Single cell genomic analysis and perturbations of hematopoietic progenitors: Towards a refined model of hematopoiesis

Projektinformationen

HemTree2.0

ID Finanzhilfevereinbarung: 724471

DOI

10.3030/724471

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 5 April 2017

Startdatum 1 Oktober 2017

Enddatum 30 September 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE
Israel

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (17)

Dissecting cellular crosstalk by sequencing physically interacting cells

Autoren: Amir Giladi, Merav Cohen, Chiara Medaglia, Yael Baran, Baoguo Li, Mor Zada, Pierre Bost, Ronnie Blecher-Gonen, Tomer-Meir Salame, Johannes U. Mayer, Eyal David, Franca Ronchese, Amos Tanay & Ido Amit
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, 2020, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41587-020-0442-2

Host-Viral Infection Maps Reveal Signatures of Severe COVID-19 Patients.

Autoren: Pierre Bost; Amir Giladi; Yang Liu; Yanis Bendjelal; Gang Xu; Eyal David; Ronnie Blecher-Gonen; Merav Cohen; Chiara Medaglia; Hanjie Li; Aleksandra Deczkowska; Shuye Zhang; Benno Schwikowski; Zheng Zhang; Ido Amit
Veröffentlicht in: EISSN: 1097-4172, Ausgabe 1, 2020, ISSN 1097-4172
Herausgeber: cell press
DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.006

XCR1+ type 1 conventional dendritic cells drive liver pathology in non-alcoholic steatohepatitis

Autoren: Aleksandra Deczkowska, Eyal David, Pierluigi Ramadori, Dominik Pfister, Michal Safran, Baoguo Li, Amir Giladi, Diego Adhemar Jaitin, Oren Barboy, Merav Cohen, Ido Yofe, Chamutal Gur, Shir Shlomi-Loubaton, Sandrine Henri, Yousuf Suhail, Mengjie Qiu, Shing Kam, Hila Hermon, Eylon Lahat, Gil Ben Yakov, Oranit Cohen-Ezra, Yana Davidov, Mariya Likhter, David Goitein, Susanne Roth, Achim Weber, Bernard
Veröffentlicht in: Nature Medicine, 2022, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-021-01344-3

Lipid-Associated Macrophages Control Metabolic Homeostasis in a Trem2-Dependent Manner

Autoren: Diego Adhemar Jaitin, Lorenz Adlung, Christoph A. Thaiss, Assaf Weiner, Baoguo Li, Hélène Descamps, Patrick Lundgren, Camille Bleriot, Zhaoyuan Liu, Aleksandra Deczkowska, Hadas Keren-Shaul, Eyal David, Niv Zmora, Shai Meron Eldar, Nir Lubezky, Oren Shibolet, David A. Hill, Mitchell A. Lazar, Marco Colonna, Florent Ginhoux, Hagit Shapiro, Eran Elinav, Ido Amit
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 178/3, 2019, Seite(n) 686-698.e14, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.05.054

Coupled scRNA-Seq and Intracellular Protein Activity Reveal an Immunosuppressive Role of TREM2 in Cancer

Autoren: Katzenelenbogen Y., Sheban F., Yalin A. Yofe I., Svetlichnyy D., Jaitin D. A., Bornstein C., Moshe A., Keren-Shaul H., Cohen M., Wang S., Li B., David E., Salame T., Weiner A. & Amit I.
Veröffentlicht in: CELL, 2020, ISSN 1097-4172
Herausgeber: CELL PRESS
DOI: 10.1016/j.cell.2020.06.032

A Unique Microglia Type Associated with Restricting Development of Alzheimer's Disease

Autoren: Keren-Shaul H, Spinrad A, Weiner A, Matcovitch-Natan O, Dvir-Szternfeld R, Ulland TK, David E, Baruch K, Lara-Astaiso D, Toth B, Itzkovitz S, Colonna M, Schwartz M, Amit I
Veröffentlicht in: CELL, Ausgabe 169(7), 2017, Seite(n) 276-1290.e17, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.05.018

The interaction of CD4+ helper T cells with dendritic cells shapes the tumor microenvironment and immune checkpoint blockade response

Autoren: Merav Cohen, Amir Giladi, Oren Barboy, Pauline Hamon, Baoguo Li, Mor Zada, Anna Gurevich-Shapiro, Cristian Gabriel Beccaria, Eyal David, Barbara B. Maier, Mark Buckup, Iris Kamer, Aleksandra Deczkowska, Jessica Le Berichel, Jair Bar, Matteo Iannacone, Amos Tanay, Miriam Merad & Ido Amit
Veröffentlicht in: Nature Cancer, 2022, ISSN 2662-1347
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s43018-022-00338-5

Single-Cell Genomics: A Stepping Stone for Future Immunology Discoveries

Autoren: Amir Giladi, Ido Amit
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 172/1-2, 2018, Seite(n) 14-21, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2017.11.011

Spatial reconstruction of immune niches by combining photoactivatable reporters and scRNA-seq

Autoren: Chiara Medaglia, Amir Giladi, Liat Stoler-Barak, Marco De Giovanni, Tomer Meir Salame, Adi Biram, Eyal David, Hanjie Li, Matteo Iannacone, Ziv Shulman, Ido Amit
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 358/6370, 2017, Seite(n) 1622-1626, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aao4277

