Statistical physics of immune-viral co-evolution

Informations projet

STRUGGLE

N° de convention de subvention: 724208

DOI

10.3030/724208

Projet clôturé

Date de signature de la CE 26 Janvier 2017

Date de début 1 Novembre 2017

Date de fin 31 Octobre 2023

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 909 750,00

Contribution de l’UE

€ 1 909 750,00

Coordonné par

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Publications

Other (5)

Variability in the local and global composition of human T-cell receptor repertoires during thymic development across cell types and individuals

Auteurs: Giulio Isacchini; Valentin Quiniou; Hélène Vantomme; Paul Stys; Encarnita Mariotti-Ferandiz; David Klatzmann; Aleksandra M. Walczak; Thierry Mora; Armita Nourmohammad
Publié dans: 2023
Éditeur: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2307.14376

Bayesian estimation of the Kullback-Leibler divergence for categorical sytems using mixtures of Dirichlet priors

Auteurs: Francesco Camaglia; Ilya Nemenman; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: 2023
Éditeur: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2307.04201

Generalized Glauber dynamics for inference in biology

Auteurs: Xiaowen Chen; Maciej Winiarski; Alicja Puscian; Ewelina Knapska; Aleksandra M. Walczak; Thierry Mora
Publié dans: 2022
Éditeur: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2208.03483

Modelling collective behavior in groups of mice housed under semi-naturalistic conditions

Auteurs: Xiaowen Chen; Maciej Winiarski; Alicja Puścian; Ewelina Knapska; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: 2023
Éditeur: bioarxiv
DOI: 10.1101/2023.07.26.550619

Combining mutation and recombination statistics to infer clonal families in antibody repertoires

Auteurs: Natanael Spisak; Thomas Dupic; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: arxiv, Numéro 1, 2022
Éditeur: arxiv
DOI: 10.1101/2022.12.22.521661

Non-peer reviewed articles (3)

Population based selection shapes the T cell receptor repertoire during thymic development

Auteurs: Francesco Camaglia, Arie Ryvkin, Erez Greenstein, Shlomit Reich-Zeliger, Benny Chain, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Nir Friedman
Publié dans: elife, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.81622

Modeling and predicting the overlap of B- and T-cell receptor repertoires in healthy and SARS-CoV-2 infected individuals

Auteurs: Maria Ruiz Ortega, Natanael Spisak, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PloS Genetics, 2023, ISSN 1553-7390
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010652

Generative models of T-cell receptor sequences

Auteurs: Giulio Isacchini, Zachary Sethna, Yuval Elhanati, Armita Nourmohammad, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: Physical Review E, Numéro 101/6, 2020, ISSN 2470-0045
Éditeur: APS
DOI: 10.1103/physreve.101.062414

Peer reviewed articles (45)

Learning the statistics and landscape of somatic mutation-induced insertions and deletions in antibodies

Auteurs: Cosimo Lupo, Natanael Spisak, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PLoS CB, 2022, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science

Quantitative Theory of Viral-Immune Coevolution May Be within Reach

Auteurs: Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PRXLife, 2023, ISSN 2835-8279
Éditeur: APS
DOI: 10.1103/prxlife.1.011001

RBM-MHC: A Semi-Supervised Machine-Learning Method for Sample-Specific Prediction of Antigen Presentation by HLA-I Alleles

Auteurs: Barbara Bravi, Jérôme Tubiana, Simona Cocco, Rémi Monasson, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Cell Systems, 2020, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2020.11.005

MINIMALIST: Mutual INformatIon Maximization for Amortized Likelihood Inference from Sampled Trajectories

Auteurs: Giulio Isacchini, Natanael Spisak, Armita Nourmohammad, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Physical Review E, 2022, ISSN 2470-0053
Éditeur: American Physical Society

Probabilities of developing HIV-1 bNAb sequence features in uninfected and chronically infected individuals

Auteurs: Christoph Kreer; Cosimo Lupo; Meryem S. Ercanoglu; Lutz Gieselmann; Natanael Spisak; Jan Grossbach; Maike Schlotz; Philipp Schommers; Henning Gruell; Leona Dold; Andreas Beyer; Armita Nourmohammad; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak; Florian Klein
Publié dans: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42906-y

Binding affinity landscapes constrain the evolution of broadly neutralizing anti-influenza antibodies

Auteurs: Angela M Phillips, Katherine R Lawrence, Alief Moulana, Thomas Dupic, Jeffrey Chang, Milo S Johnson, Ivana Cvijovic, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Michael M Desai
Publié dans: elife, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71393

Immune fingerprinting through repertoire similarity

Auteurs: Thomas Dupic, Meriem Bensouda Koraichi, Anastasia A. Minervina, Mikhail V. Pogorelyy, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 17/1, 2021, Page(s) e1009301, ISSN 1553-7404
Éditeur: PloS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009301

Granger causality analysis for calcium transients in neuronal networks, challenges and improvements

