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The macroevolutionary impact of epigenetics and lateral gene transfer on eukaryotic genomes

Description du projet

Le rôle de l’épigénétique et du transfert latéral de gènes dans l’évolution des eucaryotes

Les protistes sont des organismes eucaryotes, le plus souvent unicellulaires, qui ne sont ni des animaux, ni des plantes, ni des champignons. Leur évolution est étroitement liée à celle des cellules eucaryotes. Ils sont encore largement inexplorés, ce qui limite la compréhension de l’importance du transfert latéral de gènes (LGT pour «lateral gene transfer») et des influences non génétiques (c’est-à-dire épigénétiques) sur l’expression des gènes dans l’évolution des eucaryotes. En utilisant des techniques bio-informatiques de pointe, le projet Macro-EpiK, financé par l’UE, vise à comprendre comment ces facteurs ont affecté la macroévolution du génome eucaryote. Plus précisément, l’étude déterminera la phylogenèse des eucaryotes et établira le profil génétique du dernier ancêtre commun eucaryote. Elle examinera également les mécanismes épigénétiques et les influences sur les protistes, ainsi que la possibilité fascinante que le transfert horizontal de gènes ait également eu un effet.

Objectif

Multicellular organisms (e.g. animals, fungi and plants) are the best-studied eukaryotes but their ancestors and the vast majority of eukaryotic diversity correspond to microbial species (“protists”). The evolutionary history of protists is closely connected to the evolution of the eukaryotic cell itself.

However, most protist diversity is still genomically unexplored, limiting our investigation of eukaryotic evolution. For example, while the importance of lateral gene transfer (LGT) in prokaryotic evolution is well recognized, its role in eukaryotic evolution is still debated. In addition, although epigenetic mechanisms represent a hallmark of eukaryotic genome regulation, we know surprisingly little about the evolution of these mechanisms across eukaryotic diversity.

The overarching goal of my project is to understand how epigenetic mechanisms and LGT have shaped the macroevolution of eukaryotic genomes. This project has several inter-related intermediate objectives, which each in themselves will bring crucial insights into eukaryotic evolution: 1) reconstructing a robust phylogeny of eukaryotes; 2) inferring the gene content of the Last Eukaryotic Common Ancestor; 3) tracing the evolution of genes involved in epigenetic mechanisms and obtaining epigenomic maps from under-studied protists; 4) investigating the intriguing hypothesis of a possible interplay between epigenetic regulation and horizontal gene transfer and its influence on eukaryotic genome evolution: Have genes involved in epigenomic mechanisms been transferred between eukaryotes? Do epigenomic modifications affect the frequency of LGT in different lineages?

To achieve this, I will characterize the transcriptomes, genomes, methylomes and small RNAs of understudied eukaryotic microbes selected for their key phylogenetic position, and to analyse them using state-of-the-art bioinformatic methods. I will target uncultivated protists, using single-cell techniques and novel genome-scaffolding approaches.

Régime de financement

ERC-STG - Starting Grant

Institution d’accueil

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
Contribution nette de l'UE
€ 1 499 945,00
Adresse
RUE MICHEL ANGE 3
75794 Paris
France

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Région
Ile-de-France Ile-de-France Paris
Type d’activité
Research Organisations
Liens
Coût total
€ 1 499 945,00

Bénéficiaires (1)