New algorithms for inference and optimization from large-scale biological data

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Leistungen

New inference techniques. Maximum inter-alignment matching

[Month 24] Development of novel inference techniques including prior knowledge as input to T2.1b. Study of the maximum inter-alignment matching of families with paralogs.. Message-passing method for sampling high-dimensional polytopes including prior knowledge.

RepSeq database

[Month 24] Publication of the curated datasets (T3.1) on the project-portal.

Functional modules

Month 58 Results for longrange effects and predictions on functional modules in the human posttranscriptional regulatory and signaling network Integrated regulatory networks for specific cell types

Gold Standard Database. Deployment of algorithmic pipeline

[Month 24]. “Gold-Standard”: a list of multi-domain interacting proteins of known structure. Contact maps at different cutoffs will be available, together with the list of sequences in Pfam and Uniprot, and proposed seeds for the MSAs. Deployment of the algorithmic pipeline for maximizing the inter-alignment information developed as D1.2

Reconstruction of regulatory and signaling networks

[Month 24]: Algorithm for the efficient reconstruction/inference of regulatory networks integrating transcriptional and post-transcriptional data bases, expression data bases, sigalling networks and data bases for validated interactions.

Prediction highly neutralizing antibodies. Experimental validation

Month 40 Rational prediction o biomolecules from model inference Wetlab validation of the biomolecule phenotypes

Integrative analysis of gene expression and cancer metabolism

[Month 24]: Algorithm for the efficient analysis of metabolism and gene expression at genome scale and in tissue.

Bacterial core interactome based on proximity. Full bacterial interactome

Month 40 First predictions of the coevolutionary inferred Bacterial Core interactome based on operon based proximity Integration of T23 for predicting the whole bacterial interactome

Improved inference for graphical models

Month 36 Improved inference strategies for analyzing graphical models

Predictors of cell responses. Protocol of experimental design in-tissue experiments

Month 58 Analysis of different predictors of cellular responses to changes in the levels of key enzymes andor uptake systems relevant for proliferative regimes specifically for bacteria or cancer cells

Progress report 1

[month 12] Progress Report 1

International Workshop - Habana

[month 24] International Workshop – Habana

International Workshop - Buenos Aires

[month 36] International Workshop – Buenos Aires.

Data management Plan (DMP)

[month 6 - revised version months 24, 48] Data Management Plan (DMP).

INFERNET website

[month 3] INFERNET website

International School - Paris

[month 16] International School – Paris.

Progress report 2

[month 36] Progress Report 2.

Final Conference - Turin

[month 28] Final conference – Turin.

Veröffentlichungen

A density consistency approach to the inverse Ising problem

Autoren: Alfredo Braunstein; Giovanni Catania; Luca Dall'Asta; Luca Dall'Asta; Anna Paola Muntoni
Veröffentlicht in: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, Ausgabe 26, 2021, ISSN 1742-5468
Herausgeber: Institute of Physics
DOI: 10.48550/arxiv.2010.13746

Epistatic models predict mutable sites in SARS-CoV-2 proteins and epitopes

Autoren: Juan Rodriguez-Rivas, Giancarlo Croce, Maureen Muscat, Martin Weigt
Veröffentlicht in: PNAS, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2113118119

Inference of metabolic fluxes in nutrient-limited continuous cultures: A Maximum Entropy approach with the minimum information

Autoren: Jose A. Pereiro-Morejón; Jorge Fernández-de-Cossio-Díaz; R. Mulet;
Veröffentlicht in: iScience, 2022, ISSN 2589-0042
Herausgeber: CellPress
DOI: 10.1016/j.isci.2022.105450

Contamination source detection in water distribution networks using belief propagation

Autoren: Ernesto Ortega; Alfredo Braunstein; Alfredo Braunstein; Alejandro Lage-Castellanos
Veröffentlicht in: Stochastic Environmental Research and Risk Assessment, Ausgabe 29, 2020, ISSN 1436-3240
Herausgeber: Springer Verlag
DOI: 10.48550/arxiv.1809.10626

