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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Extreme-scale Mathematically-based Computational Chemistry

Publications

A parareal algorithm for ahighly oscillating Vlasov-Poisson system with reduced models for the coarse solving

Auteurs: Laura Grigori, Sever Hirstoaga, Julien Salomon
Publié dans: Computers and Mathematics with Applications, Numéro Volume 130, 2023, Page(s) Pages 137-148, ISSN 1873-7668
Éditeur: Science Direct
DOI: 10.1016/j.camwa.2022.12.004

Tinker-HP: Accelerating Molecular Dynamics Simulations of Large Complex Systems with Advanced Point Dipole Polarizable Force Fields Using GPUs and Multi-GPU Systems

Auteurs: Olivier Adjoua, Louis Lagardère, Luc-Henri Jolly, Arnaud Durocher, Thibaut Very, Isabelle Dupays, Zhi Wang, Théo Jaffrelot Inizan, Frédéric Célerse, Pengyu Ren, Jay W. Ponder, Jean-Philip Piquemal
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 17/4, 2021, Page(s) 2034-2053, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01164

Computing surface reaction rates by Adaptive Multilevel Splitting combined with Machine Learning and Ab Initio Molecular Dynamics

Auteurs: A. Anciaux-Sekadrian, M. Corral-Valero,T. Lelièvre, M. Moreaud, T. Pigeon, P. Raybaud, G. Stoltz
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 19(12), 2023, Page(s) 3538–3550, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00280

On basis set optimisation in quantum chemistry

Auteurs: E Cancès, G Dusson, G Kemlin, L Vidal
Publié dans: ESAIM: Proceedings and Surveys 73, Numéro irregular, 2023, Page(s) 07-129, ISSN 2267-3059
Éditeur: EDP Sciences
DOI: 10.1051/proc/202373107

Multiple projection MCMC algorithms on submanifolds

Auteurs: Lelièvre, Tony; Stoltz, Gabriel; Zhang, Wei
Publié dans: IMA Journal of Numerical Analysis, drac006, 2022
Éditeur: IMA Journal of Numerical Analysis, drac006
DOI: 10.48550/arxiv.2003.09402

A robust and efficient line search for self-consistent field iterations

Auteurs: Michael F. Herbst; Antoine Levitt
Publié dans: Journal of Computational Physics, Numéro 00219991, 2022, Page(s) Volume 459, ISSN 0021-9991
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.48550/arxiv.2109.14018

Post-processing of the planewave approximation of Schrödinger equations. Part I: linear operators.

Auteurs: E. Cancès, G. Dusson, Y. Maday, B. Stamm, M. Vohralík.
Publié dans: IMA Journal of Numerical Analysis, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: IMA Journal of Numerical Analysis
DOI: 10.1093/imanum/draa044

Nuclear Quantum Effects in Liquid Water at Near Classical Computational Cost Using the Adaptive Quantum Thermal Bath.

Auteurs: Nastasia Mauger; Thomas Plé; Louis Lagardère; Sara Bonella; Etienne Mangaud; Jean-Philip Piquemal; Jean-Philip Piquemal; Jean-Philip Piquemal; Simon Huppert
Publié dans: "Journal of Physical Chemistry Letters, American Chemical Society, 2021, ⟨10.1021/acs.jpclett.1c01722⟩", 2021
Éditeur: ACS Publications
DOI: 10.48550/arxiv.2102.00289

Generalized Many-Body Dispersion Correction through Random-phase Approximation for Chemically Accurate Density Functional Theory

Auteurs: P. P. Poier, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Publié dans: Phys. Chem. Lett, Numéro 14, 6, 2023, Page(s) 1609–1617, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.2c03722

A probabilistic study of the kinetic Fokker–Planck equation in cylindrical domains

Auteurs: Tony Lelièvre; Mouad Ramil; Julien Reygner
Publié dans: Journal of Evolution Equations, 2022, Page(s) volume 22, Article number: 38
Éditeur: Journal of Evolution Equations
DOI: 10.1007/s00028-022-00796-5

Autoencoders for dimensionality reduction in molecular dynamics: collective variable dimension, biasing and transition states

Auteurs: Z. Belkacemi, M. Bianciotto, P. Gkeka, T. Lelièvre, H. Minoux, G. Stoltz,
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 159, 2023, Page(s) 024122, ISSN 1089-7690
Éditeur: AIP Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2306.02935

Extending the regime of linear response with synthetic forcings

Auteurs: R. Spacek, G. Stoltz
Publié dans: Multiscale Modeling and Simulation 21 (4), 1602-1643 1 2023, Numéro Quarterly, 2023, Page(s) 602-1643, ISSN 1540-3459
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/23m1557611

Computationally driven discovery of SARS-CoV-2 Mpro inhibitors: from design to experimental validation

Auteurs: L. El Khoury, Z. Jing, A. Cuzzolin, A. Deplano, D. Loco, B. Sattarov, F. Hédin, S. Wendeborn, C. Ho, D. El Ahdab, T. Jaffrelot Inizan, M. Sturlese, A. Sosic, M. Volpiana, A. Lugato, M. Barone, B. Gatto, M. Ludovica Macchia, M. Bellanda, R. Battistutta, C. Salata, I. Kondratov, R. Iminov, A. Khairulin, Y. Mykhalonok, A. Pochepko, V. Chashka-Ratushnyi , I. Kos, S. Moro, M. Montes, P. Ren, J. W. Pon
Publié dans: Chem. Sc., Numéro 13, 2022, Page(s) 3674-3687, ISSN 2041-6539
Éditeur: The Royal Society of Chemistry’s
DOI: 10.1039/d1sc05892d

