Extreme-scale Mathematically-based Computational Chemistry

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Veröffentlichungen

Density Functional Theory: Modeling, Mathematical Analysis, Computational Methods, and Applications

Autoren: E Cancès, G Friesecke
Veröffentlicht in: Density Functional Theory, 2023, ISBN 978-3-031-22339-6
Herausgeber: Springer Cham

Sparse Quantum State Preparation for Strongly Correlated Systems

Autoren: C. Feniou, O. Adjoua, B. Claudon, J. Zylberman, E. Giner, J.-P. Piquemal, J.
Veröffentlicht in: Phys. Chem. Lett., 2024, 15, 11, 3197–3205 (COVER), 2024, Seite(n) 3197–3205, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.3c03159

A parareal algorithm for ahighly oscillating Vlasov-Poisson system with reduced models for the coarse solving

Autoren: Laura Grigori, Sever Hirstoaga, Julien Salomon
Veröffentlicht in: Computers and Mathematics with Applications, Ausgabe Volume 130, 2023, Seite(n) Pages 137-148, ISSN 1873-7668
Herausgeber: Science Direct
DOI: 10.1016/j.camwa.2022.12.004

Tinker-HP: Accelerating Molecular Dynamics Simulations of Large Complex Systems with Advanced Point Dipole Polarizable Force Fields Using GPUs and Multi-GPU Systems

Autoren: Olivier Adjoua, Louis Lagardère, Luc-Henri Jolly, Arnaud Durocher, Thibaut Very, Isabelle Dupays, Zhi Wang, Théo Jaffrelot Inizan, Frédéric Célerse, Pengyu Ren, Jay W. Ponder, Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 17/4, 2021, Seite(n) 2034-2053, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01164

Computing surface reaction rates by Adaptive Multilevel Splitting combined with Machine Learning and Ab Initio Molecular Dynamics

Autoren: A. Anciaux-Sekadrian, M. Corral-Valero,T. Lelièvre, M. Moreaud, T. Pigeon, P. Raybaud, G. Stoltz
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 19(12), 2023, Seite(n) 3538–3550, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00280

On basis set optimisation in quantum chemistry

Autoren: E Cancès, G Dusson, G Kemlin, L Vidal
Veröffentlicht in: ESAIM: Proceedings and Surveys 73, Ausgabe irregular, 2023, Seite(n) 07-129, ISSN 2267-3059
Herausgeber: EDP Sciences
DOI: 10.1051/proc/202373107

Multiple projection MCMC algorithms on submanifolds

Autoren: Lelièvre, Tony; Stoltz, Gabriel; Zhang, Wei
Veröffentlicht in: IMA Journal of Numerical Analysis, drac006, 2022
Herausgeber: IMA Journal of Numerical Analysis, drac006
DOI: 10.48550/arxiv.2003.09402

Incorporating Neural Networks into the AMOEBA Polarizable Force Field

Autoren: X. Wang, T. Jaffrelot Inizan, C. Liu, J.-P. Piquemal, P. Ren
Veröffentlicht in: J. Phys. Chem. B 2024, 128, 10,, 2024, Seite(n) 2381–2388, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.3c08166

A robust and efficient line search for self-consistent field iterations

Autoren: Michael F. Herbst; Antoine Levitt
Veröffentlicht in: Journal of Computational Physics, Ausgabe 00219991, 2022, Seite(n) Volume 459, ISSN 0021-9991
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.48550/arxiv.2109.14018

Post-processing of the planewave approximation of Schrödinger equations. Part I: linear operators.

Autoren: E. Cancès, G. Dusson, Y. Maday, B. Stamm, M. Vohralík.
Veröffentlicht in: IMA Journal of Numerical Analysis, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: IMA Journal of Numerical Analysis
DOI: 10.1093/imanum/draa044

Nuclear Quantum Effects in Liquid Water at Near Classical Computational Cost Using the Adaptive Quantum Thermal Bath.

Autoren: Nastasia Mauger; Thomas Plé; Louis Lagardère; Sara Bonella; Etienne Mangaud; Jean-Philip Piquemal; Jean-Philip Piquemal; Jean-Philip Piquemal; Simon Huppert
Veröffentlicht in: "Journal of Physical Chemistry Letters, American Chemical Society, 2021, ⟨10.1021/acs.jpclett.1c01722⟩", 2021
Herausgeber: ACS Publications
DOI: 10.48550/arxiv.2102.00289

Recent advances in accelerated molecular dynamics methods: Theory and applications

Autoren: D Perez, T Lelièvre
Veröffentlicht in: Comprehensive Computational Chemistry 3, 360-383 1 2024, 2024, Seite(n) 360-383, ISSN 1439-4235
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1016/b978-0-12-821978-2.00116-1

Generalized Many-Body Dispersion Correction through Random-phase Approximation for Chemically Accurate Density Functional Theory

Autoren: P. P. Poier, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Veröffentlicht in: Phys. Chem. Lett, Ausgabe 14, 6, 2023, Seite(n) 1609–1617, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.2c03722

A probabilistic study of the kinetic Fokker–Planck equation in cylindrical domains

Autoren: Tony Lelièvre; Mouad Ramil; Julien Reygner
Veröffentlicht in: Journal of Evolution Equations, 2022, Seite(n) volume 22, Article number: 38
Herausgeber: Journal of Evolution Equations
DOI: 10.1007/s00028-022-00796-5

Autoencoders for dimensionality reduction in molecular dynamics: collective variable dimension, biasing and transition states

Autoren: Z. Belkacemi, M. Bianciotto, P. Gkeka, T. Lelièvre, H. Minoux, G. Stoltz,
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 159, 2023, Seite(n) 024122, ISSN 1089-7690
Herausgeber: AIP Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2306.02935

Extending the regime of linear response with synthetic forcings

Autoren: R. Spacek, G. Stoltz
Veröffentlicht in: Multiscale Modeling and Simulation 21 (4), 1602-1643 1 2023, Ausgabe Quarterly, 2023, Seite(n) 602-1643, ISSN 1540-3459
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/23m1557611

Computationally driven discovery of SARS-CoV-2 Mpro inhibitors: from design to experimental validation