Stochastic and parameter analysis for an integrative cancer model

Autoren: Marcela V. Reale; David Hipólito Margarit; Ariel F. Scagliotti; Lilia M. Romanelli
Veröffentlicht in: Physica Scripta, Ausgabe 10, 2022, ISSN 0031-8949
Herausgeber: Royal Swedish Academy of Sciences
DOI: 10.1088/1402-4896/aca566

Statistical mechanics of interacting metabolic networks.

Autoren: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz; Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz; Roberto Mulet
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 21, 2020, ISSN 1539-3755
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.101.042401

Expectation propagation on the diluted Bayesian classifier.

Autoren: Alfredo Braunstein; Alfredo Braunstein; Thomas Gueudré; Andrea Pagnani; Andrea Pagnani; Mirko Pieropan
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 39, 2021, ISSN 1539-3755
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.103.043301

Path-integral solution of MacArthur’s resource-competition model for large ecosystems with random species-resources couplings

Autoren: A. R. Batista-Tomás; Andrea De Martino; Roberto Mulet
Veröffentlicht in: Chaos, 2021, ISSN 1054-1500
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0046972

Sparse generative modeling via parameter reduction of Boltzmann machines: Application to protein-sequence families.

Autoren: Pierre Barrat-Charlaix; Anna Paola Muntoni; Kai Shimagaki; Martin Weigt; Francesco Zamponi
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 5, 2021, ISSN 1539-3755
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2011.11259

Efficient generative modeling of protein sequences using simple autoregressive models

Autoren: Jeanne Trinquier; Jeanne Trinquier; Guido Uguzzoni; Andrea Pagnani; Francesco Zamponi; Martin Weigt
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11, 2022, Seite(n) 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.48550/arxiv.2103.03292

Global multivariate model learning from hierarchically correlated data

Autoren: Edwin Rodriguez Horta; Alejandro Lage-Castellanos; Martin Weigt; Pierre Barrat-Charlaix
Veröffentlicht in: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, Ausgabe 29, 2021, ISSN 1742-5468
Herausgeber: Institute of Physics
DOI: 10.1088/1742-5468/ac06c2

The cavity master equation: average and fixed point of the ferromagnetic model in random graphs

Autoren: Eduardo Domínguez; David Machado; Roberto Mulet
Veröffentlicht in: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, Ausgabe 6, 2020, ISSN 1742-5468
Herausgeber: Institute of Physics
DOI: 10.48550/arxiv.2004.03674

FilterDCA: Interpretable supervised contact prediction using inter-domain coevolution

Autoren: Maureen Muscat, Giancarlo Croce, Edoardo Sarti, Martin Weigt
Veröffentlicht in: Plos Computational Biology, 2020, ISSN 1553-734X
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007621

Loop Corrections in Spin Models through Density Consistency.

Autoren: Alfredo Braunstein; Alfredo Braunstein; Giovanni Catania; Luca Dall'Asta; Luca Dall'Asta
Veröffentlicht in: Physical Review Letters, Ausgabe 15, 2019, ISSN 0031-9007
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.1810.10602

Evolution-based design of chorismate mutase enzymes

Autoren: William P. Russ; Matteo Figliuzzi; Christian Stocker; Pierre Barrat-Charlaix; Michael Socolich; Pater Kast; Donald Hilvert; Rémi Monasson; Simona Cocco; Martin Weigt; Rama Ranganathan
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 20, 2020, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1101/2020.04.01.020487

Analysis of cell proliferation and tissue remodelling uncovers a KLF4 activity score associated with poor prognosis in colorectal cancer

Autoren: Silvia Halim; Elke Markert; Alexei Vazquez
Veröffentlicht in: British Journal of Cancer, Ausgabe 5, 2018, ISSN 0007-0920
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41416-018-0253-0