Numerical stability and efficiency of response property calculations in density functional theory

Auteurs: E. Cancès, M. Herbst, G. Kemlin, A. Levitt, B. Stamm
Publié dans: Letters in Mathematical Physics, Numéro 113, article number 21, 2023, Page(s) 1–32., ISSN 1573-0530
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/s11005-023-01645-3

DFTK: A Julian approach for simulating electrons in solids. JuliaCon Proceedings

Auteurs: Michael F. Herbst, Antoine Levitt, Eric Cancès
Publié dans: JuliaCon Proceedings, Numéro 3, 69, 2021, ISSN 2642-4029
Éditeur: Cambridge MA: JuliaCon
DOI: 10.21105/jcon.00069

The adaptive biasing force algorithm with non-conservative forces and related topics

Auteurs: Tony Lelièvre, Lise Maurin, Pierre Monmarché
Publié dans: ESAIM: M2AN 56 (, 2022, Page(s) 529–564
Éditeur: ESAIM: M2AN
DOI: 10.48550/arxiv.2102.09957

Raising the Performance of the Tinker-HP Molecular Modeling Package [Article v1.0]

Auteurs: L.-H. Jolly, A. Duran, L. Lagardère, J. W. Ponder, P. Ren, J.-P. Piquemal.
Publié dans: Living Journal of Computational Molecular Science, University of Colorado Boulder, 2019, ISSN 0000-0000
Éditeur: Living Journal of Computational Molecular Science, University of Colorado Boulder
DOI: 10.33011/livecoms.1.2.10409

Generative methods for sampling transition paths in molecular dynamics

Auteurs: T. Lelièvre, G. Robin, I. Sekkat, G. Stoltz, G. Victorino Cardoso
Publié dans: ESAIM: PROCEEDINGS AND SURVEYS, Numéro Vol. 73, p. 238-256, 2023, Page(s) p. 238-256, ISSN 2267-3059
Éditeur: EDP Sciences
DOI: 10.48550/arxiv.2205.02818

Weighted L2-contractivity of Langevin dynamics with singular potentials

Auteurs: E. Camrud, D. P. Herzog, G. Stoltz, M. Gordina,
Publié dans: Nonlinearity, 2022, Page(s) 35, 998
Éditeur: IOP Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2104.10574

Convergence analysis of direct minimization and self-consistent iterations

Auteurs: Eric Cancès, Gaspard Kemlin, Antoine Levitt
Publié dans: SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications, Numéro Volume 42, Numéro 1, 2020, Page(s) 243–274. (32 pages), ISSN 0895-4798
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/20m1332864

Smooth Particle Mesh Ewald-integrated stochastic Lanczos Many-body Dispersion algorithm

Auteurs: P. P. Poier, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Publié dans: J. Chem. Phys., Numéro 159, 154109, 2023, ISSN 1089-7690
Éditeur: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0166476

Gator: A Python-driven program for spectroscopy simulations using correlated wave functions

Auteurs: Dirk R. Rehn; Zilvinas Rinkevicius; Zilvinas Rinkevicius; Michael F. Herbst; Xin Li; Maximilian Scheurer; Manuel Brand; Adrian L. Dempwolff; Iulia Emilia Brumboiu; Thomas Fransson; Thomas Fransson; Andreas Dreuw; Patrick Norman
Publié dans: WIREs Computational Molecular Science, 2021, Page(s) Volume11, Numéro6
Éditeur: WIREs Computational Molecular Science
DOI: 10.1002/wcms.1528

Overdamped limit at stationarity for non-equilibrium Langevin diffusions

Auteurs: Pierre Monmarché, Mouad Ramil
Publié dans: Electron. Commun, 2022
Éditeur: Project Euclid
DOI: 10.1214/22-ecp447

Building Kohn-Sham potentials for ground and excited states

Auteurs: Louis Garrigue
Publié dans: Archive for Rational Mechanics and Analysis volume 245, pages949–1003 (2022), 2022, Page(s) volume 245, pages949–1003 (2022)
Éditeur: Springer
DOI: 10.48550/arxiv.2101.01127

ANKH: A Generalized O(N) Interpolated Ewald Strategy for Molecular Dynamics Simulations

Auteurs: I. Chollet, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Publié dans: J. Chem. Theory. Comput., Numéro 19, 10, 2023, Page(s) 2887–2905, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00015

Coherent Electronic Transport in Periodic Crystals

Auteurs: Eric Cancès; Clotilde Fermanian Kammerer; Antoine Levitt; Sami Siraj-Dine
Publié dans: Annales Henri Poincaré volume 22, 2021, Page(s) pages 2643–2690
Éditeur: Springer
DOI: 10.1007/s00023-021-01026-3

Nonlinear compressive reduced basis approximation for PDE's A

Auteurs: A Cohen, C Farhat, A Somacal, Y Maday
Publié dans: Comptes Rendus Mécanique, 2023, Page(s) pp. 1-18, ISSN 1873-7234
Éditeur: Académie des sciences_ Institut de France

Molecular Dynamics using Non-variational Polarizable Force Fields: Theory, Periodic Boundary Conditions Implementation and Application to the Bond Capacity Model. 

Auteurs: Poier Pier Paolo, L. Lagardère, J.-P. Piquemal, F. Jensen.
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society, 2019, ISSN 0000-0000
Éditeur: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00721

Accurate biomolecular simulations account for electronic polarization. 

