Directed Protein Evolution for Synthetic Biology and Biocatalysis

Informations projet

ES-Cat

N° de convention de subvention: 722610

DOI

10.3030/722610

Projet clôturé

Date de signature de la CE 31 Août 2016

Date de début 1 Mars 2017

Date de fin 30 Novembre 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 3 827 031,48

Contribution de l’UE

€ 3 827 031,48

Coordonné par

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Other (2)

Open Day
School Outreach

Documents, reports (2)

ESR training

540 ESR training months and submission of PhD thesis where applicable

Publication in the high-impact journals

Publication in highimpact journals Open Access Publication compulsory for all participants

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Website, ESR webpages and CamTools operational
Social media presence (Facebook)

Publications

Peer reviewed articles (30)

Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR

Auteurs: Rayyan Tariq Khan, Milos Musil, Jan Stourac, Jiri Damborsky, David Bednar
Publié dans: Current Protocols, Numéro 1, 2021, Page(s) e30, ISSN 2691-1299
Éditeur: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1002/cpz1.30

Fibroblast Growth Factor 2 Protein Stability Provides Decreased Dependence on Heparin for Induction of FGFR Signaling and Alters ERK Signaling Dynamics

Auteurs: Zuzana Koledova; Zuzana Koledova; Jakub Sumbal; Jakub Sumbal; Anas Rabata; Gabin de La Bourdonnaye; Gabin de La Bourdonnaye; Radka Chaloupkova; Radka Chaloupkova; Barbara Hrdlickova; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky; Veronika Stepankova
Publié dans: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numéro 11, 2019, ISSN 2296-634X
Éditeur: Frontiers media S.A.
DOI: 10.3389/fcell.2019.00331

Growth amplification in ultrahigh-throughput microdroplet screening increases sensitivity of clonal enzyme assays and minimizes phenotypic variation

Auteurs: Paul Jannis Zurek, Raphaëlle Hours, Ursula Schell, Ahir Pushpanath, Florian Hollfelder
Publié dans: Lab on a Chip, Numéro 21/1, 2021, Page(s) 163-173, ISSN 1473-0197
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0lc00830c

Robust ω-Transaminases by Computational Stabilization of the Subunit Interface

Auteurs: Qinglong Meng, Nikolas Capra, Cyntia M. Palacio, Elisa Lanfranchi, Marleen Otzen, Luc Z. van Schie, Henriëtte J. Rozeboom, Andy-Mark W. H. Thunnissen, Hein J. Wijma, and Dick B. Janssen
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 10(5), 2020, Page(s) 2915–2928, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.9b05223

Computational Design of Enantiocomplementary Epoxide Hydrolases for Asymmetric Synthesis of Aliphatic and Aromatic Diols

Auteurs: Hesam Arabnejad, Elvira Bombino, Dana I. Colpa, Peter A. Jekel, Milos Trajkovic, Hein J. Wijma, Dick B. Janssen
Publié dans: ChemBiochem, Numéro 21(13), 2020, Page(s) 1893-1904, ISSN 1439-7633
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/cbic.201900726

The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step

Auteurs: Piia Kokkonen, Michaela Slanska, Veronika Dockalova, Gaspar P. Pinto, Esther M. Sánchez-Carnerero, Jiri Damborsky, Petr Klán, Zbynek Prokop, David Bednar
Publié dans: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numéro 18, 2020, Page(s) 805-813, ISSN 2001-0370
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.03.017

A Continuum of Evolving De Novo Genes Drives Protein-Coding Novelty in Drosophila

Auteurs: Brennen Heames, Jonathan Schmitz, Erich Bornberg-Bauer
Publié dans: Journal of Molecular Evolution, Numéro 88/4, 2020, Page(s) 382-398, ISSN 0022-2844
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00239-020-09939-z

Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts

Auteurs: Milos Musil, Hannes Konegger, Jiri Hon, David Bednar, and Jiri Damborsky*
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 9(2), 2018, Page(s) 1033–1054, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.8b03613

Directed Evolution of a Halide Methyltransferase Enables Biocatalytic Synthesis of Diverse SAM Analogs

Auteurs: Qingyun Tang, Christoph W. Grathwol, Aşkın S. Aslan‐Üzel, Shuke Wu, Andreas Link, Ioannis V. Pavlidis, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 60/3, 2021, Page(s) 1524-1527, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202013871

Whole‐Cell Photoenzymatic Cascades to Synthesize Long‐Chain Aliphatic Amines and Esters from Renewable Fatty Acids

Auteurs: Hee‐Jeong Cha, Se‐Yeun Hwang, Da‐Som Lee, Akula Ravi Kumar, Yong‐Uk Kwon, Moritz Voß, Eva Schuiten, Uwe T. Bornscheuer, Frank Hollmann, Deok‐Kun Oh, Jin‐Byung Park
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 59/18, 2020, Page(s) 7024-7028, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201915108

Cac1 WHD and PIP domains have distinct roles in replisome progression and genomic stability.

