Directed Protein Evolution for Synthetic Biology and Biocatalysis

Informacje na temat projektu

ES-Cat

Identyfikator umowy o grant: 722610

DOI

10.3030/722610

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 31 Sierpnia 2016

Data rozpoczęcia 1 Marca 2017

Data zakończenia 30 Listopada 2021

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Koszt całkowity

€ 3 827 031,48

Wkład UE

€ 3 827 031,48

Koordynowany przez

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Rezultaty

Other (2)

Open Day
School Outreach

Documents, reports (2)

ESR training

540 ESR training months and submission of PhD thesis where applicable

Publication in the high-impact journals

Publication in highimpact journals Open Access Publication compulsory for all participants

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Website, ESR webpages and CamTools operational
Social media presence (Facebook)

Publikacje

Peer reviewed articles (30)

Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR

Autorzy: Rayyan Tariq Khan, Milos Musil, Jan Stourac, Jiri Damborsky, David Bednar
Opublikowane w: Current Protocols, Numer 1, 2021, Strona(/y) e30, ISSN 2691-1299
Wydawca: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1002/cpz1.30

Fibroblast Growth Factor 2 Protein Stability Provides Decreased Dependence on Heparin for Induction of FGFR Signaling and Alters ERK Signaling Dynamics

Autorzy: Zuzana Koledova; Zuzana Koledova; Jakub Sumbal; Jakub Sumbal; Anas Rabata; Gabin de La Bourdonnaye; Gabin de La Bourdonnaye; Radka Chaloupkova; Radka Chaloupkova; Barbara Hrdlickova; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky; Veronika Stepankova
Opublikowane w: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Numer 11, 2019, ISSN 2296-634X
Wydawca: Frontiers media S.A.
DOI: 10.3389/fcell.2019.00331

Growth amplification in ultrahigh-throughput microdroplet screening increases sensitivity of clonal enzyme assays and minimizes phenotypic variation

Autorzy: Paul Jannis Zurek, Raphaëlle Hours, Ursula Schell, Ahir Pushpanath, Florian Hollfelder
Opublikowane w: Lab on a Chip, Numer 21/1, 2021, Strona(/y) 163-173, ISSN 1473-0197
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0lc00830c

Robust ω-Transaminases by Computational Stabilization of the Subunit Interface

Autorzy: Qinglong Meng, Nikolas Capra, Cyntia M. Palacio, Elisa Lanfranchi, Marleen Otzen, Luc Z. van Schie, Henriëtte J. Rozeboom, Andy-Mark W. H. Thunnissen, Hein J. Wijma, and Dick B. Janssen
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 10(5), 2020, Strona(/y) 2915–2928, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.9b05223

Computational Design of Enantiocomplementary Epoxide Hydrolases for Asymmetric Synthesis of Aliphatic and Aromatic Diols

Autorzy: Hesam Arabnejad, Elvira Bombino, Dana I. Colpa, Peter A. Jekel, Milos Trajkovic, Hein J. Wijma, Dick B. Janssen
Opublikowane w: ChemBiochem, Numer 21(13), 2020, Strona(/y) 1893-1904, ISSN 1439-7633
Wydawca: Wiley
DOI: 10.1002/cbic.201900726

The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step

Autorzy: Piia Kokkonen, Michaela Slanska, Veronika Dockalova, Gaspar P. Pinto, Esther M. Sánchez-Carnerero, Jiri Damborsky, Petr Klán, Zbynek Prokop, David Bednar
Opublikowane w: Computational and Structural Biotechnology Journal, Numer 18, 2020, Strona(/y) 805-813, ISSN 2001-0370
Wydawca: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.03.017

A Continuum of Evolving De Novo Genes Drives Protein-Coding Novelty in Drosophila

Autorzy: Brennen Heames, Jonathan Schmitz, Erich Bornberg-Bauer
Opublikowane w: Journal of Molecular Evolution, Numer 88/4, 2020, Strona(/y) 382-398, ISSN 0022-2844
Wydawca: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00239-020-09939-z

Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts

Autorzy: Milos Musil, Hannes Konegger, Jiri Hon, David Bednar, and Jiri Damborsky*
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 9(2), 2018, Strona(/y) 1033–1054, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.8b03613

Directed Evolution of a Halide Methyltransferase Enables Biocatalytic Synthesis of Diverse SAM Analogs

Autorzy: Qingyun Tang, Christoph W. Grathwol, Aşkın S. Aslan‐Üzel, Shuke Wu, Andreas Link, Ioannis V. Pavlidis, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, Numer 60/3, 2021, Strona(/y) 1524-1527, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202013871

Whole‐Cell Photoenzymatic Cascades to Synthesize Long‐Chain Aliphatic Amines and Esters from Renewable Fatty Acids

Autorzy: Hee‐Jeong Cha, Se‐Yeun Hwang, Da‐Som Lee, Akula Ravi Kumar, Yong‐Uk Kwon, Moritz Voß, Eva Schuiten, Uwe T. Bornscheuer, Frank Hollmann, Deok‐Kun Oh, Jin‐Byung Park
Opublikowane w: Angewandte Chemie International Edition, Numer 59/18, 2020, Strona(/y) 7024-7028, ISSN 1433-7851
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201915108

Cac1 WHD and PIP domains have distinct roles in replisome progression and genomic stability.

