Cell-free reconstitution of autophagy to dissect molecular mechanisms

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)

Autoren: Daniel J. Klionsky, Amal Kamal Abdel-Aziz, Sara Abdelfatah, Mahmoud Abdellatif, Asghar Abdoli, Steffen Abel, Hagai Abeliovich, Marie H. Abildgaard, Yakubu Princely Abudu, Abraham Acevedo-Arozena, Iannis E. Adamopoulos, Khosrow Adeli, Timon E. Adolph, Annagrazia Adornetto, Elma Aflaki, Galila Agam, Anupam Agarwal, Bharat B. Aggarwal, Maria Agnello, Patrizia Agostinis, Javed N. Agrewala, Alexander A
Veröffentlicht in: Autophagy, Ausgabe 2, 2020, ISSN 1554-8627
Herausgeber: Landes Bioscience

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy (4th edition)

Autoren: Daniel J. Klionsky, Amal Kamal Abdel-Aziz, Sara Abdelfatah, Mahmoud Abdellatif, Asghar Abdoli, Steffen Abel, Hagai Abeliovich, Marie H. Abildgaard, Yakubu Princely Abudu, Abraham Acevedo-Arozena, Iannis E. Adamopoulos, Khosrow Adeli, Timon E. Adolph, Annagrazia Adornetto, Elma Aflaki, Galila Agam, Anupam Agarwal, Bharat B. Aggarwal, Maria Agnello, Patrizia Agostinis, Javed N. Agrewala, Alexander A
Veröffentlicht in: Autophagy, 2021, ISSN 1554-8627
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15548627.2020.1797280

Beyond the C-terminal Glycine of ATG8 Proteins – The Story of Some Neglected Amino Acids

Autoren: Saskia Barz, Kay Hofmann, Fulvio Reggiori, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 436, 2024, Seite(n) 168588, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2024.168588

ULK1-mediated phosphorylation regulates the conserved role of YKT6 in autophagy

Autoren: Pablo Sánchez-Martín; Franziska Kriegenburg; Ludovico Alves; Julius Adam; Jana Elsaesser; Riccardo Babic; Hector Mancilla; Mariya Licheva; Georg Tascher; Christian Münch; Stefan Eimer; Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, Ausgabe 5, 2023, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.260546

Autophagosomes are formed at a distinct cellular structure

Autoren: David M. Hollenstein, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Current Opinion in Cell Biology, Ausgabe 65, 2020, Seite(n) 50-57, ISSN 0955-0674
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2020.02.012

LRBA deficiency impairs autophagy and contributes to enhanced antigen presentation and T-cell dysregulation

Autoren: Elena Sindram, Marie-Celine Deau, Laure-Anne Ligeon, Pablo Sanchez-Martin, Sigrun Nestel, Sophie Jung, Stefanie Ruf, Pankaj Mishra, Michele Proietti, Stefan Günther, Kathrin Thedieck, Eleni Roussa, Angelika Rambold, Christian Münz, Claudine Kraft, Bodo Grimbacher, Laura Gámez-Díaz
Veröffentlicht in: EMBO Reports, 2025, ISSN 1469-3178
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s44319-025-00504-7

Autophagy in major human diseases

Autoren: Daniel J Klionsky, Giulia Petroni, Ravi K Amaravadi, Eric H Baehrecke, Andrea Ballabio, Patricia Boya, José Manuel Bravo‐San Pedro, Ken Cadwell, Francesco Cecconi, Augustine M K Choi, Mary E Choi, Charleen T Chu, Patrice Codogno, Maria Isabel Colombo, Ana Maria Cuervo, Vojo Deretic, Ivan Dikic, Zvulun Elazar, Eeva‐Liisa Eskelinen, Gian Maria Fimia, David A Gewirtz, Douglas R Green, Malene Han
Veröffentlicht in: EMBO Reports, 2021, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2021108863

