Quantitative understanding of target recognition on DNA based on directional zipping processes

Projektinformationen

ZIPgeting

ID Finanzhilfevereinbarung: 724863

DOI

10.3030/724863

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 22 Februar 2017

Startdatum 1 Mai 2017

Enddatum 31 Oktober 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 000 000,00

EU-Beitrag

€ 2 000 000,00

Koordiniert durch

UNIVERSITAET LEIPZIG
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (14)

Probing the stability of the SpCas9–DNA complex after cleavage

Autoren: Pierre Aldag, Fabian Welzel, Leonhard Jakob, Andreas Schmidbauer, Marius Rutkauskas, Fergus Fettes, Dina Grohmann, Ralf Seidel
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 49, 2021, Seite(n) 12411–12421, ISSN 1362-4962
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkab1072

Miniature type V-F CRISPR-Cas nucleases enable targeted DNA modification in cells.

Autoren: G Bigelyte, J K Young, T Karvelis, K Budre, R Zedaveinyte, V Djukanovic, Elizabeth V Ginkel, S Paulraj, S Gasior, S Jones, L Feigenbutz, G St. Clair, P Barone, J Bohn, A Acharya, G Zastrow-Hayes, S Henkel-Heinecke, A Silanskas, R Seidel, V Siksnys.
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 6191, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26469-4

The CDK1-TOPBP1-PLK1 axis regulates the Bloom's syndrome helicase BLM to suppress crossover recombination in somatic cells

Autoren: Balbo Pogliano C, Ceppi I, Giovannini S, Petroulaki V, Palmer N, Uliana F, Gatti M,Kasaciunaite K, Freire R, Seidel R, Altmeyer M, Cejka P, Matos J
Veröffentlicht in: Science Advances, Ausgabe 8, 2022, Seite(n) eabk0221, ISSN 2375-2548
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abk0221

Primed CRISPR adaptation in Escherichia coli cells does not depend on conformational changes in the Cascade effector complex detected in Vitro

Autoren: Andrey Krivoy, Marius Rutkauskas, Konstantin Kuznedelov, Olga Musharova, Christophe Rouillon, Konstantin Severinov, Ralf Seidel
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/8, 2018, Seite(n) 4087-4098, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky219

Competing interaction partners modulate the activity of Sgs1 helicase during DNA end resection

Autoren: Kristina Kasaciunaite, Fergus Fettes, Maryna Levikova, Peter Daldrop, Roopesh Anand, Petr Cejka, Ralf Seidel
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 38/13, 2019, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019101516

Decision-Making in Cascade Complexes Harboring crRNAs of Altered Length

Autoren: Inga Songailiene, Marius Rutkauskas, Tomas Sinkunas, Elena Manakova, Sabine Wittig, Carla Schmidt, Virginijus Siksnys, Ralf Seidel
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 28/12, 2019, Seite(n) 3157-3166.e4, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2019.08.033

CtIP promotes the motor activity of DNA2 to accelerate long-range DNA end resection

Autoren: Ilaria Ceppi, Sean M. Howard, Kristina Kasaciunaite, Cosimo Pinto, Roopesh Anand, Ralf Seidel, Petr Cejka
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 117/16, 2020, Seite(n) 8859-8869, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2001165117

Modeling DNA-Strand Displacement Reactions in the Presence of Base-Pair Mismatches

Autoren: Patrick Irmisch, Thomas E. Ouldridge, Ralf Seidel
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, 2020, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.0c03105

Phosphorylation of the RecQ Helicase Sgs1/BLM Controls Its DNA Unwinding Activity during Meiosis and Mitosis

Autoren: Rokas Grigaitis, Lepakshi Ranjha, Philipp Wild, Kristina Kasaciunaite, Ilaria Ceppi, Vera Kissling, Adrian Henggeler, Aitor Susperregui, Matthias Peter, Ralf Seidel, Petr Cejka, Joao Matos
Veröffentlicht in: Developmental Cell, Ausgabe 53/6, 2020, Seite(n) 706-723.e5, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2020.05.016

A quantitative model for the dynamics of target recognition and off-target rejection by the CRISPR-Cas Cascade complex

Autoren: Marius Rutkauskas, Inga Songailiene,Patrick Irmisch,Felix E. Kemmerich, Tomas Sinkunas,Virginijus Siksnys, Ralf Seidel
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, Seite(n) 7460, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-35116-5

Orthogonal Enzyme-Driven Timers for DNA Strand Displacement Reactions

Autoren: Juliette Bucci,Patrick Irmisch, Erica Del Grosso, Ralf Seidel, and Francesco Ricci
Veröffentlicht in: Journal of the American Chemical Society, Ausgabe 144, 2022, Seite(n) 19791–19798, ISSN 0002-7863
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.2c06599

Distinct RPA domains promote recruitment and the helicase-nuclease activities of Dna2

Autoren: Ananya Acharya, Kristina Kasaciunaite, Martin Göse, Vera Kissling, Raphaël Guérois, Ralf Seidel, Petr Cejka
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 12, 2021, Seite(n) 6521, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-26863-y

Dissipative Control over the Toehold-Mediated DNA Strand Displacement Reaction

Autoren: Erica Del Grosso,Patrick Irmisch, Serena Gentile, Prof. Leonard J. Prins, Ralf Seidel, Francesco Ricci
Veröffentlicht in: Angewandte Chemie International Edition, Ausgabe 61, 2022, Seite(n) e202201929, ISSN 1521-3757
Herausgeber: Wiley-VCH
DOI: 10.1002/anie.202201929

Mre11-Rad50 oligomerization promotes DNA double-strand break repair

Autoren: Vera M Kissling,Giordano Reginato, Eliana Bianco,Kristina Kasaciunaite, Janny Tilma, Gea Cereghetti, Natalie Schindler, Sung Sik Lee, Raphaël Guérois, Brian Luke, Ralf Seidel, Petr Cejka, Matthias Peter
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 13, 2022, Seite(n) 2374, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29841-0