An integrative model of cancer cell differentiation with immunotherapy*

Autoren: David H Margarit; Nadia S González; Lilia M Romanelli; Alejandro J Fendrik; Ariel F Scagliotti; Marcela V Reale
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, 2021, ISSN 1478-3967
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1478-3975/ac2e72

Ancestral Sequence Reconstruction for Co-evolutionary models

Autoren: Rodríguez-Horta, Edwin; Lage-Castellanos, Alejandro; Mulet, Roberto
Veröffentlicht in: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, Ausgabe 9, 2022, ISSN 1742-5468
Herausgeber: Institute of Physics
DOI: 10.48550/arxiv.2108.03801

Unsupervised Inference of Protein Fitness Landscape from Deep Mutational Scan

Autoren: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz; Guido Uguzzoni; Andrea Pagnani
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, 2020, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msaa204

Initial cell density encodes proliferative potential in cancer cell populations

Autoren: Chiara Enrico Bena; Marco Del Giudice; Alice Grob; Thomas Gueudré; Mattia Miotto; Dimitra Gialama; Matteo Osella; Emilia Turco; Francesca Ceroni; Andrea De Martino; Carla Bosia
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 5, 2021, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-021-85406-z

AMaLa: Analysis of Directed Evolution Experiments via Annealed Mutational Approximated Landscape

Autoren: Luca Sesta; Guido Uguzzoni; Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz; Andrea Pagnani
Veröffentlicht in: International Journal of Molecular Sciences, Ausgabe 20, 2021, ISSN 1422-0067
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms222010908

Network reconstruction from infection cascades

Autoren: Alfredo Braunstein; Alessandro Ingrosso; Anna Paola Muntoni; Anna Paola Muntoni; Anna Paola Muntoni
Veröffentlicht in: Journal of the Royal Society Interface, Ausgabe 9, 2019, ISSN 1742-5689
Herausgeber: The Royal Society
DOI: 10.48550/arxiv.1609.00432

adabmDCA: adaptive Boltzmann machine learning for biological sequences.

Autoren: Anna Paola Muntoni; Andrea Pagnani; Martin Weigt; Francesco Zamponi
Veröffentlicht in: BMC Bioinformatics, Ausgabe 11, 2021, ISSN 1471-2105
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12859-021-04441-9

Exploration-exploitation tradeoffs dictate the optimal distributions of phenotypes for populations subject to fitness fluctuations.

Autoren: "De Martino, Andrea; Gueudré , Thomas; Miotto, Mattia"
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 21, 2019, ISSN 1539-3755
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.1809.11030

Stochastic cell renewal process and lengthening of cell cycle

Autoren: Alejandro Fendrik; Lilia Romanelli; Ernesto Rotondo
Veröffentlicht in: Physical Biology, 2019, ISSN 1478-3967
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1478-3975/ab576c

Limits of aerobic metabolism in cancer cells

Autoren: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz, Alexei Vazquez
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-14071-y

Characterizing steady states of genome-scale metabolic networks in continuous cell cultures

Autoren: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz, Kalet Leon, Roberto Mulet
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 13/11, 2017, Seite(n) e1005835, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1005835

Exploring the diluted ferromagnetic p-spin model with a Cavity Master Equation

Autoren: Aurell, Erik; Domínguez, Eduardo; Machado, David; Mulet, Roberto
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 1, 2018, ISSN 2470-0053
Herausgeber: Roberto Mulet
DOI: 10.1103/PhysRevE.97.050103

Independent channels for miRNA biosynthesis ensure efficient static and dynamic control in the regulation of the early stages of myogenesis

Autoren: Jonathan Fiorentino, Andrea De Martino
Veröffentlicht in: Journal of Theoretical Biology, Ausgabe 430, 2017, Seite(n) 53-63, ISSN 0022-5193
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jtbi.2017.06.038

