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Development of an Easy-to-use Metagenomics Platform for Agricultural Science

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Current Algorithm evolution – Review/position publication (öffnet in neuem Fenster)

A report on Current Algorithm evolution will be produced

Technical reports and Platform Integration of WP4 pipelines (öffnet in neuem Fenster)
Academic Papers (öffnet in neuem Fenster)

Papers will be submitted for publication to peer reviewed journals

Academic papers & technical reports (öffnet in neuem Fenster)

Academic papers and technical reports will be published

Publications (öffnet in neuem Fenster)

Papers will be submitted for publication to peer reviewed journals and international conferences

Academic papers on changes in rumen microbial population due to chronic stress (öffnet in neuem Fenster)

Academic papers on changes in rumen microbial population due to chronic stress will be published

Academic papers and technical reports (öffnet in neuem Fenster)

Academic papers and technical reports will be produced

Technical reports and Platform Integration of WP2 results and databases (öffnet in neuem Fenster)

Technical reports and Platform Integration of WP2 results and databases will be produced

Technical reports and Platform Integration of WP3 pipelines (öffnet in neuem Fenster)
Public release of the meta-genomic analysis platform (öffnet in neuem Fenster)

A Public release of the meta-genomic analysis platform will be undertaken

Veröffentlichungen

Analysis of rumen microbial community in cattle through the integration of metagenomic and network-based approaches (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Haiying Wang, Huiru Zheng, Fiona Browne, Rainer Roehe, Richard J. Dewhurst, Felix Engel, Matthias Hemmje, Paul Walsh
Veröffentlicht in: 2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2016, Seite(n) 198-203, ISBN 978-1-5090-1611-2
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/bibm.2016.7822518

An Integrative Framework for Functional Analysis of Cattle Rumen Microbiomes (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Jyotsna Talreja Wassan, Huiru Zheng, Fiona Browne, Jenna Bowen, Paul Walsh, Rainer Roehe, Richard Dewhurst, Cintia Palu, Brian Kelly, Haiying Wang
Veröffentlicht in: 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2018, Seite(n) 1854-1860, ISBN 978-1-5386-5488-0
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/bibm.2018.8621104

A metagenomics analysis of rumen microbiome (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Paul Walsh, Cintia Palu, Brian Kelly, Brendan Lawor, Jyotsna Talreja Wassan, Huiru Zheng, Haiying Wang
Veröffentlicht in: 2017 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2017, Seite(n) 2077-2082, ISBN 978-1-5090-3050-7
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/bibm.2017.8217980

Microbial co-presence and mutual-exclusion networks in the Bovine rumen microbiome (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Haiying Wang, Huiru Zheng, Richard J. Dewhurst, Rainer Roehe
Veröffentlicht in: 2017 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2017, Seite(n) 114-119, ISBN 978-1-5090-3050-7
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/bibm.2017.8217635

Microbial abundance analysis and phylogenetic adoption in functional metagenomics (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Jyotsna Talreja Wassan, Haiying Wang, Fiona Browne, Huiru Zheng
Veröffentlicht in: 2017 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology (CIBCB), 2017, Seite(n) 1-8, ISBN 978-1-4673-8988-4
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/cibcb.2017.8058557

A network analysis of methane and feed conversion genes in the rumen microbial community (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Fiona Browne, Haiying Wang, Huiru Zheng, Rainer Roehe, Richard J. Dewhurst, Paul Walsh
Veröffentlicht in: 2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2016, Seite(n) 1477-1484, ISBN 978-1-5090-1611-2
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/bibm.2016.7822741

PAAM-ML: A novel Phylogeny and Abundance aware Machine Learning Modelling Approach for Microbiome Classification (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Jyotsna Talreja Wassan, Haiying Wang, Fiona Browne, Huiru Zheng
Veröffentlicht in: 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2018, Seite(n) 44-49, ISBN 978-1-5386-5488-0
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/bibm.2018.8621382

An Interface to Heterogeneous Data Sources Based on the Mediator/Wrapper Architecture in the Hadoop Ecosystem (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Klaus-Dieter Schmatz, Kevin Berwind, Felix Engel, Matthias L. Hemmje
Veröffentlicht in: 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2018, Seite(n) 1838-1845, ISBN 978-1-5386-5488-0
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/bibm.2018.8621111

