Cell-free reconstitution of autophagy to dissect molecular mechanisms

Informations projet

AutoClean

N° de convention de subvention: 769065

DOI

10.3030/769065

Projet clôturé

Date de signature de la CE 23 Février 2018

Date de début 1 Juin 2018

Date de fin 31 Mai 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 955 666,00

Contribution de l’UE

€ 1 955 666,00

Coordonné par

UNIVERSITAETSKLINIKUM FREIBURG
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (29)

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)

Auteurs: Daniel J. Klionsky, Amal Kamal Abdel-Aziz, Sara Abdelfatah, Mahmoud Abdellatif, Asghar Abdoli, Steffen Abel, Hagai Abeliovich, Marie H. Abildgaard, Yakubu Princely Abudu, Abraham Acevedo-Arozena, Iannis E. Adamopoulos, Khosrow Adeli, Timon E. Adolph, Annagrazia Adornetto, Elma Aflaki, Galila Agam, Anupam Agarwal, Bharat B. Aggarwal, Maria Agnello, Patrizia Agostinis, Javed N. Agrewala, Alexander A
Publié dans: Autophagy, Numéro 2, 2020, ISSN 1554-8627
Éditeur: Landes Bioscience

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)

Auteurs: Daniel J. Klionsky, Amal Kamal Abdel-Aziz, Sara Abdelfatah, Mahmoud Abdellatif, Asghar Abdoli, Steffen Abel, Hagai Abeliovich, Marie H. Abildgaard, Yakubu Princely Abudu, Abraham Acevedo-Arozena, Iannis E. Adamopoulos, Khosrow Adeli, Timon E. Adolph, Annagrazia Adornetto, Elma Aflaki, Galila Agam, Anupam Agarwal, Bharat B. Aggarwal, Maria Agnello, Patrizia Agostinis, Javed N. Agrewala, Alexander A
Publié dans: Autophagy, 2021, ISSN 1554-8627
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15548627.2020.1797280

Beyond the C-terminal Glycine of ATG8 Proteins – The Story of Some Neglected Amino Acids

Auteurs: Saskia Barz, Kay Hofmann, Fulvio Reggiori, Claudine Kraft
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 436, 2024, Page(s) 168588, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2024.168588

ULK1-mediated phosphorylation regulates the conserved role of YKT6 in autophagy

Auteurs: Pablo Sánchez-Martín; Franziska Kriegenburg; Ludovico Alves; Julius Adam; Jana Elsaesser; Riccardo Babic; Hector Mancilla; Mariya Licheva; Georg Tascher; Christian Münch; Stefan Eimer; Claudine Kraft
Publié dans: Journal of Cell Science, Numéro 5, 2023, ISSN 0021-9533
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.260546

Autophagosomes are formed at a distinct cellular structure

Auteurs: David M. Hollenstein, Claudine Kraft
Publié dans: Current Opinion in Cell Biology, Numéro 65, 2020, Page(s) 50-57, ISSN 0955-0674
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2020.02.012

LRBA deficiency impairs autophagy and contributes to enhanced antigen presentation and T-cell dysregulation

Auteurs: Elena Sindram, Marie-Celine Deau, Laure-Anne Ligeon, Pablo Sanchez-Martin, Sigrun Nestel, Sophie Jung, Stefanie Ruf, Pankaj Mishra, Michele Proietti, Stefan Günther, Kathrin Thedieck, Eleni Roussa, Angelika Rambold, Christian Münz, Claudine Kraft, Bodo Grimbacher, Laura Gámez-Díaz
Publié dans: EMBO Reports, 2025, ISSN 1469-3178
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44319-025-00504-7

Autophagy in major human diseases

Auteurs: Daniel J Klionsky, Giulia Petroni, Ravi K Amaravadi, Eric H Baehrecke, Andrea Ballabio, Patricia Boya, José Manuel Bravo‐San Pedro, Ken Cadwell, Francesco Cecconi, Augustine M K Choi, Mary E Choi, Charleen T Chu, Patrice Codogno, Maria Isabel Colombo, Ana Maria Cuervo, Vojo Deretic, Ivan Dikic, Zvulun Elazar, Eeva‐Liisa Eskelinen, Gian Maria Fimia, David A Gewirtz, Douglas R Green, Malene Han
Publié dans: EMBO Reports, 2021, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2021108863

