781-450365437
Herausgeber: ACM Press
DOI: 10.1145/3230599.3230602

Non-Overlapping Indexing - Cache Obliviously

Autoren: Sahar Hooshmand, Paniz Abedin, M. Oguzhan Külekci, Sharma V. Thankachan
Veröffentlicht in: Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2018), 2018, Seite(n) 8:1--8:9, ISBN 978-3-95977-074-3
Herausgeber: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2018.8

Integrating the common variability language with multilanguage annotations for web engineering

Autoren: Jose-Miguel Horcas, Alejandro Cortiñas, Lidia Fuentes, Miguel R. Luaces
Veröffentlicht in: Proceeedings of the 22nd International Conference on Systems and Software Product Line - SPLC '18, 2018, Seite(n) 196-207, ISBN 9781-450364645
Herausgeber: ACM Press
DOI: 10.1145/3233027.3233049

On the Hardness and Inapproximability of Recognizing Wheeler Graphs

Autoren: Daniel Gibney, Sharma V. Thankachan
Veröffentlicht in: 27th Annual European Symposium on Algorithms (ESA 2019), 2019, Seite(n) 51:1--51:16
Herausgeber: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.esa.2019.51

Parallel Optimization of Fiber Bundle Segmentation for Massive Tractography Datasets

Autoren: Andrea Vazquez, Narciso Lopez-Lopez, Nicole Labra, Miguel Figueroa, Cyril Poupon, Jean-Francois Mangin, Cecilia Hernandez, Pamela Guevara
Veröffentlicht in: 2019 IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI 2019), 2019, Seite(n) 178-181, ISBN 978-1-5386-3641-1
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/isbi.2019.8759208

Simulating the DNA Overlap Graph in Succinct Space

Autoren: Diego Díaz-Domínguez, Travis Gagie, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019), 2019, Seite(n) 26:1--26:20
Herausgeber: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2019.26

A Compact Representation of Raster Time Series

Autoren: Nataly Cruces, Diego Seco, Gilberto Guiterrez
Veröffentlicht in: 2019 Data Compression Conference (DCC), 2019, Seite(n) 103-111, ISBN 978-1-7281-0657-1
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2019.00018

Dv2v: A Dynamic Variable-to-Variable Compressor

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Antonio Farina, Adrian Gomez-Brandon, Gonzalo Navarro, Tirso V. Rodeiro
Veröffentlicht in: 2019 Data Compression Conference (DCC), 2019, Seite(n) 83-92, ISBN 978-1-7281-0657-1
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2019.00016

Tunneling on Wheeler Graphs

Autoren: Jarno Alanko, Travis Gagie, Gonzalo Navarro, Louisa Seelbach Benkner
Veröffentlicht in: 2019 Data Compression Conference (DCC), 2019, Seite(n) 122-131, ISBN 978-1-7281-0657-1
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/dcc.2019.00020

Improved Compressed String Dictionaries

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Ana Cerdeira-Pena, Guillermo de Bernardo, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: Proceedings of the 28th ACM International Conference on Information and Knowledge Management - CIKM '19, 2019, Seite(n) 29-38, ISBN 9781-450369763
Herausgeber: ACM Press
DOI: 10.1145/3357384.3357972

Order-Preserving Pattern Matching Indeterminate Strings

Autoren: Rui Henriques, Alexandre P. Francisco, Luís M. S. Russo, Hideo Bannai
Veröffentlicht in: Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2018), Ausgabe 2:1--2:15, 2018
Herausgeber: Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/lipics.cpm.2018.2

Cortical surface parcellation based on intra-subject white matter fiber clustering

Autoren: Narciso Lopez-Lopez, Andrea Vazquez, Cyril Poupon, Jean-Francois Mangin, Pamela Guevara
Veröffentlicht in: 2019 IEEE CHILEAN Conference on Electrical, Electronics Engineering, Information and Communication Technologies (CHILECON), 2019, Seite(n) 1-6, ISBN 978-1-7281-3185-6
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/chilecon47746.2019.8988066

Bitvectors with runs and the successor/predecessor problem

Autoren: Adrián Gómez-Brandón
Veröffentlicht in: 2020 Data Compression Conference, 2020
Herausgeber: IEEE

Revisiting compact RDF stores based on k2-trees

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Ana Cerdeira-Pena, Guillermo de Bernardo, Antonio Fariña
Veröffentlicht in: 2020 Data Compression Conference, 2020
Herausgeber: IEEE

On dynamic succinct graph representations

Autoren: Miguel E. Coimbra, Alexandre P. Francisco, Luís M. S. Russo, Guillermo de Bernardo, Susana Ladra, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: 2020 Data Compression Conference, 2020
Herausgeber: IEEE

