The role of three-dimensional genome architecture in antigenic variation

Informations projet

3D_Tryps

N° de convention de subvention: 715466

DOI 10.3030/715466

Projet clôturé

Date de signature de la CE 10 Février 2017

Date de début 1 Avril 2017

Date de fin 31 Mars 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 1 498 175,00

Contribution de l’UE € 1 498 175,00

Coordonné par

LUDWIG-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET MUENCHEN
Germany

Publications

Other (3)

Cell-to-Cell Heterogeneity in Trypanosomes

Auteurs: Vanessa Luzak, Lara López-Escobar, T. Nicolai Siegel, Luisa M. Figueiredo
Publié dans: Annual Review of Microbiology, Numéro 75/1, 2021, Page(s) 107-128, ISSN 0066-4227
Éditeur: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-micro-040821-012953

A phased genome assembly for allele-specific analysis in Trypanosoma brucei

Auteurs: RO Cosentino, BG Brink, TN Siegel
Publié dans: BioRxiv, 2021
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.04.13.439624

Antigenic variation by switching inter-chromosomal interactions with an RNA splicing locus in trypanosomes

Auteurs: Faria J, Luzak V, Müller LS, Brink BG, Hutchinson S, Glover L, Horn D, Siegel TN
Publié dans: BioRxiv, 2020
Éditeur: BioRxiv
DOI: 10.1101/2020.01.27.921452

Peer reviewed articles (6)

Efficient and specific oligo-based depletion of rRNA

Auteurs: Amelie J. Kraus; Amelie J. Kraus; Benedikt G. Brink; T. Nicolai Siegel; T. Nicolai Siegel
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 2, 2019, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-48692-2

Allele-specific assembly of a eukaryotic genome corrects apparent frameshifts and reveals a lack of nonsense-mediated mRNA decay

Auteurs: Raúl O Cosentino, Benedikt G Brink, T Nicolai Siegel
Publié dans: NAR Genomics and Bioinformatics, Numéro 3/3, 2021, ISSN 2631-9268
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nargab/lqab082

Genome organization and DNA accessibility control antigenic variation in trypanosomes

Auteurs: Laura S. M. Müller, Raúl O. Cosentino, Konrad U. Förstner, Julien Guizetti, Carolin Wedel, Noam Kaplan, Christian J. Janzen, Panagiota Arampatzi, Jörg Vogel, Sascha Steinbiss, Thomas D. Otto, Antoine-Emmanuel Saliba, Robert P. Sebra, T. Nicolai Siegel
Publié dans: Nature, Numéro 563/7729, 2018, Page(s) 121-125, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0619-8

Exploiting CRISPR–Cas9 technology to investigate individual histone modifications

Auteurs: Juan-José Vasquez, Carolin Wedel, Raul O Cosentino, T Nicolai Siegel
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/18, 2018, Page(s) e106-e106, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky517

Distinct roles for H4 and H2A.Z acetylation in RNA transcription in African trypanosomes

Auteurs: Amelie J. Kraus, Jens T. Vanselow, Stephanie Lamer, Benedikt G. Brink, Andreas Schlosser, T. Nicolai Siegel
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15274-0

Spatial integration of transcription and splicing in a dedicated compartment sustains monogenic antigen expression in African trypanosomes

Auteurs: Joana Faria, Vanessa Luzak, Laura S. M. Müller, Benedikt G. Brink, Sebastian Hutchinson, Lucy Glover, David Horn, T. Nicolai Siegel
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 6/3, 2021, Page(s) 289-300, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-020-00833-4