CTCF control of genome stability in ageing

Projektinformationen

CTCFStableGenome

ID Finanzhilfevereinbarung: 788937

DOI

10.3030/788937

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 25 Juni 2018

Startdatum 1 September 2019

Enddatum 31 August 2024

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 488 251,00

EU-Beitrag

€ 2 488 251,00

Koordiniert durch

DEUTSCHES KREBSFORSCHUNGSZENTRUM HEIDELBERG
Germany

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (12)

Four Core Genotypes mice harbour a 3.2MB X-Y translocation that perturbs Tlr7 dosage

Autoren: Jasper Panten, Stefania Del Prete, James P. Cleland, Lauren M. Saunders, Job van Riet, Anja Schneider, Paul Ginno, Nina Schneider, Marie-Luise Koch, Xuqi Chen, Moritz Gerstung, Oliver Stegle, Arthur P. Arnold, James M. A. Turner, Edith Heard, Duncan T. Odom
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-52640-8

DNA lesion bypass and the stochastic dynamics of transcription-coupled repair

Autoren: Michael D. Nicholson, Craig J. Anderson, Duncan T. Odom, Sarah J. Aitken, Martin S. Taylor
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 121, 2024, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2403871121

Polyploidisation pleiotropically buffers ageing in hepatocytes

Autoren: Kelvin Yin, Maren Büttner, Ioannis K. Deligiannis, Mateusz Strzelecki, Liwei Zhang, Carlos Talavera-López, Fabian Theis, Duncan T. Odom, Celia P. Martinez-Jimenez
Veröffentlicht in: Journal of Hepatology, Ausgabe 81, 2024, Seite(n) 289-302, ISSN 0168-8278
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.jhep.2024.03.043

A transcriptional and regulatory map of mouse somite maturation

Autoren: Ximena Ibarra-Soria, Elodie Thierion, Gi Fay Mok, Andrea E. Münsterberg, Duncan T. Odom, John C. Marioni
Veröffentlicht in: Developmental Cell, Ausgabe 58, 2024, Seite(n) 1983-1995.e7, ISSN 1534-5807
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.devcel.2023.07.003

The dynamic genetic determinants of increased transcriptional divergence in spermatids

Autoren: Jasper Panten, Tobias Heinen, Christina Ernst, Nils Eling, Rebecca E. Wagner, Maja Satorius, John C. Marioni, Oliver Stegle, Duncan T. Odom
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 15, 2024, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-45133-1

Functional signatures of evolutionarily young CTCF binding sites

Autoren: Dhoyazan Azazi, Jonathan M. Mudge, Duncan T. Odom, Paul Flicek
Veröffentlicht in: BMC Biology, Ausgabe 18, 2021, ISSN 1741-7007
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s12915-020-00863-8

Single-mitosis dissection of acute and chronic DNA mutagenesis and repair

Autoren: Paul Adrian Ginno, Helena Borgers, Christina Ernst, Anja Schneider, Mikaela Behm, Sarah J. Aitken, Martin S. Taylor, Duncan T. Odom
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 56, 2024, Seite(n) 913-924, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-024-01712-y

Universal DNA methylation age across mammalian tissues

Autoren: A. T. Lu, Z. Fei, A. Haghani, T. R. Robeck, J. A. Zoller, C. Z. Li, R. Lowe, Q. Yan, J. Zhang, H. Vu, J. Ablaeva, V. A. Acosta-Rodriguez, D. M. Adams, J. Almunia, A. Aloysius, R. Ardehali, A. Arneson, C. S. Baker, G. Banks, K. Belov, N. C. Bennett, P. Black, D. T. Blumstein, E. K. Bors, C. E. Breeze, R. T. Brooke, J. L. Brown, G. G. Carter, A. Caulton, J. M. Cavin, L. Chakrabarti, I. Chatzistamou,
Veröffentlicht in: Nature Aging, Ausgabe 3, 2023, Seite(n) 1144-1166, ISSN 2662-8465
Herausgeber: NPG
DOI: 10.1038/s43587-023-00462-6

Pervasive lesion segregation shapes cancer genome evolution

Autoren: Sarah J. Aitken, Craig J. Anderson, Frances Connor, Oriol Pich, Vasavi Sundaram, Christine Feig, Tim F. Rayner, Margus Lukk, Stuart Aitken, Juliet Luft, Elissavet Kentepozidou, Claudia Arnedo-Pac, Sjoerd V. Beentjes, Susan E. Davies, Ruben M. Drews, Ailith Ewing, Vera B. Kaiser, Ava Khamseh, Erika López-Arribillaga, Aisling M. Redmond, Javier Santoyo-Lopez, Inés Sentís, Lana Talmane, Andrew D.
Veröffentlicht in: Nature, 2020, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-020-2435-1

Strand-resolved mutagenicity of DNA damage and repair

Autoren: Craig J. Anderson, Lana Talmane, Juliet Luft, John Connelly, Michael D. Nicholson, Jan C. Verburg, Oriol Pich, Susan Campbell, Marco Giaisi, Pei-Chi Wei, Vasavi Sundaram, Frances Connor, Paul A. Ginno, Takayo Sasaki, David M. Gilbert, null null, Stuart Aitken, Claudia Arnedo-Pac, Maëlle Daunesse, Ruben M. Drews, Ailith Ewing, Christine Feig, Paul Flicek, Vera B. Kaiser, Elissavet Kentepozidou, Er
Veröffentlicht in: Nature, Ausgabe 630, 2024, Seite(n) 744-751, ISSN 0028-0836
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-07490-1

LINE retrotransposons characterize mammalian tissue-specific and evolutionarily dynamic regulatory regions.

Autoren: Maša Roller; Ericca Stamper; Ericca Stamper; Ericca Stamper; Diego Villar; Diego Villar; Osagie G. Izuogu; Fergal J. Martin; Aisling M. Redmond; Raghavendra Ramachanderan; Louise Harewood; Louise Harewood; Duncan T. Odom; Duncan T. Odom; Paul Flicek; Paul Flicek; Paul Flicek
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 3, 2020, ISSN 1474-760X
Herausgeber: BioMedCentral
DOI: 10.1186/s13059-021-02260-y

DNA methylation patterns of transcription factor binding regions characterize their functional and evolutionary contexts

Autoren: Martina Rimoldi, Ning Wang, Jilin Zhang, Diego Villar, Duncan T. Odom, Jussi Taipale, Paul Flicek, Maša Roller
Veröffentlicht in: Genome Biology, 2022, ISSN 1474-760X
Herausgeber: Pubmedcentral
DOI: 10.1101/2022.07.21.500978