Single cell genomic analysis and perturbations of hematopoietic progenitors: Towards a refined model of hematopoiesis

Informations projet

HemTree2.0

N° de convention de subvention: 724471

DOI

10.3030/724471

Projet clôturé

Date de signature de la CE 5 Avril 2017

Date de début 1 Octobre 2017

Date de fin 30 Septembre 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Publications

Peer reviewed articles (17)

Dissecting cellular crosstalk by sequencing physically interacting cells

Auteurs: Amir Giladi, Merav Cohen, Chiara Medaglia, Yael Baran, Baoguo Li, Mor Zada, Pierre Bost, Ronnie Blecher-Gonen, Tomer-Meir Salame, Johannes U. Mayer, Eyal David, Franca Ronchese, Amos Tanay & Ido Amit
Publié dans: Nature Biotechnology, 2020, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0442-2

Host-Viral Infection Maps Reveal Signatures of Severe COVID-19 Patients.

Auteurs: Pierre Bost; Amir Giladi; Yang Liu; Yanis Bendjelal; Gang Xu; Eyal David; Ronnie Blecher-Gonen; Merav Cohen; Chiara Medaglia; Hanjie Li; Aleksandra Deczkowska; Shuye Zhang; Benno Schwikowski; Zheng Zhang; Ido Amit
Publié dans: EISSN: 1097-4172, Numéro 1, 2020, ISSN 1097-4172
Éditeur: cell press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.006

XCR1+ type 1 conventional dendritic cells drive liver pathology in non-alcoholic steatohepatitis

Auteurs: Aleksandra Deczkowska, Eyal David, Pierluigi Ramadori, Dominik Pfister, Michal Safran, Baoguo Li, Amir Giladi, Diego Adhemar Jaitin, Oren Barboy, Merav Cohen, Ido Yofe, Chamutal Gur, Shir Shlomi-Loubaton, Sandrine Henri, Yousuf Suhail, Mengjie Qiu, Shing Kam, Hila Hermon, Eylon Lahat, Gil Ben Yakov, Oranit Cohen-Ezra, Yana Davidov, Mariya Likhter, David Goitein, Susanne Roth, Achim Weber, Bernard
Publié dans: Nature Medicine, 2022, ISSN 1078-8956
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-021-01344-3

Lipid-Associated Macrophages Control Metabolic Homeostasis in a Trem2-Dependent Manner

Auteurs: Diego Adhemar Jaitin, Lorenz Adlung, Christoph A. Thaiss, Assaf Weiner, Baoguo Li, Hélène Descamps, Patrick Lundgren, Camille Bleriot, Zhaoyuan Liu, Aleksandra Deczkowska, Hadas Keren-Shaul, Eyal David, Niv Zmora, Shai Meron Eldar, Nir Lubezky, Oren Shibolet, David A. Hill, Mitchell A. Lazar, Marco Colonna, Florent Ginhoux, Hagit Shapiro, Eran Elinav, Ido Amit
Publié dans: Cell, Numéro 178/3, 2019, Page(s) 686-698.e14, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.054

Coupled scRNA-Seq and Intracellular Protein Activity Reveal an Immunosuppressive Role of TREM2 in Cancer

Auteurs: Katzenelenbogen Y., Sheban F., Yalin A. Yofe I., Svetlichnyy D., Jaitin D. A., Bornstein C., Moshe A., Keren-Shaul H., Cohen M., Wang S., Li B., David E., Salame T., Weiner A. & Amit I.
Publié dans: CELL, 2020, ISSN 1097-4172
Éditeur: CELL PRESS
DOI: 10.1016/j.cell.2020.06.032

A Unique Microglia Type Associated with Restricting Development of Alzheimer's Disease

Auteurs: Keren-Shaul H, Spinrad A, Weiner A, Matcovitch-Natan O, Dvir-Szternfeld R, Ulland TK, David E, Baruch K, Lara-Astaiso D, Toth B, Itzkovitz S, Colonna M, Schwartz M, Amit I
Publié dans: CELL, Numéro 169(7), 2017, Page(s) 276-1290.e17, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.05.018

The interaction of CD4+ helper T cells with dendritic cells shapes the tumor microenvironment and immune checkpoint blockade response

Auteurs: Merav Cohen, Amir Giladi, Oren Barboy, Pauline Hamon, Baoguo Li, Mor Zada, Anna Gurevich-Shapiro, Cristian Gabriel Beccaria, Eyal David, Barbara B. Maier, Mark Buckup, Iris Kamer, Aleksandra Deczkowska, Jessica Le Berichel, Jair Bar, Matteo Iannacone, Amos Tanay, Miriam Merad & Ido Amit
Publié dans: Nature Cancer, 2022, ISSN 2662-1347
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43018-022-00338-5

Single-Cell Genomics: A Stepping Stone for Future Immunology Discoveries

Auteurs: Amir Giladi, Ido Amit
Publié dans: Cell, Numéro 172/1-2, 2018, Page(s) 14-21, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.11.011

Spatial reconstruction of immune niches by combining photoactivatable reporters and scRNA-seq

Auteurs: Chiara Medaglia, Amir Giladi, Liat Stoler-Barak, Marco De Giovanni, Tomer Meir Salame, Adi Biram, Eyal David, Hanjie Li, Matteo Iannacone, Ziv Shulman, Ido Amit
Publié dans: Science, Numéro 358/6370, 2017, Page(s) 1622-1626, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aao4277

