Molecular and functional evolution of human CD8+ T cell repertoires

Informations projet

TC-Evo

N° de convention de subvention: 792532

DOI

10.3030/792532

Projet clôturé

Date de signature de la CE 23 Avril 2018

Date de début 1 Mai 2018

Date de fin 13 Juillet 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 249 179,40

Contribution de l’UE

€ 249 179,40

Coordonné par

Stichting Sanquin Bloedvoorziening
Netherlands

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Publications

Peer reviewed articles (16)

Immune responses to SARS-CoV-2 in three children of parents with symptomatic COVID-19

Auteurs: Shidan Tosif, Melanie R. Neeland, Philip Sutton, Paul V. Licciardi, Sohinee Sarkar, Kevin J. Selva, Lien Anh Ha Do, Celeste Donato, Zheng Quan Toh, Rachel Higgins, Carolien Van de Sandt, Melissa M. Lemke, Christina Y. Lee, Suzanne K. Shoffner, Katie L. Flanagan, Kelly B. Arnold, Francesca L. Mordant, Kim Mulholland, Julie Bines, Kate Dohle, Daniel G. Pellicci, Nigel Curtis, Sarah McNab, Andrew Ste
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19545-8

Suboptimal SARS-CoV-2−specific CD8 + T cell response associated with the prominent HLA-A*02:01 phenotype

Auteurs: Jennifer R. Habel, Thi H. O. Nguyen, Carolien E. van de Sandt, Jennifer A. Juno, Priyanka Chaurasia, Kathleen Wragg, Marios Koutsakos, Luca Hensen, Xiaoxiao Jia, Brendon Chua, Wuji Zhang, Hyon-Xhi Tan, Katie L. Flanagan, Denise L. Doolan, Joseph Torresi, Weisan Chen, Linda M. Wakim, Allen C. Cheng, Peter C. Doherty, Jan Petersen, Jamie Rossjohn, Adam K. Wheatley, Stephen J. Kent, Louise C. Rowntre
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/39, 2020, Page(s) 24384-24391, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2015486117

Immune cellular networks underlying recovery from influenza virus infection in acute hospitalized patients

Auteurs: Thi H. O. Nguyen, Marios Koutsakos, Carolien E. van de Sandt, Jeremy Chase Crawford, Liyen Loh, Sneha Sant, Ludivine Grzelak, Emma K. Allen, Tim Brahm, E. Bridie Clemens, Maria Auladell, Luca Hensen, Zhongfang Wang, Simone Nüssing, Xiaoxiao Jia, Patrick Günther, Adam K. Wheatley, Stephen J. Kent, Malet Aban, Yi-Mo Deng, Karen L. Laurie, Aeron C. Hurt, Stephanie Gras, Jamie Rossjohn, Jane Crowe,
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23018-x

Robust correlations across six SARS‐CoV‐2 serology assays detecting distinct antibody features

Auteurs: Louise C Rowntree, Brendon Y Chua, Suellen Nicholson, Marios Koutsakos, Luca Hensen, Celia Douros, Kevin Selva, Francesca L Mordant, Chinn Yi Wong, Jennifer R Habel, Wuji Zhang, Xiaoxiao Jia, Lily Allen, Denise L Doolan, David C Jackson, Adam K Wheatley, Stephen J Kent, Fatima Amanat, Florian Krammer, Kanta Subbarao, Allen C Cheng, Amy W Chung, Mike Catton, Thi HO Nguyen, Carolien E Sandt, Katheri
Publié dans: Clinical & Translational Immunology, Numéro 10/3, 2021, Page(s) 1-18, ISSN 2050-0068
Éditeur: Australian and New Zealand Society for Immunology
DOI: 10.1002/cti2.1258

HLA-B*27:05 alters immunodominance hierarchy of universal influenza-specific CD8+ T cells