Autoren: L. El Khoury, Z. Jing, A. Cuzzolin, A. Deplano, D. Loco, B. Sattarov, F. Hédin, S. Wendeborn, C. Ho, D. El Ahdab, T. Jaffrelot Inizan, M. Sturlese, A. Sosic, M. Volpiana, A. Lugato, M. Barone, B. Gatto, M. Ludovica Macchia, M. Bellanda, R. Battistutta, C. Salata, I. Kondratov, R. Iminov, A. Khairulin, Y. Mykhalonok, A. Pochepko, V. Chashka-Ratushnyi , I. Kos, S. Moro, M. Montes, P. Ren, J. W. Pon
Veröffentlicht in: Chem. Sc., Ausgabe 13, 2022, Seite(n) 3674-3687, ISSN 2041-6539
Herausgeber: The Royal Society of Chemistry’s
DOI: 10.1039/d1sc05892d

Numerical stability and efficiency of response property calculations in density functional theory

Autoren: E. Cancès, M. Herbst, G. Kemlin, A. Levitt, B. Stamm
Veröffentlicht in: Letters in Mathematical Physics, Ausgabe 113, article number 21, 2023, Seite(n) 1–32., ISSN 1573-0530
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/s11005-023-01645-3

Optimal friction matrix for underdamped Langevin sampling

Autoren: M Chak, N Kantas, T Lelièvre, GA Pavliotis
Veröffentlicht in: ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis 57 (6), 3335-3371 3 2023, 2023, Seite(n) 3335-3371, ISSN 2267-3059
Herausgeber: EDP Sciences
DOI: 10.1051/m2an/2023083

DFTK: A Julian approach for simulating electrons in solids. JuliaCon Proceedings

Autoren: Michael F. Herbst, Antoine Levitt, Eric Cancès
Veröffentlicht in: JuliaCon Proceedings, Ausgabe 3, 69, 2021, ISSN 2642-4029
Herausgeber: Cambridge MA: JuliaCon
DOI: 10.21105/jcon.00069

The adaptive biasing force algorithm with non-conservative forces and related topics

Autoren: Tony Lelièvre, Lise Maurin, Pierre Monmarché
Veröffentlicht in: ESAIM: M2AN 56 (, 2022, Seite(n) 529–564
Herausgeber: ESAIM: M2AN
DOI: 10.48550/arxiv.2102.09957

Raising the Performance of the Tinker-HP Molecular Modeling Package [Article v1.0]

Autoren: L.-H. Jolly, A. Duran, L. Lagardère, J. W. Ponder, P. Ren, J.-P. Piquemal.
Veröffentlicht in: Living Journal of Computational Molecular Science, University of Colorado Boulder, 2019, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Living Journal of Computational Molecular Science, University of Colorado Boulder
DOI: 10.33011/livecoms.1.2.10409

Generative methods for sampling transition paths in molecular dynamics

Autoren: T. Lelièvre, G. Robin, I. Sekkat, G. Stoltz, G. Victorino Cardoso
Veröffentlicht in: ESAIM: PROCEEDINGS AND SURVEYS, Ausgabe Vol. 73, p. 238-256, 2023, Seite(n) p. 238-256, ISSN 2267-3059
Herausgeber: EDP Sciences
DOI: 10.48550/arxiv.2205.02818

Weighted L2-contractivity of Langevin dynamics with singular potentials

Autoren: E. Camrud, D. P. Herzog, G. Stoltz, M. Gordina,
Veröffentlicht in: Nonlinearity, 2022, Seite(n) 35, 998
Herausgeber: IOP Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2104.10574

Convergence analysis of direct minimization and self-consistent iterations

Autoren: Eric Cancès, Gaspard Kemlin, Antoine Levitt
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications, Ausgabe Volume 42, Ausgabe 1, 2020, Seite(n) 243–274. (32 pages), ISSN 0895-4798
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/20m1332864

Smooth Particle Mesh Ewald-integrated stochastic Lanczos Many-body Dispersion algorithm

Autoren: P. P. Poier, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Veröffentlicht in: J. Chem. Phys., Ausgabe 159, 154109, 2023, ISSN 1089-7690
Herausgeber: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0166476

Gator: A Python-driven program for spectroscopy simulations using correlated wave functions

Autoren: Dirk R. Rehn; Zilvinas Rinkevicius; Zilvinas Rinkevicius; Michael F. Herbst; Xin Li; Maximilian Scheurer; Manuel Brand; Adrian L. Dempwolff; Iulia Emilia Brumboiu; Thomas Fransson; Thomas Fransson; Andreas Dreuw; Patrick Norman
Veröffentlicht in: WIREs Computational Molecular Science, 2021, Seite(n) Volume11, Ausgabe6
Herausgeber: WIREs Computational Molecular Science
DOI: 10.1002/wcms.1528

Overdamped limit at stationarity for non-equilibrium Langevin diffusions

Autoren: Pierre Monmarché, Mouad Ramil
Veröffentlicht in: Electron. Commun, 2022
Herausgeber: Project Euclid
DOI: 10.1214/22-ecp447

Building Kohn-Sham potentials for ground and excited states

Autoren: Louis Garrigue
Veröffentlicht in: Archive for Rational Mechanics and Analysis volume 245, pages949–1003 (2022), 2022, Seite(n) volume 245, pages949–1003 (2022)
Herausgeber: Springer
DOI: 10.48550/arxiv.2101.01127

ANKH: A Generalized O(N) Interpolated Ewald Strategy for Molecular Dynamics Simulations

Autoren: I. Chollet, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Veröffentlicht in: J. Chem. Theory. Comput., Ausgabe 19, 10, 2023, Seite(n) 2887–2905, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00015

Coherent Electronic Transport in Periodic Crystals

Autoren: Eric Cancès; Clotilde Fermanian Kammerer; Antoine Levitt; Sami Siraj-Dine
Veröffentlicht in: Annales Henri Poincaré volume 22, 2021, Seite(n) pages 2643–2690
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1007/s00023-021-01026-3

Nonlinear compressive reduced basis approximation for PDE's A

Autoren: A Cohen, C Farhat, A Somacal, Y Maday
Veröffentlicht in: Comptes Rendus Mécanique, 2023, Seite(n) pp. 1-18, ISSN 1873-7234
Herausgeber: Académie des sciences_ Institut de France

Molecular Dynamics using Non-variational Polarizable Force Fields: Theory, Periodic Boundary Conditions Implementation and Application to the Bond Capacity Model.