Somatic mutagenesis in satellite cells associates with human skeletal muscle aging

Autoren: Irene Franco, Anna Johansson, Karl Olsson, Peter Vrtačnik, Pär Lundin, Hafdis T. Helgadottir, Malin Larsson, Gwladys Revêchon, Carla Bosia, Andrea Pagnani, Paolo Provero, Thomas Gustafsson, Helene Fischer, Maria Eriksson
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-03244-6

Inter-residue, inter-protein and inter-family coevolution: bridging the scales

Autoren: Hendrik Szurmant, Martin Weigt
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 50, 2018, Seite(n) 26-32, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2017.10.014

Microenvironmental cooperation promotes early spread and bistability of a Warburg-like phenotype

Autoren: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz, Andrea De Martino, Roberto Mulet
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 7/1, 2017, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-017-03342-3

How Pairwise Coevolutionary Models Capture the Collective Residue Variability in Proteins?

Autoren: Matteo Figliuzzi, Pierre Barrat-Charlaix, Martin Weigt
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 35/4, 2018, Seite(n) 1018-1027, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msy007

Translating ceRNA Susceptibilities into Correlation Functions

Autoren: Araks Martirosyan, Matteo Marsili, Andrea De Martino
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 113/1, 2017, Seite(n) 206-213, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2017.05.042

A physical model of cell metabolism

Autoren: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz, Alexei Vazquez
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 8/1, 2018, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-018-26724-7

An introduction to the maximum entropy approach and its application to inference problems in biology

Autoren: Andrea De Martino, Daniele De Martino
Veröffentlicht in: Heliyon, Ausgabe 4/4, 2018, Seite(n) e00596, ISSN 2405-8440
Herausgeber: Helyon
DOI: 10.1016/j.heliyon.2018.e00596

Maximum entropy and population heterogeneity in continuous cell cultures

Autoren: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz, Roberto Mulet
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 15/2, 2019, Seite(n) e1006823, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006823

The intrinsic dimension of protein sequence evolution

Autoren: Elena Facco, Andrea Pagnani, Elena Tea Russo, Alessandro Laio
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 15/4, 2019, Seite(n) e1006767, ISSN 1553-7358
Herausgeber: The Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006767

Compressed sensing reconstruction using Expectation Propagation

Autoren: Alfredo Braunstein, Anna Paola Muntoni, Andrea Pagnani, Mirko Pieropan
Veröffentlicht in: Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 2019, ISSN 1751-8113
Herausgeber: Institute of Physics Publishing
DOI: 10.1088/1751-8121/ab3065

A multi-scale coevolutionary approach to predict interactions between protein domains

Autoren: Giancarlo Croce, Thomas Gueudré, Maria Virginia Ruiz Cuevas, Victoria Keidel, Matteo Figliuzzi, Hendrik Szurmant, Martin Weigt
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 15/10, 2019, Seite(n) e1006891, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006891

A common root for coevolution and substitution rate variability in protein sequence evolution

Autoren: Francesca Rizzato, Stefano Zamuner, Andrea Pagnani, Alessandro Laio
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-53958-w

Theory of Nonequilibrium Local Search on Random Satisfaction Problems

Autoren: Erik Aurell, Eduardo Domínguez, David Machado, Roberto Mulet
Veröffentlicht in: Physical Review Letters, Ausgabe 123/23, 2019, ISSN 0031-9007
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.123.230602

Nonconvex image reconstruction via expectation propagation

Autoren: Anna Paola Muntoni, Rafael Díaz Hernández Rojas, Alfredo Braunstein, Andrea Pagnani, Isaac Pérez Castillo
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 100/3, 2019, ISSN 2470-0045
Herausgeber: APS
DOI: 10.1103/PhysRevE.100.032134

Selection of sequence motifs and generative Hopfield-Potts models for protein families

Autoren: Kai Shimagaki, Martin Weigt
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 100/3, 2019, ISSN 2470-0045
Herausgeber: APS
DOI: 10.1103/PhysRevE.100.032128

