Reverse Engineering Gene Regulatory Networks

Información del proyecto

RetroNets

Identificador del acuerdo de subvención: 723106

DOI

10.3030/723106

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 15 Diciembre 2016

Fecha de inicio 1 Abril 2017

Fecha de finalización 30 Septiembre 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 993 858,00

Aportación de la UE

€ 1 993 858,00

Coordinado por

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Switzerland

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Publicaciones

Peer reviewed articles (14)

Systematic analysis of low-affinity transcription factor binding site clusters in vitro and in vivo establishes their functional relevance

Autores: Amir Shahein, Maria López-Malo, Ivan Istomin, Evan J. Olson, Shiyu Cheng, Sebastian J. Maerkl
Publicado en: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-32971-0

A partially self-regenerating synthetic cell

Autores: Barbora Lavickova, Nadanai Laohakunakorn, Sebastian J. Maerkl
Publicado en: Nature Communications, Edición 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20180-6

A high-throughput microfluidic nanoimmunoassay for detecting anti–SARS-CoV-2 antibodies in serum or ultralow-volume blood samples

Autores: Zoe Swank, Grégoire Michielin, Hon Ming Yip, Patrick Cohen, Diego O. Andrey, Nicolas Vuilleumier, Laurent Kaiser, Isabella Eckerle, Benjamin Meyer, Sebastian J. Maerkl
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 118/18, 2021, Página(s) e2025289118, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2025289118

Biochemistry of Aminoacyl tRNA Synthetase and tRNAs and Their Engineering for Cell-Free and Synthetic Cell Applications

Autores: Ragunathan Bava Ganesh, and Sebastian J. Maerkl
Publicado en: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Edición 22964185, 2022, ISSN 2296-4185
Editor: Frontiers Media S.A
DOI: 10.5281/zenodo.6452569

OnePot PURE Cell-Free System

Autores: Laura Grasemann, Barbora Lavickova, M. Carolina Elizondo-Cantú and Sebastian J. Maerkl
Publicado en: Journal of Visualized Experiments, 2021, ISSN 1940-087X
Editor: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62625

Microfluidic Module for Real-Time Generation of Complex Multimolecule Temporal Concentration Profiles

Autores: Kristina Woodruff, Sebastian J. Maerkl
Publicado en: Analytical Chemistry, Edición 90/1, 2017, Página(s) 696-701, ISSN 0003-2700
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.7b04099

Microfluidic device for real-time formulation of reagents and their subsequent encapsulation into double emulsions

Autores: Jui-Chia Chang, Zoe Swank, Oliver Keiser, Sebastian J. Maerkl, Esther Amstad
Publicado en: Scientific Reports, Edición 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-26542-x

Cell-free gene-regulatory network engineering with synthetic transcription factors

Autores: Zoe Swank, Nadanai Laohakunakorn, Sebastian J. Maerkl
Publicado en: Proceedings of the National Academy of Sciences, Edición 116/13, 2019, Página(s) 5892-5901, ISSN 0027-8424
Editor: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1816591116

A Multilayer Microfluidic Platform for the Conduction of Prolonged Cell-Free Gene Expression

Autores: Ardjan J. van der Linden, Maaruthy Yelleswarapu, Pascal A. Pieters, Zoe Swank, Wilhelm T. S. Huck, Sebastian J. Maerkl, Tom F. A. de Greef
Publicado en: Journal of Visualized Experiments, Edición 152, 2019, ISSN 1940-087X
Editor: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/59655

Bottom-Up Construction of Complex Biomolecular Systems With Cell-Free Synthetic Biology

Autores: Nadanai Laohakunakorn, Laura Grasemann, Barbora Lavickova, Grégoire Michielin, Amir Shahein, Zoe Swank, Sebastian J. Maerkl
Publicado en: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Edición 8, 2020, ISSN 2296-4185
Editor: Frontiers in Biotechnology and Bioengineering
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00213

A Simple, Robust, and Low-Cost Method To Produce the PURE Cell-Free System

Autores: Barbora Lavickova, Sebastian J. Maerkl
Publicado en: ACS Synthetic Biology, Edición 8/2, 2019, Página(s) 455-462, ISSN 2161-5063
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.8b00427

Cascaded amplifying circuits enable ultrasensitive cellular sensors for toxic metals

Autores: Xinyi Wan, Francesca Volpetti, Ekaterina Petrova, Chris French, Sebastian J. Maerkl and Baojun Wang
Publicado en: Nature Chemical Biology, Edición 15524450, 2019, ISSN 1552-4450
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-019-0244-3

An automated do-it-yourself system for dynamic stem cell and organoid culture in standard multi-well plates

Autores: Julia Tischler, Zoe Swank, Hao-An Hsiung, Stefano Vianello, Matthias P Lutolf and Sebastian J Maerkl
Publicado en: Cell Reports Methods, Edición 26672375, 2022, ISSN 2667-2375
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100244

CFPU: A Cell-Free Processing Unit for High-Throughput, Automated In Vitro Circuit Characterization in Steady-State Conditions

Autores: Zoe Swank, Sebastian J. Maerkl
Publicado en: BioDesign Research, Edición 2021, 2021, Página(s) 1-11, ISSN 2693-1257
Editor: AAAS
DOI: 10.34133/2021/2968181