Phylogeny-Aware Deep 1-Dimensional Convolutional Neural Network for the Classification of Metagenomes (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Timmy Manning, Jyotsna Talreja Wassan, Cintia Palu, Haiying Wang, Fiona Browne, Huiru Zheng, Brian Kelly, Paul Walsh
Veröffentlicht in: 2018 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2018, Seite(n) 1826-1831, ISBN 978-1-5386-5488-0
Herausgeber: IEEE
DOI: 10.1109/bibm.2018.8621543

A Metagenomic Content and Knowledge Management Ecosystem Platform

Autoren: Binh Vu, Yanxin Wu, Haithem Afli, Paul Mc Kevitt, Paul Walsh, Felix Engel, Michael Fuchs, Matthias Hemmje
Veröffentlicht in: 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, 2019
Herausgeber: IEEE

Automated Object Tracking for Animal Behaviour Studies

Autoren: Timmy Manning, Miguel Somarriba, Rainer Roehe, Simon Turner, Haiying Wang, Huiru Zheng, Brian Kelly, Jennifer Lynch, Paul Walsh
Veröffentlicht in: 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, 2019
Herausgeber: IEEE

A Phylogeny-aware Feature Ranking for Classification of Cattle Rumen Microbiome

Autoren: Jyotsna Talreja Wassan, Huiru Zheng, Haiying Wang, Fiona Browne, Paul Walsh, Tim Manning, Richard Dewhurst, Rainer Roehe
Veröffentlicht in: 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, 2019
Herausgeber: IEEE

A knowledge driven mutual information-based analytical framework for the identification of rumen metabolites

Autoren: Mengyuan Wang, Huiru Zheng, Haiying Wang, Richard Dewhurst, Rainer Roehe,
Veröffentlicht in: 2019 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, 2019
Herausgeber: IEEE

A Comprehensive Study on Predicting Functional Role of Metagenomes Using Machine Learning Methods (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Jyotsna Talreja Wassan, Haiying Wang, Fiona Browne, Huiru Zheng
Veröffentlicht in: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, Seite(n) 1-1, ISSN 1545-5963
Herausgeber: IEEE Computer Society
DOI: 10.1109/tcbb.2018.2858808

Improving the Inference of Co-occurrence Networks in the Bovine Rumen Microbiome (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Huiru Zheng, Haiying Wang, Richard Dewhurst, Rainer Roehe
Veröffentlicht in: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, Seite(n) 1-1, ISSN 1545-5963
Herausgeber: IEEE Computer Society
DOI: 10.1109/tcbb.2018.2879342

Integrated metagenomic analysis of the rumen microbiome of cattle reveals key biological mechanisms associated with methane traits (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Haiying Wang, Huiru Zheng, Fiona Browne, Rainer Roehe, Richard J. Dewhurst, Felix Engel, Matthias Hemmje, Xiangwu Lu, Paul Walsh
Veröffentlicht in: Methods, Ausgabe 124, 2017, Seite(n) 108-119, ISSN 1046-2023
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2017.05.029

Phy-PMRFI: Phylogeny-Aware Prediction of Metagenomic Functions Using Random Forest Feature Importance (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Jyotsna Talreja Wassan, Haiying Wang, Fiona Browne, Huiru Zheng
Veröffentlicht in: IEEE Transactions on NanoBioscience, Ausgabe 18/3, 2019, Seite(n) 273-282, ISSN 1536-1241
Herausgeber: Institute of Electrical and Electronics Engineers
DOI: 10.1109/tnb.2019.2912824

An Integrative Approach for the Functional Analysis of Metagenomic Studies (öffnet in neuem Fenster)

Autoren: Jyotsna Talreja Wassan, Haiying Wang, Fiona Browne, Paul Wash, Brain Kelly, Cintia Palu, Nina Konstantinidou, Rainer Roehe, Richard Dewhurst, Huiru Zheng
Veröffentlicht in: Intelligent Computing Theories and Application, Ausgabe 10362, 2017, Seite(n) 421-427, ISBN 978-3-319-63311-4
Herausgeber: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-319-63312-1_37

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