Enforced ATP wasting as a general design principle to rationally engineer microbial cell factories

Informations projet

StrainBooster

N° de convention de subvention: 721176

DOI

10.3030/721176

Projet clôturé

Date de signature de la CE 20 Février 2017

Date de début 1 Mai 2017

Date de fin 31 Decembre 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 998 750,00

Contribution de l’UE

€ 1 998 750,00

Coordonné par

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (21)

Analyzing and Resolving Infeasibility in Flux Balance Analysis of Metabolic Networks

Auteurs: Steffen Klamt; Axel von Kamp
Publié dans: Metabolites, Numéro 22181989, 2022, Page(s) 585, ISSN 2218-1989
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/metabo12070585

StrainDesign: a comprehensive Python package for computational design of metabolic networks

Auteurs: Philipp Schneider; Pavlos Stephanos Bekiaris; Axel von Kamp; Steffen Klamt
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 13674803, 2022, Page(s) 4981–4983, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btac632

An extended and generalized framework for the calculation of metabolic intervention strategies based on minimal cut sets

Auteurs: Philipp Schneider, Axel von Kamp, Steffen Klamt
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 16/7, 2020, Page(s) e1008110, ISSN 1553-7358
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008110

CNApy: a CellNetAnalyzer GUI in Python for analyzing and designing metabolic networks

Auteurs: Sven Thiele; Axel von Kamp; Pavlos Stephanos Bekiaris; Philipp Schneider; Steffen Klamt
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 38, 2022, Page(s) 1467-1469, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btab828

Automatic construction of metabolic models with enzyme constraints

Auteurs: Bekiaris, Pavlos Stephanos; Klamt, Steffen
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 21, 2020, Page(s) 19, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-019-3329-9

Speeding up the core algorithm for the dual calculation of minimal cut sets in large metabolic networks

Auteurs: Steffen Klamt; Radhakrishnan Mahadevan; Axel von Kamp
Publié dans: BMC Bioinformatics, Numéro 21, 2020, Page(s) 510, ISSN 1471-2105
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-020-03837-3

Enabling anaerobic growth of Escherichia coli on glycerol in defined minimal medium using acetate as redox sink

Auteurs: Simon Boecker; Sebastián Espinel-Ríos; Katja Bettenbrock; Steffen Klamt
Publié dans: Metabolic Engineering, Numéro 73, 2022, Page(s) 50-57, ISSN 1096-7176
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2022.05.006

Maximizing batch fermentation efficiency by constrained model‐based optimization and predictive control of adenosine triphosphate turnover

Auteurs: Sebastián Espinel Ríos; Katja Bettenbrock; Steffen Klamt; Rolf Findeisen
Publié dans: AIChE-Journal, Numéro 68, 2022, Page(s) e17555, ISSN 1547-5905
Éditeur: American Institute of Chemical Engineers
DOI: 10.1002/aic.17555

Deciphering the physiological response of Escherichia coli under high ATP demand

Auteurs: Simon Boecker; Giulia Slaviero; Thorben Schramm; Witold Szymanski; Ralf Steuer; Hannes Link; Steffen Klamt
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 17, 2021, Page(s) e10504, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.202110504

Temperature-dependent dynamic control of the TCA cycle increases volumetric productivity of itaconic acid production by Escherichia coli

Auteurs: Björn-Johannes Harder, Katja Bettenbrock, Steffen Klamt
Publié dans: Biotechnology and Bioengineering, Numéro 115/1, 2018, Page(s) 156-164, ISSN 0006-3592
Éditeur: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/bit.26446

When Do Two-Stage Processes Outperform One-Stage Processes?

Auteurs: Steffen Klamt, Radhakrishnan Mahadevan, Oliver Hädicke
Publié dans: Biotechnology Journal, Numéro 13/2, 2018, Page(s) 1700539, ISSN 1860-6768
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201700539

Growth-coupled overproduction is feasible for almost all metabolites in five major production organisms

Auteurs: Axel von Kamp, Steffen Klamt
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8, 2017, Page(s) 15956, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ncomms15956

A mathematical framework for yield ( vs. rate) optimization in constraint-based modeling and applications in metabolic engineering

Auteurs: Steffen Klamt, Stefan Müller, Georg Regensburger, Jürgen Zanghellini
Publié dans: Metabolic Engineering, Numéro 47, 2018, Page(s) 153-169, ISSN 1096-7176
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymben.2018.02.001

Use of CellNetAnalyzer in biotechnology and metabolic engineering

Auteurs: Axel von Kamp, Sven Thiele, Oliver Hädicke, Steffen Klamt
Publié dans: Journal of Biotechnology, Numéro 261, 2017, Page(s) 221-228, ISSN 0168-1656
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jbiotec.2017.05.001

OptMDFpathway: Identification of metabolic pathways with maximal thermodynamic driving force and its application for analyzing the endogenous CO2 fixation potential of Escherichia coli

Auteurs: Oliver Hädicke, Axel von Kamp, Timur Aydogan, Steffen Klamt
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 14/9, 2018, Page(s) e1006492, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006492

Broadening the Scope of Enforced ATP Wasting as a Tool for Metabolic Engineering in Escherichia coli

Auteurs: Simon Boecker, Ahmed Zahoor, Thorben Schramm, Hannes Link, Steffen Klamt
Publié dans: Biotechnology Journal, Numéro 14/9, 2019, Page(s) 1800438, ISSN 1860-6768
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/biot.201800438

Characterizing and ranking computed metabolic engineering strategies

Auteurs: Philipp Schneider, Steffen Klamt
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 35/17, 2019, Page(s) 3063-3072, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty1065

MoVE identifies metabolic valves to switch between phenotypic states

Auteurs: Naveen Venayak, Axel von Kamp, Steffen Klamt, Radhakrishnan Mahadevan
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, Page(s) 5332, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-07719-4

Systematizing the different notions of growth-coupled product synthesis and a single framework for computing corresponding strain designs.

Auteurs: Philipp Schneider; Radhakrishnan Mahadevan; Steffen Klamt
Publié dans: Biotechnology Journal, Numéro 16, 2021, Page(s) e2100236, ISSN 1860-7314
Éditeur: Wiley-VCH GmbH
DOI: 10.1002/biot.202100236

Increasing ATP turnover boosts productivity of 2,3-butanediol synthesis in Escherichia coli

Auteurs: Simon Boecker; Björn-Johannes Harder; Regina Kutscha; Stefan Pflügl; Steffen Klamt
Publié dans: Microbial Cell Factories, Numéro 20, 2021, Page(s) 63, ISSN 1475-2859
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12934-021-01554-x

ATPase-based implementation of enforced ATP wasting in Saccharomyces cerevisiae for improved ethanol production

Auteurs: Ahmed Zahoor, Katrin Messerschmidt, Simon Boecker, Steffen Klamt
Publié dans: Biotechnology for Biofuels, Numéro 13/1, 2020, ISSN 1754-6834
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13068-020-01822-9