Objectif
The folding of knotted proteins is a challenging research topic of great biophysical interest. In this field, computer simulations have greatly contributed to advance our comprehension of the mechanisms that allow a polypeptide to form a knot during the folding. However, due to limitations in methods and resources, the state-of-the-art picture on the process is still incomplete, and mostly limited to the simplest nontrivial topology, the trefoil knot.
In this Action I will investigate the folding of human Ubiquitin C-terminal Hydrolase, whose backbone forms a Gordian knot with five crossings. I will make use of a multi-scale Molecular Dynamics strategy that combines coarse grained and all-atom models with enhanced sampling. Using a coarse grained model I will outline a general picture of the folding, devising the preferential pathways and intermediate states. Then, building on this knowledge, I will employ a full-atom representation of the system, targeting the calculations in the most relevant region of the protein's free energy landscape. The effect of an
explicit solvent description will be considered as well. The computational time limitations will be lifted by enhancing the sampling through the use of Metadynamics and Variationally Enhanced Sampling.
The Action relies on my experience in enhanced sampling methods, that will be complemented by the training and expertise provided by the host institution, a leading center in coarse-grained modeling of bio-polymers and soft matter. In the course of the action I will establish two key collaborations, providing further expertise for the success of my simulations, and allowing the validation of my theoretical model with experiments.
The output of the project will generalize the current picture on knotted protein folding, introducing important methodological advancements, and contributing to the knowledge on a system of great biomedical interest, connected to diseases such as Parkinson's and Alzheimer's.
Champ scientifique (EuroSciVoc)
CORDIS classe les projets avec EuroSciVoc, une taxonomie multilingue des domaines scientifiques, grâce à un processus semi-automatique basé sur des techniques TLN. Voir: Le vocabulaire scientifique européen.
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- sciences naturelles sciences physiques physique de la matière condensée physique de la matière molle
- sciences naturelles mathématiques mathématiques pures topologie
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines repliement protéique
- sciences naturelles sciences biologiques biochimie biomolécule protéines enzyme
- sciences naturelles mathématiques mathématiques appliquées modèle mathématique
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Mots‑clés
Les mots-clés du projet tels qu’indiqués par le coordinateur du projet. À ne pas confondre avec la taxonomie EuroSciVoc (champ scientifique).
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Programme(s)
Programmes de financement pluriannuels qui définissent les priorités de l’UE en matière de recherche et d’innovation.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMME PRINCIPAL
Voir tous les projets financés dans le cadre de ce programme -
H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Thème(s)
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Les appels à propositions sont divisés en thèmes. Un thème définit un sujet ou un domaine spécifique dans le cadre duquel les candidats peuvent soumettre des propositions. La description d’un thème comprend sa portée spécifique et l’impact attendu du projet financé.
Régime de financement
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
Régime de financement (ou «type d’action») à l’intérieur d’un programme présentant des caractéristiques communes. Le régime de financement précise le champ d’application de ce qui est financé, le taux de remboursement, les critères d’évaluation spécifiques pour bénéficier du financement et les formes simplifiées de couverture des coûts, telles que les montants forfaitaires.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Appel à propositions
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
Procédure par laquelle les candidats sont invités à soumettre des propositions de projet en vue de bénéficier d’un financement de l’UE.
(s’ouvre dans une nouvelle fenêtre) H2020-MSCA-IF-2017
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La contribution financière nette de l’UE est la somme d’argent que le participant reçoit, déduite de la contribution de l’UE versée à son tiers lié. Elle prend en compte la répartition de la contribution financière de l’UE entre les bénéficiaires directs du projet et d’autres types de participants, tels que les participants tiers.
80539 MUNCHEN
Allemagne
Les coûts totaux encourus par l’organisation concernée pour participer au projet, y compris les coûts directs et indirects. Ce montant est un sous-ensemble du budget global du projet.