Autorzy: Ioannis Tsirkas, Daniel Dovrat, Yang Lei, Angeliki Kalyva, Diana Lotysh, Qing Li & Amir Aharoni
Opublikowane w: Current Genetics, Numer 67, 2021, Strona(/y) 129–139, ISSN 0172-8083
Wydawca: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00294-020-01113-8

High-Throughput, Lysis-Free Screening for Sulfatase Activity Using Escherichia coli Autodisplay in Microdroplets

Autorzy: Bert van Loo, Magdalena Heberlein, Philip Mair, Anastasia Zinchenko, Jan Schüürmann, Bernard D. G. Eenink, Josephin M. Holstein, Carina Dilkaute, Joachim Jose, Florian Hollfelder, Erich Bornberg-Bauer
Opublikowane w: ACS Synthetic Biology, Numer 8/12, 2019, Strona(/y) 2690-2700, ISSN 2161-5063
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00274

FireProtASR: A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction

Autorzy: Milos Musil, Rayyan Tariq Khan, Andy Beier, Jan Stourac, Hannes Konegger, Jiri Damborsky, David Bednar
Opublikowane w: Briefings in Bioinformatics, Numer 22/4, 2021, Strona(/y) 1-11, ISSN 1467-5463
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbaa337

A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique ( S )-Enantiopreference, and High Thermostability

Autorzy: Klaudia Chmelova, Eva Sebestova, Veronika Liskova, Andy Beier, David Bednar, Zbynek Prokop, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky
Opublikowane w: Applied and Environmental Microbiology, Numer 86/17, 2020, Strona(/y) e02820-19, ISSN 0099-2240
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aem.02820-19

Computational Redesign of an ω-Transaminase from Pseudomonas jessenii for Asymmetric Synthesis of Enantiopure Bulky Amines

Autorzy: Qinglong Meng, Carlos Ramírez-Palacios, Nikolas Capra, Mattijs E. Hooghwinkel, Sebastian Thallmair, Henriëtte J. Rozeboom, Andy-Mark W. H. Thunnissen, Hein J. Wijma, Siewert J. Marrink, and Dick B. Janssen
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 11(17), 2021, Strona(/y) 10733–10747, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.1c02053

Directed evolution of SIRT6 for improved deacylation and glucose homeostasis maintenance

Autorzy: Or Gertman, Dotan Omer, Adi Hendler, Daniel Stein, Lior Onn, Yana Khukhin, Miguel Portillo, Raz Zarivach, Haim Y. Cohen, Debra Toiber, Amir Aharoni
Opublikowane w: Scientific Reports, Numer 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-21887-9

A bi-specific inhibitor targeting IL-17A and MMP-9 reduces invasion and motility in MDA-MB-231 cells

Autorzy: Dana Koslawsky, Marianna Zaretsky, Ron Alcalay, Ohad Mazor, Amir Aharoni, Niv Papo
Opublikowane w: Oncotarget, Numer 9/47, 2018, ISSN 1949-2553
Wydawca: Impact Journals
DOI: 10.18632/oncotarget.25526

Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization

Autorzy: Koen Beerens, Stanislav Mazurenko, Antonin Kunka, Sergio M. Marques, Niels Hansen, Milos Musil, Radka Chaloupkova, Jitka Waterman, Jan Brezovsky, David Bednar, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 8/10, 2018, Strona(/y) 9420-9428, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.8b01677

Pif1 is essential for efficient replisome progression through lagging strand G-quadruplex DNA secondary structures

Autorzy: Danielle Dahan, Ioannis Tsirkas, Daniel Dovrat, Melanie A Sparks, Saurabh P Singh, Roberto Galletto, Amir Aharoni
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 46/22, 2018, Strona(/y) 11847-11857, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky1065

A Live-Cell Imaging Approach for Measuring DNA Replication Rates

Autorzy: Daniel Dovrat, Danielle Dahan, Shachar Sherman, Ioannis Tsirkas, Natalie Elia, Amir Aharoni
Opublikowane w: Cell Reports, Numer 24/1, 2018, Strona(/y) 252-258, ISSN 2211-1247
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.018

HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information

Autorzy: Lenka Sumbalova, Jan Stourac, Tomas Martinek, David Bednar, Jiri Damborsky
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 46/W1, 2018, Strona(/y) W356-W362, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky417

CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data

Autorzy: Stanislav Mazurenko, Jan Stourac, Antonin Kunka, Sava Nedeljković, David Bednar, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, Numer 46/W1, 2018, Strona(/y) W344-W349, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky358

An Ultrasensitive Fluorescence Assay for the Detection of Halides and Enzymatic Dehalogenation

Autorzy: Aşkın S. Aslan‐Üzel, Andy Beier, David Kovář, Clemens Cziegler, Santosh K. Padhi, Eva D. Schuiten, Mark Dörr, Dominique Böttcher, Frank Hollmann, Florian Rudroff, Marko D. Mihovilovic, Tomáš Buryška, Jiří Damborský, Zbyněk Prokop, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Opublikowane w: ChemCatChem, Numer 12/7, 2020, Strona(/y) 2032-2039, ISSN 1867-3880
Wydawca: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.201901891

Promiscuous Dehalogenase Activity of the Epoxide Hydrolase CorEH from Corynebacterium sp. C12

Autorzy: Eva D. Schuiten, Christoffel P. S. Badenhorst, Gottfried J. Palm, Leona Berndt, Michael Lammers, Jan Mican, David Bednar, Jiri Damborsky, Uwe T. Bornscheuer
Opublikowane w: ACS Catalysis, Numer 11/10, 2021, Strona(/y) 6113-6120, ISSN 2155-5435
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.1c00851

Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase

Autorzy: Andrea Schenkmayerova, Gaspar P. Pinto, Martin Toul, Martin Marek, Lenka Hernychova, Joan Planas-Iglesias, Veronika Daniel Liskova, Daniel Pluskal, Michal Vasina, Stephane Emond, Mark Dörr, Radka Chaloupkova, David Bednar, Zbynek Prokop, Florian Hollfelder, Uwe T. Bornscheuer, Jiri Damborsky
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, Strona(/y) 3616, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23450-z

Ultrahigh‐Throughput Detection of Enzymatic Alcohol Dehydrogenase Activity in Microfluidic Droplets with a Direct Fluorogenic Assay

Autorzy: Miriam Klaus, Paul Jannis Zurek, Tomasz S. Kaminski, Ahir Pushpanath, Katharina Neufeld, Florian Hollfelder
Opublikowane w: ChemBioChem, 2021, Strona(/y) 1-9, ISSN 1439-4227
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202100322

Biocatalytic Production of Amino Carbohydrates through Oxidoreductase and Transaminase Cascades

Autorzy: Ville Aumala, Filip Mollerup, Edita Jurak, Fabian Blume, Johanna Karppi, Antti E. Koistinen, Eva Schuiten, Moritz Voß, Uwe Bornscheuer, Jan Deska, Emma R. Master
Opublikowane w: ChemSusChem, Numer 12/4, 2019, Strona(/y) 848-857, ISSN 1864-5631
Wydawca: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/cssc.201802580

Die gerichtete Evolution einer Halogenid‐Methyltransferase erlaubt die biokatalytische Synthese diverser SAM‐Analoga

Autorzy: Qingyun Tang, Christoph W. Grathwol, Aşkın S. Aslan‐Üzel, Shuke Wu, Andreas Link, Ioannis V. Pavlidis, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Opublikowane w: Angewandte Chemie, Numer 133/3, 2021, Strona(/y) 1547-1551, ISSN 0044-8249
Wydawca: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202013871

UMI-linked consensus sequencing enables phylogenetic analysis of directed evolution

Autorzy: Paul Jannis Zurek, Philipp Knyphausen, Katharina Neufeld, Ahir Pushpanath, Florian Hollfelder
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19687-9

Structural and functional characterization of a putative de novo gene in Drosophila

Autorzy: Andreas Lange, Prajal H. Patel, Brennen Heames, Adam M. Damry, Thorsten Saenger, Colin J. Jackson, Geoffrey D. Findlay, Erich Bornberg-Bauer
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21667-6

Book chapters (1)

Building Scarless Gene Libraries in the Chromosome of Bacteria.

Autorzy: Gol Mohammad Dorrazehi, Sebastian Worms, Jason Baby Chirakadavil, Johann Mignolet, Pascal Hols, Patrice Soumillion
Opublikowane w: Peptide and Protein Engineering., Numer Springer Protocols Handbooks, 2020, Strona(/y) 189-211, ISBN 978-1-0716-0720-6
Wydawca: Humana, New York, NY.
DOI: 10.1007/978-1-0716-0720-6_11