Single-cell characterization of haematopoietic progenitors and their trajectories in homeostasis and perturbed haematopoiesis

Auteurs: Amir Giladi, Franziska Paul, Yoni Herzog, Yaniv Lubling, Assaf Weiner, Ido Yofe, Diego Jaitin, Nina Cabezas-Wallscheid, Regine Dress, Florent Ginhoux, Andreas Trumpp, Amos Tanay, Ido Amit
Publié dans: Nature Cell Biology, Numéro 20/7, 2018, Page(s) 836-846, ISSN 1465-7392
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-018-0121-4

Single-cell mapping of the thymic stroma identifies IL-25-producing tuft epithelial cells

Auteurs: Chamutal Bornstein, Shir Nevo, Amir Giladi, Noam Kadouri, Marie Pouzolles, François Gerbe, Eyal David, Alice Machado, Anna Chuprin, Beáta Tóth, Ori Goldberg, Shalev Itzkovitz, Naomi Taylor, Philippe Jay, Valérie S. Zimmermann, Jakub Abramson, Ido Amit
Publié dans: Nature, Numéro 559/7715, 2018, Page(s) 622-626, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0346-1

Lung Single-Cell Signaling Interaction Map Reveals Basophil Role in Macrophage Imprinting

Auteurs: Merav Cohen, Amir Giladi, Anna-Dorothea Gorki, Dikla Gelbard Solodkin, Mor Zada, Anastasiya Hladik, Andras Miklosi, Tomer-Meir Salame, Keren Bahar Halpern, Eyal David, Shalev Itzkovitz, Tibor Harkany, Sylvia Knapp, Ido Amit
Publié dans: Cell, Numéro 175/4, 2018, Page(s) 1031-1044.e18, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.09.009

Single cell dissection of plasma cell heterogeneity in symptomatic and asymptomatic myeloma

Auteurs: Guy Ledergor, Assaf Weiner, Mor Zada, Shuang-Yin Wang, Yael C. Cohen, Moshe E. Gatt, Nimrod Snir, Hila Magen, Maya Koren-Michowitz, Katrin Herzog-Tzarfati, Hadas Keren-Shaul, Chamutal Bornstein, Ron Rotkopf, Ido Yofe, Eyal David, Venkata Yellapantula, Sigalit Kay, Moshe Salai, Dina Ben Yehuda, Arnon Nagler, Lev Shvidel, Avi Orr-Urtreger, Keren Bahar Halpern, Shalev Itzkovitz, Ola Landgren, Jesus S
Publié dans: Nature Medicine, Numéro 24/12, 2018, Page(s) 1867-1876, ISSN 1078-8956
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-018-0269-2

Single-Cell Analysis of Diverse Pathogen Responses Defines a Molecular Roadmap for Generating Antigen-Specific Immunity

Auteurs: Ronnie Blecher-Gonen, Pierre Bost, Kerry L. Hilligan, Eyal David, Tomer Meir Salame, Elsa Roussel, Lisa M. Connor, Johannes U. Mayer, Keren Bahar Halpern, Beáta Tóth, Shalev Itzkovitz, Benno Schwikowski, Franca Ronchese, Ido Amit
Publié dans: Cell Systems, Numéro 8/2, 2019, Page(s) 109-121.e6, ISSN 2405-4712
Éditeur: cell press
DOI: 10.1016/j.cels.2019.01.001

Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma

Auteurs: Hanjie Li, Anne M. van der Leun, Ido Yofe, Yaniv Lubling, Dikla Gelbard-Solodkin, Alexander C.J. van Akkooi, Marlous van den Braber, Elisa A. Rozeman, John B.A.G. Haanen, Christian U. Blank, Hugo M. Horlings, Eyal David, Yael Baran, Akhiad Bercovich, Aviezer Lifshitz, Ton N. Schumacher, Amos Tanay, Ido Amit
Publié dans: Cell, Numéro 176/4, 2019, Page(s) 775-789.e18, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.043

LGR5 expressing skin fibroblasts define a major cellular hub perturbed in scleroderma

Auteurs: Chamutal Gur,1,2,14 Shuang-Yin Wang,1,14,* Fadi Sheban,1 Mor Zada,1 Baoguo Li,1 Fadi Kharouf,2 Hagit Peleg,2 Suhail Aamar,2 Adam Yalin,1 Daniel Kirschenbaum,1 Yolanda Braun-Moscovici,3 Diego Adhemar Jaitin,1 Tomer meir-salame, Efrat Hagai, Bjørt K. Kragesteen,Batia Avni,Sigal Grisariu,Chamutal Bornstein,Shir Shlomi-Loubaton,Eyal David,Rony Shreberk-Hassidim,6 Vered Molho-Pessach,6 Dalit Amar,Tome
Publié dans: CELL, 2022, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.03.011

Meningeal lymphoid structures are activated under acute and chronic spinal cord pathologies

Auteurs: Merav Cohen, Amir Giladi, Catarina Raposo, Mor Zada, Baoguo Li, Julia Ruckh, Aleksandra Deczkowska, Boaz Mohar,Ravid Shechter, Rachel G. Lichtenstein, Ido Amit , Michal Schwartz
Publié dans: Life Science Alliance, 2021, ISSN 2575-1077
Éditeur: Life Science Alliance LLC
DOI: 10.26508/lsa.202000907