Auteurs: Sneha Sant, Sergio M. Quiñones-Parra, Marios Koutsakos, Emma J. Grant, Thomas Loudovaris, Stuart I. Mannering, Jane Crowe, Carolien E. van de Sandt, Guus F. Rimmelzwaan, Jamie Rossjohn, Stephanie Gras, Liyen Loh, Thi H. O. Nguyen, Katherine Kedzierska
Publié dans: PLOS Pathogens, Numéro 16/8, 2020, Page(s) e1008714, ISSN 1553-7366
Éditeur: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.ppat.1008714

Robust and prototypical immune responses toward influenza vaccines in the high-risk group of Indigenous Australians

Auteurs: Luca Hensen, Thi H. O. Nguyen, Louise C. Rowntree, Timon Damelang, Marios Koutsakos, Malet Aban, Aeron Hurt, Kim L. Harland, Maria Auladell, Carolien E. van de Sandt, Anngie Everitt, Cath Blacker, Damian A. Oyong, Jessica R. Loughland, Jessica R. Webb, Bruce D. Wines, P. Mark Hogarth, Katie L. Flanagan, Magdalena Plebanski, Adam Wheatley, Amy W. Chung, Stephen J. Kent, Adrian Miller, E. Bridie Cle
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 118/41, 2021, Page(s) e2109388118, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2109388118

Harnessing the Power of T Cells: The Promising Hope for a Universal Influenza Vaccine

Auteurs: E. Clemens, Carolien van de Sandt, Sook Wong, Linda Wakim, Sophie Valkenburg
Publié dans: Vaccines, Numéro 6/2, 2018, Page(s) 18, ISSN 2076-393X
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/vaccines6020018

Back to the Future: Lessons Learned From the 1918 Influenza Pandemic

Auteurs: Kirsty R. Short, Katherine Kedzierska, Carolien E. van de Sandt
Publié dans: Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, Numéro 8, 2018, ISSN 2235-2988
Éditeur: Frontiers Media S. A.
DOI: 10.3389/fcimb.2018.00343

Breadth of concomitant immune responses prior to patient recovery: a case report of non-severe COVID-19

Auteurs: Irani Thevarajan, Thi H. O. Nguyen, Marios Koutsakos, Julian Druce, Leon Caly, Carolien E. van de Sandt, Xiaoxiao Jia, Suellen Nicholson, Mike Catton, Benjamin Cowie, Steven Y. C. Tong, Sharon R. Lewin, Katherine Kedzierska
Publié dans: Nature Medicine, 2020, ISSN 1078-8956
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-020-0819-2

Challenging immunodominance of influenza-specific CD8+ T cell responses restricted by the risk-associated HLA-A*68:01 allomorph

Auteurs: C. E. van de Sandt, E. B. Clemens, E. J. Grant, L. C. Rowntree, S. Sant, H. Halim, J. Crowe, A. C. Cheng, T. C. Kotsimbos, M. Richards, A. Miller, S. Y. C. Tong, J. Rossjohn, T. H. O. Nguyen, S. Gras, W. Chen, K. Kedzierska
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-13346-4

Metabolic characteristics of CD8+ T cell subsets in young and aged individuals are not predictive of functionality

Auteurs: Kylie M. Quinn, Tabinda Hussain, Felix Kraus, Luke E. Formosa, Wai K. Lam, Michael J. Dagley, Eleanor C. Saunders, Lisa M. Assmus, Erica Wynne-Jones, Liyen Loh, Carolien E. van de Sandt, Lucy Cooper, Kim L. Good-Jacobson, Katherine Kedzierska, Laura K. Mackay, Malcolm J. McConville, Georg Ramm, Michael T. Ryan, Nicole L. La Gruta
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-16633-7

CD8+ T cell landscape in Indigenous and non-Indigenous people restricted by influenza mortality-associated HLA-A*24:02 allomorph

