Statistical physics of immune-viral co-evolution

Veröffentlichungen

Variability in the local and global composition of human T-cell receptor repertoires during thymic development across cell types and individuals

Autoren: Giulio Isacchini; Valentin Quiniou; Hélène Vantomme; Paul Stys; Encarnita Mariotti-Ferandiz; David Klatzmann; Aleksandra M. Walczak; Thierry Mora; Armita Nourmohammad
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2307.14376

Bayesian estimation of the Kullback-Leibler divergence for categorical sytems using mixtures of Dirichlet priors

Autoren: Francesco Camaglia; Ilya Nemenman; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2307.04201

Generalized Glauber dynamics for inference in biology

Autoren: Xiaowen Chen; Maciej Winiarski; Alicja Puscian; Ewelina Knapska; Aleksandra M. Walczak; Thierry Mora
Veröffentlicht in: 2022
Herausgeber: arxiv
DOI: 10.48550/arxiv.2208.03483

Modelling collective behavior in groups of mice housed under semi-naturalistic conditions

Autoren: Xiaowen Chen; Maciej Winiarski; Alicja Puścian; Ewelina Knapska; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: 2023
Herausgeber: bioarxiv
DOI: 10.1101/2023.07.26.550619

Combining mutation and recombination statistics to infer clonal families in antibody repertoires

Autoren: Natanael Spisak; Thomas Dupic; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: arxiv, Ausgabe 1, 2022
Herausgeber: arxiv
DOI: 10.1101/2022.12.22.521661

Population based selection shapes the T cell receptor repertoire during thymic development

Autoren: Francesco Camaglia, Arie Ryvkin, Erez Greenstein, Shlomit Reich-Zeliger, Benny Chain, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Nir Friedman
Veröffentlicht in: elife, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.81622

Modeling and predicting the overlap of B- and T-cell receptor repertoires in healthy and SARS-CoV-2 infected individuals

Autoren: Maria Ruiz Ortega, Natanael Spisak, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: PloS Genetics, 2023, ISSN 1553-7390
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pgen.1010652

Generative models of T-cell receptor sequences

Autoren: Giulio Isacchini, Zachary Sethna, Yuval Elhanati, Armita Nourmohammad, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 101/6, 2020, ISSN 2470-0045
Herausgeber: APS
DOI: 10.1103/physreve.101.062414

Learning the statistics and landscape of somatic mutation-induced insertions and deletions in antibodies

Autoren: Cosimo Lupo, Natanael Spisak, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: PLoS CB, 2022, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science

Quantitative Theory of Viral-Immune Coevolution May Be within Reach

Autoren: Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: PRXLife, 2023, ISSN 2835-8279
Herausgeber: APS
DOI: 10.1103/prxlife.1.011001

RBM-MHC: A Semi-Supervised Machine-Learning Method for Sample-Specific Prediction of Antigen Presentation by HLA-I Alleles

Autoren: Barbara Bravi, Jérôme Tubiana, Simona Cocco, Rémi Monasson, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: Cell Systems, 2020, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.cels.2020.11.005

MINIMALIST: Mutual INformatIon Maximization for Amortized Likelihood Inference from Sampled Trajectories

Autoren: Giulio Isacchini, Natanael Spisak, Armita Nourmohammad, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: Physical Review E, 2022, ISSN 2470-0053
Herausgeber: American Physical Society

Probabilities of developing HIV-1 bNAb sequence features in uninfected and chronically infected individuals

Autoren: Christoph Kreer; Cosimo Lupo; Meryem S. Ercanoglu; Lutz Gieselmann; Natanael Spisak; Jan Grossbach; Maike Schlotz; Philipp Schommers; Henning Gruell; Leona Dold; Andreas Beyer; Armita Nourmohammad; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak; Florian Klein
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-42906-y

Binding affinity landscapes constrain the evolution of broadly neutralizing anti-influenza antibodies

Autoren: Angela M Phillips, Katherine R Lawrence, Alief Moulana, Thomas Dupic, Jeffrey Chang, Milo S Johnson, Ivana Cvijovic, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Michael M Desai
Veröffentlicht in: elife, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.71393

Immune fingerprinting through repertoire similarity

Autoren: Thomas Dupic, Meriem Bensouda Koraichi, Anastasia A. Minervina, Mikhail V. Pogorelyy, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 17/1, 2021, Seite(n) e1009301, ISSN 1553-7404
Herausgeber: PloS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1009301

Granger causality analysis for calcium transients in neuronal networks, challenges and improvements

Autoren: Faustine Ginoux; Xiaowen Chen; Martin Carbo-Tano; Thierry Mora; Aleksandra M Walczak; Claire Wyart
Veröffentlicht in: elife, Ausgabe 6, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.81279

Probing T-cell response by sequence-based probabilistic modeling

Autoren: Barbara Bravi, Vinod P. Balachandran, Benjamin D. Greenbaum, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora, Rémi Monasson, Simona Cocco
Veröffentlicht in: PloS CB, 2021, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1009297

