Great ape organoids to reconstruct uniquely human development

Informazioni relative al progetto

ANTHROPOID

ID dell’accordo di sovvenzione: 803441

DOI

10.3030/803441

Progetto chiuso

Data della firma CE 3 Maggio 2019

Data di avvio 1 Giugno 2019

Data di completamento 31 Maggio 2024

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 500 000,00

Contributo UE

€ 1 500 000,00

Coordinato da

F. HOFFMANN-LA ROCHE AG
Switzerland

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (18)

CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

Autori: Zhisong He, Agnieska Brazovskaja, Sebastian Ebert, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Genome Biology, Numero 21/1, 2020, Pagina/e 224-244, ISSN 1474-760X
Editore: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4

Cell atlas of the regenerating human liver after portal vein embolization

Autori: Agnieska Brazovskaja, Tomás Gomes, Rene Holtackers, Philipp Wahle, Christiane Körner, Zhisong He, Theresa Schaffer, Julian Connor Eckel, René Hänsel, Malgorzata Santel, Makiko Seimiya, Timm Denecke, Michael Dannemann, Mario Brosch, Jochen Hampe, Daniel Seehofer, Georg Damm, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 15, 2024, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-024-49236-7

Morphodynamics of human early brain organoid development

Autori: Akanksha Jain, Gilles Gut, Fátima Sanchis-Calleja, Reto Tschannen, Zhisong He, Nicolas Luginbühl, Fides Zenk, Antonius Chrisnandy, Simon Streib, Christoph Harmel, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Makiko Seimiya, René Holtackers, Juliane K. Rohland, Sophie Martina Johanna Jansen, Matthias P. Lutolf, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature, Numero 644, 2025, Pagina/e 1010-1019, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-025-09151-3

Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases

Autori: Jonas Simon Fleck, Fátima Sanchís-Calleja, Zhisong He, Malgorzata Santel, Michael James Boyle, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Cell Stem Cell, Numero 28, 2021, Pagina/e 1-12, ISSN 1934-5909
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.02.015

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autori: Qianhui Yu, Umut Kilik, Emily M. Holloway, Yu-Hwai Tsai, Christoph Harmel, Angeline Wu, Joshua H. Wu, Michael Czerwinski, Charlie J. Childs, Zhisong He, Meghan M. Capeling, Sha Huang, Ian A. Glass, Peter D.R. Higgins, Barbara Treutlein, Jason R. Spence, J. Gray Camp
Pubblicato in: Cell, Numero 184, 2021, Pagina/e 1-18, ISSN 0092-8674
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids

Autori: Quan Xu, Lennard Halle, Soroor Hediyeh-zadeh, Merel Kuijs, Rya Riedweg, Umut Kilik, Timothy Recaldin, Qianhui Yu, Isabell Rall, Tristan Frum, Lukas Adam, Shrey Parikh, Raphael Kfuri-Rubens, Manuel Gander, Dominik Klein, Fabiola Curion, Zhisong He, Jonas Simon Fleck, Koen Oost, Maurice Kahnwald, Silvia Barbiero, Olga Mitrofanova, Grzegorz Jerzy Maciag, Kim B. Jensen, Matthias Lutolf, Prisca Liberal
Pubblicato in: Nature Genetics, Numero 57, 2025, Pagina/e 1201-1212, ISSN 1061-4036
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-025-02182-6

Single-cell epigenomic reconstruction of developmental trajectories from pluripotency in human neural organoid systems

Autori: Fides Zenk, Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Bijan Kashanian, Benedikt Eisinger, Małgorzata Santel, Jean-Samuel Dupré, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature Neuroscience, Numero 27, 2024, Pagina/e 1376-1386, ISSN 1097-6256
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-024-01652-0

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autori: Jonas Simon Fleck, Sophie Martina Johanna Jansen, Damian Wollny, Fides Zenk, Makiko Seimiya, Akanksha Jain, Ryoko Okamoto, Malgorzata Santel, Zhisong He, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature, Numero 621, 2023, Pagina/e 365-372, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

Chromatin regulatory dynamics of early human small intestinal development using a directed differentiation model

Autori: Yu-Han Hung, Sha Huang, Michael K Dame, Qianhui Yu, Qing C Yu, Yi A Zeng, J Gray Camp, Jason R Spence, Praveen Sethupathy
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 49/2, 2021, Pagina/e 726-744, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa1204

