Great ape organoids to reconstruct uniquely human development

Informations projet

ANTHROPOID

N° de convention de subvention: 803441

DOI

10.3030/803441

Projet clôturé

Date de signature de la CE 3 Mai 2019

Date de début 1 Juin 2019

Date de fin 31 Mai 2024

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 500 000,00

Contribution de l’UE

€ 1 500 000,00

Coordonné par

F. HOFFMANN-LA ROCHE AG
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (18)

CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

Auteurs: Zhisong He, Agnieska Brazovskaja, Sebastian Ebert, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Genome Biology, Numéro 21/1, 2020, Page(s) 224-244, ISSN 1474-760X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4

Cell atlas of the regenerating human liver after portal vein embolization

Auteurs: Agnieska Brazovskaja, Tomás Gomes, Rene Holtackers, Philipp Wahle, Christiane Körner, Zhisong He, Theresa Schaffer, Julian Connor Eckel, René Hänsel, Malgorzata Santel, Makiko Seimiya, Timm Denecke, Michael Dannemann, Mario Brosch, Jochen Hampe, Daniel Seehofer, Georg Damm, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Nature Communications, Numéro 15, 2024, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49236-7

Morphodynamics of human early brain organoid development

Auteurs: Akanksha Jain, Gilles Gut, Fátima Sanchis-Calleja, Reto Tschannen, Zhisong He, Nicolas Luginbühl, Fides Zenk, Antonius Chrisnandy, Simon Streib, Christoph Harmel, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Makiko Seimiya, René Holtackers, Juliane K. Rohland, Sophie Martina Johanna Jansen, Matthias P. Lutolf, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Nature, Numéro 644, 2025, Page(s) 1010-1019, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09151-3

Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases

Auteurs: Jonas Simon Fleck, Fátima Sanchís-Calleja, Zhisong He, Malgorzata Santel, Michael James Boyle, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Cell Stem Cell, Numéro 28, 2021, Page(s) 1-12, ISSN 1934-5909
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.02.015

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Auteurs: Qianhui Yu, Umut Kilik, Emily M. Holloway, Yu-Hwai Tsai, Christoph Harmel, Angeline Wu, Joshua H. Wu, Michael Czerwinski, Charlie J. Childs, Zhisong He, Meghan M. Capeling, Sha Huang, Ian A. Glass, Peter D.R. Higgins, Barbara Treutlein, Jason R. Spence, J. Gray Camp
Publié dans: Cell, Numéro 184, 2021, Page(s) 1-18, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids

Auteurs: Quan Xu, Lennard Halle, Soroor Hediyeh-zadeh, Merel Kuijs, Rya Riedweg, Umut Kilik, Timothy Recaldin, Qianhui Yu, Isabell Rall, Tristan Frum, Lukas Adam, Shrey Parikh, Raphael Kfuri-Rubens, Manuel Gander, Dominik Klein, Fabiola Curion, Zhisong He, Jonas Simon Fleck, Koen Oost, Maurice Kahnwald, Silvia Barbiero, Olga Mitrofanova, Grzegorz Jerzy Maciag, Kim B. Jensen, Matthias Lutolf, Prisca Liberal
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 57, 2025, Page(s) 1201-1212, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-025-02182-6

Single-cell epigenomic reconstruction of developmental trajectories from pluripotency in human neural organoid systems

Auteurs: Fides Zenk, Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Bijan Kashanian, Benedikt Eisinger, Małgorzata Santel, Jean-Samuel Dupré, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Nature Neuroscience, Numéro 27, 2024, Page(s) 1376-1386, ISSN 1097-6256
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-024-01652-0

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Auteurs: Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Damian Wollny, Fides Zenk, Makiko Seimiya, Akanksha Jain, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Zhisong He, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Nature, Numéro 621, 2023, Page(s) 365-372, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

Chromatin regulatory dynamics of early human small intestinal development using a directed differentiation model

Auteurs: Yu-Han Hung, Sha Huang, Michael K Dame, Qianhui Yu, Qing C Yu, Yi A Zeng, J Gray Camp, Jason R Spence, Praveen Sethupathy
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 49/2, 2021, Page(s) 726-744, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa1204

