Analysis of the nucleolus in genome organization and function

Informations projet

NucleolusChromatin

N° de convention de subvention: 787074

DOI

10.3030/787074

Projet clôturé

Date de signature de la CE 20 Avril 2018

Date de début 1 Septembre 2018

Date de fin 31 Août 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 2 500 000,00

Coordonné par

UNIVERSITAT ZURICH
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (12)

BAZ2A‐mediated repression via H3K14ac‐marked enhancers promotes prostate cancer stem cells

Auteurs: Rodrigo Peña‐Hernández, Rossana Aprigliano, Sandra Carina Frommel, Karolina Pietrzak, Seraina Steiger, Marcin Roganowicz, Luigi Lerra, Juliana Bizzarro, Raffaella Santoro
Publié dans: EMBO reports, 2021, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202153014

Methods for mapping 3D-chromosome architecture around nucleoli

Auteurs: Cristiana Bersaglieri, Raffaella Santoro
Publié dans: Current Opinion in Cell Biology, Numéro 81, 2023, Page(s) 102171, ISSN 0955-0674
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102171

BAZ 2A safeguards genome architecture of ground‐state pluripotent stem cells

Auteurs: Damian Dalcher, Jennifer Yihong Tan, Cristiana Bersaglieri, Rodrigo Peña‐Hernández, Eva Vollenweider, Stefan Zeyen, Marc W Schmid, Valerio Bianchi, Stefan Butz, Marcin Roganowicz, Rostyslav Kuzyakiv, Tuncay Baubec, Ana Claudia Marques, Raffaella Santoro
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 39/23, 2020, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2020105606

Argonaute proteins regulate a specific network of genes through KLF4 in mouse embryonic stem cells

Auteurs: Madlen Müller, Moritz Schaefer, Tara Fäh, Daniel Spies, Victoria Hermes, Richard Patryk Ngondo, Rodrigo Peña-Hernández, Raffaella Santoro, Constance Ciaudo
Publié dans: Stem Cell Reports, 2022, ISSN 2213-6711
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2022.03.014

Image analysis workflows to reveal the spatial organization of cell nuclei and chromosomes

Auteurs: Ricardo S Randall, Claire Jourdain, Anna Nowicka, Kateřina Kaduchová, Michaela Kubová, Mohammad A Ayoub, Veit Schubert, Christophe Tatout, Isabelle Colas, Kalyanikrishna, Sophie Desset, Sarah Mermet, Aurélia Boulaflous-Stevens, Ivona Kubalová, Terezie Mandáková, Stefan Heckmann, Martin A Lysak, Martina Panatta, Raffaella Santoro, Daniel Schubert, Ales Pecinka, Devin Routh, Célia Baroux
Publié dans: Nucleus, 2022, ISSN 1949-1034
Éditeur: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19491034.2022.2144013

Genome-wide maps of nucleolus interactions reveal distinct layers of repressive chromatin domains

Auteurs: Cristiana Bersaglieri, Jelena Kresoja-Rakic, Shivani Gupta, Dominik Bär, Rostyslav Kuzyakiv, Martina Panatta, Raffaella Santoro
Publié dans: Nature communications, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29146-2

Regulation and Roles of the Nucleolus in Embryonic Stem Cells: From Ribosome Biogenesis to Genome Organization

Auteurs: Shivani Gupta, Raffaella Santoro
Publié dans: Stem Cell Reports, Numéro 15/6, 2020, Page(s) 1206-1219, ISSN 2213-6711
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2020.08.012

Nucleolus and rRNA Gene Chromatin in Early Embryo Development

Auteurs: Jelena Kresoja-Rakic, Raffaella Santoro
Publié dans: Trends in Genetics, Numéro 35/11, 2019, Page(s) 868-879, ISSN 0168-9525
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2019.06.005

Genome Organization in and around the Nucleolus

Auteurs: Cristiana Bersaglieri, Raffaella Santoro
Publié dans: Cells, Numéro 8/6, 2019, Page(s) 579, ISSN 2073-4409
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/cells8060579

BAZ2A-RNA mediated association with TOP2A and KDM1A represses genes implicated in prostate cancer

Auteurs: Marcin Roganowicz, Dominik Bär, Cristiana Bersaglieri, Rossana Aprigliano, Raffaella Santoro
Publié dans: Life Science Alliance, Numéro 6, 2024, Page(s) e202301950, ISSN 2575-1077
Éditeur: Life Science Alliance
DOI: 10.26508/lsa.202301950

An RNA-dependent and phase-separated active subnuclear compartment safeguards repressive chromatin domains

Auteurs: Luigi Lerra, Martina Panatta, Dominik Bär, Isabella Zanini, Jennifer Yihong Tan, Agnese Pisano, Chiara Mungo, Célia Baroux, Vikram Govind Panse, Ana C. Marques, Raffaella Santoro
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 84, 2024, Page(s) 1667-1683.e10, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.03.015

PRAMEL7 and CUL2 decrease NuRD stability to establish ground-state pluripotency

Auteurs: Meneka Rupasinghe, Cristiana Bersaglieri, Deena M Leslie Pedrioli, Patrick GA Pedrioli, Martina Panatta, Michael O Hottiger, Paolo Cinelli, Raffaella Santoro
Publié dans: EMBO Reports, Numéro 25, 2024, Page(s) 1453-1468, ISSN 1469-3178
Éditeur: EMBO Reports
DOI: 10.1038/s44319-024-00083-z

Non-peer reviewed articles (3)

Single-cell dynamics of genome-nucleolus interactions captured by nucleolar laser microdissection (NoLMseq)

Auteurs: Kaivalya Walavalkar, Shivani Gupta, Jelena Kresoja-Rakic, Mathieu Raingeval, Chiara Mungo, and Raffaella Santoro
Publié dans: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2024.06.18.599512

NPM1 mediates genome-nucleolus interactions and the establishment of their repressive chromatin states

Auteurs: Shivani Gupta, Cristiana Bersaglieri, Dominik Bär, Mathieu Raingeval, Luana Schaab, and Raffaella Santoro
Publié dans: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2024.07.03.601885

Looking for a job in a dynamic and collaborative working place? LncRNAs are recruiting!

Auteurs: Raffaella Santoro
Publié dans: Cell, 2021, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.10.020

Other (3)

PRAMEL7/CUL2 axis regulates NuRD stability to establish ground-state pluripotency in embryonic stem cells

Auteurs: Meneka Rupasinghe, Cristiana Bersaglieri, Deena M Leslie Pedrioli, Patrick G. A. Pedrioli, Martina Panatta, Michael O. Hottiger, Paolo Cinelli, Raffaella Santoro
Publié dans: bioRxiv, 2022
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory

BAZ2A-RNA mediated association with TOP2A and KDM1A represses gene expression in prostate cancer

Auteurs: Marcin Roganowicz, Dominik Bär, Raffaella Santoro
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory

Genome-wide maps of nucleolus interactions reveal distinct layers of repressive chromatin domains

Auteurs: Cristiana Bersaglieri, Jelena Kresoja-Rakic, Shivani Gupta, Dominik Bär, Rostyslav Kuzyakiv, Raffaella Santoro
Publié dans: bioRxiv, 2020
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory

Monographic books (1)

Introduction to Epigenetics

Auteurs: Renato Paro , Ueli Grossniklaus, Raffaella Santoro, Anton Wutz
Publié dans: 2021, ISBN 978-3-030-68670-3
Éditeur: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-68670-3