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Great ape organoids to reconstruct uniquely human development

Publications

CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

Auteurs: Zhisong He, Agnieska Brazovskaja, Sebastian Ebert, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Genome Biology, Numéro 21/1, 2020, Page(s) 224-244, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4

Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases

Auteurs: Jonas Simon Fleck, Fátima Sanchís-Calleja, Zhisong He, Malgorzata Santel, Michael James Boyle, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Cell Stem Cell, Numéro 28, 2021, Page(s) 1-12, ISSN 1934-5909
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.02.015

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Auteurs: Qianhui Yu, Umut Kilik, Emily M. Holloway, Yu-Hwai Tsai, Christoph Harmel, Angeline Wu, Joshua H. Wu, Michael Czerwinski, Charlie J. Childs, Zhisong He, Meghan M. Capeling, Sha Huang, Ian A. Glass, Peter D.R. Higgins, Barbara Treutlein, Jason R. Spence, J. Gray Camp
Publié dans: Cell, Numéro 184, 2021, Page(s) 1-18, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Chromatin regulatory dynamics of early human small intestinal development using a directed differentiation model

Auteurs: Yu-Han Hung, Sha Huang, Michael K Dame, Qianhui Yu, Qing C Yu, Yi A Zeng, J Gray Camp, Jason R Spence, Praveen Sethupathy
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49/2, 2021, Page(s) 726-744, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa1204

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics

Auteurs: Giovanna Brancati, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Neuron, Numéro 107/6, 2020, Page(s) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

Lineage recording in human cerebral organoids

Auteurs: Zhisong He, Ashley Maynard, Akanksha Jain, Tobias Gerber, Rebecca Petri, Hsiu-Chuan Lin, Malgorzata Santel, Kevin Ly, Jean-Samuel Dupré, Leila Sidow, Fatima Sanchis Calleja, Sophie M. J. Jansen, Stephan Riesenberg, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Nature Methods, 2021, Page(s) 90-99, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01344-8

Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics

Auteurs: J. Gray Camp, Randall Platt, Barbara Treutlein
Publié dans: Science, Numéro 365/6460, 2019, Page(s) 1401-1405, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax6648

Human Stem Cell Resources Are an Inroad to Neandertal DNA Functions

Auteurs: Michael Dannemann, Zhisong He, Christian Heide, Benjamin Vernot, Leila Sidow, Sabina Kanton, Anne Weigert, Barbara Treutlein, Svante Pääbo, Janet Kelso, J. Gray Camp
Publié dans: Stem Cell Reports, Numéro 15/1, 2020, Page(s) 214-225, ISSN 2213-6711
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2020.05.018

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development

Auteurs: Sabina Kanton, Michael James Boyle, Zhisong He, Malgorzata Santel, Anne Weigert, Fátima Sanchís-Calleja, Patricia Guijarro, Leila Sidow, Jonas Simon Fleck, Dingding Han, Zhengzong Qian, Michael Heide, Wieland B. Huttner, Philipp Khaitovich, Svante Pääbo, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Nature, Numéro 574/7778, 2019, Page(s) 418-422, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1654-9

Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium

Auteurs: Nico Schramma; Cristina Loureiro; Tobias Gerber; Siyu Chen; Akanksha Jain; Anne Weber; Anne Weigert; Malgorzata Santel; Karen Alim; Barbara Treutlein; J Gray Camp
Publié dans: eLife, Numéro 1, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.3929/ethz-b-000535011

Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids

Auteurs: Sabina Kanton, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Human Pluripotent Stem Cell Derived Organoid Models, Numéro 159, 2020, Page(s) 229-256, ISBN 9780128215319
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.03.013

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