Quantitative understanding of target recognition on DNA based on directional zipping processes

Informations projet

ZIPgeting

N° de convention de subvention: 724863

DOI

10.3030/724863

Projet clôturé

Date de signature de la CE 22 Février 2017

Date de début 1 Mai 2017

Date de fin 31 Octobre 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 000 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 000 000,00

Coordonné par

UNIVERSITAET LEIPZIG
Germany

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (14)

Probing the stability of the SpCas9–DNA complex after cleavage

Auteurs: Pierre Aldag, Fabian Welzel, Leonhard Jakob, Andreas Schmidbauer, Marius Rutkauskas, Fergus Fettes, Dina Grohmann, Ralf Seidel
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49, 2021, Page(s) 12411–12421, ISSN 1362-4962
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1072

Miniature type V-F CRISPR-Cas nucleases enable targeted DNA modification in cells.

Auteurs: G Bigelyte, J K Young, T Karvelis, K Budre, R Zedaveinyte, V Djukanovic, Elizabeth V Ginkel, S Paulraj, S Gasior, S Jones, L Feigenbutz, G St. Clair, P Barone, J Bohn, A Acharya, G Zastrow-Hayes, S Henkel-Heinecke, A Silanskas, R Seidel, V Siksnys.
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2021, Page(s) 6191, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26469-4

The CDK1-TOPBP1-PLK1 axis regulates the Bloom's syndrome helicase BLM to suppress crossover recombination in somatic cells

Auteurs: Balbo Pogliano C, Ceppi I, Giovannini S, Petroulaki V, Palmer N, Uliana F, Gatti M,Kasaciunaite K, Freire R, Seidel R, Altmeyer M, Cejka P, Matos J
Publié dans: Science Advances, Numéro 8, 2022, Page(s) eabk0221, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abk0221

Primed CRISPR adaptation in Escherichia coli cells does not depend on conformational changes in the Cascade effector complex detected in Vitro

Auteurs: Andrey Krivoy, Marius Rutkauskas, Konstantin Kuznedelov, Olga Musharova, Christophe Rouillon, Konstantin Severinov, Ralf Seidel
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/8, 2018, Page(s) 4087-4098, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky219

Competing interaction partners modulate the activity of Sgs1 helicase during DNA end resection

Auteurs: Kristina Kasaciunaite, Fergus Fettes, Maryna Levikova, Peter Daldrop, Roopesh Anand, Petr Cejka, Ralf Seidel
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 38/13, 2019, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019101516

Decision-Making in Cascade Complexes Harboring crRNAs of Altered Length

Auteurs: Inga Songailiene, Marius Rutkauskas, Tomas Sinkunas, Elena Manakova, Sabine Wittig, Carla Schmidt, Virginijus Siksnys, Ralf Seidel
Publié dans: Cell Reports, Numéro 28/12, 2019, Page(s) 3157-3166.e4, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2019.08.033

CtIP promotes the motor activity of DNA2 to accelerate long-range DNA end resection

Auteurs: Ilaria Ceppi, Sean M. Howard, Kristina Kasaciunaite, Cosimo Pinto, Roopesh Anand, Ralf Seidel, Petr Cejka
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/16, 2020, Page(s) 8859-8869, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2001165117

Modeling DNA-Strand Displacement Reactions in the Presence of Base-Pair Mismatches

Auteurs: Patrick Irmisch, Thomas E. Ouldridge, Ralf Seidel
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, 2020, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.0c03105

Phosphorylation of the RecQ Helicase Sgs1/BLM Controls Its DNA Unwinding Activity during Meiosis and Mitosis

Auteurs: Rokas Grigaitis, Lepakshi Ranjha, Philipp Wild, Kristina Kasaciunaite, Ilaria Ceppi, Vera Kissling, Adrian Henggeler, Aitor Susperregui, Matthias Peter, Ralf Seidel, Petr Cejka, Joao Matos
Publié dans: Developmental Cell, Numéro 53/6, 2020, Page(s) 706-723.e5, ISSN 1534-5807
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2020.05.016

A quantitative model for the dynamics of target recognition and off-target rejection by the CRISPR-Cas Cascade complex

Auteurs: Marius Rutkauskas, Inga Songailiene,Patrick Irmisch,Felix E. Kemmerich, Tomas Sinkunas,Virginijus Siksnys, Ralf Seidel
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, Page(s) 7460, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35116-5

Orthogonal Enzyme-Driven Timers for DNA Strand Displacement Reactions

Auteurs: Juliette Bucci,Patrick Irmisch, Erica Del Grosso, Ralf Seidel, and Francesco Ricci
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 144, 2022, Page(s) 19791–19798, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c06599

Distinct RPA domains promote recruitment and the helicase-nuclease activities of Dna2

Auteurs: Ananya Acharya, Kristina Kasaciunaite, Martin Göse, Vera Kissling, Raphaël Guérois, Ralf Seidel, Petr Cejka
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2021, Page(s) 6521, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26863-y

Dissipative Control over the Toehold-Mediated DNA Strand Displacement Reaction

Auteurs: Erica Del Grosso,Patrick Irmisch, Serena Gentile, Prof. Leonard J. Prins, Ralf Seidel, Francesco Ricci
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 61, 2022, Page(s) e202201929, ISSN 1521-3757
Éditeur: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/anie.202201929

Mre11-Rad50 oligomerization promotes DNA double-strand break repair

Auteurs: Vera M Kissling,Giordano Reginato, Eliana Bianco,Kristina Kasaciunaite, Janny Tilma, Gea Cereghetti, Natalie Schindler, Sung Sik Lee, Raphaël Guérois, Brian Luke, Ralf Seidel, Petr Cejka, Matthias Peter
Publié dans: Nature Communications, Numéro 13, 2022, Page(s) 2374, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29841-0