Auteurs: Faustine Ginoux; Xiaowen Chen; Martin Carbo-Tano; Thierry Mora; Aleksandra M Walczak; Claire Wyart
Publié dans: elife, Numéro 6, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.81279

Probing T-cell response by sequence-based probabilistic modeling

Auteurs: Barbara Bravi, Vinod P. Balachandran, Benjamin D. Greenbaum, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora, Rémi Monasson, Simona Cocco
Publié dans: PloS CB, 2021, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009297

Deep generative selection models of T and B cell receptor repertoires with soNNia

Auteurs: Giulio Isacchini, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora, Armita Nourmohammad
Publié dans: PNAS, 2021, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2023141118

Physical observables to determine the nature of membrane-less cellular sub-compartments

Auteurs: Mathias L. Heltberg, Judith Miné-Hattab, Angela Taddei, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: elife, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.69181

Evolutionary stability of antigenically escaping viruses

Auteurs: Victor Chardès; Andrea Mazzolini; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PNAS, 2023, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.230771212

A transfer-learning approach to predict antigen immunogenicity and T-cell receptor specificity

Auteurs: Barbara Bravi; Andrea Di Gioacchino;Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz; Aleksandra M Walczak;Thierry Mora;Simona Cocco;Rémi Monasson
Publié dans: elife, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.85126

Inspecting the interaction between human immunodeficiency virus and the immune system through genetic turnover

Auteurs: Andrea Mazzolini; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 1, 2023, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2022.0056

Precise tracking of vaccine-responding T cell clones reveals convergent and personalized response in identical twins

Auteurs: Mikhail V. Pogorelyy, Anastasia A. Minervina, Maximilian Puelma Touzel, Anastasiia L. Sycheva, Ekaterina A. Komech, Elena I. Kovalenko, Galina G. Karganova, Evgeniy S. Egorov, Alexander Yu. Komkov, Dmitriy M. Chudakov, Ilgar Z. Mamedov, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Yuri B. Lebedev
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 115/50, 2018, Page(s) 12704-12709, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1809642115

Method for identification of condition-associated public antigen receptor sequences

Auteurs: Mikhail V Pogorelyy, Anastasia A Minervina, Dmitriy M Chudakov, Ilgar Z Mamedov, Yuri B Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Publié dans: eLife, Numéro 7, 2018, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.33050

Fierce Selection and Interference in B-Cell Repertoire Response to Chronic HIV-1

Auteurs: Armita Nourmohammad, Jakub Otwinowski, Marta Łuksza, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 36/10, 2019, Page(s) 2184-2194, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msz143

Origin of Public Memory B Cell Clones in Fish After Antiviral Vaccination

Auteurs: Susana Magadan, Luc Jouneau, Maximilian Puelma Touzel, Simon Marillet, Wahiba Chara, Adrien Six, Edwige Quillet, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Frédéric Cazals, Oriol Sunyer, Simon Fillatreau, Pierre Boudinot
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2018.02115

Genesis of the αβ T-cell receptor

Auteurs: Thomas Dupic, Quentin Marcou, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 15/3, 2019, Page(s) e1006874, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006874

Predicting the spectrum of TCR repertoire sharing with a data-driven model of recombination

Auteurs: Yuval Elhanati, Zachary Sethna, Curtis G. Callan, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Immunological Reviews, Numéro 284/1, 2018, Page(s) 167-179, ISSN 0105-2896
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/imr.12665

Cost and benefits of clustered regularly interspaced short palindromic repeats spacer acquisition

Auteurs: Serena Bradde, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 374/1772, 2019, Page(s) 20180095, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0095

Evidence for Shaping of Light Chain Repertoire by Structural Selection

Auteurs: Adar Toledano, Yuval Elhanati, Jennifer I. C. Benichou, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora, Yoram Louzoun
Publié dans: Frontiers in Immunology, Numéro 9, 2018, ISSN 1664-3224
Éditeur: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2018.01307

Size and structure of the sequence space of repeat proteins

Auteurs: Jacopo Marchi, Ezequiel A. Galpern, Rocio Espada, Diego U. Ferreiro, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 15/8, 2019, Page(s) e1007282, ISSN 1553-7358
Éditeur: PloS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007282

Detecting T cell receptors involved in immune responses from single repertoire snapshots

Auteurs: Mikhail V. Pogorelyy, Anastasia A. Minervina, Mikhail Shugay, Dmitriy M. Chudakov, Yuri B. Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 17/6, 2019, Page(s) e3000314, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000314

OLGA: fast computation of generation probabilities of B- and T-cell receptor amino acid sequences and motifs

Auteurs: Zachary Sethna, Yuval Elhanati, Curtis G Callan, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Publié dans: Bioinformatics, Numéro 35/17, 2019, Page(s) 2974-2981, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz035

Multi-Lineage Evolution in Viral Populations Driven by Host Immune Systems

Auteurs: Jacopo Marchi, Michael Lässig, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Pathogens, Numéro 8/3, 2019, Page(s) 115, ISSN 2076-0817
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pathogens8030115

