Descrizione del progetto
Fonti di variazione fenotipica dei vertebrati complessi
L’obiettivo del progetto IndiGene, finanziato dall’UE, è lo studio approfondito e la caratterizzazione delle fonti di variazione che determinano la variabilità del fenotipo nei vertebrati complessi. Il progetto caratterizzerà le fonti genetiche e ambientali della variazione e la singola variazione stocastica in atto anche in condizioni genetiche e ambientali stabili. I ricercatori del progetto hanno scelto come modello il pesce medaka (il pesce giapponese del riso), riprodotto per endogamia, e hanno svolto il sequenziamento dell’intero genoma di un panel di 111 singoli medaka diversi da un’unica posizione. Adesso intendono studiare i fenotipi di questi pesci usando una struttura ad alta replicazione, che va dall’organismo ai fenotipi molecolari. I dati saranno analizzati utilizzando metodi all’avanguardia per ripartire la variazione tra componenti genetiche, ambientali, stocastiche e le relative interazioni.
Obiettivo
We propose to thoroughly investigate and characterise the sources of variation that results in varying phenotypes in a complex vertebrate. As well as characterising the genetic and environmental sources of variation, we will also investigate individual stochastic variation present even in fixed settings (both genetically and environmentally). To achieve this we will exploit the unique properties of Medaka fish, which can be fully inbred from the wild. We have already inbred and performed whole genome sequencing of a panel of 111 diverse Medaka fish from a single location; we propose to phenotype these fish in depth with high replication structure, ranging from organismal to molecular phenotypes. We will also phenotype entirely wild fish from the same source population as the panel with a subset of the phenotypes. We will analyse the data using state of the art methods to partition variation between genetic, environmental and stochastic components, and their interactions. We will integrate across both the different levels of phenotypic information across the cardiovascular system, and also across vertebrate phenotypes, in particular the extensive human phenotypes. By using genetic crosses and CRISPR-Cas9 techniques we will definitively prove specific interactions. We will host a “Research Hotel” for other phenotyping schemes to be applied to this panel, in particular from the Zebrafish community. This comprehensive and carefully replicated study will allow us to understand the opportunities and limitations of genetic stratification and personalised medicine in humans.
Campo scientifico
Parole chiave
Programma(i)
Argomento(i)
Meccanismo di finanziamento
ERC-SyG - Synergy grantIstituzione ospitante
69117 Heidelberg
Germania