Accurate detection of tumor-specific gene fusions reveals strongly immunogenic personal neo-antigens
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Auteurs:
David Weber, Jonas Ibn-Salem, Patrick Sorn, Martin Suchan, Christoph Holtsträter, Urs Lahrmann, Isabel Vogler, Kathrin Schmoldt, Franziska Lang, Barbara Schrörs, Martin Löwer and Ugur Sahin
Publié dans:
Nature Biotechnology, Numéro 04-04-2022, 2022, ISSN 1087-0156
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41587-022-01247-9
Multiple instance learning to predict immune checkpoint blockade efficacy usingneoantigen candidates
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Auteurs:
Franziska Lang, Patrick Sorn, Barbara Schrörs, David Weber, Stefan Kramer, Ugur
Sahin, Martin Löwer
Publié dans:
iScience, Numéro monthly, 2023, ISSN 2589-0042
Éditeur:
iScience
DOI:
10.1016/j.isci.2023.108014
NeoFox: annotating neoantigen candidates with neoantigen features
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Auteurs:
Franziska Lang, Pablo Riesgo Ferreiro, Martin Löwer, Ugur Sahin, Barbara Schrörs
Publié dans:
Bioinformatics, 2021, ISSN 1367-4803
Éditeur:
Oxford University Press
DOI:
10.1093/bioinformatics/btab344
Integrative analysis of structural variations using short-reads and linked-reads yields highly specific and sensitive predictions
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Auteurs:
Riccha Sethi, Julia Becker, Jos de Graaf, Martin Löwer, Martin Suchan, Ugur Sahin, David Weber
Publié dans:
PLOS Computational Biology, Numéro 16/11, 2020, Page(s) e1008397, ISSN 1553-7358
Éditeur:
PLOS
DOI:
10.1371/journal.pcbi.1008397
Multi-Omics Characterization of the 4T1 Murine Mammary Gland Tumor Model
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Auteurs:
Barbara Schrörs, Sebastian Boegel, Christian Albrecht, Thomas Bukur, Valesca Bukur, Christoph Holtsträter, Christoph Ritzel, Katja Manninen, Arbel D. Tadmor, Mathias Vormehr, Ugur Sahin, Martin Löwer
Publié dans:
Frontiers in Oncology, Numéro 10, 2020, ISSN 2234-943X
Éditeur:
Frontiers Media S. A.
DOI:
10.3389/fonc.2020.01195
Identification of neoantigens for individualized therapeutic cancer vaccines
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Auteurs:
Franziska Lang, Barbara Schrörs, Martin Löwer, Özlem Türeci & Ugur Sahin
Publié dans:
Nature Reviews Drug Discovery, Numéro 01/02/2022, 2022, ISSN 1474-1776
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41573-021-00387-y