Autoren: Poier Pier Paolo, L. Lagardère, J.-P. Piquemal, F. Jensen.
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society, 2019, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00721

Accurate biomolecular simulations account for electronic polarization.

Autoren: J. Melcr, J.-P. Piquemal
Veröffentlicht in: Frontiers in Molecular Biosciences, Frontiers Media, 2019, 6, pp.143., 2019, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Frontiers in Molecular Biosciences
DOI: 10.3389/fmolb.2019.00143

NCIPLOT4: fast, robust and quantitative analysis of noncovalent interactions.

Autoren: R. Boto, F. Peccati, R. Laplaza, C. Quan, A. Carbone, J.-P. Piquemal, Y. Maday, J. Contreras-Garcia
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society, Ausgabe 00000000, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c00063

Practical error bounds for properties in plane-wave electronic structure calculations

Autoren: Eric Cancès, Geneviève Dusson, Gaspard Kemlin , Antoine Levitt
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Scientific Computing, Ausgabe Vol. 44, Iss. 5, 2022, ISSN 1064-8275
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/21m1456224

Autoencoders for dimensionality reduction in molecular dynamics: Collective variable dimension, biasing, and transition states

Autoren: Z Belkacemi, M Bianciotto, H Minoux, T Lelièvre, G Stoltz, P Gkeka
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics 159 (2) 4, 2023, ISSN 1089-7690
Herausgeber: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0151053

Hypocoercivity with Schur complements

Autoren: Bernard, Etienne; Fathi, Max; Levitt, Antoine; Stoltz, Gabriel
Veröffentlicht in: Annales Henri Lebesgue, 2022, Seite(n) Annales Henri Lebesgue, Volume 5 (2022), pp. 523-557
Herausgeber: Annales Henri Lebesgue
DOI: 10.48550/arxiv.2003.00726

Numerical algorithms for high-performance computational science

Autoren: Dongarra, Laura Grigori, Nicholas J. Higham
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society A: Mathematical, Physical and Engineering Sciences, Ausgabe Volume 378 Ausgabe 2166 pp.20190066. ⟨10.1098/rsta.2019.0), 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: The Royal Society Publishing
DOI: 10.1098/rsta.2019.0066

Guaranteed a posteriori bounds for eigenvalues and eigenvectors: multiplicities and clusters

Autoren: E. Cancès, G. Dusson, Y. Maday, B. Stamm, M. Vohralík
Veröffentlicht in: Mathematics of Computation, 2020, ISSN 0025-5718
Herausgeber: American Mathematical Society
DOI: 10.1090/mcom/3549

Cooperativity and Frustration Effects (or Lack Thereof) in Polarizable and Non-Polarizable Force Fields.

Autoren: J. Nochebuena, J.-P. Piquemal, S. Liu, G. A. Cisneros
Veröffentlicht in: J. Chem. Theory. Comput., 2023, 19, 21, 2023, Seite(n) 7715–7730, ISSN 1549-9626
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.3c00762

Analysis of the Single Reference Coupled Cluster Method for Electronic Structure Calculations: The Full Coupled Cluster Equations

Autoren: M Hassan, Y Maday, Y Wang
Veröffentlicht in: ESAIM: M2AN, Ausgabe 57, 2023, Seite(n) 545–583, ISSN 2804-7214
Herausgeber: Springer link
DOI: 10.1051/m2an/2022099

Simple derivation of moiré-scale continuous models for twisted bilayer graphene

Autoren: Éric Cancès; Louis Garrigue; David Gontier
Veröffentlicht in: PHYSICAL REVIEW B, Ausgabe 11, Phys. Rev. B 107, Ausgabe 15,, 2023, Seite(n) 155403, ISSN 2469-9969
Herausgeber: American Physical Society (APS)
DOI: 10.1103/physrevb.107.155403

CP-TT: using TT-SVD to greedily construct a Canonical Polyadic tensor approximation

Autoren: Ehrlacher, Virginie; Fuente-Ruiz, Maria; Lombardi, Damiano
Veröffentlicht in: Molecules, 2022
Herausgeber: Molecules
DOI: 10.48550/arxiv.2011.09725

SoTT: greedy approximation of a tensor as a sum of Tensor Trains

Autoren: Virginie Ehrlacher; Maria Fuente Ruiz; Damiano Lombardi
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Scientific Computing, Society for Industrial and Applied Mathematics, In press, 2021, Seite(n) Vol. 44, Iss. 210.1137/20M1381472
Herausgeber: SIAM
DOI: 10.1137/20m1381472

On basis set optimization in quantum chemistry

Autoren: E. Cancès, G. Dusson, G. Kemlin, L. Vidal
Veröffentlicht in: ESAIM: Proceedings and Surveys, Ausgabe Vol. 73, 2023, Seite(n) 107-129, ISSN 2267-3059
Herausgeber: EDP Sciences
DOI: 10.48550/arxiv.2207.12190

Development of the Quantum Inspired SIBFA Many-Body Polarizable Force Field: I. Enabling Condensed Phase Molecular Dynamics Simulations

Autoren: S. Naseem Kahn, L. Lagardère, C. Narth, G. A. Cisneros, P. Ren, N. Gresh, J.-P. Piquemal,
Veröffentlicht in: J. Chem. Theory Comput, Ausgabe 18, 6, 2022, Seite(n) 3607–3621, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.2c00029

Convergence of the kinetic annealing for general potentials

Autoren: L. Journel, P. Monmarché
Veröffentlicht in: Electron. J. Probab, Ausgabe vol. 27article no. 159, 2022, Seite(n) pp. 1–37, ISSN 1083-6489
Herausgeber: Institute of Mathematical Statistics
DOI: 10.1214/22-ejp891

Extension of the trotterized unitary coupled cluster to triple excitations

Autoren: M Haidar, MJ Rancic, Y Maday, JP Piquemal
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry, Ausgabe A 127 (15), 2023, Seite(n) 3543-3550, ISSN 1089-7690
Herausgeber: AIP Publishing
DOI: 10.1021/acs.jpca.3c01753

A posteriori error estimation for the non-self consistent Kohn-Sham equations.

