The macroevolutionary impact of epigenetics and lateral gene transfer on eukaryotic genomes

Informations projet

Macro-EpiK

N° de convention de subvention: 803151

DOI

10.3030/803151

Projet clôturé

Date de signature de la CE 10 Octobre 2018

Date de début 1 Mars 2019

Date de fin 28 Février 2025

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 945,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 945,00

Coordonné par

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
France

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Livrables

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Participation to the Open Research Data Pilot

Publications

Peer reviewed articles (20)

Molecular characterization of the conoid complex in Toxoplasma reveals its conservation in all apicomplexans, including Plasmodium species

Auteurs: Ludek Koreny, Mohammad Zeeshan, Konstantin Barylyuk, Eelco C. Tromer, Jolien J. E. van Hooff, Declan Brady, Huiling Ke, Sara Chelaghma, David J. P. Ferguson, Laura Eme, Rita Tewari, Ross F. Waller
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 19/3, 2021, Page(s) e3001081, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001081

One high quality genome and two transcriptome datasets for new species of Mantamonas, a deep-branching eukaryote clade

Auteurs: Jazmin Blaz, Luis Javier Galindo, Aaron A. Heiss, Harpreet Kaur, Guifré Torruella, Ashley Yang, L. Alexa Thompson, Alexander Filbert, Sally Warring, Apurva Narechania, Takashi Shiratori, Ken-ichiro Ishida, Joel B. Dacks, Purificación López-García, David Moreira, Eunsoo Kim, Laura Eme
Publié dans: Scientific Data, Numéro 10, 2023, ISSN 2052-4463
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41597-023-02488-2

Genomics of Preaxostyla Flagellates Illuminates the Path Towards the Loss of Mitochondria

Auteurs: Lukáš V. F. Novák, Sebastian C. Treitli, Jan Pyrih, Paweł Hałakuc, Shweta V. Pipaliya, Vojtěch Vacek, Ondřej Brzoň, Petr Soukal, Laura Eme, Joel B. Dacks, Anna Karnkowska, Marek Eliáš, Vladimír Hampl
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 19, 2023, Page(s) e1011050, ISSN 1553-7404
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pgen.1011050

Releasing uncurated datasets is essential for reproducible phylogenomics

Auteurs: Eric D. Salomaki, Laura Eme, Matthew W. Brown, Martin Kolisko
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 4/11, 2020, Page(s) 1435-1437, ISSN 2397-334X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41559-020-01296-w

A closed Candidatus Odinarchaeum chromosome exposes Asgard archaeal viruses

Auteurs: Daniel Tamarit, Eva F. Caceres, Mart Krupovic, Reindert Nijland, Laura Eme, Nicholas P. Robinson, Thijs J. G. Ettema
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 7, 2022, Page(s) 948-952, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-022-01122-y

Marine Sediments Illuminate Chlamydiae Diversity and Evolution

Auteurs: Jennah E. Dharamshi, Daniel Tamarit, Laura Eme, Courtney W. Stairs, Joran Martijn, Felix Homa, Steffen L. Jørgensen, Anja Spang, Thijs J.G. Ettema
Publié dans: Current Biology, Numéro 30/6, 2020, Page(s) 1032-1048.e7, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2020.02.016

PhyloFisher: A phylogenomic package for resolving eukaryotic relationships

Auteurs: Alexander K. Tice, David Žihala, Tomáš Pánek, Robert E. Jones, Eric D. Salomaki, Serafim Nenarokov, Fabien Burki, Marek Eliáš, Laura Eme, Andrew J. Roger, Antonis Rokas, Xing-Xing Shen, Jürgen F. H. Strassert, Martin Kolísko, Matthew W. Brown
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 19/8, 2021, Page(s) e3001365, ISSN 1545-7885
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pbio.3001365

Reconstructing the last common ancestor of all eukaryotes

Auteurs: Thomas A. Richards, Laura Eme, John M. Archibald, Guy Leonard, Susana M. Coelho, Alex de Mendoza, Christophe Dessimoz, Pavel Dolezal, Lillian K. Fritz-Laylin, Toni Gabaldón, Vladimír Hampl, Geert J. P. L. Kops, Michelle M. Leger, Purificacion Lopez-Garcia, James O. McInerney, David Moreira, Sergio A. Muñoz-Gómez, Daniel J. Richter, Iñaki Ruiz-Trillo, Alyson E. Santoro, Arnau Sebé-Pedrós, Be
Publié dans: PLOS Biology, Numéro 22, 2024, Page(s) e3002917, ISSN 1545-7885
Éditeur: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pbio.3002917

Lateral Gene Transfer Mechanisms and Pan-genomes in Eukaryotes

Auteurs: Shannon J. Sibbald, Laura Eme, John M. Archibald, Andrew J. Roger
Publié dans: Trends in Parasitology, Numéro 36/11, 2020, Page(s) 927-941, ISSN 1471-4922
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.pt.2020.07.014

Anaeramoebae are a divergent lineage of eukaryotes that shed light on the transition from anaerobic mitochondria to hydrogenosomes

Auteurs: Courtney W. Stairs, Petr Táborský, Eric D. Salomaki, Martin Kolisko, Tomáš Pánek, Laura Eme, Miluše Hradilová, Čestmír Vlček, Jon Jerlström-Hultqvist, Andrew J. Roger, Ivan Čepička
Publié dans: Current Biology, 2021, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2021.10.010