Atg1 kinase regulates autophagosome‐vacuole fusion by controlling SNARE bundling

Autoren: Saskia Barz, Franziska Kriegenburg, Anna Henning, Anuradha Bhattacharya, Hector Mancilla, Pablo Sánchez‐Martín, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: EMBO reports, 2020, ISSN 1469-221X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202051869

Phosphoregulation of the autophagy machinery by kinases and phosphatases

Autoren: Mariya Licheva, Babu Raman, Claudine Kraft, Fulvio Reggiori
Veröffentlicht in: Autophagy, 2021, Seite(n) 1-20, ISSN 1554-8627
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15548627.2021.1909407

Small but mighty: Atg8s and Rabs in Membrane Dynamics during Autophagy

Autoren: Saskia Barz, Franziska Kriegenburg, Pablo Sánchez-Martín, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Molecular Cell Research, 2021, Seite(n) 119064, ISSN 0167-4889
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.bbamcr.2021.119064

Role of the small protein Mco6 in the mitochondrial sorting and assembly machinery

Autoren: Jon V. Busto; Iniyan Ganesan; Hannah Mathar; Conny Steiert; Eva F. Schneider; Sebastian P. Straub; Lars Ellenrieder; Jiyao Song; Sebastian B. Stiller; Philipp Lübbert; Ritwika Chatterjee; Jana Elsaesser; Laura Melchionda; Christina Schug; Fabian den Brave; Uwe Schulte; Till Klecker; Claudine Kraft; Bernd Fakler; Thomas Becker; Nils Wiedemann
Veröffentlicht in: cell reports, Ausgabe 2, 2024, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2024.113805

Phagophore closure, autophagosome maturation and autophagosome fusion during macroautophagy in the yeast <i>Saccharomyces cerevisiae</i>

Autoren: Claudine Kraft; Fulvio Reggiori
Veröffentlicht in: febs letters, Ausgabe 2, 2023, ISSN 0014-5793
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1002/1873-3468.14720

Driving next-generation autophagy researchers towards translation (DRIVE), an international PhD training program on autophagy

Autoren: Claudine Kraft, Patricia Boya, Patrice Codogno, Zvulun Elazar, Eeva-Liisa Eskelinen, Judith Farrés, Vladimir Kirkin, Heinz Jungbluth, Ana Martinez, Ole Pless, Charlotte Primard, Tassula Proikas-Cezanne, Anne Simonsen, Fulvio Reggiori
Veröffentlicht in: Autophagy, Ausgabe 15/2, 2018, Seite(n) 347-351, ISSN 1554-8627
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15548627.2018.1515532

The multi-functional SNARE protein Ykt6 in autophagosomal fusion processes

Autoren: Franziska Kriegenburg, Levent Bas, Jieqiong Gao, Christian Ungermann, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Cell Cycle, Ausgabe 18/6-7, 2019, Seite(n) 639-651, ISSN 1538-4101
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/15384101.2019.1580488

An Early mtUPR: Redistribution of the Nuclear Transcription Factor Rox1 to Mitochondria Protects against Intramitochondrial Proteotoxic Aggregates

Autoren: Daniel Poveda-Huertes, Stanka Matic, Adinarayana Marada, Lukas Habernig, Mariya Licheva, Lisa Myketin, Ralf Gilsbach, Sergi Tosal-Castano, Daniel Papinski, Patrycja Mulica, Oliver Kretz, Cansu Kücükköse, Asli Aras Taskin, Lutz Hein, Claudine Kraft, Sabrina Büttner, Chris Meisinger, F.-Nora Vögtle
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 77/1, 2020, Seite(n) 180-188.e9, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.09.026

Reconstitution reveals Ykt6 as the autophagosomal SNARE in autophagosome–vacuole fusion