Auteurs: J. Melcr, J.-P. Piquemal
Publié dans: Frontiers in Molecular Biosciences, Frontiers Media, 2019, 6, pp.143., 2019, ISSN 0000-0000
Éditeur: Frontiers in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2019.00143

NCIPLOT4: fast, robust and quantitative analysis of noncovalent interactions.

Auteurs: R. Boto, F. Peccati, R. Laplaza, C. Quan, A. Carbone, J.-P. Piquemal, Y. Maday, J. Contreras-Garcia
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society, Numéro 00000000, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00063

Practical error bounds for properties in plane-wave electronic structure calculations

Auteurs: Eric Cancès, Geneviève Dusson, Gaspard Kemlin , Antoine Levitt
Publié dans: SIAM Journal on Scientific Computing, Numéro Vol. 44, Iss. 5, 2022, ISSN 1064-8275
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/21m1456224

Hypocoercivity with Schur complements

Auteurs: Bernard, Etienne; Fathi, Max; Levitt, Antoine; Stoltz, Gabriel
Publié dans: Annales Henri Lebesgue, 2022, Page(s) Annales Henri Lebesgue, Volume 5 (2022), pp. 523-557
Éditeur: Annales Henri Lebesgue
DOI: 10.48550/arxiv.2003.00726

Numerical algorithms for high-performance computational science

Auteurs: Dongarra, Laura Grigori, Nicholas J. Higham
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, Numéro Volume 378 Numéro 2166 pp.20190066. ⟨10.1098/rsta.2019.0), 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: The Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsta.2019.0066

Guaranteed a posteriori bounds for eigenvalues and eigenvectors: multiplicities and clusters

Auteurs: E. Cancès, G. Dusson, Y. Maday, B. Stamm, M. Vohralík
Publié dans: Mathematics of Computation, 2020, ISSN 0025-5718
Éditeur: American Mathematical Society
DOI: 10.1090/mcom/3549

Analysis of the Single Reference Coupled Cluster Method for Electronic Structure Calculations: The Full Coupled Cluster Equations

Auteurs: M Hassan, Y Maday, Y Wang
Publié dans: ESAIM: M2AN, Numéro 57, 2023, Page(s) 545–583, ISSN 2804-7214
Éditeur: Springer link
DOI: 10.1051/m2an/2022099

Simple derivation of moiré-scale continuous models for twisted bilayer graphene

Auteurs: Éric Cancès; Louis Garrigue; David Gontier
Publié dans: PHYSICAL REVIEW B, Numéro 11, Phys. Rev. B 107, Numéro 15,, 2023, Page(s) 155403, ISSN 2469-9969
Éditeur: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevb.107.155403

CP-TT: using TT-SVD to greedily construct a Canonical Polyadic tensor approximation

Auteurs: Ehrlacher, Virginie; Fuente-Ruiz, Maria; Lombardi, Damiano
Publié dans: Molecules, 2022
Éditeur: Molecules
DOI: 10.48550/arxiv.2011.09725

SoTT: greedy approximation of a tensor as a sum of Tensor Trains

Auteurs: Virginie Ehrlacher; Maria Fuente Ruiz; Damiano Lombardi
Publié dans: SIAM Journal on Scientific Computing, Society for Industrial and Applied Mathematics, In press, 2021, Page(s) Vol. 44, Iss. 210.1137/20M1381472
Éditeur: SIAM
DOI: 10.1137/20m1381472

On basis set optimization in quantum chemistry

Auteurs: E. Cancès, G. Dusson, G. Kemlin, L. Vidal
Publié dans: ESAIM: Proceedings and Surveys, Numéro Vol. 73, 2023, Page(s) 107-129, ISSN 2267-3059
Éditeur: EDP Sciences
DOI: 10.48550/arxiv.2207.12190

Development of the Quantum Inspired SIBFA Many-Body Polarizable Force Field: I. Enabling Condensed Phase Molecular Dynamics Simulations

Auteurs: S. Naseem Kahn, L. Lagardère, C. Narth, G. A. Cisneros, P. Ren, N. Gresh, J.-P. Piquemal,
Publié dans: J. Chem. Theory Comput, Numéro 18, 6, 2022, Page(s) 3607–3621, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.2c00029

Convergence of the kinetic annealing for general potentials

Auteurs: L. Journel, P. Monmarché
Publié dans: Electron. J. Probab, Numéro vol. 27article no. 159, 2022, Page(s) pp. 1–37, ISSN 1083-6489
Éditeur: Institute of Mathematical Statistics
DOI: 10.1214/22-ejp891

Extension of the trotterized unitary coupled cluster to triple excitations

Auteurs: M Haidar, MJ Rancic, Y Maday, JP Piquemal
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry, Numéro A 127 (15), 2023, Page(s) 3543-3550, ISSN 1089-7690
Éditeur: AIP Publishing
DOI: 10.1021/acs.jpca.3c01753

A posteriori error estimation for the non-self consistent Kohn-Sham equations. 

Auteurs: M. F. Herbst, A. Levitt, E. Cancès.
Publié dans: Faraday Discussions, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: Faraday Discussions
DOI: 10.1039/d0fd00048e

Atomistic Polarizable Embeddings: Energy, Dynamics, Spectroscopy, and Reactivity.