Recent evolution of the developing human intestine affects metabolic and barrier functions

Autori: Qianhui Yu, Umut Kilik, Stefano Secchia, Lukas Adam, Yu-Hwai Tsai, Christiana Fauci, Jasper Janssens, Charlie J. Childs, Katherine D. Walton, Rubén López-Sandoval, Angeline Wu, Marina Almató Bellavista, Sha Huang, Calen A. Steiner, Yannick Throm, Michael James Boyle, Zhisong He, Joep Beumer, Barbara Treutlein, Craig B. Lowe, Jason R. Spence, J. Gray Camp
Pubblicato in: Science, Numero 389, 2025, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adr8628

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics

Autori: Giovanna Brancati, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Pubblicato in: Neuron, Numero 107/6, 2020, Pagina/e 1000-1013, ISSN 0896-6273
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

Lineage recording in human cerebral organoids

Autori: Zhisong He, Ashley Maynard, Akanksha Jain, Tobias Gerber, Rebecca Petri, Hsiu-Chuan Lin, Malgorzata Santel, Kevin Ly, Jean-Samuel Dupré, Leila Sidow, Fatima Sanchis Calleja, Sophie M. J. Jansen, Stephan Riesenberg, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Nature Methods, 2021, Pagina/e 90-99, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01344-8

Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics

Autori: J. Gray Camp, Randall Platt, Barbara Treutlein
Pubblicato in: Science, Numero 365/6460, 2019, Pagina/e 1401-1405, ISSN 0036-8075
Editore: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax6648

Human Stem Cell Resources Are an Inroad to Neandertal DNA Functions

Autori: Michael Dannemann, Zhisong He, Christian Heide, Benjamin Vernot, Leila Sidow, Sabina Kanton, Anne Weigert, Barbara Treutlein, Svante Pääbo, Janet Kelso, J. Gray Camp
Pubblicato in: Stem Cell Reports, Numero 15/1, 2020, Pagina/e 214-225, ISSN 2213-6711
Editore: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stemcr.2020.05.018

An integrated transcriptomic cell atlas of human neural organoids

Autori: Zhisong He, Leander Dony, Jonas Simon Fleck, Artur Szałata, Katelyn X. Li, Irena Slišković, Hsiu-Chuan Lin, Malgorzata Santel, Alexander Atamian, Giorgia Quadrato, Jieran Sun, Sergiu P. Pașca, null null, Neal D. Amin, Kevin W. Kelley, Taylor Bertucci, Sally Temple, Kathryn R. Bowles, Nicolò Caporale, Emanuele Villa, Giuseppe Testa, Cristiana Cruceanu, Elisabeth B. Binder, J. Gray Camp, Fabian
Pubblicato in: Nature, Numero 635, 2024, Pagina/e 690-698, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-024-08172-8

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development

Autori: Sabina Kanton, Michael James Boyle, Zhisong He, Malgorzata Santel, Anne Weigert, Fátima Sanchís-Calleja, Patricia Guijarro, Leila Sidow, Jonas Simon Fleck, Dingding Han, Zhengzong Qian, Michael Heide, Wieland B. Huttner, Philipp Khaitovich, Svante Pääbo, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Pubblicato in: Nature, Numero 574/7778, 2019, Pagina/e 418-422, ISSN 0028-0836
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1654-9

Human-specific genetics: new tools to explore the molecular and cellular basis of human evolution

Autori: Alex A. Pollen, Umut Kilik, Craig B. Lowe, J. Gray Camp
Pubblicato in: Nature Reviews Genetics, Numero 24, 2024, Pagina/e 687-711, ISSN 1471-0056
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41576-022-00568-4

Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium

Autori: Nico Schramma; Cristina Loureiro; Tobias Gerber; Siyu Chen; Akanksha Jain; Anne Weber; Anne Weigert; Malgorzata Santel; Karen Alim; Barbara Treutlein; J Gray Camp
Pubblicato in: eLife, Numero 1, 2022, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.3929/ethz-b-000535011

Book chapters (1)

Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids

Autori: Sabina Kanton, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Pubblicato in: Human Pluripotent Stem Cell Derived Organoid Models, Numero 159, 2020, Pagina/e 229-256, ISBN 9780128215319
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.03.013