Reverse Engineering Gene Regulatory Networks

Informations projet

RetroNets

N° de convention de subvention: 723106

DOI

10.3030/723106

Projet clôturé

Date de signature de la CE 15 Decembre 2016

Date de début 1 Avril 2017

Date de fin 30 Septembre 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 993 858,00

Contribution de l’UE

€ 1 993 858,00

Coordonné par

ECOLE POLYTECHNIQUE FEDERALE DE LAUSANNE
Switzerland

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (14)

Systematic analysis of low-affinity transcription factor binding site clusters in vitro and in vivo establishes their functional relevance

Auteurs: Amir Shahein, Maria López-Malo, Ivan Istomin, Evan J. Olson, Shiyu Cheng, Sebastian J. Maerkl
Publié dans: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-32971-0

A partially self-regenerating synthetic cell

Auteurs: Barbora Lavickova, Nadanai Laohakunakorn, Sebastian J. Maerkl
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-20180-6

A high-throughput microfluidic nanoimmunoassay for detecting anti–SARS-CoV-2 antibodies in serum or ultralow-volume blood samples

Auteurs: Zoe Swank, Grégoire Michielin, Hon Ming Yip, Patrick Cohen, Diego O. Andrey, Nicolas Vuilleumier, Laurent Kaiser, Isabella Eckerle, Benjamin Meyer, Sebastian J. Maerkl
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 118/18, 2021, Page(s) e2025289118, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2025289118

Biochemistry of Aminoacyl tRNA Synthetase and tRNAs and Their Engineering for Cell-Free and Synthetic Cell Applications

Auteurs: Ragunathan Bava Ganesh, and Sebastian J. Maerkl
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 22964185, 2022, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers Media S.A
DOI: 10.5281/zenodo.6452569

OnePot PURE Cell-Free System

Auteurs: Laura Grasemann, Barbora Lavickova, M. Carolina Elizondo-Cantú and Sebastian J. Maerkl
Publié dans: Journal of Visualized Experiments, 2021, ISSN 1940-087X
Éditeur: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/62625

Microfluidic Module for Real-Time Generation of Complex Multimolecule Temporal Concentration Profiles

Auteurs: Kristina Woodruff, Sebastian J. Maerkl
Publié dans: Analytical Chemistry, Numéro 90/1, 2017, Page(s) 696-701, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.7b04099

Microfluidic device for real-time formulation of reagents and their subsequent encapsulation into double emulsions

Auteurs: Jui-Chia Chang, Zoe Swank, Oliver Keiser, Sebastian J. Maerkl, Esther Amstad
Publié dans: Scientific Reports, Numéro 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-26542-x

Cell-free gene-regulatory network engineering with synthetic transcription factors

Auteurs: Zoe Swank, Nadanai Laohakunakorn, Sebastian J. Maerkl
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 116/13, 2019, Page(s) 5892-5901, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1816591116

A Multilayer Microfluidic Platform for the Conduction of Prolonged Cell-Free Gene Expression

Auteurs: Ardjan J. van der Linden, Maaruthy Yelleswarapu, Pascal A. Pieters, Zoe Swank, Wilhelm T. S. Huck, Sebastian J. Maerkl, Tom F. A. de Greef
Publié dans: Journal of Visualized Experiments, Numéro 152, 2019, ISSN 1940-087X
Éditeur: MYJoVE Corporation
DOI: 10.3791/59655

Bottom-Up Construction of Complex Biomolecular Systems With Cell-Free Synthetic Biology

Auteurs: Nadanai Laohakunakorn, Laura Grasemann, Barbora Lavickova, Grégoire Michielin, Amir Shahein, Zoe Swank, Sebastian J. Maerkl
Publié dans: Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Numéro 8, 2020, ISSN 2296-4185
Éditeur: Frontiers in Biotechnology and Bioengineering
DOI: 10.3389/fbioe.2020.00213

A Simple, Robust, and Low-Cost Method To Produce the PURE Cell-Free System

Auteurs: Barbora Lavickova, Sebastian J. Maerkl
Publié dans: ACS Synthetic Biology, Numéro 8/2, 2019, Page(s) 455-462, ISSN 2161-5063
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acssynbio.8b00427

Cascaded amplifying circuits enable ultrasensitive cellular sensors for toxic metals

Auteurs: Xinyi Wan, Francesca Volpetti, Ekaterina Petrova, Chris French, Sebastian J. Maerkl and Baojun Wang
Publié dans: Nature Chemical Biology, Numéro 15524450, 2019, ISSN 1552-4450
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41589-019-0244-3

An automated do-it-yourself system for dynamic stem cell and organoid culture in standard multi-well plates

Auteurs: Julia Tischler, Zoe Swank, Hao-An Hsiung, Stefano Vianello, Matthias P Lutolf and Sebastian J Maerkl
Publié dans: Cell Reports Methods, Numéro 26672375, 2022, ISSN 2667-2375
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.crmeth.2022.100244

CFPU: A Cell-Free Processing Unit for High-Throughput, Automated In Vitro Circuit Characterization in Steady-State Conditions

Auteurs: Zoe Swank, Sebastian J. Maerkl
Publié dans: BioDesign Research, Numéro 2021, 2021, Page(s) 1-11, ISSN 2693-1257
Éditeur: AAAS
DOI: 10.34133/2021/2968181