Auteurs: Daniele Loco; Louis Lagardère; Olivier Adjoua; Jean-Philip Piquemal; Jean-Philip Piquemal; Jean-Philip Piquemal
Publié dans: "Accounts of Chemical Research, American Chemical Society, 2021, ⟨10.1021/acs.accounts.0c00662⟩", 2021
Éditeur: ACS
DOI: 10.1021/acs.accounts.0c00662

Numerical quadrature in the Brillouin zone for periodic Schrödinger operators

Auteurs: Eric Cancès, Virginie Ehrlacher, David Gontier, Antoine Levitt, Damiano Lombardi 
Publié dans: Springer Link, Numéro Numerische Mathematik volume 144, pages479–526(2020), 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: Springer Link
DOI: 10.1007/s00211-019-01096-w

Solvation Effects Drive the Selectivity in Diels-Alder Reaction Under Hyperbaric Conditions.

Auteurs: Tony Lelièvre, Gabriel Stoltz, Wei Zhang.
Publié dans: Chemical Communications. Numéro 49, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: Chemical Communications
DOI: 10.1039/d0cc01938k

Quantifying the mini-batching error in Bayesian inference for Adaptive Langevin dynamics

Auteurs: Inass Sekkat, Gabriel Stoltz
Publié dans: Journal of Machine Learning Research 24, Numéro 8 times annually, 2023, Page(s) 1-58, ISSN 2642-4029
Éditeur: Microtome Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2105.10347

Implementation of Geometry Dependent Charge Flux into Polarizable AMOEBA+ Potential

Auteurs: C. Liu, J.-P. Piquemal, P. Ren.
Publié dans: Journal of Physical Chemistry Letters, American Chemical Society, 2019, ISSN 0000-0000
Éditeur: ACS Publications
DOI: 10.1021/acs.jpclett.9b03489

Black-box inhomogeneous preconditioning for self-consistent field iterations in density functional theory

Auteurs: Michael F. Herbst; Antoine Levitt
Publié dans: Journal of Physics: Condensed Matter, Numéro 1361648X, 2020, ISSN 1361-648X
Éditeur: IOP SCIENCE
DOI: 10.1088/1361-648x/abcbdb

Scaling limits for the generalized Langevin equation

Auteurs: G. Pavliotis, G. Stoltz, U. Vaes
Publié dans: Springer Link, Numéro 00000000, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: Springer Link
DOI: 10.1007/s00332-020-09671-4

Accurate Deep Learning-aided Density-free Strategy for Many-Body Dispersion-corrected Density Functional Theory

Auteurs: Pier Paolo Poier; Théo Jaffrelot Inizan; Olivier Adjoua; Louis Lagardère; Jean-Philip Piquemal
Publié dans: Journal of Physical Chemistry Letters, American Chemical Society,, 2022, Page(s) pp.4381-4388
Éditeur: ACS Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2203.15739

Improvement of the Gaussian Electrostatic Model by Separate Fitting of Coulomb and Exchange-Repulsion Densities and Implementation of a new Dispersion term

Auteurs: S. Naseem-Khan,J.-P. Piquemal, G. A. Cisneros
Publié dans: J. Chem. Phys., Numéro 155, 194103, 2021, ISSN 1089-7690
Éditeur: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0072380

Implicit Solvents for the Polarizable Atomic Multipole AMOEBA Force Field

Auteurs: Rae A. Corrigan, Guowei Qi, Andrew C. Thiel, Jack R. Lynn, Brandon D. Walker, Thomas L. Casavant, Louis Lagardere, Jean-Philip Piquemal, Jay W. Ponder, Pengyu Ren, Michael J. Schnieders
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 17/4, 2021, Page(s) 2323-2341, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01286

Adaptive Hierarchical Subtensor Partitioning for Tensor Compression

Auteurs: Virginie Ehrlacher, Laura Grigori, Damiano Lombardi, Hao Song
Publié dans: SIAM Journal on Scientific Computing, Numéro 43/1, 2021, Page(s) A139-A163, ISSN 1064-8275
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/19m128689x

Ab initio canonical sampling based on variational inference

Auteurs: A. Castellano, F. Bottin, J. Bouchet, A. Levitt, G. Stoltz
Publié dans: Physical Review B, Numéro 106, 2022, Page(s) L161110, ISSN 2469-9969
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevb.106.l161110

Assessment of SAPT and Supermolecular EDA Approaches for the Development of Separable and Polarizable Force Fields

Auteurs: Sehr Naseem-Khan, Nohad Gresh, Alston J. Misquitta, Jean-Philip Piquemal
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, 2020, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01337

Mathematical foundations for the Parallel Replica algorithm applied to the underdamped Langevin dynamics

Auteurs: T. Lelièvre, M. Ramil and J. Reygner
Publié dans: MRS Communications, 2022, Page(s) Vol. 12, pp. 454–459
Éditeur: Springer
DOI: 10.1557/s43579-022-00207-3

Second-Order Homogenization of Periodic Schrödinger Operators with Highly Oscillating Potentials

Auteurs: E. Cancès, L. Garrigue, D. Gontier
Publié dans: SIAM Journal on Mathematicla Analysis, Numéro Vol. 55, Iss. 3, 2023, ISSN 1095-7154
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics Publications
DOI: 10.1137/22m1478446

Tensor approximation of the self-diffusion matrix of tagged particle processes

Auteurs: Jad Dabaghi, Virginie Ehrlacher, Christoph Strössner
Publié dans: Journal of Computational Physics, Numéro Volume 480, 2023, Page(s) 112017, ISSN 0021-9991
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcp.2023.112017

Van der Waals interactions between two hydrogen atoms: The next orders

Auteurs: E. Cancès, R. Coyaud, L.R. Scott
Publié dans: Communications Mathematical Sciences, Numéro 21, 2023, Page(s) 915–948, ISSN 1945-0796
Éditeur: International Press
DOI: 10.48550/arxiv.2007.04227