Autoren: M. F. Herbst, A. Levitt, E. Cancès.
Veröffentlicht in: Faraday Discussions, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Faraday Discussions
DOI: 10.1039/d0fd00048e

Atomistic Polarizable Embeddings: Energy, Dynamics, Spectroscopy, and Reactivity.

Autoren: Daniele Loco; Louis Lagardère; Olivier Adjoua; Jean-Philip Piquemal; Jean-Philip Piquemal; Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: "Accounts of Chemical Research, American Chemical Society, 2021, ⟨10.1021/acs.accounts.0c00662⟩", 2021
Herausgeber: ACS
DOI: 10.1021/acs.accounts.0c00662

Numerical quadrature in the Brillouin zone for periodic Schrödinger operators

Autoren: Eric Cancès, Virginie Ehrlacher, David Gontier, Antoine Levitt, Damiano Lombardi
Veröffentlicht in: Springer Link, Ausgabe Numerische Mathematik volume 144, pages479–526(2020), 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Springer Link
DOI: 10.1007/s00211-019-01096-w

Solvation Effects Drive the Selectivity in Diels-Alder Reaction Under Hyperbaric Conditions.

Autoren: Tony Lelièvre, Gabriel Stoltz, Wei Zhang.
Veröffentlicht in: Chemical Communications. Ausgabe 49, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Chemical Communications
DOI: 10.1039/d0cc01938k

Quantifying the mini-batching error in Bayesian inference for Adaptive Langevin dynamics

Autoren: Inass Sekkat, Gabriel Stoltz
Veröffentlicht in: Journal of Machine Learning Research 24, Ausgabe 8 times annually, 2023, Seite(n) 1-58, ISSN 2642-4029
Herausgeber: Microtome Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2105.10347

Implementation of Geometry Dependent Charge Flux into Polarizable AMOEBA+ Potential

Autoren: C. Liu, J.-P. Piquemal, P. Ren.
Veröffentlicht in: Journal of Physical Chemistry Letters, American Chemical Society, 2019, ISSN 0000-0000
Herausgeber: ACS Publications
DOI: 10.1021/acs.jpclett.9b03489

Black-box inhomogeneous preconditioning for self-consistent field iterations in density functional theory

Autoren: Michael F. Herbst; Antoine Levitt
Veröffentlicht in: Journal of Physics: Condensed Matter, Ausgabe 1361648X, 2020, ISSN 1361-648X
Herausgeber: IOP SCIENCE
DOI: 10.1088/1361-648x/abcbdb

Scaling limits for the generalized Langevin equation

Autoren: G. Pavliotis, G. Stoltz, U. Vaes
Veröffentlicht in: Springer Link, Ausgabe 00000000, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Springer Link
DOI: 10.1007/s00332-020-09671-4

Accurate Deep Learning-aided Density-free Strategy for Many-Body Dispersion-corrected Density Functional Theory

Autoren: Pier Paolo Poier; Théo Jaffrelot Inizan; Olivier Adjoua; Louis Lagardère; Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: Journal of Physical Chemistry Letters, American Chemical Society,, 2022, Seite(n) pp.4381-4388
Herausgeber: ACS Publishing
DOI: 10.48550/arxiv.2203.15739

Improvement of the Gaussian Electrostatic Model by Separate Fitting of Coulomb and Exchange-Repulsion Densities and Implementation of a new Dispersion term

Autoren: S. Naseem-Khan,J.-P. Piquemal, G. A. Cisneros
Veröffentlicht in: J. Chem. Phys., Ausgabe 155, 194103, 2021, ISSN 1089-7690
Herausgeber: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0072380

Implicit Solvents for the Polarizable Atomic Multipole AMOEBA Force Field

Autoren: Rae A. Corrigan, Guowei Qi, Andrew C. Thiel, Jack R. Lynn, Brandon D. Walker, Thomas L. Casavant, Louis Lagardere, Jean-Philip Piquemal, Jay W. Ponder, Pengyu Ren, Michael J. Schnieders
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 17/4, 2021, Seite(n) 2323-2341, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01286

Adaptive Hierarchical Subtensor Partitioning for Tensor Compression

Autoren: Virginie Ehrlacher, Laura Grigori, Damiano Lombardi, Hao Song
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Scientific Computing, Ausgabe 43/1, 2021, Seite(n) A139-A163, ISSN 1064-8275
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/19m128689x

Analyzing multimodal probability measures with autoencoders

Autoren: T Lelièvre, T Pigeon, G Stoltz, W Zhang
Veröffentlicht in: J. Phys. Chem. B 2024, 128, 11, 2024, Seite(n) 2607–2631, ISSN 1439-4235
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1021/acs.jpcb.3c07075

Ab initio canonical sampling based on variational inference

Autoren: A. Castellano, F. Bottin, J. Bouchet, A. Levitt, G. Stoltz
Veröffentlicht in: Physical Review B, Ausgabe 106, 2022, Seite(n) L161110, ISSN 2469-9969
Herausgeber: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevb.106.l161110

Assessment of SAPT and Supermolecular EDA Approaches for the Development of Separable and Polarizable Force Fields

Autoren: Sehr Naseem-Khan, Nohad Gresh, Alston J. Misquitta, Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, 2020, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.0c01337

Mathematical foundations for the Parallel Replica algorithm applied to the underdamped Langevin dynamics

Autoren: T. Lelièvre, M. Ramil and J. Reygner
Veröffentlicht in: MRS Communications, 2022, Seite(n) Vol. 12, pp. 454–459
Herausgeber: Springer
DOI: 10.1557/s43579-022-00207-3

Second-Order Homogenization of Periodic Schrödinger Operators with Highly Oscillating Potentials

Autoren: E. Cancès, L. Garrigue, D. Gontier
Veröffentlicht in: SIAM Journal on Mathematicla Analysis, Ausgabe Vol. 55, Iss. 3, 2023, ISSN 1095-7154
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics Publications
DOI: 10.1137/22m1478446