Semantrix: A Compressed Semantic Matrix

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Antonio Fariña, Gonzalo Navarro, Tirso V. Rodeiro
Veröffentlicht in: 2020 Data Compression Conference, 2020
Herausgeber: IEEE

Approximating Optimal Bidirectional Macro Schemes

Autoren: Luís M. S. Russo, Ana D. Correia, Gonzalo Navarro, Alexandre P. Francisco
Veröffentlicht in: 2020 Data Compression Conference, 2020
Herausgeber: IEEE

Pivot Selection for Median String Problem

Autoren: Pedro Mirabal, Jose Abreu, Oscar Pedreira
Veröffentlicht in: 2019 38th International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC), 2019, Seite(n) 1-5, ISBN 978-1-7281-5613-2
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/sccc49216.2019.8966441

Efficient Compression and Indexing of Trajectories

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Travis Gagie, Adrián Gómez-Brandón, Gonzalo Navarro, José R. Paramá
Veröffentlicht in: Procs. of 24th International Symposium on String Processing and Information Retrieval, Ausgabe SPIRE 2017, 2017, Seite(n) 103-115, ISBN 978-3-319-67427-8
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-67428-5_10

Fast and Compact Planar Embeddings

Autoren: Leo Ferres, José Fuentes, Travis Gagie, Meng He, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: Algorithms and Data Structures Symposium, Ausgabe WADS 2017, 2017, Seite(n) 385-396, ISBN 978-3-319-62126-5
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-62127-2_33

Optimal Omnitig Listing for Safe and Complete Contig Assembly

Autoren: Massimo Cairo, Paul Medvedev, Nidia Obscura Acosta, Romeo Rizzi, Alexandru Tomescu
Veröffentlicht in: Procs. 28th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, Ausgabe CPM 2017, 2017, Seite(n) 29:1--29:12, ISBN 978-3-95977-039-2
Herausgeber: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum fuer Informatik
DOI: 10.4230/LIPIcs.CPM.2017.29

Parallel construction of wavelet trees on multicore architectures

Autoren: José Fuentes-Sepúlveda, Erick Elejalde, Leo Ferres, Diego Seco
Veröffentlicht in: Knowledge and Information Systems, 2016, ISSN 0219-1377
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10115-016-1000-6

Aggregated 2D range queries on clustered points

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Guillermo De Bernardo, Roberto Konow, Gonzalo Navarro, Diego Seco
Veröffentlicht in: Information Systems, Ausgabe 60, 2016, Seite(n) 34-49, ISSN 0306-4379
Herausgeber: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2016.03.004

Universal indexes for highly repetitive document collections

Autoren: Francisco Claude, Antonio Fariña, Miguel A. Martínez-Prieto, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: Information Systems, Ausgabe 61, 2016, Seite(n) 1-23, ISSN 0306-4379
Herausgeber: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2016.04.002

Linking and Cutting Spanning Trees

Autoren: Luís M. S. Russo, Andreia Teixeira, Alexandre Francisco
Veröffentlicht in: Algorithms, Ausgabe 11/4, 2018, Seite(n) 53, ISSN 1999-4893
Herausgeber: MDPI Open Access Publishing
DOI: 10.3390/a11040053

A compact representation for trips over networks built on self-indexes

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Antonio Fariña, Daniil Galaktionov, M. Andrea Rodriguez
Veröffentlicht in: Information Systems, Ausgabe 78, 2018, Seite(n) 1-22, ISSN 0306-4379
Herausgeber: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2018.06.010

Using Compressed Suffix-Arrays for a compact representation of temporal-graphs

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Diego Caro, Antonio Fariña, M. Andrea Rodriguez
Veröffentlicht in: Information Sciences, Ausgabe 465, 2018, Seite(n) 459-483, ISSN 0020-0255
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ins.2018.07.023

Design of Mutation Operators for Testing Geographic Information Systems

Autoren: Suilen H. Alvarado
Veröffentlicht in: Proceedings, Ausgabe 21/1, 2019, Seite(n) 43, ISSN 2504-3900
Herausgeber: MDPI
DOI: 10.3390/proceedings2019021043

Cell cycle and protein complex dynamics in discovering signaling pathways

Autoren: Daniel Inostroza, Cecilia Hernández, Diego Seco, Gonzalo Navarro, Alvaro Olivera-Nappa
Veröffentlicht in: Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Ausgabe 17/03, 2019, Seite(n) 1950011, ISSN 0219-7200
Herausgeber: Imperial College Press
DOI: 10.1142/s0219720019500112

A study on splay trees

Autoren: Luís M.S. Russo
Veröffentlicht in: Theoretical Computer Science, Ausgabe 776, 2019, Seite(n) 1-18, ISSN 0304-3975
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tcs.2018.12.020

On the reproducibility of experiments of indexing repetitive document collections

