Obiettivo
Owing to advances in sequencing technology, we are now beginning to understand the molecular mechanisms underlying cancer development and evolution. Tumours however are heterogeneous, often containing admixed normal cells and different (sub)clones, confounding interpretation of the massive amounts of data flowing from large initiatives such as the International Cancer Genome Consortium.
To address this issue, I will develop methods that disentangle tumour bulk gene expression (RNA-Seq) and DNA methylation (Bisulphite-Seq) data to accurately reveal the states of the distinct underlying cell populations. The innovative algorithms will derive estimates of the allele-specific expression/methylation rates and tumour copy number profiles from the data and use them to separate the signal coming from the tumour from that of the normal cells. In a second step, the method leverages the wealth of available cancer ‘omics data using a recommender-system approach to complete the deconvolution. Careful validation will come from teasing apart computationally mixed pure samples as well as from ongoing and planned collaborative single-cell sequencing projects. A detailed analysis of tumour expression and DNA methylation heterogeneity on these single-cell datasets will guide further methodological advances. As an intrinsic part of the project, massive pan-cancer datasets will be deconvoluted. Drawing on the pure transcriptomes and epigenomes, I will construct a more comprehensive taxonomy of cancers, laying the basis for significant improvements in clinical prognostic prediction and personalised treatment.
This project will shift the paradigm of genomic tumour heterogeneity to include the more actionable transcriptome and epigenome. In turn this will lead to a better understanding of how (epi)genomic alterations translate into the transcriptomic (and proteomic, interactomic, …) changes driving cancer evolution.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze mediche e della salute medicina clinica oncologia
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2015
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
NW1 1AT London
Regno Unito
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.