Adaptive force biasing algorithms: new convergence results and tensor approximations of the bias

Auteurs: Virginie Ehrlacher, Tony Lelièvre, Pierre Monmarché
Publié dans: The Annals of Applied Probability, Numéro 32(5), 2022, Page(s) 3850-3888, ISSN 2168-8737
Éditeur: Institute of Mathematical Statistics
DOI: 10.48550/arxiv.2007.09941

Photoionization and core resonances from range-separated time-dependent density-functional theory for open-shell states: Example of the lithium atom

Auteurs: J. Toulouse, K. Schwinn, F. Zapata, A. Levitt, E. Cancès and E. Luppi
Publié dans: J. Chem. Phys., Numéro Volume 157, Numéro 24 (244104), 2022, ISSN 1089-7690
Éditeur: AIP Publising
DOI: 10.1063/5.0134645

Variational projector-augmented wave method: a full-potential approach for electronic structure calculations in solid-state physics

Auteurs: M. S. Dupuy
Publié dans: Journal of Computational Physics, Numéro 00000000, 2021, ISSN 0000-0000
Éditeur: ScienceDirect
DOI: 10.1016/j.jcp.2021.110510

A parareal Monte Carlo algorithm for parabolic problems hybrid

Auteurs: J Dabaghi, Y Maday, A Zoia
Publié dans: Journal of Computational and Applied Mathematics 420, 114800, Numéro 420, 2023, Page(s) 114800, ISSN 0377-0427
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cam.2022.114800

Efficient and Accurate Description of Diels-Alder Reactions using Density Functional Theory

Auteurs: D. Loco, I. Chataignier, J.-P. Piquemal, R. Spezia
Publié dans: Chem. Phys. Chem., Numéro Volume23, Numéro18, e202200349, 2022, ISSN 1439-7641
Éditeur: Chemistry Europe
DOI: 10.1002/cphc.202200349

High-resolution mining of the SARS-CoV-2 main protease conformational space: supercomputer-driven unsupervised adaptive sampling

Auteurs: Théo Jaffrelot Inizan; Frédéric Célerse; Olivier Adjoua; Dina El Ahdab; Luc-Henri Jolly; Chengwen Liu; Pengyu Ren; Matthieu Montes; Nathalie Lagarde; Louis Lagardère; Pierre Monmarché; Jean-Philip Piquemal
Publié dans: J. Chem. Science Chem. Sci., 2021,12,, Numéro 20416539, 2021, Page(s) 4889-4907, ISSN 2041-6539
Éditeur: Publishing
DOI: 10.26434/chemrxiv.13003166.v2

DFT Exchange: Sharing Perspectives on the Workhorse of Quantum Chemistry and Materials Science

Auteurs: Andrew M. Teale, Trygve Helgaker, Andreas Savin, Carlo Adamo, Ba´lint Aradi, Alexei V. Arbuznikov, Paul W. Ayers, Evert Jan Baerends, Vincenzo Barone, Patrizia Calaminici, Eric Cance`s, Emily A. Carter, Pratim Kumar Chattaraj, Henry Chermette, Ilaria Ciofini, T. Daniel Crawford, Frank De Proft, John F. Dobson, Claudia Draxl, Thomas Frauenheim, Emmanuel Fromager, Patricio Fuentealba, Laura Gagl
Publié dans: Physical Chemistry Chemical Physics, Numéro Numéro 47 Phys. Chem. Chem. Phys., 2022, 24 (47), 2022, Page(s) 28700-28781, ISSN 1463-9076
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cp02827a

Frequency and field-dependent response of confined electrolytes from Brownian dynamics simulations

Auteurs: T. Hoang Ngoc Minh, G. Stoltz, B. Rotenberg
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro Vol. 158, Numéro 10, 2023, Page(s) 4103, ISSN 1089-7690
Éditeur: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0139258

The NCIWEB Server: A Novel Implementation of the Noncovalent Interactions Index for Biomolecular Systems

Auteurs: Trinidad Novoa; Rubén Laplaza; Francesca Peccati; Franck Fuster; Julia Contreras-García
Publié dans: Journal of Chemical Information and Modeling, Numéro 4, 2023, ISSN 1549-9596
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.3c00271

Velocity jump processes: an alternative to multi-time-step methods for faster and accurate molecular dynamics simulations.

Auteurs: P. Monmarché, J. Weisman, L. Lagardère, J.-P. Piquemal.
Publié dans: AIP The Journal of Chemical Physics, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: AIP The Journal of Chemical Physics
DOI: 10.1063/5.0005060

Directed message passing based on attention for prediction of molecular properties

Auteurs: G Chen, Y Maday
Publié dans: Computational Materials Science, Numéro Volume 229, 2023, Page(s) 112443, ISSN 0927-0256
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.commatsci.2023.112443

Interfacial Water Many-body Effects Drive Structural Dynamics and Allosteric interactions in SARS-CoV-2 Main Protease Dimerization Interface

Auteurs: D. El Ahdab, L. Lagardère, T. Jaffrelot Inizan, F. Célerse, C. Liu, O. Adjoua, L.H. Jolly, N. Gresh, Z. Hobaika, P. Ren, R. G. Maroun,J.-P. Piquemal
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry Letters, 2021, Page(s) 12, 26, 6218–6226, ISSN 1948-7185
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.1c01460

Mobility Estimation for Langevin Dynamics Using Control Variates

Auteurs: G. A. Pavliotis, G. Stoltz, U. Vaes,
Publié dans: Mutiscale Modeling & Simulation, Numéro Vol. 21 Numéro 2, 2023, Page(s) 680-715, ISSN 1540-3467
Éditeur: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/22m1504378

Analysis of an Adaptive Biasing Force method based on self-interacting dynamics

Auteurs: Michel Benaïm, Charles-Edouard Bréhier, Pierre Monmarché
Publié dans: Electronic Journal of Probability, Numéro Vol.25 • 2020, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: Electronic Journal of Probability
DOI: 10.1214/20-ejp490

Quantum-Chemistry based design of halobenzene derivatives with augmented affinities for the HIV-1 viral G4/C16 base-pair.

