Obiettivo
The folding of knotted proteins is a challenging research topic of great biophysical interest. In this field, computer simulations have greatly contributed to advance our comprehension of the mechanisms that allow a polypeptide to form a knot during the folding. However, due to limitations in methods and resources, the state-of-the-art picture on the process is still incomplete, and mostly limited to the simplest nontrivial topology, the trefoil knot.
In this Action I will investigate the folding of human Ubiquitin C-terminal Hydrolase, whose backbone forms a Gordian knot with five crossings. I will make use of a multi-scale Molecular Dynamics strategy that combines coarse grained and all-atom models with enhanced sampling. Using a coarse grained model I will outline a general picture of the folding, devising the preferential pathways and intermediate states. Then, building on this knowledge, I will employ a full-atom representation of the system, targeting the calculations in the most relevant region of the protein's free energy landscape. The effect of an
explicit solvent description will be considered as well. The computational time limitations will be lifted by enhancing the sampling through the use of Metadynamics and Variationally Enhanced Sampling.
The Action relies on my experience in enhanced sampling methods, that will be complemented by the training and expertise provided by the host institution, a leading center in coarse-grained modeling of bio-polymers and soft matter. In the course of the action I will establish two key collaborations, providing further expertise for the success of my simulations, and allowing the validation of my theoretical model with experiments.
The output of the project will generalize the current picture on knotted protein folding, introducing important methodological advancements, and contributing to the knowledge on a system of great biomedical interest, connected to diseases such as Parkinson's and Alzheimer's.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze naturali scienze fisiche fisica della materia condensata fisica della materia soffice
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
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H2020-EU.1.3. - EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions
PROGRAMMA PRINCIPALE
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H2020-EU.1.3.2. - Nurturing excellence by means of cross-border and cross-sector mobility
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Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
MSCA-IF - Marie Skłodowska-Curie Individual Fellowships (IF)
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Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
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(si apre in una nuova finestra) H2020-MSCA-IF-2017
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Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.
80539 MUNCHEN
Germania
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.