Enforced ATP wasting as a general design principle to rationally engineer microbial cell factories

Información del proyecto

StrainBooster

Identificador del acuerdo de subvención: 721176

DOI

10.3030/721176

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 20 Febrero 2017

Fecha de inicio 1 Mayo 2017

Fecha de finalización 31 Diciembre 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 998 750,00

Aportación de la UE

€ 1 998 750,00

Coordinado por

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Publicaciones

Peer reviewed articles (21)

Analyzing and Resolving Infeasibility in Flux Balance Analysis of Metabolic Networks

Autores: Steffen Klamt; Axel von Kamp
Publicado en: Metabolites, Edición 22181989, 2022, Página(s) 585, ISSN 2218-1989
Editor: MDPI
DOI: 10.3390/metabo12070585

StrainDesign: a comprehensive Python package for computational design of metabolic networks

Autores: Philipp Schneider; Pavlos Stephanos Bekiaris; Axel von Kamp; Steffen Klamt
Publicado en: Bioinformatics, Edición 13674803, 2022, Página(s) 4981–4983, ISSN 1367-4803
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac632

An extended and generalized framework for the calculation of metabolic intervention strategies based on minimal cut sets

Autores: Philipp Schneider, Axel von Kamp, Steffen Klamt
Publicado en: PLOS Computational Biology, Edición 16/7, 2020, Página(s) e1008110, ISSN 1553-7358
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008110

CNApy: a CellNetAnalyzer GUI in Python for analyzing and designing metabolic networks

Autores: Sven Thiele; Axel von Kamp; Pavlos Stephanos Bekiaris; Philipp Schneider; Steffen Klamt
Publicado en: Bioinformatics, Edición 38, 2022, Página(s) 1467-1469, ISSN 1367-4803
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab828

Automatic construction of metabolic models with enzyme constraints

Autores: Bekiaris, Pavlos Stephanos; Klamt, Steffen
Publicado en: BMC Bioinformatics, Edición 21, 2020, Página(s) 19, ISSN 1471-2105
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-019-3329-9

Speeding up the core algorithm for the dual calculation of minimal cut sets in large metabolic networks

Autores: Steffen Klamt; Radhakrishnan Mahadevan; Axel von Kamp
Publicado en: BMC Bioinformatics, Edición 21, 2020, Página(s) 510, ISSN 1471-2105
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-03837-3

Enabling anaerobic growth of Escherichia coli on glycerol in defined minimal medium using acetate as redox sink

Autores: Simon Boecker; Sebastián Espinel-Ríos; Katja Bettenbrock; Steffen Klamt
Publicado en: Metabolic Engineering, Edición 73, 2022, Página(s) 50-57, ISSN 1096-7176
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2022.05.006

Maximizing batch fermentation efficiency by constrained model‐based optimization and predictive control of adenosine triphosphate turnover

Autores: Sebastián Espinel Ríos; Katja Bettenbrock; Steffen Klamt; Rolf Findeisen
Publicado en: AIChE-Journal, Edición 68, 2022, Página(s) e17555, ISSN 1547-5905
Editor: American Institute of Chemical Engineers
DOI: 10.1002/aic.17555

Deciphering the physiological response of Escherichia coli under high ATP demand

Autores: Simon Boecker; Giulia Slaviero; Thorben Schramm; Witold Szymanski; Ralf Steuer; Hannes Link; Steffen Klamt
Publicado en: Molecular Systems Biology, Edición 17, 2021, Página(s) e10504, ISSN 1744-4292
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110504

Temperature-dependent dynamic control of the TCA cycle increases volumetric productivity of itaconic acid production by Escherichia coli

Autores: Björn-Johannes Harder, Katja Bettenbrock, Steffen Klamt
Publicado en: Biotechnology and Bioengineering, Edición 115/1, 2018, Página(s) 156-164, ISSN 0006-3592
Editor: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/bit.26446

When Do Two-Stage Processes Outperform One-Stage Processes?

Autores: Steffen Klamt, Radhakrishnan Mahadevan, Oliver Hädicke
Publicado en: Biotechnology Journal, Edición 13/2, 2018, Página(s) 1700539, ISSN 1860-6768
Editor: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201700539

Growth-coupled overproduction is feasible for almost all metabolites in five major production organisms

Autores: Axel von Kamp, Steffen Klamt
Publicado en: Nature Communications, Edición 8, 2017, Página(s) 15956, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms15956

A mathematical framework for yield ( vs. rate) optimization in constraint-based modeling and applications in metabolic engineering

Autores: Steffen Klamt, Stefan Müller, Georg Regensburger, Jürgen Zanghellini
Publicado en: Metabolic Engineering, Edición 47, 2018, Página(s) 153-169, ISSN 1096-7176
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2018.02.001

Use of CellNetAnalyzer in biotechnology and metabolic engineering

Autores: Axel von Kamp, Sven Thiele, Oliver Hädicke, Steffen Klamt
Publicado en: Journal of Biotechnology, Edición 261, 2017, Página(s) 221-228, ISSN 0168-1656
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jbiotec.2017.05.001

OptMDFpathway: Identification of metabolic pathways with maximal thermodynamic driving force and its application for analyzing the endogenous CO2 fixation potential of Escherichia coli

Autores: Oliver Hädicke, Axel von Kamp, Timur Aydogan, Steffen Klamt
Publicado en: PLOS Computational Biology, Edición 14/9, 2018, Página(s) e1006492, ISSN 1553-7358
Editor: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006492

Broadening the Scope of Enforced ATP Wasting as a Tool for Metabolic Engineering in Escherichia coli

Autores: Simon Boecker, Ahmed Zahoor, Thorben Schramm, Hannes Link, Steffen Klamt
Publicado en: Biotechnology Journal, Edición 14/9, 2019, Página(s) 1800438, ISSN 1860-6768
Editor: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201800438

Characterizing and ranking computed metabolic engineering strategies

Autores: Philipp Schneider, Steffen Klamt
Publicado en: Bioinformatics, Edición 35/17, 2019, Página(s) 3063-3072, ISSN 1367-4803
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty1065

MoVE identifies metabolic valves to switch between phenotypic states

Autores: Naveen Venayak, Axel von Kamp, Steffen Klamt, Radhakrishnan Mahadevan
Publicado en: Nature Communications, Edición 9/1, 2018, Página(s) 5332, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07719-4

Systematizing the different notions of growth-coupled product synthesis and a single framework for computing corresponding strain designs.

Autores: Philipp Schneider; Radhakrishnan Mahadevan; Steffen Klamt
Publicado en: Biotechnology Journal, Edición 16, 2021, Página(s) e2100236, ISSN 1860-7314
Editor: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/biot.202100236

Increasing ATP turnover boosts productivity of 2,3-butanediol synthesis in Escherichia coli

Autores: Simon Boecker; Björn-Johannes Harder; Regina Kutscha; Stefan Pflügl; Steffen Klamt
Publicado en: Microbial Cell Factories, Edición 20, 2021, Página(s) 63, ISSN 1475-2859
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-021-01554-x

ATPase-based implementation of enforced ATP wasting in Saccharomyces cerevisiae for improved ethanol production

Autores: Ahmed Zahoor, Katrin Messerschmidt, Simon Boecker, Steffen Klamt
Publicado en: Biotechnology for Biofuels, Edición 13/1, 2020, ISSN 1754-6834
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13068-020-01822-9