Auteurs: P. El Darazi, L. El Khoury, K. El Hage, R. Maroun, Z. Hobaika, J.-P. Piquemal, N. Gresh.
Publié dans: Theoretical and Computational Chemistry, 2019, ISSN 0000-0000
Éditeur: Theoretical and Computational Chemistry
DOI: 10.3389/fchem.2020.00440

Combining machine-learned and empirical force fields with the parareal algorithm: application to the diffusion of atomistic defects, à paraître dans Comptes Rendus Mécanique

Auteurs: O. Gorynina, F. Legoll, T. Lelièvre, D. Perez
Publié dans: Comptes Rendus Mécanique, 2023, Page(s) pp. 1-25, ISSN 1873-7234
Éditeur: Académie des sciences_ Institut de France
DOI: 10.48550/arxiv.2212.10508

Quantifying the error of the core-valence separation approximation.

Auteurs: M. F. Herbst, T. Fransson.
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro Volume 153, Numéro 5 > 10.1063/5.0013538, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: The Journal of Chemical Physics
DOI: 10.1063/5.0013538

Chasing Collective Variables Using Autoencoders and Biased Trajectories

Auteurs: Zineb Belkacemi; Paraskevi Gkeka; Tony Lelièvre; Gabriel Stoltz
Publié dans: "Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society, 2022, 18 (1), pp.59-78. ⟨10.1021/acs.jctc.1c00415⟩", 2022
Éditeur: ACS Publishing
DOI: 10.1021/acs.jctc.1c00415

Constrained overdamped Langevin dynamics for symmetric multimarginal optimal transportation

Auteurs: Alfonsi, Aur��lien; Coyaud, Rafa��l; Ehrlacher, Virginie
Publié dans: MAS Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, Numéro 02182025, 2022, Page(s) Vol. 32, No. 03, pp. 403-455, ISSN 0218-2025
Éditeur: World Scientific Publishing Co
DOI: 10.1142/s0218202522500105

Reconciling NMR Structures of the HIV-1 Nucleocapsid Protein (NCp7) using Extensive Polarizable Force Field Free-Energy Simulations.

Auteurs: L. El Khoury, F. Célerse, Louis Lagardère, L.-.H Jolly, E. Derat, Z. Hobaika, R. Maroun, P. Ren, S. Bouaziz, N. Gresh, J.-P. Piquemal.
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: Journal of Chemical Theory and Computation
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b01204

Some Formal Tools for Computer Arithmetic: Flocq and Gappa

Auteurs: S. Boldo, G. Melquiond
Publié dans: IEEE 28th Symposium on Computer Arithmetic (ARITH), 2021, pp. 111-114, 2021, Page(s) pp. 111-114
Éditeur: IEEE 28th Symposium on Computer Arithmetic (ARITH)
DOI: 10.1109/arith51176.2021.00031

Improving Condensed Phase Water Dynamics with Explicit Nuclear Quantum Effects: the Polarizable Q-AMOEBA Force Field

Auteurs: N. Mauger, T. Plé, L. Lagardère, S. Huppert, J.-P. Piquemal, J.
Publié dans: J. Phys. Chem. B, 126, 43, Numéro 126, 43, 2022, Page(s) 8813–8826, ISSN 1439-7641
Éditeur: Chemistry Europe
DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c04454

Scalable Hybrid Deep Neural Networks/Polarizable Potentials Biomolecular Simulations including long-range effects

Auteurs: T. Jaffrelot Inizan, T. Plé, O. Adjoua, P. Ren, H. Gökcan, O. Isayev, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Publié dans: Chem. Sci., Numéro 14, 2023, Page(s) 5438-5452, ISSN 2041-6539
Éditeur: The Royal Society of Chemistry’s
DOI: 10.1039/d2sc04815a

Geometric ergodicity of the Bouncy Particle Sampler

Auteurs: Alain Durmus, Arnaud Guillin, Pierre Monmarché
Publié dans: The Annals of Applied Probability, Numéro 30/5, 2020, ISSN 1050-5164
Éditeur: Institute of Mathematical Statistics
DOI: 10.1214/19-aap1552

Factorized structure of the long-range two-electron integrals tensor and its application in quantum chemistry

Auteurs: S. Badreddine, I. Chollet, L. Grigori
Publié dans: Journal of Computational Physics, Numéro Vol. 493, 112460, 2023, ISSN 0021-9991
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcp.2023.112460

Insights into the ππ - ππ interaction driven non-covalent functionalization of carbon nanotubes of various diameters by conjugated fluorene and carbazole copolymers

Auteurs: Robert Benda, Gaël Zucchi, Eric Cancès, Bérengère Lebental
Publié dans: AIP The Journal of Chemical Physics, Numéro Volume 152, Numéro 6 > 10.1063/1.5133634, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: AIP The Journal of Chemical Physics
DOI: 10.1063/1.5133634