Deep generative selection models of T and B cell receptor repertoires with soNNia

Autoren: Giulio Isacchini, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora, Armita Nourmohammad
Veröffentlicht in: PNAS, 2021, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2023141118

Physical observables to determine the nature of membrane-less cellular sub-compartments

Autoren: Mathias L. Heltberg, Judith Miné-Hattab, Angela Taddei, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: elife, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.69181

Evolutionary stability of antigenically escaping viruses

Autoren: Victor Chardès; Andrea Mazzolini; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: PNAS, 2023, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.230771212

A transfer-learning approach to predict antigen immunogenicity and T-cell receptor specificity

Autoren: Barbara Bravi; Andrea Di Gioacchino;Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz; Aleksandra M Walczak;Thierry Mora;Simona Cocco;Rémi Monasson
Veröffentlicht in: elife, 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.85126

Inspecting the interaction between human immunodeficiency virus and the immune system through genetic turnover

Autoren: Andrea Mazzolini; Thierry Mora; Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 1, 2023, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2022.0056

Precise tracking of vaccine-responding T cell clones reveals convergent and personalized response in identical twins

Autoren: Mikhail V. Pogorelyy, Anastasia A. Minervina, Maximilian Puelma Touzel, Anastasiia L. Sycheva, Ekaterina A. Komech, Elena I. Kovalenko, Galina G. Karganova, Evgeniy S. Egorov, Alexander Yu. Komkov, Dmitriy M. Chudakov, Ilgar Z. Mamedov, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Yuri B. Lebedev
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 115/50, 2018, Seite(n) 12704-12709, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1809642115

Method for identification of condition-associated public antigen receptor sequences

Autoren: Mikhail V Pogorelyy, Anastasia A Minervina, Dmitriy M Chudakov, Ilgar Z Mamedov, Yuri B Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 7, 2018, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.33050

Fierce Selection and Interference in B-Cell Repertoire Response to Chronic HIV-1

Autoren: Armita Nourmohammad, Jakub Otwinowski, Marta Łuksza, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 36/10, 2019, Seite(n) 2184-2194, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msz143

Origin of Public Memory B Cell Clones in Fish After Antiviral Vaccination

Autoren: Susana Magadan, Luc Jouneau, Maximilian Puelma Touzel, Simon Marillet, Wahiba Chara, Adrien Six, Edwige Quillet, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Frédéric Cazals, Oriol Sunyer, Simon Fillatreau, Pierre Boudinot
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2018.02115

Genesis of the αβ T-cell receptor

Autoren: Thomas Dupic, Quentin Marcou, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 15/3, 2019, Seite(n) e1006874, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLos
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006874

Predicting the spectrum of TCR repertoire sharing with a data-driven model of recombination

Autoren: Yuval Elhanati, Zachary Sethna, Curtis G. Callan, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: Immunological Reviews, Ausgabe 284/1, 2018, Seite(n) 167-179, ISSN 0105-2896
Herausgeber: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/imr.12665

Cost and benefits of clustered regularly interspaced short palindromic repeats spacer acquisition

Autoren: Serena Bradde, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 374/1772, 2019, Seite(n) 20180095, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0095

Evidence for Shaping of Light Chain Repertoire by Structural Selection

Autoren: Adar Toledano, Yuval Elhanati, Jennifer I. C. Benichou, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora, Yoram Louzoun
Veröffentlicht in: Frontiers in Immunology, Ausgabe 9, 2018, ISSN 1664-3224
Herausgeber: Frontiers
DOI: 10.3389/fimmu.2018.01307

Size and structure of the sequence space of repeat proteins

Autoren: Jacopo Marchi, Ezequiel A. Galpern, Rocio Espada, Diego U. Ferreiro, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 15/8, 2019, Seite(n) e1007282, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PloS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007282

Detecting T cell receptors involved in immune responses from single repertoire snapshots

Autoren: Mikhail V. Pogorelyy, Anastasia A. Minervina, Mikhail Shugay, Dmitriy M. Chudakov, Yuri B. Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 17/6, 2019, Seite(n) e3000314, ISSN 1545-7885
Herausgeber: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000314

OLGA: fast computation of generation probabilities of B- and T-cell receptor amino acid sequences and motifs

Autoren: Zachary Sethna, Yuval Elhanati, Curtis G Callan, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: Bioinformatics, Ausgabe 35/17, 2019, Seite(n) 2974-2981, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btz035

Multi-Lineage Evolution in Viral Populations Driven by Host Immune Systems

Autoren: Jacopo Marchi, Michael Lässig, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: Pathogens, Ausgabe 8/3, 2019, Seite(n) 115, ISSN 2076-0817
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/pathogens8030115

Quantitative immunology for physicists

Autoren: Grégoire Altan-Bonnet, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: Physics Reports, Ausgabe 849, 2020, Seite(n) 1-83, ISSN 0370-1573
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.physrep.2020.01.001

Primary and secondary anti-viral response captured by the dynamics and phenotype of individual T cell clones

