Analysis of the nucleolus in genome organization and function

Informazioni relative al progetto

NucleolusChromatin

ID dell’accordo di sovvenzione: 787074

DOI

10.3030/787074

Progetto chiuso

Data della firma CE 20 Aprile 2018

Data di avvio 1 Settembre 2018

Data di completamento 31 Agosto 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 500 000,00

Contributo UE

€ 2 500 000,00

Coordinato da

UNIVERSITAT ZURICH
Switzerland

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (12)

BAZ2A‐mediated repression via H3K14ac‐marked enhancers promotes prostate cancer stem cells

Autori: Rodrigo Peña‐Hernández, Rossana Aprigliano, Sandra Carina Frommel, Karolina Pietrzak, Seraina Steiger, Marcin Roganowicz, Luigi Lerra, Juliana Bizzarro, Raffaella Santoro
Pubblicato in: EMBO reports, 2021, ISSN 1469-221X
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202153014

Methods for mapping 3D-chromosome architecture around nucleoli

Autori: Cristiana Bersaglieri, Raffaella Santoro
Pubblicato in: Current Opinion in Cell Biology, Numero 81, 2023, Pagina/e 102171, ISSN 0955-0674
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.ceb.2023.102171

BAZ 2A safeguards genome architecture of ground‐state pluripotent stem cells

Autori: Damian Dalcher, Jennifer Yihong Tan, Cristiana Bersaglieri, Rodrigo Peña‐Hernández, Eva Vollenweider, Stefan Zeyen, Marc W Schmid, Valerio Bianchi, Stefan Butz, Marcin Roganowicz, Rostyslav Kuzyakiv, Tuncay Baubec, Ana Claudia Marques, Raffaella Santoro
Pubblicato in: The EMBO Journal, Numero 39/23, 2020, ISSN 0261-4189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2020105606

Argonaute proteins regulate a specific network of genes through KLF4 in mouse embryonic stem cells

Autori: Madlen Müller, Moritz Schaefer, Tara Fäh, Daniel Spies, Victoria Hermes, Richard Patryk Ngondo, Rodrigo Peña-Hernández, Raffaella Santoro, Constance Ciaudo
Pubblicato in: Stem Cell Reports, 2022, ISSN 2213-6711
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2022.03.014

Image analysis workflows to reveal the spatial organization of cell nuclei and chromosomes

Autori: Ricardo S Randall, Claire Jourdain, Anna Nowicka, Kateřina Kaduchová, Michaela Kubová, Mohammad A Ayoub, Veit Schubert, Christophe Tatout, Isabelle Colas, Kalyanikrishna, Sophie Desset, Sarah Mermet, Aurélia Boulaflous-Stevens, Ivona Kubalová, Terezie Mandáková, Stefan Heckmann, Martin A Lysak, Martina Panatta, Raffaella Santoro, Daniel Schubert, Ales Pecinka, Devin Routh, Célia Baroux
Pubblicato in: Nucleus, 2022, ISSN 1949-1034
Editore: Landes Bioscience
DOI: 10.1080/19491034.2022.2144013

Genome-wide maps of nucleolus interactions reveal distinct layers of repressive chromatin domains

Autori: Cristiana Bersaglieri, Jelena Kresoja-Rakic, Shivani Gupta, Dominik Bär, Rostyslav Kuzyakiv, Martina Panatta, Raffaella Santoro
Pubblicato in: Nature communications, 2022, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-29146-2

Regulation and Roles of the Nucleolus in Embryonic Stem Cells: From Ribosome Biogenesis to Genome Organization

Autori: Shivani Gupta, Raffaella Santoro
Pubblicato in: Stem Cell Reports, Numero 15/6, 2020, Pagina/e 1206-1219, ISSN 2213-6711
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2020.08.012

Nucleolus and rRNA Gene Chromatin in Early Embryo Development

Autori: Jelena Kresoja-Rakic, Raffaella Santoro
Pubblicato in: Trends in Genetics, Numero 35/11, 2019, Pagina/e 868-879, ISSN 0168-9525
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.tig.2019.06.005