Bounding the Round-Off Error of the Upwind Scheme for Advection

Auteurs: L. B. Salem-Knapp, S. Boldo, W. Weens
Publié dans: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing, 2022, Page(s) vol. 10, no. 3, pp. 1253-1262
Éditeur: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing
DOI: 10.1109/tetc.2022.3191472

Spectrometric and computational studies of the binding of HIV-1 integrase inhibitors to viral DNA extremities

Auteurs: L. El-Khoury, K. El Hage, J.-P. Piquemal, S. Fermandjian, R. Maroun, N. Gresh, Z. Hobaika.
Publié dans: PeerJ Physical Chemistry, PeerJ, 2019, 1, pp.e6., 2019, ISSN 0000-0000
Éditeur: PeerJ Physical Chemistry
DOI: 10.7717/peerj-pchem.6

Multi-center decomposition of molecular densities: a mathematical perspective

Auteurs: Robert Benda; Eric Cancès; Virginie Ehrlacher; Benjamin Stamm
Publié dans: J Chem Phys. 156(16):164107, Numéro 00000000, 2022, ISSN 0000-0000
Éditeur: AIP
DOI: 10.48550/arxiv.2109.03304

Force-Field-Enhanced Neural Network Interactions: from Local Equivariant Embedding to Atom-in-Molecule properties and long-range effects

Auteurs: T. Plé, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Publié dans: Chem. Sci., 2023, ISSN 2041-6539
Éditeur: The Royal Society of Chemistry’s
DOI: 10.1039/d3sc02581k

NCIPLOT and the analysis of noncovalent interactions using the reduced density gradient

Auteurs: R. Laplaza, F. Peccati, R. Boto, C. Quan, A. Carbone, J.-P. Piquemal, Y. Maday, J. Contreras-Garcia
Publié dans: WIREs Computational Molecular Science, Numéro 00000000, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: WIREs Computational Molecular Science
DOI: 10.1002/wcms.1497

Development of the Quantum Inspired SIBFA Many-Body Polarizable Force Field: Enabling Condensed Phase Molecular Dynamics Simulations

Auteurs: Sehr Naseem-Khan; Louis Lagardère; Christophe Narth; G. Andrés Cisneros; Pengyu Ren; Nohad Gresh; Jean-Philip Piquemal
Publié dans: 18, 6, 3607–3621 Article associé dans chemistry news, 2022
Éditeur: Chemistry News
DOI: 10.48550/arxiv.2201.00804

O(N) Stochastic Evaluation of Many-Body van der Waals Energies in Large Complex Systems

Auteurs: Pier Paolo Poir; Louis Lagardère; Jean-Philip Piquemal
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society,, 2022, Page(s) 8 (3), pp.1633-1645
Éditeur: ACS Publishing
DOI: 10.1021/acs.jctc.1c01291

Efficient Extraction of Resonant States in Systems with Defects

Auteurs: Ivan Duchemin; Luigi Genovese; Eloïse Letournel; Antoine Levitt; Simon Ruget
Publié dans: Journal of Computational Physics, Volume 477, 15 March 2023, 111928, Numéro 13, 2023, ISSN 0021-9991
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcp.2023.111928

High-resolution mining of the SARS-CoV-2 main protease conformational space: supercomputer-driven unsupervised adaptive sampling

Auteurs: Théo Jaffrelot Inizan, Frédéric Célerse, Olivier Adjoua, Dina El Ahdab, Luc-Henri Jolly, Chengwen Liu, Pengyu Ren, Matthieu Montes, Nathalie Lagarde, Louis Lagardère, Pierre Monmarché, Jean-Philip Piquemal
Publié dans: Chemical Science, Numéro 12/13, 2021, Page(s) 4889-4907, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1sc00145k

The Adaptive Biasing Force algorithm with non-conservative forces and related topics

Auteurs: Tony Lelièvre, Lise Maurin, Pierre Monmarché
Publié dans: ESAIM: M2AN, 2022, Page(s) Vol. 56, No. 2, pp. 529 - 564
Éditeur: ESAIM: M2AN
DOI: 10.1051/m2an/2022010

Van der Waals interactions between two hydrogen atoms: The next orders

Auteurs: Cancès, Éric; Coyaud, Rafaël; Scott, L. Ridgway
Publié dans: Comm. Math. Sci. Vol. 21, No. 4, Numéro 11, 2023, Page(s) 915–948, ISSN 1945-0796
Éditeur: International Press of Boston
DOI: 10.1137/15m1021878

Routine Molecular Dynamics Simulations Including Nuclear Quantum Effects: from Force Fields to Machine Learning Potentials

Auteurs: Plé, Thomas; Mauger, Nastasia; Adjoua, Olivier; Jaffrelot-Inizan, Théo; Lagardère, Louis; Huppert, Simon; Piquemal, Jean-Philip
Publié dans: J. Chem. Theory. Comput., Numéro 11, 2023, Page(s) 1432–1445, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.2c01233

Overlap-ADAPT-VQE: Practical Quantum Chemistry on Quantum Computers via Overlap-Guided Compact Ansätze

Auteurs: C Feniou, M Hassan, D Traoré, E Giner, Y Maday, JP Piquemal
Publié dans: Commun.Phys. 6 (2023) 1, 192, Numéro 6, 2023, Page(s) 192, ISSN 2399-3650
Éditeur: Nature Research publishing
DOI: 10.1038/s42005-023-01312-y

Targeting the Major Groove of the Palindromic d(GGCGCC)2 Sequence by Oligopeptide Derivatives of Anthraquinone Intercalators