Autoren: Anastasia A Minervina, Mikhail V Pogorelyy, Ekaterina A Komech, Vadim K Karnaukhov, Petra Bacher, Elisa Rosati, Andre Franke, Dmitriy M Chudakov, Ilgar Z Mamedov, Yuri B Lebedev, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.53704

Exploiting B Cell Receptor Analyses to Inform on HIV-1 Vaccination Strategies

Autoren: Christoph Kreer, Henning Gruell, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Florian Klein
Veröffentlicht in: Vaccines, Ausgabe 8/1, 2020, Seite(n) 13, ISSN 2076-393X
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines8010013

Inferring the immune response from repertoire sequencing

Autoren: Maximilian Puelma Touzel, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 16/4, 2020, Seite(n) e1007873, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PLoS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007873

Building General Langevin Models from Discrete Datasets

Autoren: Federica Ferretti, Victor Chardès, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Irene Giardina
Veröffentlicht in: Physical Review X, Ausgabe 10/3, 2020, ISSN 2160-3308
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevx.10.031018

Population variability in the generation and selection of T-cell repertoires

Autoren: Zachary Sethna, Giulio Isacchini, Thomas Dupic, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Yuval Elhanati
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 16/12, 2020, Seite(n) e1008394, ISSN 1553-7358
Herausgeber: PloS
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008394

SOS: online probability estimation and generation of T-and B-cell receptors

Autoren: Giulio Isacchini, Carlos Olivares, Armita Nourmohammad, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: Bioinformatics, 2020, ISSN 1367-4803
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaa574

Optimal prediction with resource constraints using the information bottleneck

Autoren: Vedant Sachdeva, Thierry Mora, Aleksandra Walczak, Stephanie E. Palmer
Veröffentlicht in: PloS CB, 2021, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008743

Inferring the T-cells repertoire dynamics of healthy individuals

Autoren: Meriem Bensouda Koraichi, Silvia Ferri, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: PNAS, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2207516120

Learning the heterogeneous hypermutation landscape of immunoglobulins from high-throughput repertoire data

Autoren: Natanael Spisak, Aleksandra M Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/19, 2020, Seite(n) 10702-10712, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa825

Contribution of resident and circulating precursors to tumor-infiltrating CD8+ T cell populations in lung cancer

Autoren: Paul Gueguen, Christina Metoikidou, Thomas Dupic, Myriam Lawand, Christel Goudot, Sylvain Baulande, Sonia Lameiras, Olivier Lantz, Nicolas Girard, Agathe Seguin-Givelet, Marine Lefevre, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Joshua J Waterfall, Sebastian Amigorena
Veröffentlicht in: Science Immunology, 2021, ISSN 2470-9468
Herausgeber: AAAS
DOI: 10.1126/sciimmunol.abd5778

A Renormalization Group Approach to Connect Discrete- and Continuous-Time Descriptions of Gaussian Processes

Autoren: Federica Ferretti, Victor Chardes, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Irene Giardina
Veröffentlicht in: Physical Review E, 2022, ISSN 2470-0045
Herausgeber: American Physical Society

Single molecule microscopy reveals key physical features of repair foci in living cells

Autoren: Judith Miné-Hattab, Mathias Heltberg, Marie Villemeur, Chloé Guedj, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak, Maxime Dahan, Angela Taddei
Veröffentlicht in: elife, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.60577

Affinity maturation for an optimal balance between long-term immune coverage and short-term resource constraints

Autoren: Victor Chardes, Massimo Vergassola, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: PNAS, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2113512119

Longitudinal high-throughput TCR repertoire profiling reveals the dynamics of T-cell memory formation after mild COVID-19 infection

Autoren: Anastasia A Minervina, Ekaterina A Komech, Aleksei Titov, Meriem Bensouda Koraichi, Elisa Rosati, Ilgar Z Mamedov, Andre Franke, Grigory A Efimov, Dmitriy M Chudakov, Thierry Mora, Aleksandra M Walczak, Yuri B Lebedev, Mikhail V Pogorelyy
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 10, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.63502

Towards a quantitative theory of tolerance

Autoren: Mora, Thierry; Walczak, Aleksandra M.
Veröffentlicht in: Trends in Immunology, Ausgabe 1, 2023, ISSN 1471-4981
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.it.2023.04.008

Antigenic waves of virus–immune coevolution

Autoren: Jacopo Marchi, Michael Lässig, Aleksandra M. Walczak, Thierry Mora
Veröffentlicht in: PNAS, 2021, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2103398118

NoisET: Noise learning and Expansion detection of T-cell receptors with Python

Autoren: Meriem Bensouda Koraichi, Maximilian Puelma Touzel, Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: J. Phys. Chem. A, 2022, ISSN 1520-5215
Herausgeber: ACS
DOI: 10.1021/acs.jpca.2c05002

How many different clonotypes do immune repertoires contain?

Autoren: Thierry Mora, Aleksandra M. Walczak
Veröffentlicht in: Current Opinion in Systems Biology, Ausgabe 18, 2019, Seite(n) 104-110, ISSN 2452-3100
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.coisb.2019.10.001

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