Directed Protein Evolution for Synthetic Biology and Biocatalysis

Projektinformationen

ES-Cat

ID Finanzhilfevereinbarung: 722610

DOI

10.3030/722610

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 31 August 2016

Startdatum 1 März 2017

Enddatum 30 November 2021

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Gesamtkosten

€ 3 827 031,48

EU-Beitrag

€ 3 827 031,48

Koordiniert durch

THE CHANCELLOR MASTERS AND SCHOLARS OF THE UNIVERSITY OF CAMBRIDGE
United Kingdom

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Leistungen

Other (2)

Open Day
School Outreach

Documents, reports (2)

ESR training

540 ESR training months and submission of PhD thesis where applicable

Publication in the high-impact journals

Publication in highimpact journals Open Access Publication compulsory for all participants

Websites, patent fillings, videos etc. (2)

Website, ESR webpages and CamTools operational
Social media presence (Facebook)

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (30)

Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR

Autoren: Rayyan Tariq Khan, Milos Musil, Jan Stourac, Jiri Damborsky, David Bednar
Veröffentlicht in: Current Protocols, Ausgabe 1, 2021, Seite(n) e30, ISSN 2691-1299
Herausgeber: John Wiley and Sons Inc.
DOI: 10.1002/cpz1.30

Fibroblast Growth Factor 2 Protein Stability Provides Decreased Dependence on Heparin for Induction of FGFR Signaling and Alters ERK Signaling Dynamics

Autoren: Zuzana Koledova; Zuzana Koledova; Jakub Sumbal; Jakub Sumbal; Anas Rabata; Gabin de La Bourdonnaye; Gabin de La Bourdonnaye; Radka Chaloupkova; Radka Chaloupkova; Barbara Hrdlickova; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky; Jiri Damborsky; Veronika Stepankova
Veröffentlicht in: Frontiers in Cell and Developmental Biology, Ausgabe 11, 2019, ISSN 2296-634X
Herausgeber: Frontiers media S.A.
DOI: 10.3389/fcell.2019.00331

Growth amplification in ultrahigh-throughput microdroplet screening increases sensitivity of clonal enzyme assays and minimizes phenotypic variation

Autoren: Paul Jannis Zurek, Raphaëlle Hours, Ursula Schell, Ahir Pushpanath, Florian Hollfelder
Veröffentlicht in: Lab on a Chip, Ausgabe 21/1, 2021, Seite(n) 163-173, ISSN 1473-0197
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d0lc00830c

Robust ω-Transaminases by Computational Stabilization of the Subunit Interface

Autoren: Qinglong Meng, Nikolas Capra, Cyntia M. Palacio, Elisa Lanfranchi, Marleen Otzen, Luc Z. van Schie, Henriëtte J. Rozeboom, Andy-Mark W. H. Thunnissen, Hein J. Wijma, and Dick B. Janssen
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 10(5), 2020, Seite(n) 2915–2928, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.9b05223

Computational Design of Enantiocomplementary Epoxide Hydrolases for Asymmetric Synthesis of Aliphatic and Aromatic Diols

Autoren: Hesam Arabnejad, Elvira Bombino, Dana I. Colpa, Peter A. Jekel, Milos Trajkovic, Hein J. Wijma, Dick B. Janssen
Veröffentlicht in: ChemBiochem, Ausgabe 21(13), 2020, Seite(n) 1893-1904, ISSN 1439-7633
Herausgeber: Wiley
DOI: 10.1002/cbic.201900726

The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step

Autoren: Piia Kokkonen, Michaela Slanska, Veronika Dockalova, Gaspar P. Pinto, Esther M. Sánchez-Carnerero, Jiri Damborsky, Petr Klán, Zbynek Prokop, David Bednar
Veröffentlicht in: Computational and Structural Biotechnology Journal, Ausgabe 18, 2020, Seite(n) 805-813, ISSN 2001-0370
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.csbj.2020.03.017

A Continuum of Evolving De Novo Genes Drives Protein-Coding Novelty in Drosophila

Autoren: Brennen Heames, Jonathan Schmitz, Erich Bornberg-Bauer
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Evolution, Ausgabe 88/4, 2020, Seite(n) 382-398, ISSN 0022-2844
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00239-020-09939-z

Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts

Autoren: Milos Musil, Hannes Konegger, Jiri Hon, David Bednar, and Jiri Damborsky*
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 9(2), 2018, Seite(n) 1033–1054, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.8b03613

Directed Evolution of a Halide Methyltransferase Enables Biocatalytic Synthesis of Diverse SAM Analogs

Autoren: Qingyun Tang, Christoph W. Grathwol, Aşkın S. Aslan‐Üzel, Shuke Wu, Andreas Link, Ioannis V. Pavlidis, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 60/3, 2021, Seite(n) 1524-1527, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.202013871

Whole‐Cell Photoenzymatic Cascades to Synthesize Long‐Chain Aliphatic Amines and Esters from Renewable Fatty Acids

Autoren: Hee‐Jeong Cha, Se‐Yeun Hwang, Da‐Som Lee, Akula Ravi Kumar, Yong‐Uk Kwon, Moritz Voß, Eva Schuiten, Uwe T. Bornscheuer, Frank Hollmann, Deok‐Kun Oh, Jin‐Byung Park
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 59/18, 2020, Seite(n) 7024-7028, ISSN 1433-7851
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201915108

Cac1 WHD and PIP domains have distinct roles in replisome progression and genomic stability.