Auteurs: Krystel El Hage; Giovanni Ribaudo; Louis Lagardère; Alberto Ongaro; Philippe H. Kahn; Luc Demange; Jean-Philip Piquemal; Giuseppe Zagotto; Nohad Gresh
Publié dans: "Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2022, ⟨10.1021/acs.jcim.2c00337⟩", 2022
Éditeur: JCIM
DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00337

On the Quantum Chemical Nature of Lead(II) “Lone Pair”

Auteurs: Christophe Gourlaouen; Jean-Philip Piquemal
Publié dans: "Molecules, MDPI, 2022, 27 (1), pp.27. ⟨10.3390/molecules27010027⟩", 2022
Éditeur: Molecules, 2022, 27(1), 27
DOI: 10.3390/molecules27010027

Convergence of the likelihood ratio method for linear response of non-equilibrium stationary states

Auteurs: Ting Wang, Gabriel Stoltz, Petr Plechac
Publié dans: ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis (ESAIM: M2AN), Numéro Volume 55, 2021, 2021, Page(s) S593 - S623, ISSN 0000-0000
Éditeur: edp sciences
DOI: 10.1051/m2an/2020050

An overview of a posteriori error estimation and post-processingmethods for nonlinear eigenvalue problems G Dusson

Auteurs: G Dusson, Y Maday
Publié dans: Journal of Computational Physics, Numéro Volume 491, 2023, Page(s) 112352, ISSN 0021-9991
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcp.2023.112352

Open source variational quantum eigensolver extension of the quantum learning machine for quantum chemistry

Auteurs: M Haidar, MJ Rančić, T Ayral, Y Maday, JP Piquemal
Publié dans: Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, Numéro e1664, 2023, ISSN 1759-0876
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/wcms.1664

Photoionization and core resonances from range-separated density-functional theory: General formalism and example of the beryllium atom

Auteurs: Karno Schwinn; Felipe Zapata; Antoine Levitt; Éric Cancès; Eleonora Luppi; Julien Toulouse
Publié dans: J. Chem. Phys. 156, 224106, Numéro 10897690, 2022, ISSN 1089-7690
Éditeur: AIP
DOI: 10.1063/5.0091073

Convergence analysis of adaptive DIIS algorithms with application to electronic ground state calculations

Auteurs: M. Chupin, M. S. Dupuy, G. Legendre, E. Séré
Publié dans: ESAIM: M2AN, Numéro 28047214, 2021, Page(s) 2785-2825, ISSN 2804-7214
Éditeur: EDP Sciences
DOI: 10.1051/m2an/2021069

An Efficient Gaussian-Accelerated Molecular Dynamics (GaMD) Multilevel Enhanced Sampling Strategy: Application to Polarizable Force Fields Simulations of Large Biological Systems

Auteurs: Frédéric Célerse; Théo Jaffrelot Inizan; Louis Lagardère; Olivier Adjoua; Pierre Monmarché; Yinglong Miao; Etienne Derat; Jean-Philip Piquemal
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society,, 2022, Page(s) 18 (2), pp.968-977
Éditeur: ACS Publishing
DOI: 10.1021/acs.jctc.1c01024

Martingale product estimators for sensitivity analysis in computational statistical physics Get access Arrow

Auteurs: P. Plechac, G. Stoltz, T. Wang
Publié dans: IMA Journal of Numerical Analysis, Numéro drac073, 2022, ISSN 1464-3642
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/imanum/drac073

A New Way for Probing Bond Strength

Auteurs: J. Klein, H. Khartabil, J.C. Boisson, J. Contreras-Garcia, J.-P. Piquemal, E. Henon.
Publié dans: Journal of Physical Chemistry A, American Chemical Society, Numéro 124 (9), pp.1850-1860, 2020, ISSN 0000-0000
Éditeur: Journal of Physical Chemistry A, American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpca.9b09845

A Coq Formalization of Lebesgue Integration of Nonnegative Functions

Auteurs: Sylvie Boldo; François Clément; François Clément; Florian Faissole; Vincent Martin; Micaela Mayero
Publié dans: "Journal of Automated Reasoning, Springer Verlag, In press, ⟨10.1007/s10817-021-09612-0⟩", 2022, Page(s) 66, 175–213
Éditeur: Journal of Automated Reasoning
DOI: 10.48550/arxiv.2104.05256

Parallel Memory-Independent Communication Bounds for SYRK

Auteurs: H. Al Daas, G. Ballard, L. Grigori, S. Kumar, K. Rouse
Publié dans: SPAA '23: Proceedings of the 35th ACM Symposium on Parallelism in Algorithms and Architectures, 2023, Page(s) Pages 391–401
Éditeur: ACM Digital Library
DOI: 10.1145/3558481.3591072

Quasi-stationary distribution for the Langevin process in cylindrical domains, part I: existence, uniqueness and long-time convergence

Auteurs: Tony Lelièvre, Mouad Ramil, Julien Reygner
Publié dans: Stochastic Processes and their Applications., 2022, Page(s) Volume 144, Pages 173-201
Éditeur: ScienceDirect
DOI: 10.1016/j.spa.2021.11.005

Block subsampled randomized Hadamard transform for low-rank approximation on distributed architectures

Auteurs: Oleg Balabanov, Matthias Beaupere, Laura Grigori, Victor Lederer
Publié dans: ICML'23: Proceedings of the 40th International Conference on Machine Learning, Numéro Article No.: 66, 2023, Page(s) Pages 1564–1576
Éditeur: ICML'23: Proceedings of the 40th International Conference on Machine Learning
DOI: 10.48550/arxiv.2210.11295

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