Objectif
We propose a novel high-throughput method to study the chemo-mechanical coupling in molecular motors using helicases, enzymes that couple ATP hydrolysis to unwinding of the double helix, as a model system. The method combines a cell-free expression system, droplet microfluidics and fluorescent assays with next generation sequencing to test large (up to millions of elements) libraries of helicase mutants for both unwinding and ATPase activity. The aim is to identify all sequence positions that, if mutated, lead to uncoupling, i.e. abolish unwinding while preserving ATPase activity. Once these positions are identified, their distribution on the enzyme sequence and structure will be analysed to obtain insight into the coupling mechanism. Notably the methodology could be applied to systems where the classical, structure-based analysis of the chemo-mechanical coupling is not possible. We will demonstrate our method on the RecQ helicase from e. coli using existing information on this system as a means of validation. Any further insight will be a demonstration of the power of our approach. When fully developed, our method will serve as a discovery tool for the interdisciplinary community working on helicases that includes medical, biological and physical sciences. It may be applied to aspects of helicase biophysics beyond the chemo-mechanical coupling, to other enzyme families and to screen for helicase inhibitors with higher throughput and lower cost when compared to robotic mictotitre-plate techniques. The proposed work will be carried out at the Griffiths Lab (ESPCI Paris) with a secondment at the Crick Institute (London). This project integrates the training in biophysics of the Experienced Researcher with the expertise of the Host Institution on high-throughput methods and the experience of the Secondment Institution on helicases. The Experienced Researcher will be trained in next generation sequencing and fluorescence-based approaches to molecular motors.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences physiques mécanique classique mécanique des fluides microfluidics
- sciences naturelles sciences biologiques biophysique
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines enzyme
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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-
H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
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(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2016
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
75231 Paris
France
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.