Phylogenetic correlations can suffice to infer protein partners from sequences

Autoren: Guillaume Marmier, Martin Weigt, Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 15/10, 2019, Seite(n) e1007179, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007179

Modeling functional resting-state brain networks through neural message passing on the human connectome

Autoren: Julio A. Peraza-Goicolea, Eduardo Martínez-Montes, Eduardo Aubert, Pedro A. Valdés-Hernández, Roberto Mulet
Veröffentlicht in: Neural Networks, Ausgabe 123, 2020, Seite(n) 52-69, ISSN 0893-6080
Herausgeber: Pergamon Press Ltd.
DOI: 10.1016/j.neunet.2019.11.014

Cell population heterogeneity driven by stochastic partition and growth optimality

Autoren: Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz, Roberto Mulet, Alexei Vazquez
Veröffentlicht in: Scientific Reports, Ausgabe 9/1, 2019, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-019-45882-w

Toward Inferring Potts Models for Phylogenetically Correlated Sequence Data

Autoren: Edwin Rodriguez Horta, Pierre Barrat-Charlaix, Martin Weigt
Veröffentlicht in: Entropy, Ausgabe 21/11, 2019, Seite(n) 1090, ISSN 1099-4300
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/e21111090

Competing endogenous RNA crosstalk at system level

Autoren: Mattia Miotto, Enzo Marinari, Andrea De Martino
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 15/11, 2019, Seite(n) e1007474, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007474

Formate Induces a Metabolic Switch in Nucleotide and Energy Metabolism

Autoren: Kristell Oizel, Jacqueline Tait-Mulder, Jorge Fernandez-de-Cossio-Diaz, Matthias Pietzke, Holly Brunton, Sandeep Dhayade, Dimitris Athineos, Sergio Lilla, Giovanny Rodriguez Blanco, David Sumpton, Gillian Mackay, Karen Blyth, Sara Zanivan, Johannes Meiser, Alexei Vazquez
Veröffentlicht in: SSRN Electronic Journal, 2019, ISSN 1556-5068
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.2139/ssrn.3456295

A yield-cost tradeoff governs Escherichia coli's decision between fermentation and respiration in carbon-limited growth

Autoren: Matteo Mori; Enzo Marinari; Andrea De Martino
Veröffentlicht in: NPJ Systems Biology and Applications, Ausgabe 30, 2019, ISSN 2056-7189
Herausgeber: Springer Nature
DOI: 10.1101/113183

Ancestral sequence reconstruction for co-evolutionary models

Autoren: E Rodríguez-Horta; A Lage-Castellanos; R Mulet
Veröffentlicht in: Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment, 2021, ISSN 1742-5468
Herausgeber: Institute of Physics
DOI: 10.1088/1742-5468/ac3d93

Relationship between fitness and heterogeneity in exponentially growing microbial populations

Autoren: Anna Paola Muntoni; Alfredo Braunstein; Andrea Pagnani; Daniele De Martino; Andrea De Martino
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2104.02594

Statistical physics of interacting proteins: impact of dataset size and quality assessed in synthetic sequences

Autoren: Carlos A. Gandarilla-Pérez; Carlos A. Gandarilla-Pérez; Pierre Mergny; Martin Weigt; Anne-Florence Bitbol; Anne-Florence Bitbol
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 18, 2020, ISSN 1539-3755
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1101/2019.12.23.887307

Optimizing the Dilution Protocol in Continuous Cell Cultures

Autoren: Barbara Ariane Perez Fernandez; Roberto Mulet
Veröffentlicht in: Revista Cubana de Fisica, 2021, ISSN 2224-7939
Herausgeber: Sociedad Cubana de Fisica

Aligning biological sequences by exploiting residue conservation and coevolution.

