Livrables
Report on whether additional statistically weak PREs in the fly could be identified (UBER), Presentation of TF mitotic bookmarking in an international conference (CERBM).
Presentation of WP3 results at meetingsESR13 Poster on Technology development for single-cell small non-coding RNA-seq analysis (DIAGENODE), ESR14 Poster on Novel computational tools to quantify NGS data for total RNA-seq (DIAGENODE)
Manuscripts describing WP1 resultsPaper that describes, validates and explores the Polycomb memory model (UCPH), Manuscript of PcG/TrxG residence times in live Drosophila chromatin (UBER), Manuscript describing and validating FLC transcriptional dynamics model (JIC), Manuscript on antisense-mediated bistable switch in X-chromosome inactivation (MPG)
Manuscripts describing WP2 resultsA review article based on the introduction to the thesis (OSR), Manuscript on TF mitotic bookmarking (CERBM), Manuscript of high-throughput reporter assay for predicted mammalian PREs (UBER), Manuscript on Polycomb targeting in flies (UBER).
Final ConferenceWP5 Task 5.2, event 6
Manuscripts describing WP3 resultsArticle on chromatin architecture of selected specific loci and genome-wide (NAPOLI), Article comparing chromatin contact between ES and mouse embryos (MDC), ESR 11 Review article based on the introduction to the thesis (UOXF), ESR 15 Review article based on the introduction to the thesis (UOXF).
Network logo designedWP6 Task 6.1 logo
Presentation of WP1 results at meetingsPresentation on 3D single cell chromosome organisation (FMI), Poster of Polycomb cellular memory model (UCPH), Presentation describing a model for FLC transcriptional dynamics (JIC)
Network information flyer completeWP6 Task 6.1 flyer
Strasbourg Summer SchoolWP5 Task 5.2, event 3
WP6 Task 6.1 website
Publications
Auteurs:
Govind Menon, Eduardo Mateo Bonmati, Svenja Reeck, Robert Maple, Zhe Wu, Robert Ietswaart, Caroline Dean, Martin Howard
Publié dans:
BioRxiv, 2023
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratories (CSHL)
DOI:
10.1101/2023.07.06.547969
Auteurs:
Francesco Musella; Ana Pombo; Rieke Kempfer; Antonella Prisco; Andrea Esposito; Andrea M. Chiariello; Luca Fiorillo; Mattia Conte; Mario Nicodemi; Ibai Irastorza-Azcarate; Simona Bianco; Alexander Kukalev
Publié dans:
Numéro 1, 2020
Éditeur:
bioRxiv
DOI:
10.1101/2020.04.24.059915
Auteurs:
Liat Ravid Lustig, Abhishek Sampath Kumar, Till Schwämmle, Ilona Dunkel, Gemma Noviello, Raha Weigert, Guido Pacini, Rene Buschow, Afrah Ghauri, Maximilian Stoetzel, Lars Wittler, Alexander Meissner, Edda G Schulz
Publié dans:
BioRxiv, 2022
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratories (CSHL)
DOI:
10.1101/2022.08.02.502458
Auteurs:
Matteo Mazzocca, Alessia Loffreda, Emanuele Colombo, Tom Fillot, Daniela Gnani, Paola Falletta, Emanuele Monteleone, Serena Capozi, Edouard Bertrand, Gaelle Legube, Zeno Lavagnino, Carlo Tacchetti, Davide Mazza
Publié dans:
BioRxiv, 2022
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratories (CSHL)
DOI:
10.1101/2022.12.29.522193
Auteurs:
Jack E. Feltham, Shidong Xi, Struan C. Murray, Meredith Wouters, Julian Urdiain-Arraiza, Raphael Heilig, Charlotte George, Anna F. Townley, Emile Roberts, Benedikt M. Kessler, Sabrina Liberatori, Philip D. Charles, Andrew Angel, Roman Fischer,