Auteurs: Ioannis Tsirkas, Daniel Dovrat, Yang Lei, Angeliki Kalyva, Diana Lotysh, Qing Li & Amir Aharoni
Publié dans: Current Genetics, Numéro 67, 2021, Page(s) 129–139, ISSN 0172-8083
Éditeur: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00294-020-01113-8

High-Throughput, Lysis-Free Screening for Sulfatase Activity Using Escherichia coli Autodisplay in Microdroplets

Auteurs: Bert van Loo, Magdalena Heberlein, Philip Mair, Anastasia Zinchenko, Jan Schüürmann, Bernard D. G. Eenink, Josephin M. Holstein, Carina Dilkaute, Joachim Jose, Florian Hollfelder, Erich Bornberg-Bauer
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 8/12, 2019, Page(s) 2690-2700, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00274

FireProtASR: A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction

Auteurs: Milos Musil, Rayyan Tariq Khan, Andy Beier, Jan Stourac, Hannes Konegger, Jiri Damborsky, David Bednar
Publié dans: Briefings in Bioinformatics, Numéro 22/4, 2021, Page(s) 1-11, ISSN 1467-5463
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbaa337

A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique ( S )-Enantiopreference, and High Thermostability

Auteurs: Klaudia Chmelova, Eva Sebestova, Veronika Liskova, Andy Beier, David Bednar, Zbynek Prokop, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky
Publié dans: Applied and Environmental Microbiology, Numéro 86/17, 2020, Page(s) e02820-19, ISSN 0099-2240
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aem.02820-19

Computational Redesign of an ω-Transaminase from Pseudomonas jessenii for Asymmetric Synthesis of Enantiopure Bulky Amines

Auteurs: Qinglong Meng, Carlos Ramírez-Palacios, Nikolas Capra, Mattijs E. Hooghwinkel, Sebastian Thallmair, Henriëtte J. Rozeboom, Andy-Mark W. H. Thunnissen, Hein J. Wijma, Siewert J. Marrink, and Dick B. Janssen
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 11(17), 2021, Page(s) 10733–10747, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.1c02053

Directed evolution of SIRT6 for improved deacylation and glucose homeostasis maintenance

Auteurs: Or Gertman, Dotan Omer, Adi Hendler, Daniel Stein, Lior Onn, Yana Khukhin, Miguel Portillo, Raz Zarivach, Haim Y. Cohen, Debra Toiber, Amir Aharoni
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-21887-9

A bi-specific inhibitor targeting IL-17A and MMP-9 reduces invasion and motility in MDA-MB-231 cells

Auteurs: Dana Koslawsky, Marianna Zaretsky, Ron Alcalay, Ohad Mazor, Amir Aharoni, Niv Papo
Publié dans: Oncotarget, Numéro 9/47, 2018, ISSN 1949-2553
Éditeur: Impact Journals
DOI: 10.18632/oncotarget.25526

Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization

Auteurs: Koen Beerens, Stanislav Mazurenko, Antonin Kunka, Sergio M. Marques, Niels Hansen, Milos Musil, Radka Chaloupkova, Jitka Waterman, Jan Brezovsky, David Bednar, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 8/10, 2018, Page(s) 9420-9428, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.8b01677

Pif1 is essential for efficient replisome progression through lagging strand G-quadruplex DNA secondary structures

Auteurs: Danielle Dahan, Ioannis Tsirkas, Daniel Dovrat, Melanie A Sparks, Saurabh P Singh, Roberto Galletto, Amir Aharoni
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/22, 2018, Page(s) 11847-11857, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky1065

A Live-Cell Imaging Approach for Measuring DNA Replication Rates

Auteurs: Daniel Dovrat, Danielle Dahan, Shachar Sherman, Ioannis Tsirkas, Natalie Elia, Amir Aharoni
Publié dans: Cell Reports, Numéro 24/1, 2018, Page(s) 252-258, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.018

HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information

Auteurs: Lenka Sumbalova, Jan Stourac, Tomas Martinek, David Bednar, Jiri Damborsky
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/W1, 2018, Page(s) W356-W362, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky417

CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data

Auteurs: Stanislav Mazurenko, Jan Stourac, Antonin Kunka, Sava Nedeljković, David Bednar, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/W1, 2018, Page(s) W344-W349, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky358

An Ultrasensitive Fluorescence Assay for the Detection of Halides and Enzymatic Dehalogenation

Auteurs: Aşkın S. Aslan‐Üzel, Andy Beier, David Kovář, Clemens Cziegler, Santosh K. Padhi, Eva D. Schuiten, Mark Dörr, Dominique Böttcher, Frank Hollmann, Florian Rudroff, Marko D. Mihovilovic, Tomáš Buryška, Jiří Damborský, Zbyněk Prokop, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Publié dans: ChemCatChem, Numéro 12/7, 2020, Page(s) 2032-2039, ISSN 1867-3880
Éditeur: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.201901891

Promiscuous Dehalogenase Activity of the Epoxide Hydrolase CorEH from Corynebacterium sp. C12

Auteurs: Eva D. Schuiten, Christoffel P. S. Badenhorst, Gottfried J. Palm, Leona Berndt, Michael Lammers, Jan Mican, David Bednar, Jiri Damborsky, Uwe T. Bornscheuer
Publié dans: ACS Catalysis, Numéro 11/10, 2021, Page(s) 6113-6120, ISSN 2155-5435
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.1c00851

Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase

Auteurs: Andrea Schenkmayerova, Gaspar P. Pinto, Martin Toul, Martin Marek, Lenka Hernychova, Joan Planas-Iglesias, Veronika Daniel Liskova, Daniel Pluskal, Michal Vasina, Stephane Emond, Mark Dörr, Radka Chaloupkova, David Bednar, Zbynek Prokop, Florian Hollfelder, Uwe T. Bornscheuer, Jiri Damborsky
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, Page(s) 3616, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23450-z

Ultrahigh‐Throughput Detection of Enzymatic Alcohol Dehydrogenase Activity in Microfluidic Droplets with a Direct Fluorogenic Assay

Auteurs: Miriam Klaus, Paul Jannis Zurek, Tomasz S. Kaminski, Ahir Pushpanath, Katharina Neufeld, Florian Hollfelder
Publié dans: ChemBioChem, 2021, Page(s) 1-9, ISSN 1439-4227
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202100322

Biocatalytic Production of Amino Carbohydrates through Oxidoreductase and Transaminase Cascades

Auteurs: Ville Aumala, Filip Mollerup, Edita Jurak, Fabian Blume, Johanna Karppi, Antti E. Koistinen, Eva Schuiten, Moritz Voß, Uwe Bornscheuer, Jan Deska, Emma R. Master
Publié dans: ChemSusChem, Numéro 12/4, 2019, Page(s) 848-857, ISSN 1864-5631
Éditeur: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/cssc.201802580

Die gerichtete Evolution einer Halogenid‐Methyltransferase erlaubt die biokatalytische Synthese diverser SAM‐Analoga

Auteurs: Qingyun Tang, Christoph W. Grathwol, Aşkın S. Aslan‐Üzel, Shuke Wu, Andreas Link, Ioannis V. Pavlidis, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Publié dans: Angewandte Chemie, Numéro 133/3, 2021, Page(s) 1547-1551, ISSN 0044-8249
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202013871

UMI-linked consensus sequencing enables phylogenetic analysis of directed evolution

Auteurs: Paul Jannis Zurek, Philipp Knyphausen, Katharina Neufeld, Ahir Pushpanath, Florian Hollfelder
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19687-9

Structural and functional characterization of a putative de novo gene in Drosophila

Auteurs: Andreas Lange, Prajal H. Patel, Brennen Heames, Adam M. Damry, Thorsten Saenger, Colin J. Jackson, Geoffrey D. Findlay, Erich Bornberg-Bauer
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21667-6

Book chapters (1)

Building Scarless Gene Libraries in the Chromosome of Bacteria.

Auteurs: Gol Mohammad Dorrazehi, Sebastian Worms, Jason Baby Chirakadavil, Johann Mignolet, Pascal Hols, Patrice Soumillion
Publié dans: Peptide and Protein Engineering., Numéro Springer Protocols Handbooks, 2020, Page(s) 189-211, ISBN 978-1-0716-0720-6
Éditeur: Humana, New York, NY.
DOI: 10.1007/978-1-0716-0720-6_11