CTCF control of genome stability in ageing

Informations projet

CTCFStableGenome

N° de convention de subvention: 788937

DOI

10.3030/788937

Projet clôturé

Date de signature de la CE 25 Juin 2018

Date de début 1 Septembre 2019

Date de fin 31 Août 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 488 251,00

Contribution de l’UE

€ 2 488 251,00

Coordonné par

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

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Publications

Peer reviewed articles (12)

Four Core Genotypes mice harbour a 3.2MB X-Y translocation that perturbs Tlr7 dosage

Auteurs: Jasper Panten, Stefania Del Prete, James P. Cleland, Lauren M. Saunders, Job van Riet, Anja Schneider, Paul Ginno, Nina Schneider, Marie-Luise Koch, Xuqi Chen, Moritz Gerstung, Oliver Stegle, Arthur P. Arnold, James M. A. Turner, Edith Heard, Duncan T. Odom
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52640-8

DNA lesion bypass and the stochastic dynamics of transcription-coupled repair

Auteurs: Michael D. Nicholson, Craig J. Anderson, Duncan T. Odom, Sarah J. Aitken, Martin S. Taylor
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 121, 2024, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2403871121

Polyploidisation pleiotropically buffers ageing in hepatocytes

Auteurs: Kelvin Yin, Maren Büttner, Ioannis K. Deligiannis, Mateusz Strzelecki, Liwei Zhang, Carlos Talavera-López, Fabian Theis, Duncan T. Odom, Celia P. Martinez-Jimenez
Publié dans: Journal of Hepatology, Numéro 81, 2024, Page(s) 289-302, ISSN 0168-8278
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jhep.2024.03.043

A transcriptional and regulatory map of mouse somite maturation

Auteurs: Ximena Ibarra-Soria, Elodie Thierion, Gi Fay Mok, Andrea E. Münsterberg, Duncan T. Odom, John C. Marioni
Publié dans: Developmental Cell, Numéro 58, 2024, Page(s) 1983-1995.e7, ISSN 1534-5807
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2023.07.003

The dynamic genetic determinants of increased transcriptional divergence in spermatids

Auteurs: Jasper Panten, Tobias Heinen, Christina Ernst, Nils Eling, Rebecca E. Wagner, Maja Satorius, John C. Marioni, Oliver Stegle, Duncan T. Odom
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45133-1

Functional signatures of evolutionarily young CTCF binding sites

Auteurs: Dhoyazan Azazi, Jonathan M. Mudge, Duncan T. Odom, Paul Flicek
Publié dans: BMC Biology, Numéro 18, 2021, ISSN 1741-7007
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-020-00863-8

Single-mitosis dissection of acute and chronic DNA mutagenesis and repair

Auteurs: Paul Adrian Ginno, Helena Borgers, Christina Ernst, Anja Schneider, Mikaela Behm, Sarah J. Aitken, Martin S. Taylor, Duncan T. Odom
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 56, 2024, Page(s) 913-924, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01712-y

Universal DNA methylation age across mammalian tissues

Auteurs: A. T. Lu, Z. Fei, A. Haghani, T. R. Robeck, J. A. Zoller, C. Z. Li, R. Lowe, Q. Yan, J. Zhang, H. Vu, J. Ablaeva, V. A. Acosta-Rodriguez, D. M. Adams, J. Almunia, A. Aloysius, R. Ardehali, A. Arneson, C. S. Baker, G. Banks, K. Belov, N. C. Bennett, P. Black, D. T. Blumstein, E. K. Bors, C. E. Breeze, R. T. Brooke, J. L. Brown, G. G. Carter, A. Caulton, J. M. Cavin, L. Chakrabarti, I. Chatzistamou,
Publié dans: Nature Aging, Numéro 3, 2023, Page(s) 1144-1166, ISSN 2662-8465
Éditeur: NPG
DOI: 10.1038/s43587-023-00462-6

Pervasive lesion segregation shapes cancer genome evolution

Auteurs: Sarah J. Aitken, Craig J. Anderson, Frances Connor, Oriol Pich, Vasavi Sundaram, Christine Feig, Tim F. Rayner, Margus Lukk, Stuart Aitken, Juliet Luft, Elissavet Kentepozidou, Claudia Arnedo-Pac, Sjoerd V. Beentjes, Susan E. Davies, Ruben M. Drews, Ailith Ewing, Vera B. Kaiser, Ava Khamseh, Erika López-Arribillaga, Aisling M. Redmond, Javier Santoyo-Lopez, Inés Sentís, Lana Talmane, Andrew D.
Publié dans: Nature, 2020, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2435-1

Strand-resolved mutagenicity of DNA damage and repair

Auteurs: Craig J. Anderson, Lana Talmane, Juliet Luft, John Connelly, Michael D. Nicholson, Jan C. Verburg, Oriol Pich, Susan Campbell, Marco Giaisi, Pei-Chi Wei, Vasavi Sundaram, Frances Connor, Paul A. Ginno, Takayo Sasaki, David M. Gilbert, null null, Stuart Aitken, Claudia Arnedo-Pac, Maëlle Daunesse, Ruben M. Drews, Ailith Ewing, Christine Feig, Paul Flicek, Vera B. Kaiser, Elissavet Kentepozidou, Er
Publié dans: Nature, Numéro 630, 2024, Page(s) 744-751, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07490-1

LINE retrotransposons characterize mammalian tissue-specific and evolutionarily dynamic regulatory regions.

Auteurs: Maša Roller; Ericca Stamper; Ericca Stamper; Ericca Stamper; Diego Villar; Diego Villar; Osagie G. Izuogu; Fergal J. Martin; Aisling M. Redmond; Raghavendra Ramachanderan; Louise Harewood; Louise Harewood; Duncan T. Odom; Duncan T. Odom; Paul Flicek; Paul Flicek; Paul Flicek
Publié dans: Genome Biology, Numéro 3, 2020, ISSN 1474-760X
Éditeur: BioMedCentral
DOI: 10.1186/s13059-021-02260-y

DNA methylation patterns of transcription factor binding regions characterize their functional and evolutionary contexts

Auteurs: Martina Rimoldi, Ning Wang, Jilin Zhang, Diego Villar, Duncan T. Odom, Jussi Taipale, Paul Flicek, Maša Roller
Publié dans: Genome Biology, 2022, ISSN 1474-760X
Éditeur: Pubmedcentral
DOI: 10.1101/2022.07.21.500978