Tensor approximation of the self-diffusion matrix of tagged particle processes

Autoren: Jad Dabaghi, Virginie Ehrlacher, Christoph Strössner
Veröffentlicht in: Journal of Computational Physics, Ausgabe Volume 480, 2023, Seite(n) 112017, ISSN 0021-9991
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcp.2023.112017

Van der Waals interactions between two hydrogen atoms: The next orders

Autoren: E. Cancès, R. Coyaud, L.R. Scott
Veröffentlicht in: Communications Mathematical Sciences, Ausgabe 21, 2023, Seite(n) 915–948, ISSN 1945-0796
Herausgeber: International Press
DOI: 10.48550/arxiv.2007.04227

Adaptive force biasing algorithms: new convergence results and tensor approximations of the bias

Autoren: Virginie Ehrlacher, Tony Lelièvre, Pierre Monmarché
Veröffentlicht in: The Annals of Applied Probability, Ausgabe 32(5), 2022, Seite(n) 3850-3888, ISSN 2168-8737
Herausgeber: Institute of Mathematical Statistics
DOI: 10.48550/arxiv.2007.09941

Photoionization and core resonances from range-separated time-dependent density-functional theory for open-shell states: Example of the lithium atom

Autoren: J. Toulouse, K. Schwinn, F. Zapata, A. Levitt, E. Cancès and E. Luppi
Veröffentlicht in: J. Chem. Phys., Ausgabe Volume 157, Ausgabe 24 (244104), 2022, ISSN 1089-7690
Herausgeber: AIP Publising
DOI: 10.1063/5.0134645

Variational projector-augmented wave method: a full-potential approach for electronic structure calculations in solid-state physics

Autoren: M. S. Dupuy
Veröffentlicht in: Journal of Computational Physics, Ausgabe 00000000, 2021, ISSN 0000-0000
Herausgeber: ScienceDirect
DOI: 10.1016/j.jcp.2021.110510

A parareal Monte Carlo algorithm for parabolic problems hybrid

Autoren: J Dabaghi, Y Maday, A Zoia
Veröffentlicht in: Journal of Computational and Applied Mathematics 420, 114800, Ausgabe 420, 2023, Seite(n) 114800, ISSN 0377-0427
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cam.2022.114800

Efficient and Accurate Description of Diels-Alder Reactions using Density Functional Theory

Autoren: D. Loco, I. Chataignier, J.-P. Piquemal, R. Spezia
Veröffentlicht in: Chem. Phys. Chem., Ausgabe Volume23, Ausgabe18, e202200349, 2022, ISSN 1439-7641
Herausgeber: Chemistry Europe
DOI: 10.1002/cphc.202200349

High-resolution mining of the SARS-CoV-2 main protease conformational space: supercomputer-driven unsupervised adaptive sampling

Autoren: Théo Jaffrelot Inizan; Frédéric Célerse; Olivier Adjoua; Dina El Ahdab; Luc-Henri Jolly; Chengwen Liu; Pengyu Ren; Matthieu Montes; Nathalie Lagarde; Louis Lagardère; Pierre Monmarché; Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: J. Chem. Science Chem. Sci., 2021,12,, Ausgabe 20416539, 2021, Seite(n) 4889-4907, ISSN 2041-6539
Herausgeber: Publishing
DOI: 10.26434/chemrxiv.13003166.v2

DFT Exchange: Sharing Perspectives on the Workhorse of Quantum Chemistry and Materials Science

Autoren: Andrew M. Teale, Trygve Helgaker, Andreas Savin, Carlo Adamo, Ba´lint Aradi, Alexei V. Arbuznikov, Paul W. Ayers, Evert Jan Baerends, Vincenzo Barone, Patrizia Calaminici, Eric Cance`s, Emily A. Carter, Pratim Kumar Chattaraj, Henry Chermette, Ilaria Ciofini, T. Daniel Crawford, Frank De Proft, John F. Dobson, Claudia Draxl, Thomas Frauenheim, Emmanuel Fromager, Patricio Fuentealba, Laura Gagl
Veröffentlicht in: Physical Chemistry Chemical Physics, Ausgabe Ausgabe 47 Phys. Chem. Chem. Phys., 2022, 24 (47), 2022, Seite(n) 28700-28781, ISSN 1463-9076
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d2cp02827a

Frequency and field-dependent response of confined electrolytes from Brownian dynamics simulations

Autoren: T. Hoang Ngoc Minh, G. Stoltz, B. Rotenberg
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe Vol. 158, Ausgabe 10, 2023, Seite(n) 4103, ISSN 1089-7690
Herausgeber: AIP Publishing
DOI: 10.1063/5.0139258

The NCIWEB Server: A Novel Implementation of the Noncovalent Interactions Index for Biomolecular Systems

Autoren: Trinidad Novoa; Rubén Laplaza; Francesca Peccati; Franck Fuster; Julia Contreras-García
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Information and Modeling, Ausgabe 4, 2023, ISSN 1549-9596
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jcim.3c00271

Velocity jump processes: an alternative to multi-time-step methods for faster and accurate molecular dynamics simulations.

Autoren: P. Monmarché, J. Weisman, L. Lagardère, J.-P. Piquemal.
Veröffentlicht in: AIP The Journal of Chemical Physics, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: AIP The Journal of Chemical Physics
DOI: 10.1063/5.0005060

Directed message passing based on attention for prediction of molecular properties

Autoren: G Chen, Y Maday
Veröffentlicht in: Computational Materials Science, Ausgabe Volume 229, 2023, Seite(n) 112443, ISSN 0927-0256
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.commatsci.2023.112443

Interfacial Water Many-body Effects Drive Structural Dynamics and Allosteric interactions in SARS-CoV-2 Main Protease Dimerization Interface

Autoren: D. El Ahdab, L. Lagardère, T. Jaffrelot Inizan, F. Célerse, C. Liu, O. Adjoua, L.H. Jolly, N. Gresh, Z. Hobaika, P. Ren, R. G. Maroun,J.-P. Piquemal
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry Letters, 2021, Seite(n) 12, 26, 6218–6226, ISSN 1948-7185
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpclett.1c01460

Mobility Estimation for Langevin Dynamics Using Control Variates

Autoren: G. A. Pavliotis, G. Stoltz, U. Vaes,
Veröffentlicht in: Mutiscale Modeling & Simulation, Ausgabe Vol. 21 Ausgabe 2, 2023, Seite(n) 680-715, ISSN 1540-3467
Herausgeber: Society for Industrial and Applied Mathematics
DOI: 10.1137/22m1504378

Analysis of an Adaptive Biasing Force method based on self-interacting dynamics

Autoren: Michel Benaïm, Charles-Edouard Bréhier, Pierre Monmarché
Veröffentlicht in: Electronic Journal of Probability, Ausgabe Vol.25 • 2020, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Electronic Journal of Probability
DOI: 10.1214/20-ejp490

Quantum-Chemistry based design of halobenzene derivatives with augmented affinities for the HIV-1 viral G4/C16 base-pair.