Publié dans:
BioRxiv, 2020
Éditeur:
Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL)
DOI:
10.1101/833921
Auteurs:
Cecilia Lovkvist, Pawel Mikulski, Svenja Reeck, Matthew Hartley, Caroline Dean, Martin Howard
Publié dans:
eLife, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur:
eLife Sciences Publications
DOI:
10.7554/elife.66454
Auteurs:
Mattia Conte, Luca Fiorillo, Simona Bianco, Andrea M. Chiariello, Andrea Esposito, Mario Nicodemi
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-020-17141-4
Auteurs:
Jan Fabio Nickels, Ashleigh Katrine Edwards, Sebastian Jespersen Charlton, Amanda Møller Mortensen, Sif Christine Lykke Hougaard, Ala Trusina, Kim Sneppen, Geneviève Thon
Publié dans:
Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 118/15, 2021, Page(s) e2022887118, ISSN 0027-8424
Éditeur:
National Academy of Sciences
DOI:
10.1073/pnas.2022887118
Auteurs:
Gemma Noviello, Rutger AF Gjaltema, Edda G Schulz
Publié dans:
Nature Communications, 2023, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
Auteurs:
Pia Mach, Pavel I. Kos, Yinxiu Zhan, Julie Cramard, Simon Gaudin, Jana Tünnermann, Edoardo Marchi, Jan Eglinger, Jessica Zuin, Mariya Kryzhanovska, Sebastien Smallwood, Laurent Gelman, Gregory Roth, Elphège P. Nora, Guido Tiana & Luca Giorgetti
Publié dans:
Nature Genetics, Numéro 54, 2022, ISSN 1061-4036
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41588-022-01232-7
Auteurs:
Philipp A. Steffen; Christina Altmutter; Eva Dworschak; Sini Junttila; Attila Gyenesei; Xinzhou Zhu; Tobias Kockmann; Leonie Ringrose
Publié dans:
Chromosoma, Numéro 1, 2021, ISSN 0009-5915
Éditeur:
Springer Verlag
DOI:
10.3929/ethz-b-000500204
Auteurs:
Mattia Conte, Ehsan Irani, Andrea M. Chiariello, Alex Abraham, Simona Bianco, Andrea Esposito & Mario Nicodemi
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 13, 4070, 2022, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-022-31856-6
Auteurs:
Matteo Mazzocca, Tom Fillot, Alessia Loffreda, Daniela Gnani, Davide Mazza
Publié dans:
Biochemical Society Transactions, 2021, ISSN 0300-5127
Éditeur:
Portland Press, Ltd.
DOI:
10.1042/bst20200709
Auteurs:
Kim Sneppen, Leonie Ringrose
Publié dans:
Nature Communications, Numéro 10/1, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur:
Nature Publishing Group
DOI:
10.1038/s41467-019-10130-2
Auteurs:
Andrea Hita, Gilles Brocart, Ana Fernandez, Marc Rehmsmeier, Anna Alemany and Sol Schvartzman
Publié dans:
BMC Bioinformatics, 2022, ISSN 1471-2105
Éditeur:
BioMed Central
DOI:
10.1186/s12859-021-04544-3
Auteurs:
Nickels, J. F., Della-Rosa, M. E., Goyeneche, I. M., Charlton, S. J., Sneppen, K., & Thon, G.
Publié dans:
Cell Reports, Numéro 39(7), 110828, 2022, ISSN 2211-1247
Éditeur:
Cell Press
DOI:
10.1016/j.celrep.2022.110828
Auteurs:
Rea L. Antoniou-Kourounioti, Anis Meschichi, Svenja Reeck, Scott Berry, Govind Menon, Yusheng Zhao, John A. Fozard, Terri L. Holmes, Huamei Wang, Matthew Hartley, Caroline Dean, Stefanie Rosa, Martin Howard
Publié dans:
eLife, Numéro 12, e79743, 2023, ISSN 2050-084X
Éditeur:
eLife Sciences Publications
DOI:
10.1101/2022.07.04.498694
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