Autoren: Antonio Fariña, Miguel A. Martínez-Prieto, Francisco Claude, Gonzalo Navarro, Juan J. Lastra-Díaz, Nicola Prezza, Diego Seco
Veröffentlicht in: Information Systems, Ausgabe 83, 2019, Seite(n) 181-194, ISSN 0306-4379
Herausgeber: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2019.03.007

GraCT: A Grammar-based Compressed Index for Trajectory Data

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Adrián Gómez-Brandón, Gonzalo Navarro, José R. Paramá
Veröffentlicht in: Information Sciences, Ausgabe 483, 2019, Seite(n) 106-135, ISSN 0020-0255
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ins.2019.01.035

Compact and efficient representation of general graph databases

Autoren: Sandra Álvarez-García, Borja Freire, Susana Ladra, Óscar Pedreira
Veröffentlicht in: Knowledge and Information Systems, Ausgabe 60/3, 2019, Seite(n) 1479-1510, ISSN 0219-1377
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s10115-018-1275-x

Energy Consumption in Compact Integer Vectors: A Study Case

Autoren: Jose Fuentes-Sepulveda, Susana Ladra
Veröffentlicht in: IEEE Access, Ausgabe 7, 2019, Seite(n) 155625-155636, ISSN 2169-3536
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers Inc.
DOI: 10.1109/ACCESS.2019.2949655

Assessing the best edit in perturbation-based iterative refinement algorithms to compute the median string

Autoren: P. Mirabal, J. Abreu, D. Seco
Veröffentlicht in: Pattern Recognition Letters, Ausgabe 120, 2019, Seite(n) 104-111, ISSN 0167-8655
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.patrec.2019.02.004

Efficient processing of raster and vector data

Autoren: Fernando Silva-Coira, José R. Paramá, Susana Ladra, Juan R. López, Gilberto Gutiérrez
Veröffentlicht in: PLOS ONE, Ausgabe 15/1, 2020, Seite(n) e0226943, ISSN 1932-6203
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0226943

Document retrieval on repetitive string collections

Autoren: Travis Gagie, Aleksi Hartikainen, Kalle Karhu, Juha Kärkkäinen, Gonzalo Navarro, Simon J. Puglisi, Jouni Sirén
Veröffentlicht in: Information Retrieval Journal, Ausgabe 20/3, 2017, Seite(n) 253-291, ISSN 1386-4564
Herausgeber: Kluwer Academic Publishers
DOI: 10.1007/s10791-017-9297-7

A succinct data structure for self-indexing ternary relations

Autoren: Sandra Alvarez-Garcia, Guillermo de Bernardo, Nieves R. Brisaboa, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: Journal of Discrete Algorithms, Ausgabe 43, 2017, Seite(n) 38-53, ISSN 1570-8667
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jda.2016.10.002

Grammar compressed sequences with rank/select support

Autoren: Alberto Ordóñez, Gonzalo Navarro, Nieves R. Brisaboa
Veröffentlicht in: Journal of Discrete Algorithms, Ausgabe 43, 2017, Seite(n) 54-71, ISSN 1570-8667
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jda.2016.10.001

Compressed representation of dynamic binary relations with applications

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Ana Cerdeira-Pena, Guillermo de Bernardo, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: Information Systems, Ausgabe 69, 2017, Seite(n) 106-123, ISSN 0306-4379
Herausgeber: Elsevier Science & Technology
DOI: 10.1016/j.is.2017.05.003

Compact Trip Representation over Networks

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Antonio Fariña, Daniil Galaktionov, M. Andrea Rodríguez
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval, 2016, Seite(n) 240-253, ISBN 978-3-319-46049-9
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-46049-9_23

Efficient Representation of Multidimensional Data over Hierarchical Domains

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Ana Cerdeira-Pena, Narciso López-López, Gonzalo Navarro, Miguel R. Penabad, Fernando Silva-Coira
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval, 2016, Seite(n) 191-203, ISBN 978-3-319-46049-9
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-46049-9_19

GraCT: A Grammar Based Compressed Representation of Trajectories

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Adrián Gómez-Brandón, Gonzalo Navarro, José R. Paramá
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval, 2016, Seite(n) 218-230, ISBN 978-3-319-46049-9
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-46049-9_21

Efficient and Compact Representations of Some Non-canonical Prefix-Free Codes

Autoren: Antonio Fariña, Travis Gagie, Giovanni Manzini, Gonzalo Navarro, Alberto Ordóñez
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval, 2016, Seite(n) 50-60, ISBN 978-3-319-46049-9
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-46049-9_5

A Case Study on Visualizing Large Spatial Datasets in a Web-Based Map Viewer

Autoren: Alejandro Cortiñas, Miguel R. Luaces, Tirso V. Rodeiro
Veröffentlicht in: Web Engineering, Ausgabe 10845, 2018, Seite(n) 296-303, ISBN 978-3-319-91661-3
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-91662-0_23

