Objetivo
Non-native conformations of proteins have recently attracted considerable attention in molecular and cell biology. Bionformatics studies of complete genomes suggested that a fairly large fraction of the proteins encoded by the DNA of different organisms ma y contain unstructured regions in the cell. Partially folded states of proteins have also been associated with misfolding diseases, such as Alzheimer's, type II diabetes and the transmissible encephalophaties.
In this research plan I propose to develop a strategy that uses experimental chemical shifts as a bias in computer simulations to determine the ensembles of structures corresponding to non-native states of proteins. Chemical shifts represent the diamagnetic screening on the atomic nuclei created by nearby electronic currents. They are relatively easy to measure experimentally by nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy and they can be translated into structural information.
The proposed method will be applied using recent experimental results about the partially folded states of alpha-lactalbumin and Staphylococcal Nuclease. A combination of experiments and simulations will be carried out in order to characterize the mechanism of folding and the free energy landscape of these proteins. It will also be possible to study of the effect of mutations on the structure of native and partially folded states of proteins. Planned applications will include a study of Bovine pancreatic trypsin inhibitor (BTPTI), the SH3 (drk) domain and Barnase.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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- ciencias naturales ciencias físicas óptica espectroscopia
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Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
FP6-2002-MOBILITY-5
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Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Coordinador
CAMBRIDGE
Reino Unido
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.