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CORDIS - Forschungsergebnisse der EU
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Investigating differentiation using parallel single cell transcriptomic and epigenomic analysis

Ziel

Past research has identified epigenetic mechanisms including histone modifications as key regulators of transcription and implicated them in cellular differentiation. But while our knowledge about their cell type specific distribution and its influence on transcription has constantly increased, we still know very little about the orchestration of epigenetic and transcriptional changes as they occur during differentiation. To gain a global understanding of the order of events, we aim to identifying changes in gene expression and main transcriptional repressive and promoting histone modifications in cells undergoing differentiation.

For this we will develop a novel approach to examine the distribution of histone modifications on a single cell level adapting a method based on antibody targeted micrococcal nuclease (ChIC-seq), which will lead to a modification dependent enzymatic digestion of the DNA. In comparison with existing single cell ChIP approaches this method lacks a precipitation step, leading to minimal material loss per cell, while allowing the use of the variety of histone mark specific monoclonal antibodies. Adapting this approach to the previously described method for co-acquisition of transcriptomic and genomic information from a single cell existing in the lab, will allow the normalization of the histone state using the transcription status of the cell.

To analyze the order of changes associated with cell differentiation, we will use single cell RNA seq analysis pipelines (RaceID + StemID) to identify and enrich for cells in between two specific differentiation stages.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

MSCA-IF-EF-ST - Standard EF

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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

(öffnet in neuem Fenster) H2020-MSCA-IF-2017

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Koordinator

KONINKLIJKE NEDERLANDSE AKADEMIE VAN WETENSCHAPPEN - KNAW
Netto-EU-Beitrag

Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.

€ 165 598,80
Adresse
KLOVENIERSBURGWAL 29 HET TRIPPENHUIS
1011 JV AMSTERDAM
Niederlande

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Aktivitätstyp
Research Organisations
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

€ 165 598,80
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