Autoren: Levent Bas, Daniel Papinski, Mariya Licheva, Raffaela Torggler, Sabrina Rohringer, Martina Schuschnig, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: The Journal of Cell Biology, Ausgabe 217/10, 2018, Seite(n) 3656-3669, ISSN 0021-9525
Herausgeber: Rockefeller University Press
DOI: 10.1083/jcb.201804028

Ykt6 mediates autophagosome-vacuole fusion

Autoren: Levent Bas, Daniel Papinski, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Molecular & Cellular Oncology, Ausgabe 5/6, 2018, Seite(n) e1526006, ISSN 2372-3556
Herausgeber: Taylor and Francis
DOI: 10.1080/23723556.2018.1526006

Vac8 spatially confines autophagosome formation at the vacuole in S. cerevisiae

Autoren: David M. Hollenstein, Rubén Gómez-Sánchez, Akif Ciftci, Franziska Kriegenburg, Muriel Mari, Raffaela Torggler, Mariya Licheva, Fulvio Reggiori, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, Ausgabe 132/22, 2019, Seite(n) jcs235002, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.235002

Phase separation of initiation hubs on cargo is a trigger switch for selective autophagy

Autoren: Mariya Licheva, Jeremy Pflaum, Riccardo Babic, Hector Mancilla, Jana Elsässer, Emily Boyle, David M. Hollenstein, Jorge Jimenez-Niebla, Jonas Pleyer, Mio Heinrich, Franz-Georg Wieland, Joachim Brenneisen, Christopher Eickhorst, Johann Brenner, Shan Jiang, Markus Hartl, Sonja Welsch, Carola Hunte, Jens Timmer, Florian Wilfling, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Nature Cell Biology, Ausgabe 27, 2025, Seite(n) 283-297, ISSN 1465-7392
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41556-024-01572-y

The lipid flippase Drs2 regulates anterograde transport of Atg9 during autophagy

Autoren: Franziska Kriegenburg; Wouter Huiting; Fleur van Buuren-Broek; Emma Zwilling; Ralph Hardenberg; Muriel Mari; Claudine Kraft; Fulvio Reggiori
Veröffentlicht in: Autophagy Reports, 1(1), 345 - 367, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2769-4127
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/27694127.2022.2104781

Chemical Acetylation of Ligands and Two-Step Digestion Protocol for Reducing Codigestion in Affinity Purification–Mass Spectrometry

Autoren: David M. Hollenstein; Margarita Maurer-Granofszky; Wolfgang Reiter; Dorothea Anrather; Thomas Gossenreiter; Riccardo Babic; Natascha Hartl; Claudine Kraft; Markus Hartl
Veröffentlicht in: Journal of Proteome Research, 2023, ISSN 1535-3893
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.3c00424

Posttranslational insertion of small membrane proteins by the bacterial signal recognition particle

Autoren: Ruth Steinberg, Andrea Origi, Ana Natriashvili, Pinku Sarmah, Mariya Licheva, Princess M. Walker, Claudine Kraft, Stephen High, Joen Luirink, Wei. Q. Shi, Martin Helmstädter, Maximilian H. Ulbrich, Hans-Georg Koch
Veröffentlicht in: PLOS Biology, Ausgabe 18/9, 2020, Seite(n) e3000874, ISSN 1545-7885
Herausgeber: Plos Biology
DOI: 10.1371/journal.pbio.3000874

Dual role of Mic10 in mitochondrial cristae organization and ATP synthase-linked metabolic adaptation and respiratory growth

Autoren: Heike Rampelt, Florian Wollweber, Mariya Licheva,Rinse de Boer, Inge Perschil, Liesa Steidle, Thomas Becker, Maria Bohnert, Ida van der Klei, Claudine Kraft, Martin van der Laan, Nikolaus Pfanner
Veröffentlicht in: Cell Reports, 2022, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2021.110290

Spatial control of avidity regulates initiation and progression of selective autophagy.