Autoren: P. El Darazi, L. El Khoury, K. El Hage, R. Maroun, Z. Hobaika, J.-P. Piquemal, N. Gresh.
Veröffentlicht in: Theoretical and Computational Chemistry, 2019, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Theoretical and Computational Chemistry
DOI: 10.3389/fchem.2020.00440

Combining machine-learned and empirical force fields with the parareal algorithm: application to the diffusion of atomistic defects, à paraître dans Comptes Rendus Mécanique

Autoren: O. Gorynina, F. Legoll, T. Lelièvre, D. Perez
Veröffentlicht in: Comptes Rendus Mécanique, 2023, Seite(n) pp. 1-25, ISSN 1873-7234
Herausgeber: Académie des sciences_ Institut de France
DOI: 10.48550/arxiv.2212.10508

Quantifying the error of the core-valence separation approximation.

Autoren: M. F. Herbst, T. Fransson.
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe Volume 153, Ausgabe 5 > 10.1063/5.0013538, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: The Journal of Chemical Physics
DOI: 10.1063/5.0013538

Chasing Collective Variables Using Autoencoders and Biased Trajectories

Autoren: Zineb Belkacemi; Paraskevi Gkeka; Tony Lelièvre; Gabriel Stoltz
Veröffentlicht in: "Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society, 2022, 18 (1), pp.59-78. ⟨10.1021/acs.jctc.1c00415⟩", 2022
Herausgeber: ACS Publishing
DOI: 10.1021/acs.jctc.1c00415

Mini-batching error and adaptive Langevin dynamics

Autoren: I Sekkat, G Stoltz
Veröffentlicht in: Journal of Machine Learning Research 24 (329), 2023, Seite(n) 1-58, ISSN 1533-7928
Herausgeber: Microtome Publishing

Constrained overdamped Langevin dynamics for symmetric multimarginal optimal transportation

Autoren: Alfonsi, Aur��lien; Coyaud, Rafa��l; Ehrlacher, Virginie
Veröffentlicht in: MAS Mathematical Models and Methods in Applied Sciences, Ausgabe 02182025, 2022, Seite(n) Vol. 32, No. 03, pp. 403-455, ISSN 0218-2025
Herausgeber: World Scientific Publishing Co
DOI: 10.1142/s0218202522500105

Reconciling NMR Structures of the HIV-1 Nucleocapsid Protein (NCp7) using Extensive Polarizable Force Field Free-Energy Simulations.

Autoren: L. El Khoury, F. Célerse, Louis Lagardère, L.-.H Jolly, E. Derat, Z. Hobaika, R. Maroun, P. Ren, S. Bouaziz, N. Gresh, J.-P. Piquemal.
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Journal of Chemical Theory and Computation
DOI: 10.1021/acs.jctc.9b01204

Some Formal Tools for Computer Arithmetic: Flocq and Gappa

Autoren: S. Boldo, G. Melquiond
Veröffentlicht in: IEEE 28th Symposium on Computer Arithmetic (ARITH), 2021, pp. 111-114, 2021, Seite(n) pp. 111-114
Herausgeber: IEEE 28th Symposium on Computer Arithmetic (ARITH)
DOI: 10.1109/arith51176.2021.00031

Improving Condensed Phase Water Dynamics with Explicit Nuclear Quantum Effects: the Polarizable Q-AMOEBA Force Field

Autoren: N. Mauger, T. Plé, L. Lagardère, S. Huppert, J.-P. Piquemal, J.
Veröffentlicht in: J. Phys. Chem. B, 126, 43, Ausgabe 126, 43, 2022, Seite(n) 8813–8826, ISSN 1439-7641
Herausgeber: Chemistry Europe
DOI: 10.1021/acs.jpcb.2c04454

Scalable Hybrid Deep Neural Networks/Polarizable Potentials Biomolecular Simulations including long-range effects

Autoren: T. Jaffrelot Inizan, T. Plé, O. Adjoua, P. Ren, H. Gökcan, O. Isayev, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Veröffentlicht in: Chem. Sci., Ausgabe 14, 2023, Seite(n) 5438-5452, ISSN 2041-6539
Herausgeber: The Royal Society of Chemistry’s
DOI: 10.1039/d2sc04815a

Geometric ergodicity of the Bouncy Particle Sampler

Autoren: Alain Durmus, Arnaud Guillin, Pierre Monmarché
Veröffentlicht in: The Annals of Applied Probability, Ausgabe 30/5, 2020, ISSN 1050-5164
Herausgeber: Institute of Mathematical Statistics
DOI: 10.1214/19-aap1552

Factorized structure of the long-range two-electron integrals tensor and its application in quantum chemistry

Autoren: S. Badreddine, I. Chollet, L. Grigori
Veröffentlicht in: Journal of Computational Physics, Ausgabe Vol. 493, 112460, 2023, ISSN 0021-9991
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcp.2023.112460

Insights into the ππ - ππ interaction driven non-covalent functionalization of carbon nanotubes of various diameters by conjugated fluorene and carbazole copolymers

Autoren: Robert Benda, Gaël Zucchi, Eric Cancès, Bérengère Lebental
Veröffentlicht in: AIP The Journal of Chemical Physics, Ausgabe Volume 152, Ausgabe 6 > 10.1063/1.5133634, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: AIP The Journal of Chemical Physics
DOI: 10.1063/1.5133634