Autoren: Ioannis Tsirkas, Daniel Dovrat, Yang Lei, Angeliki Kalyva, Diana Lotysh, Qing Li & Amir Aharoni
Veröffentlicht in: Current Genetics, Ausgabe 67, 2021, Seite(n) 129–139, ISSN 0172-8083
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.1007/s00294-020-01113-8

High-Throughput, Lysis-Free Screening for Sulfatase Activity Using Escherichia coli Autodisplay in Microdroplets

Autoren: Bert van Loo, Magdalena Heberlein, Philip Mair, Anastasia Zinchenko, Jan Schüürmann, Bernard D. G. Eenink, Josephin M. Holstein, Carina Dilkaute, Joachim Jose, Florian Hollfelder, Erich Bornberg-Bauer
Veröffentlicht in: ACS Synthetic Biology, Ausgabe 8/12, 2019, Seite(n) 2690-2700, ISSN 2161-5063
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.9b00274

FireProtASR: A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction

Autoren: Milos Musil, Rayyan Tariq Khan, Andy Beier, Jan Stourac, Hannes Konegger, Jiri Damborsky, David Bednar
Veröffentlicht in: Briefings in Bioinformatics, Ausgabe 22/4, 2021, Seite(n) 1-11, ISSN 1467-5463
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bib/bbaa337

A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique ( S )-Enantiopreference, and High Thermostability

Autoren: Klaudia Chmelova, Eva Sebestova, Veronika Liskova, Andy Beier, David Bednar, Zbynek Prokop, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Applied and Environmental Microbiology, Ausgabe 86/17, 2020, Seite(n) e02820-19, ISSN 0099-2240
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/aem.02820-19

Computational Redesign of an ω-Transaminase from Pseudomonas jessenii for Asymmetric Synthesis of Enantiopure Bulky Amines

Autoren: Qinglong Meng, Carlos Ramírez-Palacios, Nikolas Capra, Mattijs E. Hooghwinkel, Sebastian Thallmair, Henriëtte J. Rozeboom, Andy-Mark W. H. Thunnissen, Hein J. Wijma, Siewert J. Marrink, and Dick B. Janssen
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 11(17), 2021, Seite(n) 10733–10747, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.1c02053

Directed evolution of SIRT6 for improved deacylation and glucose homeostasis maintenance

Autoren: Or Gertman, Dotan Omer, Adi Hendler, Daniel Stein, Lior Onn, Yana Khukhin, Miguel Portillo, Raz Zarivach, Haim Y. Cohen, Debra Toiber, Amir Aharoni
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-21887-9

A bi-specific inhibitor targeting IL-17A and MMP-9 reduces invasion and motility in MDA-MB-231 cells

Autoren: Dana Koslawsky, Marianna Zaretsky, Ron Alcalay, Ohad Mazor, Amir Aharoni, Niv Papo
Veröffentlicht in: Oncotarget, Ausgabe 9/47, 2018, ISSN 1949-2553
Herausgeber: Impact Journals
DOI: 10.18632/oncotarget.25526

Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization

Autoren: Koen Beerens, Stanislav Mazurenko, Antonin Kunka, Sergio M. Marques, Niels Hansen, Milos Musil, Radka Chaloupkova, Jitka Waterman, Jan Brezovsky, David Bednar, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 8/10, 2018, Seite(n) 9420-9428, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.8b01677

Pif1 is essential for efficient replisome progression through lagging strand G-quadruplex DNA secondary structures

Autoren: Danielle Dahan, Ioannis Tsirkas, Daniel Dovrat, Melanie A Sparks, Saurabh P Singh, Roberto Galletto, Amir Aharoni
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/22, 2018, Seite(n) 11847-11857, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky1065

A Live-Cell Imaging Approach for Measuring DNA Replication Rates

Autoren: Daniel Dovrat, Danielle Dahan, Shachar Sherman, Ioannis Tsirkas, Natalie Elia, Amir Aharoni
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 24/1, 2018, Seite(n) 252-258, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2018.06.018

HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information

Autoren: Lenka Sumbalova, Jan Stourac, Tomas Martinek, David Bednar, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/W1, 2018, Seite(n) W356-W362, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky417

CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data

Autoren: Stanislav Mazurenko, Jan Stourac, Antonin Kunka, Sava Nedeljković, David Bednar, Zbynek Prokop, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/W1, 2018, Seite(n) W344-W349, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky358

An Ultrasensitive Fluorescence Assay for the Detection of Halides and Enzymatic Dehalogenation

Autoren: Aşkın S. Aslan‐Üzel, Andy Beier, David Kovář, Clemens Cziegler, Santosh K. Padhi, Eva D. Schuiten, Mark Dörr, Dominique Böttcher, Frank Hollmann, Florian Rudroff, Marko D. Mihovilovic, Tomáš Buryška, Jiří Damborský, Zbyněk Prokop, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Veröffentlicht in: ChemCatChem, Ausgabe 12/7, 2020, Seite(n) 2032-2039, ISSN 1867-3880
Herausgeber: Wiley - VCH Verlag GmbH & CO. KGaA
DOI: 10.1002/cctc.201901891

Promiscuous Dehalogenase Activity of the Epoxide Hydrolase CorEH from Corynebacterium sp. C12

Autoren: Eva D. Schuiten, Christoffel P. S. Badenhorst, Gottfried J. Palm, Leona Berndt, Michael Lammers, Jan Mican, David Bednar, Jiri Damborsky, Uwe T. Bornscheuer
Veröffentlicht in: ACS Catalysis, Ausgabe 11/10, 2021, Seite(n) 6113-6120, ISSN 2155-5435
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscatal.1c00851

Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase

Autoren: Andrea Schenkmayerova, Gaspar P. Pinto, Martin Toul, Martin Marek, Lenka Hernychova, Joan Planas-Iglesias, Veronika Daniel Liskova, Daniel Pluskal, Michal Vasina, Stephane Emond, Mark Dörr, Radka Chaloupkova, David Bednar, Zbynek Prokop, Florian Hollfelder, Uwe T. Bornscheuer, Jiri Damborsky
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, Seite(n) 3616, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23450-z

Ultrahigh‐Throughput Detection of Enzymatic Alcohol Dehydrogenase Activity in Microfluidic Droplets with a Direct Fluorogenic Assay

Autoren: Miriam Klaus, Paul Jannis Zurek, Tomasz S. Kaminski, Ahir Pushpanath, Katharina Neufeld, Florian Hollfelder
Veröffentlicht in: ChemBioChem, 2021, Seite(n) 1-9, ISSN 1439-4227
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cbic.202100322

Biocatalytic Production of Amino Carbohydrates through Oxidoreductase and Transaminase Cascades

Autoren: Ville Aumala, Filip Mollerup, Edita Jurak, Fabian Blume, Johanna Karppi, Antti E. Koistinen, Eva Schuiten, Moritz Voß, Uwe Bornscheuer, Jan Deska, Emma R. Master
Veröffentlicht in: ChemSusChem, Ausgabe 12/4, 2019, Seite(n) 848-857, ISSN 1864-5631
Herausgeber: Wiley - V C H Verlag GmbbH & Co.
DOI: 10.1002/cssc.201802580

Die gerichtete Evolution einer Halogenid‐Methyltransferase erlaubt die biokatalytische Synthese diverser SAM‐Analoga

Autoren: Qingyun Tang, Christoph W. Grathwol, Aşkın S. Aslan‐Üzel, Shuke Wu, Andreas Link, Ioannis V. Pavlidis, Christoffel P. S. Badenhorst, Uwe T. Bornscheuer
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie, Ausgabe 133/3, 2021, Seite(n) 1547-1551, ISSN 0044-8249
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/ange.202013871

UMI-linked consensus sequencing enables phylogenetic analysis of directed evolution

Autoren: Paul Jannis Zurek, Philipp Knyphausen, Katharina Neufeld, Ahir Pushpanath, Florian Hollfelder
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19687-9

Structural and functional characterization of a putative de novo gene in Drosophila

Autoren: Andreas Lange, Prajal H. Patel, Brennen Heames, Adam M. Damry, Thorsten Saenger, Colin J. Jackson, Geoffrey D. Findlay, Erich Bornberg-Bauer
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-21667-6

Book chapters (1)

Building Scarless Gene Libraries in the Chromosome of Bacteria.

Autoren: Gol Mohammad Dorrazehi, Sebastian Worms, Jason Baby Chirakadavil, Johann Mignolet, Pascal Hols, Patrice Soumillion
Veröffentlicht in: Peptide and Protein Engineering., Ausgabe Springer Protocols Handbooks, 2020, Seite(n) 189-211, ISBN 978-1-0716-0720-6
Herausgeber: Humana, New York, NY.
DOI: 10.1007/978-1-0716-0720-6_11