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Statistical physics of immune-viral co-evolution

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Variability in the local and global composition of human T-cell receptor repertoires during thymic development across cell types and individuals (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Giulio Isacchini; Valentin Quiniou; Hélène Vantomme; Paul Stys; Encarnita Mariotti-Ferandiz; David Klatzmann; Aleksandra M. Walczak; Thierry Mora; Armita Nourmohammad
Publié dans: 2023
Éditeur: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2307.14376

Bayesian estimation of the Kullback-Leibler divergence for categorical sytems using mixtures of Dirichlet priors (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Francesco Camaglia; Ilya Nemenman; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: 2023
Éditeur: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2307.04201

Generalized Glauber dynamics for inference in biology (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Xiaowen Chen; Maciej Winiarski; Alicja Puscian; Ewelina Knapska; Aleksandra M. Walczak; Thierry Mora
Publié dans: 2022
Éditeur: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2208.03483

Modelling collective behavior in groups of mice housed under semi-naturalistic conditions (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Xiaowen Chen; Maciej Winiarski; Alicja Puścian; Ewelina Knapska; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: 2023
Éditeur: bioarxiv
DOI: 10.1101/2023.07.26.550619

Combining mutation and recombination statistics to infer clonal families in antibody repertoires (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Natanael Spisak; Thomas Dupic; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: arxiv, Numéro 1, 2022
Éditeur: arxiv
DOI: 10.1101/2022.12.22.521661

Population based selection shapes the T cell receptor repertoire during thymic development (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Francesco Camaglia, Arie Ryvkin, Erez Greenstein, Shlomit Reich-Zeliger, Benny Chain, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Nir Friedman
Publié dans: elife, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.81622

Modeling and predicting the overlap of B- and T-cell receptor repertoires in healthy and SARS-CoV-2 infected individuals (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Maria Ruiz Ortega, Natanael Spisak, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PloS Genetics, 2023, ISSN 1553-7390
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010652

Generative models of T-cell receptor sequences (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Giulio Isacchini, Zachary Sethna, Yuval Elhanati, Armita Nourmohammad, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: Physical Review E, Numéro 101/6, 2020, ISSN 2470-0045
Éditeur: APS
DOI: 10.1103/physreve.101.062414

Learning the statistics and landscape of somatic mutation-induced insertions and deletions in antibodies

Auteurs: Cosimo Lupo, Natanael Spisak, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PLoS CB, 2022, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science

Quantitative Theory of Viral-Immune Coevolution May Be within Reach (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PRXLife, 2023, ISSN 2835-8279
Éditeur: APS
DOI: 10.1103/prxlife.1.011001

RBM-MHC: A Semi-Supervised Machine-Learning Method for Sample-Specific Prediction of Antigen Presentation by HLA-I Alleles (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Barbara Bravi, Jérôme Tubiana, Simona Cocco, Rémi Monasson, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Cell Systems, 2020, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2020.11.005

MINIMALIST: Mutual INformatIon Maximization for Amortized Likelihood Inference from Sampled Trajectories

Auteurs: Giulio Isacchini, Natanael Spisak, Armita Nourmohammad, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Physical Review E, 2022, ISSN 2470-0053
Éditeur: American Physical Society

Probabilities of developing HIV-1 bNAb sequence features in uninfected and chronically infected individuals (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Christoph Kreer; Cosimo Lupo; Meryem S. Ercanoglu; Lutz Gieselmann; Natanael Spisak; Jan Grossbach; Maike Schlotz; Philipp Schommers; Henning Gruell; Leona Dold; Andreas Beyer; Armita Nourmohammad; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak; Florian Klein
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42906-y

Binding affinity landscapes constrain the evolution of broadly neutralizing anti-influenza antibodies (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Angela M Phillips, Katherine R Lawrence, Alief Moulana, Thomas Dupic, Jeffrey Chang, Milo S Johnson, Ivana Cvijovic, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Michael M Desai
Publié dans: elife, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71393

Immune fingerprinting through repertoire similarity (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Thomas Dupic, Meriem Bensouda Koraichi, Anastasia A. Minervina, Mikhail V. Pogorelyy, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 17/1, 2021, Page(s) e1009301, ISSN 1553-7404
Éditeur: PloS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009301

Granger causality analysis for calcium transients in neuronal networks, challenges and improvements (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Faustine Ginoux; Xiaowen Chen; Martin Carbo-Tano; Thierry Mora; Aleksandra M Walczak; Claire Wyart
Publié dans: elife, Numéro 6, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.81279