Bounding the Round-Off Error of the Upwind Scheme for Advection

Autoren: L. B. Salem-Knapp, S. Boldo, W. Weens
Veröffentlicht in: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing, 2022, Seite(n) vol. 10, no. 3, pp. 1253-1262
Herausgeber: IEEE Transactions on Emerging Topics in Computing
DOI: 10.1109/tetc.2022.3191472

Spectrometric and computational studies of the binding of HIV-1 integrase inhibitors to viral DNA extremities

Autoren: L. El-Khoury, K. El Hage, J.-P. Piquemal, S. Fermandjian, R. Maroun, N. Gresh, Z. Hobaika.
Veröffentlicht in: PeerJ Physical Chemistry, PeerJ, 2019, 1, pp.e6., 2019, ISSN 0000-0000
Herausgeber: PeerJ Physical Chemistry
DOI: 10.7717/peerj-pchem.6

Multi-center decomposition of molecular densities: a mathematical perspective

Autoren: Robert Benda; Eric Cancès; Virginie Ehrlacher; Benjamin Stamm
Veröffentlicht in: J Chem Phys. 156(16):164107, Ausgabe 00000000, 2022, ISSN 0000-0000
Herausgeber: AIP
DOI: 10.48550/arxiv.2109.03304

Force-Field-Enhanced Neural Network Interactions: from Local Equivariant Embedding to Atom-in-Molecule properties and long-range effects

Autoren: T. Plé, L. Lagardère, J.-P. Piquemal
Veröffentlicht in: Chem. Sci., 2023, ISSN 2041-6539
Herausgeber: The Royal Society of Chemistry’s
DOI: 10.1039/d3sc02581k

NCIPLOT and the analysis of noncovalent interactions using the reduced density gradient

Autoren: R. Laplaza, F. Peccati, R. Boto, C. Quan, A. Carbone, J.-P. Piquemal, Y. Maday, J. Contreras-Garcia
Veröffentlicht in: WIREs Computational Molecular Science, Ausgabe 00000000, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: WIREs Computational Molecular Science
DOI: 10.1002/wcms.1497

Development of the Quantum Inspired SIBFA Many-Body Polarizable Force Field: Enabling Condensed Phase Molecular Dynamics Simulations

Autoren: Sehr Naseem-Khan; Louis Lagardère; Christophe Narth; G. Andrés Cisneros; Pengyu Ren; Nohad Gresh; Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: 18, 6, 3607–3621 Article associé dans chemistry news, 2022
Herausgeber: Chemistry News
DOI: 10.48550/arxiv.2201.00804

Fixing the flux: A dual approach to computing transport coefficients

Autoren: N. Blassel and G. Stoltz
Veröffentlicht in: Journal of Statistical Physics 191 (2), 17 2024, 2024, ISSN 0022-4715
Herausgeber: Kluwer Academic/Plenum Publishers
DOI: 10.48550/arxiv.2305.08224

O(N) Stochastic Evaluation of Many-Body van der Waals Energies in Large Complex Systems

Autoren: Pier Paolo Poir; Louis Lagardère; Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society,, 2022, Seite(n) 8 (3), pp.1633-1645
Herausgeber: ACS Publishing
DOI: 10.1021/acs.jctc.1c01291

Efficient Extraction of Resonant States in Systems with Defects

Autoren: Ivan Duchemin; Luigi Genovese; Eloïse Letournel; Antoine Levitt; Simon Ruget
Veröffentlicht in: Journal of Computational Physics, Volume 477, 15 March 2023, 111928, Ausgabe 13, 2023, ISSN 0021-9991
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcp.2023.111928

High-resolution mining of the SARS-CoV-2 main protease conformational space: supercomputer-driven unsupervised adaptive sampling

Autoren: Théo Jaffrelot Inizan, Frédéric Célerse, Olivier Adjoua, Dina El Ahdab, Luc-Henri Jolly, Chengwen Liu, Pengyu Ren, Matthieu Montes, Nathalie Lagarde, Louis Lagardère, Pierre Monmarché, Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe 12/13, 2021, Seite(n) 4889-4907, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1sc00145k

The Adaptive Biasing Force algorithm with non-conservative forces and related topics

Autoren: Tony Lelièvre, Lise Maurin, Pierre Monmarché
Veröffentlicht in: ESAIM: M2AN, 2022, Seite(n) Vol. 56, No. 2, pp. 529 - 564
Herausgeber: ESAIM: M2AN
DOI: 10.1051/m2an/2022010

Van der Waals interactions between two hydrogen atoms: The next orders

Autoren: Cancès, Éric; Coyaud, Rafaël; Scott, L. Ridgway
Veröffentlicht in: Comm. Math. Sci. Vol. 21, No. 4, Ausgabe 11, 2023, Seite(n) 915–948, ISSN 1945-0796
Herausgeber: International Press of Boston
DOI: 10.1137/15m1021878

Routine Molecular Dynamics Simulations Including Nuclear Quantum Effects: from Force Fields to Machine Learning Potentials

Autoren: Plé, Thomas; Mauger, Nastasia; Adjoua, Olivier; Jaffrelot-Inizan, Théo; Lagardère, Louis; Huppert, Simon; Piquemal, Jean-Philip
Veröffentlicht in: J. Chem. Theory. Comput., Ausgabe 11, 2023, Seite(n) 1432–1445, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.2c01233

Enforcing local DNA kinks by sequence-selective trisintercalating oligopeptides of a tricationic porphyrin. A polarizable Molecular Dynamics study

Autoren: N. Gresh, K. El Hage, L. Lagardère, F. Brégier, J. Godard, J.-P. Piquemal, M. Perrée-Fauvet, V. Sol,
Veröffentlicht in: ChemPhysChem, 2023, ISSN 1439-4235
Herausgeber: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/cphc.202300776

Overlap-ADAPT-VQE: Practical Quantum Chemistry on Quantum Computers via Overlap-Guided Compact Ansätze

Autoren: C Feniou, M Hassan, D Traoré, E Giner, Y Maday, JP Piquemal
Veröffentlicht in: Commun.Phys. 6 (2023) 1, 192, Ausgabe 6, 2023, Seite(n) 192, ISSN 2399-3650
Herausgeber: Nature Research publishing
DOI: 10.1038/s42005-023-01312-y