Single-cell characterization of haematopoietic progenitors and their trajectories in homeostasis and perturbed haematopoiesis

Autoren: Amir Giladi, Franziska Paul, Yoni Herzog, Yaniv Lubling, Assaf Weiner, Ido Yofe, Diego Jaitin, Nina Cabezas-Wallscheid, Regine Dress, Florent Ginhoux, Andreas Trumpp, Amos Tanay, Ido Amit
Veröffentlicht in: Nature Cell Biology, Ausgabe 20/7, 2018, Seite(n) 836-846, ISSN 1465-7392
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-018-0121-4

Single-cell mapping of the thymic stroma identifies IL-25-producing tuft epithelial cells

Autoren: Chamutal Bornstein, Shir Nevo, Amir Giladi, Noam Kadouri, Marie Pouzolles, François Gerbe, Eyal David, Alice Machado, Anna Chuprin, Beáta Tóth, Ori Goldberg, Shalev Itzkovitz, Naomi Taylor, Philippe Jay, Valérie S. Zimmermann, Jakub Abramson, Ido Amit
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 559/7715, 2018, Seite(n) 622-626, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-018-0346-1

Lung Single-Cell Signaling Interaction Map Reveals Basophil Role in Macrophage Imprinting

Autoren: Merav Cohen, Amir Giladi, Anna-Dorothea Gorki, Dikla Gelbard Solodkin, Mor Zada, Anastasiya Hladik, Andras Miklosi, Tomer-Meir Salame, Keren Bahar Halpern, Eyal David, Shalev Itzkovitz, Tibor Harkany, Sylvia Knapp, Ido Amit
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 175/4, 2018, Seite(n) 1031-1044.e18, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.09.009

Single cell dissection of plasma cell heterogeneity in symptomatic and asymptomatic myeloma

Autoren: Guy Ledergor, Assaf Weiner, Mor Zada, Shuang-Yin Wang, Yael C. Cohen, Moshe E. Gatt, Nimrod Snir, Hila Magen, Maya Koren-Michowitz, Katrin Herzog-Tzarfati, Hadas Keren-Shaul, Chamutal Bornstein, Ron Rotkopf, Ido Yofe, Eyal David, Venkata Yellapantula, Sigalit Kay, Moshe Salai, Dina Ben Yehuda, Arnon Nagler, Lev Shvidel, Avi Orr-Urtreger, Keren Bahar Halpern, Shalev Itzkovitz, Ola Landgren, Jesus S
Veröffentlicht in: Nature Medicine, Ausgabe 24/12, 2018, Seite(n) 1867-1876, ISSN 1078-8956
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-018-0269-2

Single-Cell Analysis of Diverse Pathogen Responses Defines a Molecular Roadmap for Generating Antigen-Specific Immunity

Autoren: Ronnie Blecher-Gonen, Pierre Bost, Kerry L. Hilligan, Eyal David, Tomer Meir Salame, Elsa Roussel, Lisa M. Connor, Johannes U. Mayer, Keren Bahar Halpern, Beáta Tóth, Shalev Itzkovitz, Benno Schwikowski, Franca Ronchese, Ido Amit
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 8/2, 2019, Seite(n) 109-121.e6, ISSN 2405-4712
Herausgeber: cell press
DOI: 10.1016/j.cels.2019.01.001

Dysfunctional CD8 T Cells Form a Proliferative, Dynamically Regulated Compartment within Human Melanoma

Autoren: Hanjie Li, Anne M. van der Leun, Ido Yofe, Yaniv Lubling, Dikla Gelbard-Solodkin, Alexander C.J. van Akkooi, Marlous van den Braber, Elisa A. Rozeman, John B.A.G. Haanen, Christian U. Blank, Hugo M. Horlings, Eyal David, Yael Baran, Akhiad Bercovich, Aviezer Lifshitz, Ton N. Schumacher, Amos Tanay, Ido Amit
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 176/4, 2019, Seite(n) 775-789.e18, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2018.11.043

LGR5 expressing skin fibroblasts define a major cellular hub perturbed in scleroderma

Autoren: Chamutal Gur,1,2,14 Shuang-Yin Wang,1,14,* Fadi Sheban,1 Mor Zada,1 Baoguo Li,1 Fadi Kharouf,2 Hagit Peleg,2 Suhail Aamar,2 Adam Yalin,1 Daniel Kirschenbaum,1 Yolanda Braun-Moscovici,3 Diego Adhemar Jaitin,1 Tomer meir-salame, Efrat Hagai, Bjørt K. Kragesteen,Batia Avni,Sigal Grisariu,Chamutal Bornstein,Shir Shlomi-Loubaton,Eyal David,Rony Shreberk-Hassidim,6 Vered Molho-Pessach,6 Dalit Amar,Tome
Veröffentlicht in: CELL, 2022, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2022.03.011

Meningeal lymphoid structures are activated under acute and chronic spinal cord pathologies

Autoren: Merav Cohen, Amir Giladi, Catarina Raposo, Mor Zada, Baoguo Li, Julia Ruckh, Aleksandra Deczkowska, Boaz Mohar,Ravid Shechter, Rachel G. Lichtenstein, Ido Amit , Michal Schwartz
Veröffentlicht in: Life Science Alliance, 2021, ISSN 2575-1077
Herausgeber: Life Science Alliance LLC
DOI: 10.26508/lsa.202000907