Faster and Smaller Two-Level Index for Network-Based Trajectories

Autoren: Rodrigo Rivera, M. Andrea Rodríguez, Diego Seco
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval - 25th International Symposium, SPIRE 2018, Lima, Peru, October 9-11, 2018, Proceedings, Ausgabe 11147, 2018, Seite(n) 348-362, ISBN 978-3-030-00478-1
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00479-8_28

Towards a Compact Representation of Temporal Rasters

Autoren: Ana Cerdeira-Pena, Guillermo de Bernardo, Antonio Fariña, José Ramón Paramá, Fernando Silva-Coira
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval - 25th International Symposium, SPIRE 2018, Lima, Peru, October 9-11, 2018, Proceedings, Ausgabe 11147, 2018, Seite(n) 117-130, ISBN 978-3-030-00478-1
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00479-8_10

3DGraCT: A Grammar-Based Compressed Representation of 3D Trajectories

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Adrián Gómez-Brandón, Miguel A. Martínez-Prieto, José Ramón Paramá
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval - 25th International Symposium, SPIRE 2018, Lima, Peru, October 9-11, 2018, Proceedings, Ausgabe 11147, 2018, Seite(n) 102-116, ISBN 978-3-030-00478-1
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00479-8_9

New Structures to Solve Aggregated Queries for Trips over Public Transportation Networks

Autoren: Nieves R. Brisaboa, Antonio Fariña, Daniil Galaktionov, Tirso V. Rodeiro, M. Andrea Rodríguez
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval - 25th International Symposium, SPIRE 2018, Lima, Peru, October 9-11, 2018, Proceedings, Ausgabe 11147, 2018, Seite(n) 88-101, ISBN 978-3-030-00478-1
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-00479-8_8

Faster Dynamic Compressed d-ary Relations

Autoren: Diego Arroyuelo, Guillermo de Bernardo, Travis Gagie, Gonzalo Navarro
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Ausgabe 11811, 2019, Seite(n) 419-433, ISBN 978-3-030-32685-2
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_30

Space- and Time-Efficient Storage of LiDAR Point Clouds

Autoren: Susana Ladra, Miguel R. Luaces, José R. Paramá, Fernando Silva-Coira
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Ausgabe 11811, 2019, Seite(n) 513-527, ISBN 978-3-030-32685-2
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_36

Implementing the Topological Model Succinctly

Autoren: José Fuentes-Sepúlveda, Gonzalo Navarro, Diego Seco
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Ausgabe 11811, 2019, Seite(n) 499-512, ISBN 978-3-030-32685-2
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_35

An Index for Sequencing Reads Based on the Colored de Bruijn Graph

Autoren: Diego Díaz-Domínguez
Veröffentlicht in: String Processing and Information Retrieval - 26th International Symposium, SPIRE 2019, Segovia, Spain, October 7–9, 2019, Proceedings, Ausgabe 11811, 2019, Seite(n) 304-321, ISBN 978-3-030-32685-2
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-32686-9_22

Fast Indexes for Gapped Pattern Matching

Autoren: Manuel Cáceres, Simon J. Puglisi, Bella Zhukova
Veröffentlicht in: SOFSEM 2020: Theory and Practice of Computer Science - 46th International Conference on Current Trends in Theory and Practice of Informatics, SOFSEM 2020, Limassol, Cyprus, January 20–24, 2020, Proceedings, Ausgabe 12011, 2020, Seite(n) 493-504, ISBN 978-3-030-38918-5
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-38919-2_40

An Experiment in Learning the Language of Sequence Motifs: Sequence Logos vs. Finite-State Machines

Autoren: Gagie, Travis; Kempa, Dominik; Salmela, Leena; Sverdlov, Sophie; Toivonen, Jarkko; Ukkonen, Esko; Francisco, Alexandre
Veröffentlicht in: Ausgabe 14, 2017
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/143024

Lempel-Ziv-like Parsing in Small Space

Autoren: Valenzuela, Daniel; Kosolobov, Dmitry; Navarro, Gonzalo; Puglisi, Simon J.
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: arxiv

Assembling Omnitigs using Hidden-Order de Bruijn Graphs

Autoren: Díaz-Domínguez, Diego; Belazzougui, Djamal; Gagie, Travis; Mäkinen, Veli; Navarro, Gonzalo; Puglisi, Simon J.
Veröffentlicht in: 2019
Herausgeber: arxiv

Compressed data structures for trajectory representation

Autoren: Daniil Galaktionov
Veröffentlicht in: 2020
Herausgeber: Universidade da Coruña

Compact data structures for large and complex datasets

Autoren: Fernando Silva-Coira
Veröffentlicht in: 2017
Herausgeber: University of A Coruña

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