Genome Organization in and around the Nucleolus

Autori: Cristiana Bersaglieri, Raffaella Santoro
Pubblicato in: Cells, Numero 8/6, 2019, Pagina/e 579, ISSN 2073-4409
Editore: MDPI
DOI: 10.3390/cells8060579

BAZ2A-RNA mediated association with TOP2A and KDM1A represses genes implicated in prostate cancer

Autori: Marcin Roganowicz, Dominik Bär, Cristiana Bersaglieri, Rossana Aprigliano, Raffaella Santoro
Pubblicato in: Life Science Alliance, Numero 6, 2024, Pagina/e e202301950, ISSN 2575-1077
Editore: Life Science Alliance
DOI: 10.26508/lsa.202301950

An RNA-dependent and phase-separated active subnuclear compartment safeguards repressive chromatin domains

Autori: Luigi Lerra, Martina Panatta, Dominik Bär, Isabella Zanini, Jennifer Yihong Tan, Agnese Pisano, Chiara Mungo, Célia Baroux, Vikram Govind Panse, Ana C. Marques, Raffaella Santoro
Pubblicato in: Molecular Cell, Numero 84, 2024, Pagina/e 1667-1683.e10, ISSN 1097-2765
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2024.03.015

PRAMEL7 and CUL2 decrease NuRD stability to establish ground-state pluripotency

Autori: Meneka Rupasinghe, Cristiana Bersaglieri, Deena M Leslie Pedrioli, Patrick GA Pedrioli, Martina Panatta, Michael O Hottiger, Paolo Cinelli, Raffaella Santoro
Pubblicato in: EMBO Reports, Numero 25, 2024, Pagina/e 1453-1468, ISSN 1469-3178
Editore: EMBO Reports
DOI: 10.1038/s44319-024-00083-z

Non-peer reviewed articles (3)

Single-cell dynamics of genome-nucleolus interactions captured by nucleolar laser microdissection (NoLMseq)

Autori: Kaivalya Walavalkar, Shivani Gupta, Jelena Kresoja-Rakic, Mathieu Raingeval, Chiara Mungo, and Raffaella Santoro
Pubblicato in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editore: bioRxiv
DOI: 10.1101/2024.06.18.599512

NPM1 mediates genome-nucleolus interactions and the establishment of their repressive chromatin states

Autori: Shivani Gupta, Cristiana Bersaglieri, Dominik Bär, Mathieu Raingeval, Luana Schaab, and Raffaella Santoro
Pubblicato in: bioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Editore: bioRxiv
DOI: 10.1101/2024.07.03.601885

Looking for a job in a dynamic and collaborative working place? LncRNAs are recruiting!

Autori: Raffaella Santoro
Pubblicato in: Cell, 2021, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.10.020

Other (3)

PRAMEL7/CUL2 axis regulates NuRD stability to establish ground-state pluripotency in embryonic stem cells

Autori: Meneka Rupasinghe, Cristiana Bersaglieri, Deena M Leslie Pedrioli, Patrick G. A. Pedrioli, Martina Panatta, Michael O. Hottiger, Paolo Cinelli, Raffaella Santoro
Pubblicato in: bioRxiv, 2022
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory

BAZ2A-RNA mediated association with TOP2A and KDM1A represses gene expression in prostate cancer

Autori: Marcin Roganowicz, Dominik Bär, Raffaella Santoro
Pubblicato in: bioRxiv, 2021
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory

Genome-wide maps of nucleolus interactions reveal distinct layers of repressive chromatin domains

Autori: Cristiana Bersaglieri, Jelena Kresoja-Rakic, Shivani Gupta, Dominik Bär, Rostyslav Kuzyakiv, Raffaella Santoro
Pubblicato in: bioRxiv, 2020
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory

Monographic books (1)

Introduction to Epigenetics

Autori: Renato Paro , Ueli Grossniklaus, Raffaella Santoro, Anton Wutz
Pubblicato in: 2021, ISBN 978-3-030-68670-3
Editore: Springer International Publishing
DOI: 10.1007/978-3-030-68670-3