Targeting the Major Groove of the Palindromic d(GGCGCC)2 Sequence by Oligopeptide Derivatives of Anthraquinone Intercalators

Autoren: Krystel El Hage; Giovanni Ribaudo; Louis Lagardère; Alberto Ongaro; Philippe H. Kahn; Luc Demange; Jean-Philip Piquemal; Giuseppe Zagotto; Nohad Gresh
Veröffentlicht in: "Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2022, ⟨10.1021/acs.jcim.2c00337⟩", 2022
Herausgeber: JCIM
DOI: 10.1021/acs.jcim.2c00337

On the Quantum Chemical Nature of Lead(II) “Lone Pair”

Autoren: Christophe Gourlaouen; Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: "Molecules, MDPI, 2022, 27 (1), pp.27. ⟨10.3390/molecules27010027⟩", 2022
Herausgeber: Molecules, 2022, 27(1), 27
DOI: 10.3390/molecules27010027

Convergence of the likelihood ratio method for linear response of non-equilibrium stationary states

Autoren: Ting Wang, Gabriel Stoltz, Petr Plechac
Veröffentlicht in: ESAIM: Mathematical Modelling and Numerical Analysis (ESAIM: M2AN), Ausgabe Volume 55, 2021, 2021, Seite(n) S593 - S623, ISSN 0000-0000
Herausgeber: edp sciences
DOI: 10.1051/m2an/2020050

An overview of a posteriori error estimation and post-processingmethods for nonlinear eigenvalue problems G Dusson

Autoren: G Dusson, Y Maday
Veröffentlicht in: Journal of Computational Physics, Ausgabe Volume 491, 2023, Seite(n) 112352, ISSN 0021-9991
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.jcp.2023.112352

Open source variational quantum eigensolver extension of the quantum learning machine for quantum chemistry

Autoren: M Haidar, MJ Rančić, T Ayral, Y Maday, JP Piquemal
Veröffentlicht in: Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science, Ausgabe e1664, 2023, ISSN 1759-0876
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/wcms.1664

Photoionization and core resonances from range-separated density-functional theory: General formalism and example of the beryllium atom

Autoren: Karno Schwinn; Felipe Zapata; Antoine Levitt; Éric Cancès; Eleonora Luppi; Julien Toulouse
Veröffentlicht in: J. Chem. Phys. 156, 224106, Ausgabe 10897690, 2022, ISSN 1089-7690
Herausgeber: AIP
DOI: 10.1063/5.0091073

Convergence analysis of adaptive DIIS algorithms with application to electronic ground state calculations

Autoren: M. Chupin, M. S. Dupuy, G. Legendre, E. Séré
Veröffentlicht in: ESAIM: M2AN, Ausgabe 28047214, 2021, Seite(n) 2785-2825, ISSN 2804-7214
Herausgeber: EDP Sciences
DOI: 10.1051/m2an/2021069

An Efficient Gaussian-Accelerated Molecular Dynamics (GaMD) Multilevel Enhanced Sampling Strategy: Application to Polarizable Force Fields Simulations of Large Biological Systems

Autoren: Frédéric Célerse; Théo Jaffrelot Inizan; Louis Lagardère; Olivier Adjoua; Pierre Monmarché; Yinglong Miao; Etienne Derat; Jean-Philip Piquemal
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, American Chemical Society,, 2022, Seite(n) 18 (2), pp.968-977
Herausgeber: ACS Publishing
DOI: 10.1021/acs.jctc.1c01024

Martingale product estimators for sensitivity analysis in computational statistical physics Get access Arrow

Autoren: P. Plechac, G. Stoltz, T. Wang
Veröffentlicht in: IMA Journal of Numerical Analysis, Ausgabe drac073, 2022, ISSN 1464-3642
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/imanum/drac073

A New Way for Probing Bond Strength

Autoren: J. Klein, H. Khartabil, J.C. Boisson, J. Contreras-Garcia, J.-P. Piquemal, E. Henon.
Veröffentlicht in: Journal of Physical Chemistry A, American Chemical Society, Ausgabe 124 (9), pp.1850-1860, 2020, ISSN 0000-0000
Herausgeber: Journal of Physical Chemistry A, American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpca.9b09845

A Coq Formalization of Lebesgue Integration of Nonnegative Functions

Autoren: Sylvie Boldo; François Clément; François Clément; Florian Faissole; Vincent Martin; Micaela Mayero
Veröffentlicht in: "Journal of Automated Reasoning, Springer Verlag, In press, ⟨10.1007/s10817-021-09612-0⟩", 2022, Seite(n) 66, 175–213
Herausgeber: Journal of Automated Reasoning
DOI: 10.48550/arxiv.2104.05256

Parallel Memory-Independent Communication Bounds for SYRK

Autoren: H. Al Daas, G. Ballard, L. Grigori, S. Kumar, K. Rouse
Veröffentlicht in: SPAA '23: Proceedings of the 35th ACM Symposium on Parallelism in Algorithms and Architectures, 2023, Seite(n) Pages 391–401
Herausgeber: ACM Digital Library
DOI: 10.1145/3558481.3591072

Quasi-stationary distribution for the Langevin process in cylindrical domains, part I: existence, uniqueness and long-time convergence

Autoren: Tony Lelièvre, Mouad Ramil, Julien Reygner
Veröffentlicht in: Stochastic Processes and their Applications., 2022, Seite(n) Volume 144, Pages 173-201
Herausgeber: ScienceDirect
DOI: 10.1016/j.spa.2021.11.005

Block subsampled randomized Hadamard transform for low-rank approximation on distributed architectures

Autoren: Oleg Balabanov, Matthias Beaupere, Laura Grigori, Victor Lederer
Veröffentlicht in: ICML'23: Proceedings of the 40th International Conference on Machine Learning, Ausgabe Article No.: 66, 2023, Seite(n) Pages 1564–1576
Herausgeber: ICML'23: Proceedings of the 40th International Conference on Machine Learning
DOI: 10.48550/arxiv.2210.11295

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