Objetivo
The folding of knotted proteins is a challenging research topic of great biophysical interest. In this field, computer simulations have greatly contributed to advance our comprehension of the mechanisms that allow a polypeptide to form a knot during the folding. However, due to limitations in methods and resources, the state-of-the-art picture on the process is still incomplete, and mostly limited to the simplest nontrivial topology, the trefoil knot.
In this Action I will investigate the folding of human Ubiquitin C-terminal Hydrolase, whose backbone forms a Gordian knot with five crossings. I will make use of a multi-scale Molecular Dynamics strategy that combines coarse grained and all-atom models with enhanced sampling. Using a coarse grained model I will outline a general picture of the folding, devising the preferential pathways and intermediate states. Then, building on this knowledge, I will employ a full-atom representation of the system, targeting the calculations in the most relevant region of the protein's free energy landscape. The effect of an
explicit solvent description will be considered as well. The computational time limitations will be lifted by enhancing the sampling through the use of Metadynamics and Variationally Enhanced Sampling.
The Action relies on my experience in enhanced sampling methods, that will be complemented by the training and expertise provided by the host institution, a leading center in coarse-grained modeling of bio-polymers and soft matter. In the course of the action I will establish two key collaborations, providing further expertise for the success of my simulations, and allowing the validation of my theoretical model with experiments.
The output of the project will generalize the current picture on knotted protein folding, introducing important methodological advancements, and contributing to the knowledge on a system of great biomedical interest, connected to diseases such as Parkinson's and Alzheimer's.
Ámbito científico (EuroSciVoc)
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
CORDIS clasifica los proyectos con EuroSciVoc, una taxonomía plurilingüe de ámbitos científicos, mediante un proceso semiautomático basado en técnicas de procesamiento del lenguaje natural. Véas: El vocabulario científico europeo..
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Palabras clave
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Palabras clave del proyecto indicadas por el coordinador del proyecto. No confundir con la taxonomía EuroSciVoc (Ámbito científico).
Programa(s)
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
Programas de financiación plurianuales que definen las prioridades de la UE en materia de investigación e innovación.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMA PRINCIPAL
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Tema(s)
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Las convocatorias de propuestas se dividen en temas. Un tema define una materia o área específica para la que los solicitantes pueden presentar propuestas. La descripción de un tema comprende su alcance específico y la repercusión prevista del proyecto financiado.
Régimen de financiación
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
Régimen de financiación (o «Tipo de acción») dentro de un programa con características comunes. Especifica: el alcance de lo que se financia; el porcentaje de reembolso; los criterios específicos de evaluación para optar a la financiación; y el uso de formas simplificadas de costes como los importes a tanto alzado.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Convocatoria de propuestas
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
Procedimiento para invitar a los solicitantes a presentar propuestas de proyectos con el objetivo de obtener financiación de la UE.
(se abrirá en una nueva ventana) H2020-MSCA-IF-2017
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Aportación financiera neta de la UE. Es la suma de dinero que recibe el participante, deducida la aportación de la UE a su tercero vinculado. Considera la distribución de la aportación financiera de la UE entre los beneficiarios directos del proyecto y otros tipos de participantes, como los terceros participantes.
80539 MUNCHEN
Alemania
Los costes totales en que ha incurrido esta organización para participar en el proyecto, incluidos los costes directos e indirectos. Este importe es un subconjunto del presupuesto total del proyecto.