Descripción del proyecto
Las fuentes de variación fenotípica en los vertebrados complejos
El objetivo del proyecto IndiGene, financiado con fondos europeos, es el estudio a fondo y la caracterización de las fuentes de variación que dan lugar a la variabilidad fenotípica en vertebrados complejos. El proyecto caracterizará las fuentes genéticas y ambientales de la variación y la variación estocástica individual que se dan incluso con condiciones genéticas y ambientales fijas. Los investigadores eligieron el pez medaka (pez de arroz japonés) como modelo. Reprodujeron de forma endogámica y llevaron a cabo una secuenciación hologenómica de un grupo de 111 peces medaka diferentes de un solo lugar. En este momento prevén estudiar los fenotipos de estos peces empleando una estructura con un alto nivel de replicación, que abarca desde organismos a fenotipos moleculares. Los datos se analizarán mediante métodos vanguardistas para dividir la variación entre componentes genéticos, ambientales y estocásticos y sus interacciones.
Objetivo
We propose to thoroughly investigate and characterise the sources of variation that results in varying phenotypes in a complex vertebrate. As well as characterising the genetic and environmental sources of variation, we will also investigate individual stochastic variation present even in fixed settings (both genetically and environmentally). To achieve this we will exploit the unique properties of Medaka fish, which can be fully inbred from the wild. We have already inbred and performed whole genome sequencing of a panel of 111 diverse Medaka fish from a single location; we propose to phenotype these fish in depth with high replication structure, ranging from organismal to molecular phenotypes. We will also phenotype entirely wild fish from the same source population as the panel with a subset of the phenotypes. We will analyse the data using state of the art methods to partition variation between genetic, environmental and stochastic components, and their interactions. We will integrate across both the different levels of phenotypic information across the cardiovascular system, and also across vertebrate phenotypes, in particular the extensive human phenotypes. By using genetic crosses and CRISPR-Cas9 techniques we will definitively prove specific interactions. We will host a “Research Hotel” for other phenotyping schemes to be applied to this panel, in particular from the Zebrafish community. This comprehensive and carefully replicated study will allow us to understand the opportunities and limitations of genetic stratification and personalised medicine in humans.
Ámbito científico
Palabras clave
Programa(s)
Tema(s)
Régimen de financiación
ERC-SyG - Synergy grantInstitución de acogida
69117 Heidelberg
Alemania