Recent evolution of the developing human intestine affects metabolic and barrier functions

Auteurs: Qianhui Yu, Umut Kilik, Stefano Secchia, Lukas Adam, Yu-Hwai Tsai, Christiana Fauci, Jasper Janssens, Charlie J. Childs, Katherine D. Walton, Rubén López-Sandoval, Angeline Wu, Marina Almató Bellavista, Sha Huang, Calen A. Steiner, Yannick Throm, Michael James Boyle, Zhisong He, Joep Beumer, Barbara Treutlein, Craig B. Lowe, Jason R. Spence, J. Gray Camp
Publié dans: Science, Numéro 389, 2025, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adr8628

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics

Auteurs: Giovanna Brancati, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Neuron, Numéro 107/6, 2020, Page(s) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

Lineage recording in human cerebral organoids

Auteurs: Zhisong He, Ashley Maynard, Akanksha Jain, Tobias Gerber, Rebecca Petri, Hsiu-Chuan Lin, Malgorzata Santel, Kevin Ly, Jean-Samuel Dupré, Leila Sidow, Fatima Sanchis Calleja, Sophie M. J. Jansen, Stephan Riesenberg, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publié dans: Nature Methods, 2021, Page(s) 90-99, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01344-8

Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics

Auteurs: J. Gray Camp, Randall Platt, Barbara Treutlein
Publié dans: Science, Numéro 365/6460, 2019, Page(s) 1401-1405, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax6648

Human Stem Cell Resources Are an Inroad to Neandertal DNA Functions

Auteurs: Michael Dannemann, Zhisong He, Christian Heide, Benjamin Vernot, Leila Sidow, Sabina Kanton, Anne Weigert, Barbara Treutlein, Svante Pääbo, Janet Kelso, J. Gray Camp
Publié dans: Stem Cell Reports, Numéro 15/1, 2020, Page(s) 214-225, ISSN 2213-6711
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2020.05.018

An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids

Auteurs: Zhisong He, Leander Dony, Jonas Simon Fleck, Artur Szałata, Katelyn X. Li, Irena Slišković, Hsiu-Chuan Lin, Malgorzata Santel, Alexander Atamian, Giorgia Quadrato, Jieran Sun, Sergiu P. Pașca, null null, Neal D. Amin, Kevin W. Kelley, Taylor Bertucci, Sally Temple, Kathryn R. Bowles, Nicolò Caporale, Emanuele Villa, Giuseppe Testa, Cristiana Cruceanu, Elisabeth B. Binder, J. Gray Camp, Fabian
Publié dans: Nature, Numéro 635, 2024, Page(s) 690-698, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-08172-8

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development

Auteurs: Sabina Kanton, Michael James Boyle, Zhisong He, Malgorzata Santel, Anne Weigert, Fátima Sanchís-Calleja, Patricia Guijarro, Leila Sidow, Jonas Simon Fleck, Dingding Han, Zhengzong Qian, Michael Heide, Wieland B. Huttner, Philipp Khaitovich, Svante Pääbo, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Nature, Numéro 574/7778, 2019, Page(s) 418-422, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1654-9

Human-specific genetics: new tools to explore the molecular and cellular basis of human evolution

Auteurs: Alex A. Pollen, Umut Kilik, Craig B. Lowe, J. Gray Camp
Publié dans: Nature Reviews Genetics, Numéro 24, 2024, Page(s) 687-711, ISSN 1471-0056
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00568-4

Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium

Auteurs: Nico Schramma; Cristina Loureiro; Tobias Gerber; Siyu Chen; Akanksha Jain; Anne Weber; Anne Weigert; Malgorzata Santel; Karen Alim; Barbara Treutlein; J Gray Camp
Publié dans: eLife, Numéro 1, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.3929/ethz-b-000535011

Book chapters (1)

Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids

Auteurs: Sabina Kanton, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publié dans: Human Pluripotent Stem Cell Derived Organoid Models, Numéro 159, 2020, Page(s) 229-256, ISBN 9780128215319
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.03.013