The role of three-dimensional genome architecture in antigenic variation

Informazioni relative al progetto

3D_Tryps

ID dell’accordo di sovvenzione: 715466

DOI 10.3030/715466

Progetto chiuso

Data della firma CE 10 Febbraio 2017

Data di avvio 1 Aprile 2017

Data di completamento 31 Marzo 2023

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale € 1 498 175,00

Contributo UE € 1 498 175,00

Coordinato da

LUDWIG-MAXIMILIANS-UNIVERSITAET MUENCHEN
Germany

Pubblicazioni

Other (3)

Cell-to-Cell Heterogeneity in Trypanosomes

Autori: Vanessa Luzak, Lara López-Escobar, T. Nicolai Siegel, Luisa M. Figueiredo
Pubblicato in: Annual Review of Microbiology, Numero 75/1, 2021, Pagina/e 107-128, ISSN 0066-4227
Editore: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-micro-040821-012953

A phased genome assembly for allele-specific analysis in Trypanosoma brucei

Autori: RO Cosentino, BG Brink, TN Siegel
Pubblicato in: BioRxiv, 2021
Editore: BioRxiv
DOI: 10.1101/2021.04.13.439624

Antigenic variation by switching inter-chromosomal interactions with an RNA splicing locus in trypanosomes

Autori: Faria J, Luzak V, Müller LS, Brink BG, Hutchinson S, Glover L, Horn D, Siegel TN
Pubblicato in: BioRxiv, 2020
Editore: BioRxiv
DOI: 10.1101/2020.01.27.921452

Peer reviewed articles (6)

Efficient and specific oligo-based depletion of rRNA

Autori: Amelie J. Kraus; Amelie J. Kraus; Benedikt G. Brink; T. Nicolai Siegel; T. Nicolai Siegel
Pubblicato in: Scientific Reports, Numero 2, 2019, ISSN 2045-2322
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-48692-2

Allele-specific assembly of a eukaryotic genome corrects apparent frameshifts and reveals a lack of nonsense-mediated mRNA decay

Autori: Raúl O Cosentino, Benedikt G Brink, T Nicolai Siegel
Pubblicato in: NAR Genomics and Bioinformatics, Numero 3/3, 2021, ISSN 2631-9268
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nargab/lqab082

Genome organization and DNA accessibility control antigenic variation in trypanosomes

Autori: Laura S. M. Müller, Raúl O. Cosentino, Konrad U. Förstner, Julien Guizetti, Carolin Wedel, Noam Kaplan, Christian J. Janzen, Panagiota Arampatzi, Jörg Vogel, Sascha Steinbiss, Thomas D. Otto, Antoine-Emmanuel Saliba, Robert P. Sebra, T. Nicolai Siegel
Pubblicato in: Nature, Numero 563/7729, 2018, Pagina/e 121-125, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0619-8

Exploiting CRISPR–Cas9 technology to investigate individual histone modifications

Autori: Juan-José Vasquez, Carolin Wedel, Raul O Cosentino, T Nicolai Siegel
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 46/18, 2018, Pagina/e e106-e106, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky517

Distinct roles for H4 and H2A.Z acetylation in RNA transcription in African trypanosomes

Autori: Amelie J. Kraus, Jens T. Vanselow, Stephanie Lamer, Benedikt G. Brink, Andreas Schlosser, T. Nicolai Siegel
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-15274-0

Spatial integration of transcription and splicing in a dedicated compartment sustains monogenic antigen expression in African trypanosomes

Autori: Joana Faria, Vanessa Luzak, Laura S. M. Müller, Benedikt G. Brink, Sebastian Hutchinson, Lucy Glover, David Horn, T. Nicolai Siegel
Pubblicato in: Nature Microbiology, Numero 6/3, 2021, Pagina/e 289-300, ISSN 2058-5276
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-020-00833-4