Autoren: Anna Paola Muntoni; Anna Paola Muntoni; Anna Paola Muntoni; Andrea Pagnani; Martin Weigt; Francesco Zamponi
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 15, 2020, ISSN 1539-3755
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.48550/arxiv.2005.08500

Probing Single-Cell Fermentation Fluxes and Exchange Networks via pH-Sensing Hybrid Nanofibers

Autoren: Valentina Onesto, Stefania Forciniti, Francesco Alemanno, Krishnadev Narayanankutty Krishnadev Narayanankutty Biofisika Institutua (UPV/EHU, CSIC) and Fundación Biofísica Bizkaia, LeioaE-48940, Spain More by Krishnadev Narayanankutty Orcidhttps://orcid.org/0000-0001-7705-3213 , Anil Chandra, Saumya Prasad, Amalia Azzariti, Giuseppe Gigli, Adriano Barra, Andrea De Martino, Daniele De Martino, Lor
Veröffentlicht in: ACS Nano, 2022, ISSN 1936-0851
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsnano.2c06114

MicroRNAs organize intrinsic variation into stem cell states

Autoren: Meenakshi Chakraborty; Meenakshi Chakraborty; Sofia Hu; Erica Visness; Marco Del Giudice; Andrea De Martino; Carla Bosia; Phillip A. Sharp; Salil Garg; Salil Garg
Veröffentlicht in: PNAS, Ausgabe 33, 2020, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1920695117

Dynamics of epidemics from cavity master equations: Susceptible-infectious-susceptible models

Autoren: Ernesto Ortega; David Machado; Alejandro Lage-Castellanos
Veröffentlicht in: Physical Review E, Ausgabe 9, 2022, ISSN 1539-3755
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physreve.105.024308

Modeling sequence-space exploration and emergence of epistatic signals in protein evolution

Autoren: Bisardi, Matteo; Rodriguez-Rivas, Juan; Zamponi, Francesco; Weigt, Martin
Veröffentlicht in: Molecular Biology and Evolution, Ausgabe 9, 2022, ISSN 0737-4038
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.48550/arxiv.2106.02441

Predicting Interacting Protein Pairs by Coevolutionary Paralog Matching.

Autoren: Thomas Gueudré; Carlo Baldassi; Andrea Pagnani; Martin Weigt
Veröffentlicht in: Protein-Protein Interaction Networks, Ausgabe 15, 2019, Seite(n) 57–65, ISBN 978-1-4939-9872-2
Herausgeber: Humana, New York, NY
DOI: 10.1007/978-1-4939-9873-9_5

Kinetic modelling of competition and depletion of shared miRNAs by competing endogenous RNAs

Autoren: Martirosyan, Araks; Del Giudice, Marco; Bena, Chiara Enrico; Pagnani, Andrea; Bosia, Carla; De Martino, Andrea
Veröffentlicht in: Computational Biology of Non-Coding RNA, Ausgabe 15, 2019, Seite(n) 367–409, ISBN 978-1-4939-8981-2
Herausgeber: Humana Press, New York, NY
DOI: 10.48550/arxiv.1812.09538

Kinetic Modelling of Competition and Depletion of Shared miRNAs by Competing Endogenous RNAs

Autoren: Araks Martirosyan, Marco Del Giudice, Chiara Enrico Bena, Andrea Pagnani, Carla Bosia, Andrea De Martino
Veröffentlicht in: Computational Biology of Non-Coding RNA - Methods and Protocols, Ausgabe 1912, 2019, Seite(n) 367-409, ISBN 978-1-4939-8981-2
Herausgeber: Springer New York
DOI: 10.1007/978-1-4939-8982-9_15

Influence of settings and predictors in neural network model performance: a Buenos Aires air quality case

Autoren: Ariel F. Scagliotti; David H. Margarit; Marcela V. Reale; Guillermo A. Jorge
Veröffentlicht in: Procedia Computer Science, 2022, ISSN 1877-0509
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.procs.2022.11.019

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