Atg1 kinase regulates autophagosome‐vacuole fusion by controlling SNARE bundling

Auteurs: Saskia Barz, Franziska Kriegenburg, Anna Henning, Anuradha Bhattacharya, Hector Mancilla, Pablo Sánchez‐Martín, Claudine Kraft
Publié dans: EMBO reports, 2020, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202051869

Phosphoregulation of the autophagy machinery by kinases and phosphatases

Auteurs: Mariya Licheva, Babu Raman, Claudine Kraft, Fulvio Reggiori
Publié dans: Autophagy, 2021, Page(s) 1-20, ISSN 1554-8627
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15548627.2021.1909407

Small but mighty: Atg8s and Rabs in Membrane Dynamics during Autophagy

Auteurs: Saskia Barz, Franziska Kriegenburg, Pablo Sánchez-Martín, Claudine Kraft
Publié dans: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, 2021, Page(s) 119064, ISSN 0167-4889
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2021.119064

Role of the small protein Mco6 in the mitochondrial sorting and assembly machinery

Auteurs: Jon V. Busto; Iniyan Ganesan; Hannah Mathar; Conny Steiert; Eva F. Schneider; Sebastian P. Straub; Lars Ellenrieder; Jiyao Song; Sebastian B. Stiller; Philipp Lübbert; Ritwika Chatterjee; Jana Elsaesser; Laura Melchionda; Christina Schug; Fabian den Brave; Uwe Schulte; Till Klecker; Claudine Kraft; Bernd Fakler; Thomas Becker; Nils Wiedemann
Publié dans: cell reports, Numéro 2, 2024, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.113805

Phagophore closure, autophagosome maturation and autophagosome fusion during macroautophagy in the yeast <i>Saccharomyces cerevisiae</i>

Auteurs: Claudine Kraft; Fulvio Reggiori
Publié dans: febs letters, Numéro 2, 2023, ISSN 0014-5793
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14720

Driving next-generation autophagy researchers towards translation (DRIVE), an international PhD training program on autophagy

Auteurs: Claudine Kraft, Patricia Boya, Patrice Codogno, Zvulun Elazar, Eeva-Liisa Eskelinen, Judith Farrés, Vladimir Kirkin, Heinz Jungbluth, Ana Martinez, Ole Pless, Charlotte Primard, Tassula Proikas-Cezanne, Anne Simonsen, Fulvio Reggiori
Publié dans: Autophagy, Numéro 15/2, 2018, Page(s) 347-351, ISSN 1554-8627
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15548627.2018.1515532

The multi-functional SNARE protein Ykt6 in autophagosomal fusion processes

Auteurs: Franziska Kriegenburg, Levent Bas, Jieqiong Gao, Christian Ungermann, Claudine Kraft
Publié dans: Cell Cycle, Numéro 18/6-7, 2019, Page(s) 639-651, ISSN 1538-4101
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15384101.2019.1580488

An Early mtUPR: Redistribution of the Nuclear Transcription Factor Rox1 to Mitochondria Protects against Intramitochondrial Proteotoxic Aggregates

Auteurs: Daniel Poveda-Huertes, Stanka Matic, Adinarayana Marada, Lukas Habernig, Mariya Licheva, Lisa Myketin, Ralf Gilsbach, Sergi Tosal-Castano, Daniel Papinski, Patrycja Mulica, Oliver Kretz, Cansu Kücükköse, Asli Aras Taskin, Lutz Hein, Claudine Kraft, Sabrina Büttner, Chris Meisinger, F.-Nora Vögtle
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 77/1, 2020, Page(s) 180-188.e9, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.09.026

Reconstitution reveals Ykt6 as the autophagosomal SNARE in autophagosome–vacuole fusion