Quantitative immunology for physicists

Auteurs: Grégoire Altan-Bonnet, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Physics Reports, Numéro 849, 2020, Page(s) 1-83, ISSN 0370-1573
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.physrep.2020.01.001

Primary and secondary anti-viral response captured by the dynamics and phenotype of individual T cell clones

Auteurs: Anastasia A Minervina, Mikhail V Pogorelyy, Ekaterina A Komech, Vadim K Karnaukhov, Petra Bacher, Elisa Rosati, Andre Franke, Dmitriy M Chudakov, Ilgar Z Mamedov, Yuri B Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53704

Exploiting B Cell Receptor Analyses to Inform on HIV-1 Vaccination Strategies

Auteurs: Christoph Kreer, Henning Gruell, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Florian Klein
Publié dans: Vaccines, Numéro 8/1, 2020, Page(s) 13, ISSN 2076-393X
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines8010013

Inferring the immune response from repertoire sequencing

Auteurs: Maximilian Puelma Touzel, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 16/4, 2020, Page(s) e1007873, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007873

Building General Langevin Models from Discrete Datasets

Auteurs: Federica Ferretti, Victor Chardès, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Irene Giardina
Publié dans: Physical Review X, Numéro 10/3, 2020, ISSN 2160-3308
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.10.031018

Population variability in the generation and selection of T-cell repertoires

Auteurs: Zachary Sethna, Giulio Isacchini, Thomas Dupic, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Yuval Elhanati
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 16/12, 2020, Page(s) e1008394, ISSN 1553-7358
Éditeur: PloS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008394

SOS: online probability estimation and generation of T-and B-cell receptors

Auteurs: Giulio Isacchini, Carlos Olivares, Armita Nourmohammad, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Publié dans: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa574

Optimal prediction with resource constraints using the information bottleneck

Auteurs: Vedant Sachdeva, Thierry Mora, Aleksandra Walczak, Stephanie E. Palmer
Publié dans: PloS CB, 2021, ISSN 1553-734X
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008743

Inferring the T-cells repertoire dynamics of healthy individuals

Auteurs: Meriem Bensouda Koraichi, Silvia Ferri, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PNAS, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2207516120

Learning the heterogeneous hypermutation landscape of immunoglobulins from high-throughput repertoire data

Auteurs: Natanael Spisak, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/19, 2020, Page(s) 10702-10712, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa825

Contribution of resident and circulating precursors to tumor-infiltrating CD8+ T cell populations in lung cancer

Auteurs: Paul Gueguen, Christina Metoikidou, Thomas Dupic, Myriam Lawand, Christel Goudot, Sylvain Baulande, Sonia Lameiras, Olivier Lantz, Nicolas Girard, Agathe Seguin-Givelet, Marine Lefevre, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Joshua J Waterfall, Sebastian Amigorena
Publié dans: Science Immunology, 2021, ISSN 2470-9468
Éditeur: AAAS
DOI: 10.1126/sciimmunol.abd5778

A Renormalization Group Approach to Connect Discrete- and Continuous-Time Descriptions of Gaussian Processes

Auteurs: Federica Ferretti, Victor Chardes, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Irene Giardina
Publié dans: Physical Review E, 2022, ISSN 2470-0045
Éditeur: American Physical Society

Single molecule microscopy reveals key physical features of repair foci in living cells

Auteurs: Judith Miné-Hattab, Mathias Heltberg, Marie Villemeur, Chloé Guedj, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Maxime Dahan, Angela Taddei
Publié dans: elife, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60577

Affinity maturation for an optimal balance between long-term immune coverage and short-term resource constraints

Auteurs: Victor Chardes, Massimo Vergassola, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PNAS, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2113512119

Longitudinal high-throughput TCR repertoire profiling reveals the dynamics of T-cell memory formation after mild COVID-19 infection

Auteurs: Anastasia A Minervina, Ekaterina A Komech, Aleksei Titov, Meriem Bensouda Koraichi, Elisa Rosati, Ilgar Z Mamedov, Andre Franke, Grigory A Efimov, Dmitriy M Chudakov, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Yuri B Lebedev, Mikhail V Pogorelyy
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.63502

Towards a quantitative theory of tolerance

Auteurs: Mora, Thierry; Walczak, Aleksandra M.
Publié dans: Trends in Immunology, Numéro 1, 2023, ISSN 1471-4981
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.it.2023.04.008

Antigenic waves of virus–immune coevolution

Auteurs: Jacopo Marchi, Michael Lässig, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Publié dans: PNAS, 2021, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2103398118

NoisET: Noise learning and Expansion detection of T-cell receptors with Python

Auteurs: Meriem Bensouda Koraichi, Maximilian Puelma Touzel, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: J. Phys. Chem. A, 2022, ISSN 1520-5215
Éditeur: ACS
DOI: 10.1021/acs.jpca.2c05002

How many different clonotypes do immune repertoires contain?

Auteurs: Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Publié dans: Current Opinion in Systems Biology, Numéro 18, 2019, Page(s) 104-110, ISSN 2452-3100
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coisb.2019.10.001