Genetics of Individuality

Información del proyecto

IndiGene

Identificador del acuerdo de subvención: 810172

DOI

10.3030/810172

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 18 Enero 2019

Fecha de inicio 1 Febrero 2019

Fecha de finalización 31 Julio 2025

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 6 272 613,00

Aportación de la UE

€ 6 272 613,00

Coordinado por

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Resultado final

Open Research Data Pilot (1)

Data Management Plan

Data Management Plan for the Open Research Data Pilot

Publicaciones

Peer reviewed articles (17)

Characterizing medaka visual features using a high-throughput optomotor response assay

Autores: Risa Suzuki, Jia Zheng Woo, Thomas Thumberger, Gero Hofmann, Joachim Wittbrodt, Tinatini Tavhelidse-Suck
Publicado en: PLOS ONE, Edición 19, 2024, Página(s) e0302092, ISSN 1932-6203
Editor: Public Library of Science
DOI: 10.1371/journal.pone.0302092

Genomic variations and epigenomic landscape of the Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

Autores: Adrien Leger, Ian Brettell, Jack Monahan, Carl Barton, Nadeshda Wolf, Natalja Kusminski, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Clara Becker, Jakob Gierten, Omar T. Hammouda, Eva Hasel, Colin Lischik, Katharina Lust, Natalia Sokolova, Risa Suzuki, Tinatini Tavhelidse, Thomas Thumberger, Erika Tsingos, Philip Watson, Bettina Welz, Kiyoshi Naruse, Felix Loosli, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney & Tomas Fitzg
Publicado en: Genome Biology, Edición 23, Article number: 58, 2022, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02602-4

Fish primary embryonic pluripotent cells assemble into retinal tissue mirroring in vivo early eye development

Autores: Lucie Zilova, Venera Weinhardt, Tinatini Tavhelidse, Christina Schlagheck, Thomas Thumberger, Joachim Wittbrodt
Publicado en: eLife, Edición 10, 2021, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.66998

Boosting targeted genome editing using the hei-tag

Autores: Thomas ThumbergerTinatini Tavhelidse-SuckJose Arturo Gutierrez-TrianaAlex CorneanRebekka MedertBettina WelzMarc FreichelJoachim Wittbrodt
Publicado en: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.70558

FlexLMM: a Nextflow linear mixed model framework for GWAS

Autores: Saul Pierotti, Tomas Fitzgerald, Ewan Birney
Publicado en: Bioinformatics, Edición 41, 2025, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf021

The Medaka Inbred Kiyosu-Karlsruhe (MIKK) panel

Autores: Tomas Fitzgerald, Ian Brettell, Adrien Leger, Nadeshda Wolf, Natalja Kusminski, Jack Monahan, Carl Barton, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Jakob Gierten, Clara Becker, Omar T. Hammouda, Eva Hasel, Colin Lischik, Katharina Lust, Natalia Sokolova, Risa Suzuki, Erika Tsingos, Tinatini Tavhelidse, Thomas Thumberger, Philip Watson, Bettina Welz, Nadia Khouja, Kiyoshi Naruse, Ewan Birney, Joachim Wittb
Publicado en: Genome Biology, Edición 23, Article number: 59, 2022, ISSN 1474-760X
Editor: Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02623-z

Genotype imputation in F2 crosses of inbred lines

Autores: Saul Pierotti, Bettina Welz, Mireia Osuna-López, Tomas Fitzgerald, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney
Publicado en: Bioinformatics Advances, Edición 4, 2024, ISSN 2635-0041
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/bioadv/vbae107

Natural genetic variation quantitatively regulates heart rate and dimension

Autores: Jakob Gierten, Bettina Welz, Tomas Fitzgerald, Thomas Thumberger, Rashi Agarwal, Oliver Hummel, Adrien Leger, Philipp Weber, Kiyoshi Naruse, David Hassel, Norbert Hübner, Ewan Birney, Joachim Wittbro
Publicado en: Nature Communications, Edición 16, 2025, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-025-59425-7

Measurement and classification of bold–shy behaviours in medaka fish

Autores: Saul Pierotti, Ian Brettell, Tomas Fitzgerald, Cathrin Herder, Narendar Aadepu, Christian Pylatiuk, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney, Felix Loosli
Publicado en: Bioinformatics, Edición 41, 2025, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btaf342

Establishing an auxin-inducible GFP nanobody-based acute protein knockdown system to mimic hypomorphic mutations during early medaka embryogenesis

Autores: Kaisa Pakari, Sevinç Jakab, Johanna Rasch, Encarnación Sánchez Salvador, Beate Wittbrodt, Christian Thiel, Joachim Wittbrodt, Thomas Thumberger
Publicado en: Biology Open, Edición 14, 2025, ISSN 2046-6390
Editor: The Company of Biologists
DOI: 10.1242/bio.062081

FEHAT: efficient, large scale and automated heartbeat detection in Medaka fish embryos

Autores: Marcio Soares Ferreira, Sebastian Stricker, Tomas Fitzgerald, Jack Monahan, Fanny Defranoux, Philip Watson, Bettina Welz, Omar Hammouda, Joachim Wittbrodt, Ewan Birney
Publicado en: Bioinformatics, Edición 40, 2024, ISSN 1367-4811
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioinformatics/btae664

Automated high-throughput heartbeat quantification in medaka and zebrafish embryos under physiological conditions

Autores: Jakob Gierten, Christian Pylatiuk, Omar T. Hammouda, Christian Schock, Johannes Stegmaier, Joachim Wittbrodt, Jochen Gehrig, Felix Loosli
Publicado en: Scientific Reports, Edición 10/1, 2020, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-58563-w

De novo PAM generation to reach initially inaccessible target sites for base editing

Autores: Kaisa Pakari, Joachim Wittbrodt, Joachim Wittbrodt
Publicado en: Development, 2023, ISSN 0950-1991
Editor: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.201115

Soft X-ray Tomography Reveals HSV-1-Induced Remodeling of Human B Cells

Autores: Jian-Hua Chen, Bieke Vanslembrouck, Axel Ekman, Vesa Aho, Carolyn A. Larabell, Mark A. Le Gros, Maija Vihinen-Ranta, Venera Weinhardt
Publicado en: Viruses, Edición 14, 2025, Página(s) 2651, ISSN 1999-4915
Editor: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14122651

CRISPR-based knockout and base editing confirm the role of MYRF in heart development and congenital heart disease

Autores: Lino Doering, Alex Cornean, Thomas Thumberger, Joergen Benjaminsen, Beate Wittbrodt, Tanja Kellner, Omar T. Hammouda, Matthias Gorenflo, Joachim Wittbrodt and Jakob Gierten
Publicado en: | Disease Models & Mechanisms, 2023, ISSN 1754-8403
Editor: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dmm.049811

Precise in vivo functional analysis of DNA variants with base editing using ACEofBASEs target prediction

Autores: Alex Cornean, Jakob Gierten, Bettina Welz, Juan Luis Mateo, Thomas Thumberger, Joachim Wittbrodt
Publicado en: eLife, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.72124

Visualisation of gene expression within the context of tissues using an X-ray computed tomography-based multimodal approach

Autores: Kristaps Kairišs, Natalia Sokolova, Lucie Zilova, Christina Schlagheck, Robert Reinhardt, Tilo Baumbach, Tomáš Faragó, Thomas van de Kamp, Joachim Wittbrodt, Venera Weinhardt
Publicado en: Scientific Reports, Edición 14, 2024, ISSN 2045-2322
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-024-58766-5