Auteurs: Levent Bas, Daniel Papinski, Mariya Licheva, Raffaela Torggler, Sabrina Rohringer, Martina Schuschnig, Claudine Kraft
Publié dans: The Journal of Cell Biology, Numéro 217/10, 2018, Page(s) 3656-3669, ISSN 0021-9525
Éditeur: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.201804028

Ykt6 mediates autophagosome-vacuole fusion

Auteurs: Levent Bas, Daniel Papinski, Claudine Kraft
Publié dans: Molecular & Cellular Oncology, Numéro 5/6, 2018, Page(s) e1526006, ISSN 2372-3556
Éditeur: Taylor and Francis
DOI: 10.1080/23723556.2018.1526006

Vac8 spatially confines autophagosome formation at the vacuole in S. cerevisiae

Auteurs: David M. Hollenstein, Rubén Gómez-Sánchez, Akif Ciftci, Franziska Kriegenburg, Muriel Mari, Raffaela Torggler, Mariya Licheva, Fulvio Reggiori, Claudine Kraft
Publié dans: Journal of Cell Science, Numéro 132/22, 2019, Page(s) jcs235002, ISSN 0021-9533
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.235002

Phase separation of initiation hubs on cargo is a trigger switch for selective autophagy

Auteurs: Mariya Licheva, Jeremy Pflaum, Riccardo Babic, Hector Mancilla, Jana Elsässer, Emily Boyle, David M. Hollenstein, Jorge Jimenez-Niebla, Jonas Pleyer, Mio Heinrich, Franz-Georg Wieland, Joachim Brenneisen, Christopher Eickhorst, Johann Brenner, Shan Jiang, Markus Hartl, Sonja Welsch, Carola Hunte, Jens Timmer, Florian Wilfling, Claudine Kraft
Publié dans: Nature Cell Biology, Numéro 27, 2025, Page(s) 283-297, ISSN 1465-7392
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-024-01572-y

The lipid flippase Drs2 regulates anterograde transport of Atg9 during autophagy

Auteurs: Franziska Kriegenburg; Wouter Huiting; Fleur van Buuren-Broek; Emma Zwilling; Ralph Hardenberg; Muriel Mari; Claudine Kraft; Fulvio Reggiori
Publié dans: Autophagy Reports, 1(1), 345 - 367, Numéro 1, 2022, ISSN 2769-4127
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/27694127.2022.2104781

Chemical Acetylation of Ligands and Two-Step Digestion Protocol for Reducing Codigestion in Affinity Purification–Mass Spectrometry

Auteurs: David M. Hollenstein; Margarita Maurer-Granofszky; Wolfgang Reiter; Dorothea Anrather; Thomas Gossenreiter; Riccardo Babic; Natascha Hartl; Claudine Kraft; Markus Hartl
Publié dans: Journal of Proteome Research, 2023, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.3c00424

Posttranslational insertion of small membrane proteins by the bacterial signal recognition particle

Auteurs: Ruth Steinberg, Andrea Origi, Ana Natriashvili, Pinku Sarmah, Mariya Licheva, Princess M. Walker, Claudine Kraft, Stephen High, Joen Luirink, Wei. Q. Shi, Martin Helmstädter, Maximilian H. Ulbrich, Hans-Georg Koch
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 18/9, 2020, Page(s) e3000874, ISSN 1545-7885
Éditeur: Plos Biology
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000874

Dual role of Mic10 in mitochondrial cristae organization and ATP synthase-linked metabolic adaptation and respiratory growth

Auteurs: Heike Rampelt, Florian Wollweber, Mariya Licheva,Rinse de Boer, Inge Perschil, Liesa Steidle, Thomas Becker, Maria Bohnert, Ida van der Klei, Claudine Kraft, Martin van der Laan, Nikolaus Pfanner
Publié dans: Cell Reports, 2022, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2021.110290

Spatial control of avidity regulates initiation and progression of selective autophagy.