Probing T-cell response by sequence-based probabilistic modeling (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Barbara Bravi, Vinod P. Balachandran, Benjamin D. Greenbaum, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora, Rémi Monasson, Simona Cocco
Publié dans: PloS CB, 2021, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009297

Deep generative selection models of T and B cell receptor repertoires with soNNia (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Giulio Isacchini, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora, Armita Nourmohammad
Publié dans: PNAS, 2021, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2023141118

Physical observables to determine the nature of membrane-less cellular sub-compartments (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mathias L. Heltberg, Judith Miné-Hattab, Angela Taddei, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: elife, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.69181

Evolutionary stability of antigenically escaping viruses (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Victor Chardès; Andrea Mazzolini; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PNAS, 2023, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.230771212

A transfer-learning approach to predict antigen immunogenicity and T-cell receptor specificity (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Barbara Bravi; Andrea Di Gioacchino;Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz; Aleksandra M Walczak;Thierry Mora;Simona Cocco;Rémi Monasson
Publié dans: elife, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.85126

Inspecting the interaction between human immunodeficiency virus and the immune system through genetic turnover (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Andrea Mazzolini; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 1, 2023, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2022.0056

Precise tracking of vaccine-responding T cell clones reveals convergent and personalized response in identical twins (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mikhail V. Pogorelyy, Anastasia A. Minervina, Maximilian Puelma Touzel, Anastasiia L. Sycheva, Ekaterina A. Komech, Elena I. Kovalenko, Galina G. Karganova, Evgeniy S. Egorov, Alexander Yu. Komkov, Dmitriy M. Chudakov, Ilgar Z. Mamedov, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Yuri B. Lebedev
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 115/50, 2018, Page(s) 12704-12709, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1809642115

Method for identification of condition-associated public antigen receptor sequences (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mikhail V Pogorelyy, Anastasia A Minervina, Dmitriy M Chudakov, Ilgar Z Mamedov, Yuri B Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Publié dans: eLife, Numéro 7, 2018, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.33050

Fierce Selection and Interference in B-Cell Repertoire Response to Chronic HIV-1 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Armita Nourmohammad, Jakub Otwinowski, Marta Łuksza, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 36/10, 2019, Page(s) 2184-2194, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msz143

Origin of Public Memory B Cell Clones in Fish After Antiviral Vaccination (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Susana Magadan, Luc Jouneau, Maximilian Puelma Touzel, Simon Marillet, Wahiba Chara, Adrien Six, Edwige Quillet, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Frédéric Cazals, Oriol Sunyer, Simon Fillatreau, Pierre Boudinot
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2018.02115

Genesis of the αβ T-cell receptor (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Thomas Dupic, Quentin Marcou, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 15/3, 2019, Page(s) e1006874, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006874

Predicting the spectrum of TCR repertoire sharing with a data-driven model of recombination (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Yuval Elhanati, Zachary Sethna, Curtis G. Callan, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Immunological Reviews, Numéro 284/1, 2018, Page(s) 167-179, ISSN 0105-2896
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/imr.12665

Cost and benefits of clustered regularly interspaced short palindromic repeats spacer acquisition (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Serena Bradde, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 374/1772, 2019, Page(s) 20180095, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0095

Evidence for Shaping of Light Chain Repertoire by Structural Selection (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Adar Toledano, Yuval Elhanati, Jennifer I. C. Benichou, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora, Yoram Louzoun
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2018.01307

Size and structure of the sequence space of repeat proteins (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Jacopo Marchi, Ezequiel A. Galpern, Rocio Espada, Diego U. Ferreiro, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 15/8, 2019, Page(s) e1007282, ISSN 1553-7358
Éditeur: PloS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007282

Detecting T cell receptors involved in immune responses from single repertoire snapshots (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mikhail V. Pogorelyy, Anastasia A. Minervina, Mikhail Shugay, Dmitriy M. Chudakov, Yuri B. Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 17/6, 2019, Page(s) e3000314, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000314

OLGA: fast computation of generation probabilities of B- and T-cell receptor amino acid sequences and motifs (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Zachary Sethna, Yuval Elhanati, Curtis G Callan, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 35/17, 2019, Page(s) 2974-2981, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz035

Multi-Lineage Evolution in Viral Populations Driven by Host Immune Systems (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Jacopo Marchi, Michael Lässig, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Pathogens, Numéro 8/3, 2019, Page(s) 115, ISSN 2076-0817
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pathogens8030115

Quantitative immunology for physicists (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Grégoire Altan-Bonnet, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Physics Reports, Numéro 849, 2020, Page(s) 1-83, ISSN 0370-1573
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.physrep.2020.01.001