Auteurs: Luca Hensen, Patricia T. Illing, E. Bridie Clemens, Thi H. O. Nguyen, Marios Koutsakos, Carolien E. van de Sandt, Nicole A. Mifsud, Andrea T. Nguyen, Christopher Szeto, Brendon Y. Chua, Hanim Halim, Simone Rizzetto, Fabio Luciani, Liyen Loh, Emma J. Grant, Phillipa M. Saunders, Andrew G. Brooks, Steve Rockman, Tom C. Kotsimbos, Allen C. Cheng, Michael Richards, Glen P. Westall, Linda M. Wakim, Tho
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-23212-x

Systems serology detects functionally distinct coronavirus antibody features in children and elderly

Auteurs: Kevin J. Selva, Carolien E. van de Sandt, Melissa M. Lemke, Christina Y. Lee, Suzanne K. Shoffner, Brendon Y. Chua, Samantha K. Davis, Thi H. O. Nguyen, Louise C. Rowntree, Luca Hensen, Marios Koutsakos, Chinn Yi Wong, Francesca Mordant, David C. Jackson, Katie L. Flanagan, Jane Crowe, Shidan Tosif, Melanie R. Neeland, Philip Sutton, Paul V. Licciardi, Nigel W. Crawford, Allen C. Cheng, Denise L.
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12/1, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22236-7

Integrated immune dynamics define correlates of COVID-19 severity and antibody responses

Auteurs: Marios Koutsakos, Louise C. Rowntree, Luca Hensen, Brendon Y. Chua, Carolien E. van de Sandt, Jennifer R. Habel, Wuji Zhang, Xiaoxiao Jia, Lukasz Kedzierski, Thomas M. Ashhurst, Givanna H. Putri, Felix Marsh-Wakefield, Mark N. Read, Davis N. Edwards, E Bridie Clemens, Chinn Yi Wong, Francesca L. Mordant, Jennifer A. Juno, Fatima Amanat, Jennifer Audsley, Natasha E. Holmes, Claire L. Gordon, Olivia
Publié dans: Cell Reports Medicine, 2021, Page(s) 100208, ISSN 2666-3791
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.xcrm.2021.100208

CD8+ T cells specific for an immunodominant SARS-CoV-2 nucleocapsid epitope display high naive precursor frequency and TCR promiscuity

Auteurs: Thi H.O. Nguyen, Louise C. Rowntree, Jan Petersen, Brendon Y. Chua, Luca Hensen, Lukasz Kedzierski, Carolien E. van de Sandt, Priyanka Chaurasia, Hyon-Xhi Tan, Jennifer R. Habel, Wuji Zhang, Lilith F. Allen, Linda Earnest, Kai Yan Mak, Jennifer A. Juno, Kathleen Wragg, Francesca L. Mordant, Fatima Amanat, Florian Krammer, Nicole A. Mifsud, Denise L. Doolan, Katie L. Flanagan, Sabrina Sonda, Jasvee
Publié dans: Immunity, 2021, ISSN 1074-7613
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.immuni.2021.04.009

Human Mucosal-Associated Invariant T Cells in Older Individuals Display Expanded TCRαβ Clonotypes with Potent Antimicrobial Responses

Auteurs: Liyen Loh, Nicholas A. Gherardin, Sneha Sant, Ludivine Grzelak, Jeremy Chase Crawford, Nicola L. Bird, Hui-Fern Koay, Carolien E. van de Sandt, Marcela L. Moreira, Martha Lappas, E. Kaitlynn Allen, Jane Crowe, Thomas Loudovaris, Katie L. Flanagan, Kylie M. Quinn, Jamie Rossjohn, Paul G. Thomas, Sidonia B. G. Eckle, James McCluskey, Dale I. Godfrey, Katherine Kedzierska
Publié dans: The Journal of Immunology, Numéro 204/5, 2020, Page(s) 1119-1133, ISSN 0022-1767
Éditeur: American Association of Immunologists
DOI: 10.4049/jimmunol.1900774