Auteurs: Hollenstein David M, Licheva Mariya, Konradi Nicole, Schweida David, Mancilla Hector, Mari Muriel, Reggiori Fulvio, Kraft Claudine
Publié dans: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27420-3

mRNA targeting eliminates the need for the signal recognition particle during membrane protein insertion in bacteria

Auteurs: Pinku Sarmah, Wenkang Shang, Andrea Origi, Mariya Licheva, Claudine Kraft, Maximilian Ulbrich, Elisabeth Lichtenberg, Annegret Wilde, Hans-Georg Koch
Publié dans: Cell Reports, Numéro 42, 2024, Page(s) 112140, ISSN 2211-1247
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112140

FIP200 Phosphorylation Regulates Late Steps in Mitophagy

Auteurs: Christopher Eickhorst, Riccardo Babic, Jorrell Rush-Kittle, Leon Lucya, Fatimah Lami Imam, Pablo Sánchez-Martín, David M. Hollenstein, Jonas Michaelis, Christian Münch, Chris Meisinger, Dea Slade, Laura Gámez-Díaz, Claudine Kraft
Publié dans: Journal of Molecular Biology, Numéro 436, 2024, Page(s) 168631, ISSN 0022-2836
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2024.168631

Decoding the function of Atg13 phosphorylation reveals a role of Atg11 in bulk autophagy initiation

Auteurs: Anuradha Bhattacharya; Raffaela Torggler; Wolfgang Reiter; Natalie Romanov; Mariya Licheva; Akif Ciftci; Muriel Mari; Lena Kolb; Dominik Kaiser; Fulvio Reggiori; Gustav Ammerer; David M Hollenstein; Claudine Kraft
Publié dans: Embo reports, Numéro 2, 2024, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44319-023-00055-9

Global kinome profiling reveals DYRK1A as critical activator of the human mitochondrial import machinery

Auteurs: Corvin Walter, Adinarayana Marada, Tamara Suhm, Ralf Ernsberger, era Muders, Cansu Kücükköse, Pablo Sánchez-Martín, Zehan Hu, Abhishek Aich, Stefan Loroch, Fiorella Andrea Solari, Daniel Poveda-Huertes, Alexandra Schwierzok, Henrike Pommerening, Stanka Matic, Jan Brix, Albert Sickmann, Claudine Kraft, Jörn Dengjel, ven Dennerlein, Tilman Brummer, F.-Nora Vögtle, Chris Meisinger
Publié dans: Nature Communications, 2021, ISSN 0000-0000
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24426-9

Quantitative high-confidence human mitochondrial proteome and its dynamics in cellular context

Auteurs: Marcel Morgenstern, Christian D. Peikert, Philipp Luebbert, Ida Suppanz, Cinzia Klemm, Oliver Alka, Conny Steiert, Nataliia Naumenko, Alexander Schendzielorz, Laura Melchionda, Wignand W.D. Muehlhaeuser, Bettina Knapp, Jakob D. Busch, Sebastian B. Stiller, Stefan Dannenmaier, Caroline Lindau, Mariya Licheva, Christopher Eickhorst, Riccardo Galbusera, Ralf M. Zerbes, Michael T. Ryan, Claudine Kraf
Publié dans: Cell Metabolism, 2021, ISSN 1550-4131
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cmet.2021.11.001

Book chapters (1)

Synthetic Dimerization Approaches for In Vivo Studies in Saccharomyces cerevisiae

Auteurs: Jana Elsässer, Claudine Kraft
Publié dans: Methods in Molecular Biology, Selective Autophagy, 2024, Page(s) 27-37
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-4067-8_3

Monographic books (1)

Selective Autophagy

Auteurs: Jana Elsaesser, Claudine Kraft
Publié dans: Methods in Molecular Biology, 2024
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-4067-8

Other (1)

The mechanism of macroautophagy: The movie

Auteurs: Reggiori F Boya P, da Costa D, Elazar Z, Eskelinen E, Farrés J, Guettler S, Kraft C, Jungbluth H, Martinez A, Moel E, Pless O, Proikas-Cezanne T, Simonsen A
Publié dans: Autophagy, 2022
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/27694127.2022.2096115