Primary and secondary anti-viral response captured by the dynamics and phenotype of individual T cell clones (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Anastasia A Minervina, Mikhail V Pogorelyy, Ekaterina A Komech, Vadim K Karnaukhov, Petra Bacher, Elisa Rosati, Andre Franke, Dmitriy M Chudakov, Ilgar Z Mamedov, Yuri B Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53704

Exploiting B Cell Receptor Analyses to Inform on HIV-1 Vaccination Strategies (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Christoph Kreer, Henning Gruell, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Florian Klein
Publié dans: Vaccines, Numéro 8/1, 2020, Page(s) 13, ISSN 2076-393X
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines8010013

Inferring the immune response from repertoire sequencing (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Maximilian Puelma Touzel, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 16/4, 2020, Page(s) e1007873, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007873

Building General Langevin Models from Discrete Datasets (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Federica Ferretti, Victor Chardès, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Irene Giardina
Publié dans: Physical Review X, Numéro 10/3, 2020, ISSN 2160-3308
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.10.031018

Population variability in the generation and selection of T-cell repertoires (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Zachary Sethna, Giulio Isacchini, Thomas Dupic, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Yuval Elhanati
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 16/12, 2020, Page(s) e1008394, ISSN 1553-7358
Éditeur: PloS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008394

SOS: online probability estimation and generation of T-and B-cell receptors (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Giulio Isacchini, Carlos Olivares, Armita Nourmohammad, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Publié dans: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa574

Optimal prediction with resource constraints using the information bottleneck (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Vedant Sachdeva, Thierry Mora, Aleksandra Walczak, Stephanie E. Palmer
Publié dans: PloS CB, 2021, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008743

Inferring the T-cells repertoire dynamics of healthy individuals (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Meriem Bensouda Koraichi, Silvia Ferri, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PNAS, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2207516120

Learning the heterogeneous hypermutation landscape of immunoglobulins from high-throughput repertoire data (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Natanael Spisak, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/19, 2020, Page(s) 10702-10712, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa825

Contribution of resident and circulating precursors to tumor-infiltrating CD8+ T cell populations in lung cancer (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Paul Gueguen, Christina Metoikidou, Thomas Dupic, Myriam Lawand, Christel Goudot, Sylvain Baulande, Sonia Lameiras, Olivier Lantz, Nicolas Girard, Agathe Seguin-Givelet, Marine Lefevre, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Joshua J Waterfall, Sebastian Amigorena
Publié dans: Science Immunology, 2021, ISSN 2470-9468
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciimmunol.abd5778

A Renormalization Group Approach to Connect Discrete- and Continuous-Time Descriptions of Gaussian Processes

Auteurs: Federica Ferretti, Victor Chardes, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Irene Giardina
Publié dans: Physical Review E, 2022, ISSN 2470-0045
Éditeur: American Physical Society

Single molecule microscopy reveals key physical features of repair foci in living cells (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Judith Miné-Hattab, Mathias Heltberg, Marie Villemeur, Chloé Guedj, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Maxime Dahan, Angela Taddei
Publié dans: elife, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60577

Affinity maturation for an optimal balance between long-term immune coverage and short-term resource constraints (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Victor Chardes, Massimo Vergassola, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PNAS, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2113512119

Longitudinal high-throughput TCR repertoire profiling reveals the dynamics of T-cell memory formation after mild COVID-19 infection (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Anastasia A Minervina, Ekaterina A Komech, Aleksei Titov, Meriem Bensouda Koraichi, Elisa Rosati, Ilgar Z Mamedov, Andre Franke, Grigory A Efimov, Dmitriy M Chudakov, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Yuri B Lebedev, Mikhail V Pogorelyy
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.63502

Towards a quantitative theory of tolerance (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Mora, Thierry; Walczak, Aleksandra M.
Publié dans: Trends in Immunology, Numéro 1, 2023, ISSN 1471-4981
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.it.2023.04.008

Antigenic waves of virus–immune coevolution (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Jacopo Marchi, Michael Lässig, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PNAS, 2021, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2103398118

NoisET: Noise learning and Expansion detection of T-cell receptors with Python (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Meriem Bensouda Koraichi, Maximilian Puelma Touzel, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: J. Phys. Chem. A, 2022, ISSN 1520-5215
Éditeur: ACS
DOI: 10.1021/acs.jpca.2c05002

How many different clonotypes do immune repertoires contain? (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Current Opinion in Systems Biology, Numéro 18, 2019, Page(s) 104-110, ISSN 2452-3100
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coisb.2019.10.001

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