Enforced ATP wasting as a general design principle to rationally engineer microbial cell factories

Informazioni relative al progetto

StrainBooster

ID dell’accordo di sovvenzione: 721176

DOI

10.3030/721176

Progetto chiuso

Data della firma CE 20 Febbraio 2017

Data di avvio 1 Maggio 2017

Data di completamento 31 Dicembre 2022

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 998 750,00

Contributo UE

€ 1 998 750,00

Coordinato da

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (21)

Analyzing and Resolving Infeasibility in Flux Balance Analysis of Metabolic Networks

Autori: Steffen Klamt; Axel von Kamp
Pubblicato in: Metabolites, Numero 22181989, 2022, Pagina/e 585, ISSN 2218-1989
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/metabo12070585

StrainDesign: a comprehensive Python package for computational design of metabolic networks

Autori: Philipp Schneider; Pavlos Stephanos Bekiaris; Axel von Kamp; Steffen Klamt
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 13674803, 2022, Pagina/e 4981–4983, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac632

An extended and generalized framework for the calculation of metabolic intervention strategies based on minimal cut sets

Autori: Philipp Schneider, Axel von Kamp, Steffen Klamt
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, Numero 16/7, 2020, Pagina/e e1008110, ISSN 1553-7358
Editore: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008110

CNApy: a CellNetAnalyzer GUI in Python for analyzing and designing metabolic networks

Autori: Sven Thiele; Axel von Kamp; Pavlos Stephanos Bekiaris; Philipp Schneider; Steffen Klamt
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 38, 2022, Pagina/e 1467-1469, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab828

Automatic construction of metabolic models with enzyme constraints

Autori: Bekiaris, Pavlos Stephanos; Klamt, Steffen
Pubblicato in: BMC Bioinformatics, Numero 21, 2020, Pagina/e 19, ISSN 1471-2105
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-019-3329-9

Speeding up the core algorithm for the dual calculation of minimal cut sets in large metabolic networks

Autori: Steffen Klamt; Radhakrishnan Mahadevan; Axel von Kamp
Pubblicato in: BMC Bioinformatics, Numero 21, 2020, Pagina/e 510, ISSN 1471-2105
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-03837-3

Enabling anaerobic growth of Escherichia coli on glycerol in defined minimal medium using acetate as redox sink

Autori: Simon Boecker; Sebastián Espinel-Ríos; Katja Bettenbrock; Steffen Klamt
Pubblicato in: Metabolic Engineering, Numero 73, 2022, Pagina/e 50-57, ISSN 1096-7176
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2022.05.006

Maximizing batch fermentation efficiency by constrained model‐based optimization and predictive control of adenosine triphosphate turnover

Autori: Sebastián Espinel Ríos; Katja Bettenbrock; Steffen Klamt; Rolf Findeisen
Pubblicato in: AIChE-Journal, Numero 68, 2022, Pagina/e e17555, ISSN 1547-5905
Editore: American Institute of Chemical Engineers
DOI: 10.1002/aic.17555

Deciphering the physiological response of Escherichia coli under high ATP demand

Autori: Simon Boecker; Giulia Slaviero; Thorben Schramm; Witold Szymanski; Ralf Steuer; Hannes Link; Steffen Klamt
Pubblicato in: Molecular Systems Biology, Numero 17, 2021, Pagina/e e10504, ISSN 1744-4292
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110504

Temperature-dependent dynamic control of the TCA cycle increases volumetric productivity of itaconic acid production by Escherichia coli

Autori: Björn-Johannes Harder, Katja Bettenbrock, Steffen Klamt
Pubblicato in: Biotechnology and Bioengineering, Numero 115/1, 2018, Pagina/e 156-164, ISSN 0006-3592
Editore: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/bit.26446

When Do Two-Stage Processes Outperform One-Stage Processes?

Autori: Steffen Klamt, Radhakrishnan Mahadevan, Oliver Hädicke
Pubblicato in: Biotechnology Journal, Numero 13/2, 2018, Pagina/e 1700539, ISSN 1860-6768
Editore: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201700539

Growth-coupled overproduction is feasible for almost all metabolites in five major production organisms

Autori: Axel von Kamp, Steffen Klamt
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 8, 2017, Pagina/e 15956, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms15956

A mathematical framework for yield ( vs. rate) optimization in constraint-based modeling and applications in metabolic engineering

Autori: Steffen Klamt, Stefan Müller, Georg Regensburger, Jürgen Zanghellini
Pubblicato in: Metabolic Engineering, Numero 47, 2018, Pagina/e 153-169, ISSN 1096-7176
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2018.02.001

Use of CellNetAnalyzer in biotechnology and metabolic engineering

Autori: Axel von Kamp, Sven Thiele, Oliver Hädicke, Steffen Klamt
Pubblicato in: Journal of Biotechnology, Numero 261, 2017, Pagina/e 221-228, ISSN 0168-1656
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jbiotec.2017.05.001

OptMDFpathway: Identification of metabolic pathways with maximal thermodynamic driving force and its application for analyzing the endogenous CO2 fixation potential of Escherichia coli

Autori: Oliver Hädicke, Axel von Kamp, Timur Aydogan, Steffen Klamt
Pubblicato in: PLOS Computational Biology, Numero 14/9, 2018, Pagina/e e1006492, ISSN 1553-7358
Editore: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006492

Broadening the Scope of Enforced ATP Wasting as a Tool for Metabolic Engineering in Escherichia coli

Autori: Simon Boecker, Ahmed Zahoor, Thorben Schramm, Hannes Link, Steffen Klamt
Pubblicato in: Biotechnology Journal, Numero 14/9, 2019, Pagina/e 1800438, ISSN 1860-6768
Editore: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201800438

Characterizing and ranking computed metabolic engineering strategies

Autori: Philipp Schneider, Steffen Klamt
Pubblicato in: Bioinformatics, Numero 35/17, 2019, Pagina/e 3063-3072, ISSN 1367-4803
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty1065

MoVE identifies metabolic valves to switch between phenotypic states

Autori: Naveen Venayak, Axel von Kamp, Steffen Klamt, Radhakrishnan Mahadevan
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 9/1, 2018, Pagina/e 5332, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07719-4

Systematizing the different notions of growth-coupled product synthesis and a single framework for computing corresponding strain designs.

Autori: Philipp Schneider; Radhakrishnan Mahadevan; Steffen Klamt
Pubblicato in: Biotechnology Journal, Numero 16, 2021, Pagina/e e2100236, ISSN 1860-7314
Editore: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/biot.202100236

Increasing ATP turnover boosts productivity of 2,3-butanediol synthesis in Escherichia coli

Autori: Simon Boecker; Björn-Johannes Harder; Regina Kutscha; Stefan Pflügl; Steffen Klamt
Pubblicato in: Microbial Cell Factories, Numero 20, 2021, Pagina/e 63, ISSN 1475-2859
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-021-01554-x

ATPase-based implementation of enforced ATP wasting in Saccharomyces cerevisiae for improved ethanol production

Autori: Ahmed Zahoor, Katrin Messerschmidt, Simon Boecker, Steffen Klamt
Pubblicato in: Biotechnology for Biofuels, Numero 13/1, 2020, ISSN 1754-6834
Editore: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13068-020-01822-9