Chlamydial contribution to anaerobic metabolism during eukaryotic evolution

Auteurs: Courtney W. Stairs, Jennah E. Dharamshi, Daniel Tamarit, Laura Eme, Steffen L. Jørgensen, Anja Spang, Thijs J. G. Ettema
Publié dans: Science Advances, Numéro 6/35, 2020, ISSN 2375-2548
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/sciadv.abb7258

Site-and-branch-heterogeneous analyses of an expanded dataset favour mitochondria as sister to known Alphaproteobacteria

Auteurs: Sergio A. Muñoz-Gómez, Edward Susko, Kelsey Williamson, Laura Eme, Claudio H. Slamovits, David Moreira, Purificación López-García, Andrew J. Roger
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 6, 2022, Page(s) 253-262, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41559-021-01638-2

Phylogenetic reconciliation: making the most of genomes to understand microbial ecology and evolution

Auteurs: Tom A Williams, Adrian A Davin, Lénárd L Szánthó, Alexandros Stamatakis, Noah A Wahl, Ben J Woodcroft, Rochelle M Soo, Laura Eme, Paul O Sheridan, Cecile Gubry-Rangin, Anja Spang, Philip Hugenholtz, Gergely J Szöllősi
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 18, 2024, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1093/ismejo/wrae129

A gene-rich mitochondrion with a unique ancestral protein transport system

Auteurs: David Moreira, Jazmin Blaz, Eunsoo Kim, Laura Eme
Publié dans: Current Biology, Numéro 34, 2025, Page(s) 3812-3819.e3, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2024.07.017

Inference and reconstruction of the heimdallarchaeial ancestry of eukaryotes

Auteurs: Laura Eme, Daniel Tamarit, Eva F. Caceres, Courtney W. Stairs, Valerie De Anda, Max E. Schön, Kiley W. Seitz, Nina Dombrowski, William H. Lewis, Felix Homa, Jimmy H. Saw, Jonathan Lombard, Takuro Nunoura, Wen-Jun Li, Zheng-Shuang Hua, Lin-Xing Chen, Jillian F. Banfield, Emily St John, Anna-Louise Reysenbach, Matthew B. Stott, Andreas Schramm, Kasper U. Kjeldsen, Andreas P. Teske, Brett J. Baker,
Publié dans: Nature, Numéro 618, 2024, Page(s) 992-999, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06186-2

Create, Analyze, and Visualize Phylogenomic Datasets Using PhyloFisher

Auteurs: Robert E. Jones, Alexander K. Tice, Marek Eliáš, Laura Eme, Martin Kolísko, Serafim Nenarokov, Tomáš Pánek, Antonis Rokas, Eric Salomaki, Jürgen F. H. Strassert, Xing‐Xing Shen, David Žihala, Matthew W. Brown
Publié dans: Current Protocols, Numéro 4, 2024, ISSN 2691-1299
Éditeur: Wiley
DOI: 10.1002/cpz1.969

Expanded phylogeny of extremely halophilic archaea shows multiple independent adaptations to hypersaline environments

Auteurs: Brittany A. Baker, Ana Gutiérrez-Preciado, Álvaro Rodríguez del Río, Charley G. P. McCarthy, Purificación López-García, Jaime Huerta-Cepas, Edward Susko, Andrew J. Roger, Laura Eme, David Moreira
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 9, 2024, Page(s) 964-975, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41564-024-01647-4

Molecular and morphological characterization of four new ancyromonad genera and proposal for an updated taxonomy of the Ancyromonadida

Auteurs: Naoji Yubuki, Guifré Torruella, Luis Javier Galindo, Aaron A. Heiss, Maria Cristina Ciobanu, Takashi Shiratori, Ken‐ichiro Ishida, Jazmin Blaz, Eunsoo Kim, David Moreira, Purificación López‐García, Laura Eme
Publié dans: Journal of Eukaryotic Microbiology, Numéro 70, 2023, ISSN 1066-5234
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/jeu.12997

GTRpmix: A Linked General Time-Reversible Model for Profile Mixture Models

Auteurs: Hector Banos, Thomas K F Wong, Justin Daneau, Edward Susko, Bui Quang Minh, Robert Lanfear, Matthew W Brown, Laura Eme, Andrew J Roger
Publié dans: Molecular Biology and Evolution, Numéro 41, 2024, ISSN 0737-4038
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/molbev/msae174

Independent Size Expansions and Intron Proliferation in Red Algal Plastid and Mitochondrial Genomes

Auteurs: Fabian van Beveren, Laura Eme, Purificación López-García, Maria Ciobanu, David Moreira
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 14, 2022, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evac037

Non-peer reviewed articles (2)

Microbial Diversity and Open Questions about the Deep Tree of Life

Auteurs: Laura Eme, Daniel Tamarit
Publié dans: Genome Biology and Evolution, Numéro 16, 2024, ISSN 1759-6653
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/gbe/evae053

Life through the lens of metabolism

Auteurs: Laura Eme, Courtney W. Stairs
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 6, 2022, Page(s) 1590-1590, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s41559-022-01880-2