Autoren: Hollenstein David M, Licheva Mariya, Konradi Nicole, Schweida David, Mancilla Hector, Mari Muriel, Reggiori Fulvio, Kraft Claudine
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-27420-3

mRNA targeting eliminates the need for the signal recognition particle during membrane protein insertion in bacteria

Autoren: Pinku Sarmah, Wenkang Shang, Andrea Origi, Mariya Licheva, Claudine Kraft, Maximilian Ulbrich, Elisabeth Lichtenberg, Annegret Wilde, Hans-Georg Koch
Veröffentlicht in: Cell Reports, Ausgabe 42, 2024, Seite(n) 112140, ISSN 2211-1247
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112140

FIP200 Phosphorylation Regulates Late Steps in Mitophagy

Autoren: Christopher Eickhorst, Riccardo Babic, Jorrell Rush-Kittle, Leon Lucya, Fatimah Lami Imam, Pablo Sánchez-Martín, David M. Hollenstein, Jonas Michaelis, Christian Münch, Chris Meisinger, Dea Slade, Laura Gámez-Díaz, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Journal of Molecular Biology, Ausgabe 436, 2024, Seite(n) 168631, ISSN 0022-2836
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jmb.2024.168631

Decoding the function of Atg13 phosphorylation reveals a role of Atg11 in bulk autophagy initiation

Autoren: Anuradha Bhattacharya; Raffaela Torggler; Wolfgang Reiter; Natalie Romanov; Mariya Licheva; Akif Ciftci; Muriel Mari; Lena Kolb; Dominik Kaiser; Fulvio Reggiori; Gustav Ammerer; David M Hollenstein; Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Embo reports, Ausgabe 2, 2024, ISSN 1469-221X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s44319-023-00055-9

Global kinome profiling reveals DYRK1A as critical activator of the human mitochondrial import machinery

Autoren: Corvin Walter, Adinarayana Marada, Tamara Suhm, Ralf Ernsberger, era Muders, Cansu Kücükköse, Pablo Sánchez-Martín, Zehan Hu, Abhishek Aich, Stefan Loroch, Fiorella Andrea Solari, Daniel Poveda-Huertes, Alexandra Schwierzok, Henrike Pommerening, Stanka Matic, Jan Brix, Albert Sickmann, Claudine Kraft, Jörn Dengjel, ven Dennerlein, Tilman Brummer, F.-Nora Vögtle, Chris Meisinger
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24426-9

Quantitative high-confidence human mitochondrial proteome and its dynamics in cellular context

Autoren: Marcel Morgenstern, Christian D. Peikert, Philipp Luebbert, Ida Suppanz, Cinzia Klemm, Oliver Alka, Conny Steiert, Nataliia Naumenko, Alexander Schendzielorz, Laura Melchionda, Wignand W.D. Muehlhaeuser, Bettina Knapp, Jakob D. Busch, Sebastian B. Stiller, Stefan Dannenmaier, Caroline Lindau, Mariya Licheva, Christopher Eickhorst, Riccardo Galbusera, Ralf M. Zerbes, Michael T. Ryan, Claudine Kraf
Veröffentlicht in: Cell Metabolism, 2021, ISSN 1550-4131
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cmet.2021.11.001

Synthetic Dimerization Approaches for In Vivo Studies in Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Jana Elsässer, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, Selective Autophagy, 2024, Seite(n) 27-37
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-4067-8_3

Selective Autophagy

Autoren: Jana Elsaesser, Claudine Kraft
Veröffentlicht in: Methods in Molecular Biology, 2024
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-4067-8

The mechanism of macroautophagy: The movie

Autoren: Reggiori F Boya P, da Costa D, Elazar Z, Eskelinen E, Farrés J, Guettler S, Kraft C, Jungbluth H, Martinez A, Moel E, Pless O, Proikas-Cezanne T, Simonsen A
Veröffentlicht in: Autophagy, 2022
Herausgeber: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/27694127.2022.2096115

Veröffentlichungen

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