Obiettivo
We propose a novel high-throughput method to study the chemo-mechanical coupling in molecular motors using helicases, enzymes that couple ATP hydrolysis to unwinding of the double helix, as a model system. The method combines a cell-free expression system, droplet microfluidics and fluorescent assays with next generation sequencing to test large (up to millions of elements) libraries of helicase mutants for both unwinding and ATPase activity. The aim is to identify all sequence positions that, if mutated, lead to uncoupling, i.e. abolish unwinding while preserving ATPase activity. Once these positions are identified, their distribution on the enzyme sequence and structure will be analysed to obtain insight into the coupling mechanism. Notably the methodology could be applied to systems where the classical, structure-based analysis of the chemo-mechanical coupling is not possible. We will demonstrate our method on the RecQ helicase from e. coli using existing information on this system as a means of validation. Any further insight will be a demonstration of the power of our approach. When fully developed, our method will serve as a discovery tool for the interdisciplinary community working on helicases that includes medical, biological and physical sciences. It may be applied to aspects of helicase biophysics beyond the chemo-mechanical coupling, to other enzyme families and to screen for helicase inhibitors with higher throughput and lower cost when compared to robotic mictotitre-plate techniques. The proposed work will be carried out at the Griffiths Lab (ESPCI Paris) with a secondment at the Crick Institute (London). This project integrates the training in biophysics of the Experienced Researcher with the expertise of the Host Institution on high-throughput methods and the experience of the Secondment Institution on helicases. The Experienced Researcher will be trained in next generation sequencing and fluorescence-based approaches to molecular motors.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali scienze fisiche meccanica classica meccanica dei fluidi microfluidics
- scienze naturali scienze biologiche biofisica
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine enzimi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF-EF-ST - Standard EF
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2016
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
75231 Paris
Francia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.